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基于RNA-Seq高通量测序技术的牦牛卵巢转录组研究:进一步完善牦牛基因结构及挖掘与繁殖相关新基因 被引量:34
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作者 兰道亮 显荣 +5 位作者 位艳丽 徐通 钟金城 字向东 王永 李键 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2014年第3期307-317,共11页
RNA—Seq作为近年来新发展起来的高通量转录组测序技术,为大规模转录组学研究提供了一种全新的且更为有效的方法.目前该技术已广泛应用于转录组学中多方面的研究,尤其近年来,该技术在进一步完善基因结构信息及挖掘新转录本及新基因... RNA—Seq作为近年来新发展起来的高通量转录组测序技术,为大规模转录组学研究提供了一种全新的且更为有效的方法.目前该技术已广泛应用于转录组学中多方面的研究,尤其近年来,该技术在进一步完善基因结构信息及挖掘新转录本及新基因方面的功能也逐渐受到关注.本研究以牦牛卵巢组织作为研究对象,应用RNA.Seq技术对其进行高通量转录组测序分析,经测序后得到了一个包含26826516条过滤后测序读数,4828772880bp的卵巢测序文库,比对分析显示,有16992条牦牛基因发生表达,其中3734条基因存在不同类型的可变剪接.功能分析表明,这些表达基因涉及多种GO分类及KEGG通路.进一步分析转录组数据发现,共有7340个基因的5’或3’端在原有基因组的位置基础上发生了延伸,同时还发现了6321个新转录本,定位回基因组预测显示,外显子数量为1~84个,其中2267个新转录本预测具有编码蛋白的能力.比对分析显示,共有1200~4993条新转录本分别与Nt数据库、Nr数据库及SwissProt数据库中的基因比对上,其中与牛相似性基因最多(41.4%),其次为野牦牛(33.0%)、绵羊(6.3%)、人类(2.8%)及小鼠(1.6%)等其他物种.进一步对新转录本进行GO分类注释,结果显示,与繁殖发育相关的GO分类占有较大比例,其中繁殖类别(reproduction)所涉及的新转录本最多.本研究结果为描绘牦牛卵巢正常转录组图谱及进一步探析牦牛繁殖性能提供了基础,同时证实RNA.Seq高通量转录组技术在完善基因结构及挖掘新转录本及新基因方面的具有强大的优势,为进一步完善牦牛基因组结构信息及挖掘潜在的新基因提供了丰富数据. 展开更多
关键词 牦牛 卵巢 转录组 RNA—Seq 基因结构 新基因
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基于RNA-Seq技术的牦牛体外受精胚胎发育转录组分析 被引量:13
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作者 字向东 罗斌 +6 位作者 夏威 郑玉才 显荣 李键 钟金城 朱江江 张正帆 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1577-1589,共13页
【目的】探明不同发育阶段牦牛体外受精(IVF)胚胎的转录组差异,了解差异表达基因(DEG)在功能、分类和代谢通路的差异,为揭示牦牛早期胚胎发育调控机制,促进牦牛胚胎体外生产技术的发展提供理论基础。【方法】以IVF技术生产的牦牛2-细胞... 【目的】探明不同发育阶段牦牛体外受精(IVF)胚胎的转录组差异,了解差异表达基因(DEG)在功能、分类和代谢通路的差异,为揭示牦牛早期胚胎发育调控机制,促进牦牛胚胎体外生产技术的发展提供理论基础。【方法】以IVF技术生产的牦牛2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个发育阶段的胚胎为样本分别提取总RNA,采用Smart-Seq2扩增技术构建5个测序文库,应用Hi SeqTM 2500高通量测序技术进行转录组测序,对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析。【结果】牦牛IVF后的卵裂率和囊胚率分别为69.3%和26.2%。2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个发育阶段的牦牛胚胎Clean reads为47 355 570—50 855 888条,其中有85.65%—90.02%的reads能比对到牦牛参考基因组序列上;8-细胞的胚胎比对上的转录本最多(14 893),而囊胚比对上的转录本最少(9 827)。牦牛胚胎转录本主要有5种可变剪接类型,转录起始区域可变剪接(TSS)和转录结束区域可变剪接(TTS)所占比例最大;牦牛2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚基因组分别有116601、234 131、196 420、70 841和94 840个位点存在单核苷酸多态性(SNP)。在4-细胞、8-细胞、桑椹胚、囊胚期开始表达的基因分别有1 221、1 116、142和564个;随着胚胎发育的进行,BMP15、KIT、GDF9、STAT3、ZP3和ZP4等母源基因的表达量逐渐减少,而SARS、IL18、ACO2、TXN2、ATP5B、PCGF4、UBE3A、MAPK13、SNURF和JUP等胚胎基因的表达量则逐渐增加。以|log2ratio|≥1且Q-value<0.05为筛选标准,在2-细胞和4-细胞胚胎、4-细胞和8-细胞胚胎、8-细胞胚胎和桑椹胚以及桑椹胚和囊胚比对中分别筛选到6 922、7 601、8 071和10 555个DEGs。GO分析表明,4个发育阶段的DEGs归类注释都涉及生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3大类62个二级条目。通过KEGG pathway数据库分析,2-细胞和4-细胞期胚胎的DEGs参与到 展开更多
关键词 牦牛 体外受精 胚胎 转录组 RNA-SEQ
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犏牛雄性不育相关lncRNA的鉴定与分析 被引量:10
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作者 阿果约达 显荣 +4 位作者 王艳 杨显英 韩杰 王斌 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期551-561,共11页
旨在分析成年健康牦牛和犏牛(3~4岁)睾丸组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,从而探究lncRNA与犏牛雄性不育机制的关联性,为解释犏牛雄性不育的机理提供理论依据。采集成年(3~4岁)健康牦牛、犏牛各3头的睾丸组... 旨在分析成年健康牦牛和犏牛(3~4岁)睾丸组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,从而探究lncRNA与犏牛雄性不育机制的关联性,为解释犏牛雄性不育的机理提供理论依据。采集成年(3~4岁)健康牦牛、犏牛各3头的睾丸组织,构建cDNA文库后进行高通量测序,筛选出差异的lncRNA,通过对差异显著的lncRNA与mRNA位置关系以及结合能的判定预测顺式作用(cis)和反式作用(tran)的靶基因,并进行GO、KEGG功能分析。结果表明,共得到牦牛和犏牛候选lncRNA转录本分别为20 363和24 133个,两个文库筛选出6 178个显著差异lncRNA,其中有2 470个在犏牛睾丸组织与牦牛比较上调,3 708个下调。筛选得到差异显著lncRNA的候选靶基因2 676个,这些基因参与58个功能分类,共涉及306条通路;其中主要富集的通路包括轴突指导、内吞、Hedgehog等信号通路。综上表明,部分lncRNA介导的靶基因PTGDS、IGF2、MEST、GLIS3、NOTCH2、HOXA10、HOXA11与犏牛雄性不育相关,lncRNA在犏牛的生殖发育中对其雄性不育具有重要的调控作用。利用RNA-Seq技术筛选出成年牦牛和犏牛睾丸组织lncRNA,并进行差异分析,为探讨犏牛雄性不育的机制提供更完善的转录组数据。 展开更多
关键词 牦牛 犏牛 雄性不育 转录组 lncRNA
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“双一流”建设背景下高校畜牧兽医人才培养模式创新——以西南民族大学动物科学专业为例 被引量:4
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作者 显荣 +2 位作者 李志雄 付伟 李键 《安徽农业科学》 CAS 2023年第4期279-282,共4页
在“双一流”本科专业建设的背景下,高校的人才培养面临新的机遇与挑战。西南民族大学动物科学专业历史悠久,主要围绕西南民族地区畜牧业可持续发展面临的重大科学问题开展人才培养与科学研究,形成了较完善的人才培养体系,是学校的传统... 在“双一流”本科专业建设的背景下,高校的人才培养面临新的机遇与挑战。西南民族大学动物科学专业历史悠久,主要围绕西南民族地区畜牧业可持续发展面临的重大科学问题开展人才培养与科学研究,形成了较完善的人才培养体系,是学校的传统优势专业。但从招生并轨改革起,招生范围逐步扩大到全国各地,高等教育从精英教育向大众化教育转变,毕业生就业市场竞争也日趋激烈。传统的畜牧兽医人才培养模式已无法满足新形势下多样化的人才要求和社会发展需求。因此,以“双一流”本科专业建设和新“国标”为契机,探索建立适应当前我国畜牧业发展需要和民族地区需求的畜牧兽医专业复合型人才培养模式,以满足当下产业发展需求,加快实现办学目标。 展开更多
关键词 高校 畜牧兽医 “双一流”建设 创新 复合型人才
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牦牛KDM1A基因克隆及其在不同发育时期睾丸中的表达规律 被引量:9
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作者 韩杰 显荣 +4 位作者 王艳 杨显英 阿果约达 黄向月 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期2777-2785,共9页
本研究旨在克隆牦牛组蛋白去甲基化酶1A(lysine-specific histone demethylase 1A,KDM1A)基因,检测其在牦牛不同组织及睾丸发育过程中的表达水平。采集4~5岁健康牦牛心、脾、肝、卵巢、肺、大脑、肾、子宫、大肠、睾丸和胃,提取各组织... 本研究旨在克隆牦牛组蛋白去甲基化酶1A(lysine-specific histone demethylase 1A,KDM1A)基因,检测其在牦牛不同组织及睾丸发育过程中的表达水平。采集4~5岁健康牦牛心、脾、肝、卵巢、肺、大脑、肾、子宫、大肠、睾丸和胃,提取各组织样的总RNA,另采集不同发育时期睾丸组织:胎牛(5~6月)、幼年时期(1~2岁)、性成熟时期(4~5岁),老年时期(9~10岁)。利用RT-PCR方法获取牦牛KDM1A的CDS区基因序列,并使用生物信息软件分析其结构和功能。采用实时荧光定量PCR(quantative real-time PCR,RT-qPCR)检测KDM1A在不同组织中的表达水平,并探究不同发育时期睾丸中KDM1A的表达规律。结果表明,本研究克隆获得牦牛KDM1A基因2 401 bp的cDNA序列。牦牛KDM1A核苷酸序列与野牦牛、黄牛的同源性较高,表明该基因在进化过程中较为保守。牦牛KDM1A基因CDS区为2 331 bp,编码776个氨基酸残基。KDM1A在各组织中均有表达,其中睾丸和肝中表达量最高。KDM1A mRNA的表达水平呈先上升(从胎牛~性成熟时期)再下降(性成熟~老年时期)的趋势。综上表明,本研究成功克隆了KDM1A基因,其在不同发育时期睾丸中表达规律不同,KDM1A基因可能参与牦牛睾丸的发育。 展开更多
关键词 牦牛 KDM1A 表达 睾丸
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牦牛卵巢小RNA高通量测序及生物信息学分析 被引量:8
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作者 显荣 兰道亮 +3 位作者 李键 字向东 林亚秋 马力 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期55-63,共9页
本研究旨在利用高通量测序技术描绘牦牛卵巢sRNA图谱,为探析牦牛繁殖性能提供基础。以牦牛卵巢组织作为研究对象,构建牦牛sRNA文库,进行高通量测序和生物信息学分析,最后利用RT-qPCR技术验证miRNA在牦牛卵巢组织中的表达。经测序后得到... 本研究旨在利用高通量测序技术描绘牦牛卵巢sRNA图谱,为探析牦牛繁殖性能提供基础。以牦牛卵巢组织作为研究对象,构建牦牛sRNA文库,进行高通量测序和生物信息学分析,最后利用RT-qPCR技术验证miRNA在牦牛卵巢组织中的表达。经测序后得到包含12 126 208条clean reads,其中特异序列为212 757条;比对分析显示,只有7 383 536(60.89%)条总序列及80 981(38.06%)条特异序列能与牦牛基因组匹配。与黄牛相比,牦牛sRNA中有56个表达量上调,其中miR-135a表达上调最显著;有33个表达下调,其中miR-2316表达下调最显著。RT-qPCR验证6个miRNA在牦牛卵巢组织中的表达情况,定量结果和测序结果基本一致。与牦牛EST序列信息比对后共预测出5个新miRNA。本研究成功绘制牦牛卵巢sRNA图谱,同时证实RNA-Seq高通量测序技术在完善sRNA信息及挖掘新miRNA方面的优势,对研究sRNA在牦牛遗传育种以及以牦牛为重要高原动物模型来进行高原适应性和抗逆性等相关领域的研究具有重要意义。 展开更多
关键词 牦牛 卵巢 高通量测序 小RNA 生物信息学
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牦牛发情期卵巢比较转录组学研究 被引量:8
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作者 兰道亮 显荣 +3 位作者 柴志欣 艾鷖 黄偲 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1830-1839,共10页
旨在进一步了解牦牛发情期卵巢的分子机制,解析牦牛繁殖的特殊性。本研究应用RNA-seq技术对牦牛和平原黄牛发情期卵巢进行转录组高通量测序及全基因组差异表达模式比对分析。通过比较分析牦牛和黄牛卵巢转录组数据,共筛选出1 307个差异... 旨在进一步了解牦牛发情期卵巢的分子机制,解析牦牛繁殖的特殊性。本研究应用RNA-seq技术对牦牛和平原黄牛发情期卵巢进行转录组高通量测序及全基因组差异表达模式比对分析。通过比较分析牦牛和黄牛卵巢转录组数据,共筛选出1 307个差异表达基因,其中661个基因表达量上调和646个基因表达量下调。进一步功能分析表明,这些差异基因涉及多种GO分类及KEGG通路。其中GO分类注释显示,差异基因与细胞粘附、激素调控等生物学过程存在密切关联,同时钙离子结合、阳离子跨膜转运等分子事件表现活跃。KEGG通路分析显示,补体和凝血级联通路的富集水平最高,其次为细胞色素P450相关通路。昼夜节律等一些新型通路,尽管与生殖功能没有明显关联,但也表现出显著富集。本研究首次对比牦牛和黄牛发情期卵巢转录组数据,筛选并分析相关差异基因。该研究结果为进一步阐述牦牛卵巢的基本分子机理提供基础,同时也为全面理解牦牛繁殖特异性提供新的思路。 展开更多
关键词 牦牛 发情期卵巢 转录组 比较分析 分子机制
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牦牛雌激素受体ERα和ERβ基因分子特征及组织表达研究 被引量:7
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作者 李键 符梅 +1 位作者 兰道亮 显荣 《西南民族大学学报(自然科学版)》 CAS 2014年第6期801-808,796,共8页
为研究牦牛雌激素受体(ERα和ERβ)基因序列特征及其在不同组织中的表达差异.根据NCBI上已公布的普通牛ERα和ERβ基因序列,设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆麦洼牦牛ERα和ERβ基因序列,同时利用荧光定量PCR技术检测ERα和ERβ基因... 为研究牦牛雌激素受体(ERα和ERβ)基因序列特征及其在不同组织中的表达差异.根据NCBI上已公布的普通牛ERα和ERβ基因序列,设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆麦洼牦牛ERα和ERβ基因序列,同时利用荧光定量PCR技术检测ERα和ERβ基因在牦牛不同组织的表达分布.结果表明,分别获得2 100 bp ERα(Gen Ban K登录号:KJ011123)和1 791 bp ERβ(Gen Ban K登录号:KJ011124)基因序列,其中ERα的ORF为1 658 bp,编码596个氨基酸,ERβ的ORF为1 584 bp,编码527个氨基酸.多重序列分析表明,牦牛ERα和ERβ与普通牛、原鸡、人、小鼠、大鼠、扬子鳄、蟾蜍及斑马鱼的氨基酸序列同源性分别为45.3%-99.5%和53.9%-99.1%.荧光定量PCR结果显示,ERα和ERβ基因在牦牛的各种组织中均有表达,且除睾丸外,ERα在输卵管、子宫及乳腺中的表达高于ERβ.此外,就ERα而言,ERα在牦牛乳腺中表达最高,子宫、输卵管及卵巢次之,心、肝、脾、肺、肾及睾丸相对表达较低.而牦牛ERβ基因在卵巢中表达最高,子宫和输卵管次之,心、肝、脾、肺、肾、睾丸及乳腺表达较低.为进一步了解牦牛ERα和ERβ基因的生物学功能及其分子繁殖机制提供了基础. 展开更多
关键词 牦牛 ERα基因 ERβ基因 基因特征
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牦牛体外成熟卵母细胞差异转录组学研究 被引量:7
9
作者 兰道亮 显荣 +3 位作者 陈亚冰 泽让东科 艾鷖 李键 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2017年第10期1099-1112,共14页
卵母细胞体外成熟环节是现代繁殖育种技术的基础环节,体外成熟的MⅡ期卵母细胞的质量直接影响了卵母细胞的后续受精及受精卵卵裂.由于卵母细胞的发育成熟是一个涉及大量基因转录调控的复杂过程.因此,转录组学研究是了解卵母细胞发生发... 卵母细胞体外成熟环节是现代繁殖育种技术的基础环节,体外成熟的MⅡ期卵母细胞的质量直接影响了卵母细胞的后续受精及受精卵卵裂.由于卵母细胞的发育成熟是一个涉及大量基因转录调控的复杂过程.因此,转录组学研究是了解卵母细胞发生发育的关键.本研究以高海拔地区的特有牛属动物牦牛(Bos grunniens)卵母细胞作为研究对象,应用RNA-seq技术对牦牛GV期卵母细胞及体外成熟MⅡ期卵母进行转录组学测序及比对分析.经深度测序后,各获得一个包含51380686条过滤测序序列(cleanreads),4624261740碱基(bp)的GV期牦牛卵母细胞测序文库和一个包含50303412条过滤测序序列(clean reads),4527307080碱基(bp)的MⅡ期牦牛卵母细胞测序文库.基因覆盖率统计表明,GV期和MⅡ期文库中分别有16719条和16339条牦牛基因得到转录.通过比较分析MⅡ和GV期转录组数据,共筛选出4767个差异表达基因,其中1418个基因表达量上调和3349个基因表达量下调.GO功能分类注释显示,差异基因与"代谢过程"等生物学过程存在密切关联,同时结合分子功能相关类别等分子事件表现活跃.按表达量上调和下调分别对差异基因进行KEGG通路互作分析,结果表明,凋亡通路、内吞通路及代谢通路是上调的关键调控通路,而代谢通路、丙酮酸代谢、黏着斑及氧化磷酸化是下调的关键调控通路,其中代谢通路在上调及下调通路互作中均起关键调控作用.进一步对代谢通路进行分析,结果表明,组氨酸代谢、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢、乙醛酸和二羧酸代谢及谷胱甘肽代谢是整个代谢通路的关键调控节点。此外,本研究发现,在牦牛卵母细胞体外成熟过程中,与免疫相关的白细胞介素家族及干扰素家族基因发生了显著差异表达.该研究结果为进一步解析牦牛卵母细胞发育的分子机制及全面了解牦牛繁殖的特异性提供了基础. 展开更多
关键词 牦牛 卵母细胞 GV期 MⅡ期 体外成熟 RNA-SEQ 转录组 分子机制
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糖对牦牛卵母细胞体外成熟及其发育能力的影响 被引量:6
10
作者 石仙 显荣 +4 位作者 兰道亮 胡嘉嘉 蔡雯祎 张大伟 李键 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第1期155-160,共6页
试验旨在研究不同种类、不同浓度的糖对牦牛卵母细胞体外成熟和发育能力的影响,进一步探索和优化牦牛卵母细胞培养体系,提高卵母细胞体外成熟和胚胎生产效率。在牦牛卵母细胞成熟液中添加不同浓度(0、5和10mmol/L)的葡萄糖或蔗糖,培养24... 试验旨在研究不同种类、不同浓度的糖对牦牛卵母细胞体外成熟和发育能力的影响,进一步探索和优化牦牛卵母细胞培养体系,提高卵母细胞体外成熟和胚胎生产效率。在牦牛卵母细胞成熟液中添加不同浓度(0、5和10mmol/L)的葡萄糖或蔗糖,培养24h或预培养2h后移入无糖培养基中继续培养22h,统计卵母细胞体外成熟率及体外受精(IVF)后的胚胎卵裂率和囊胚率。结果显示,与对照组(0mmol/L)相比,5和10mmol/L葡萄糖组牦牛卵母细胞核成熟率和体外受精胚胎卵裂率均显著提高(P<0.05),10mmol/L葡萄糖组的囊胚率最高,且与对照组相比差异显著(P<0.05)。添加10mmol/L蔗糖可以显著提高牦牛卵母细胞核成熟率(P<0.05),但胚胎囊胚率与对照组相比差异不显著(P>0.05)。此外,用10mmol/L葡萄糖预处理牦牛卵母细胞后其核成熟率、胚胎卵裂率和囊胚率最高,且均显著高于对照组(P<0.05)。由此可见,糖对牦牛卵母细胞体外成熟和发育有一定的影响,在成熟过程中添加适当浓度的糖能提高卵母细胞成熟率及体外受精胚胎发育能力。 展开更多
关键词 卵母细胞 体外成熟 牦牛
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牦牛KDM4A基因克隆、组织表达谱及其在卵母细胞和颗粒细胞中的表达 被引量:6
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作者 韩杰 显荣 +4 位作者 蔡雯祎 杨显英 阿果约达 张燕红 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期291-299,共9页
本研究旨在阐明牦牛KDM4A基因的表达特性及其在牦牛卵母细胞和颗粒细胞中的作用。采集牦牛心、肝、脾、卵巢、肺、肾、睾丸、小肠、子宫、胃、大脑组织,以GenBank上已发布的黄牛KDM4A基因序列设计引物,利用RT-PCR方法扩增克隆牦牛KDM4A... 本研究旨在阐明牦牛KDM4A基因的表达特性及其在牦牛卵母细胞和颗粒细胞中的作用。采集牦牛心、肝、脾、卵巢、肺、肾、睾丸、小肠、子宫、胃、大脑组织,以GenBank上已发布的黄牛KDM4A基因序列设计引物,利用RT-PCR方法扩增克隆牦牛KDM4A基因及检测其在牦牛各组织中的表达谱,并使用在线软件ExPASY分析KDM4A基因的结构和功能。采用实时荧光定量PCR法检测牦牛不同时期卵母细胞和颗粒细胞中KDM4A基因的表达水平。结果表明,本研究克隆得到牦牛KDM4A基因3 289bp的cDNA序列。牦牛KDM4A核苷酸序列与其它哺乳动物的遗传距离较近,表明KDM4A基因在进化中较为保守。牦牛KDM4A基因CDs区为3 201bp,编码1 066个氨基酸残基,相对分子质量122.48ku。KDM4A蛋白为亲水不稳定的酸性蛋白,无跨膜区和信号肽,二级结构主要包含α-螺旋和无规卷曲,与三级结构分析结果一致。KDM4A基因在所选牦牛组织样本中均有表达,其中在卵巢、脾和睾丸中表达量最高。牦牛KDM4A mRNA在MII期颗粒细胞中表达量显著高于在MI期和GV期颗粒细胞中的表达量(P<0.05),GV期卵母细胞中,KDM4A mRNA的表达水平显著高于在MI期和MII期卵母细胞中的表达量(P<0.05)。综上表明,本研究成功克隆了KDM4A基因及其在牦牛卵母细胞和颗粒细胞成熟过程中mRNA表达水平的差异,表明KDM4A基因在卵母细胞及颗粒细胞成熟过程中发挥一定作用。 展开更多
关键词 牦牛 KDM4A 生物信息学 卵母细胞 颗粒细胞
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组织特异性基因敲除小鼠生产的动物遗传学综合实验设计
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作者 显荣 +3 位作者 李志雄 付伟 王利 林亚秋 《实验室研究与探索》 CAS 北大核心 2023年第6期202-206,共5页
设计了脂肪组织KDM2A基因特异敲除小鼠生产及基因型鉴定的综合实验。该实验采用线上线下混合的形式,以科研成果组蛋白赖氨酸去甲基化酶KDM2Aflox/-基因编辑杂合小鼠和脂联素(Adipoq)介导的环化重组酶(Cyclization recombination enzyme,... 设计了脂肪组织KDM2A基因特异敲除小鼠生产及基因型鉴定的综合实验。该实验采用线上线下混合的形式,以科研成果组蛋白赖氨酸去甲基化酶KDM2Aflox/-基因编辑杂合小鼠和脂联素(Adipoq)介导的环化重组酶(Cyclization recombination enzyme, Cre)-Adipoq-Cre工具小鼠为材料,通过设计小鼠的杂交实验方案,获得F3代小鼠。采用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)技术对F3代小鼠KDM2A和Adipoq-Cre的基因型进行鉴定,筛选脂肪组织特异KDM2A基因敲除小鼠(Adipoq-Cre+-KDM2Aflox/flox)。该实验设计涵盖经典遗传学孟德尔分离定律和自由组合定律、分子遗传学的基本理论、分子生物学检测技术、基因编辑技术、Cre-loxp介导组织特异性基因敲除等知识与技能。具有综合性、设计性及研究性的特点。 展开更多
关键词 基因敲除动物 基因型鉴定 线上线下混合模式 动物遗传学实验
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三江牛资源保护利用现状与展望
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作者 李铸 吴锦波 +8 位作者 显荣 付伟 张燕 冉强 雍军 黄向月 李荣宏 何世明 《中国牛业科学》 2023年第6期48-53,共6页
通过产区走访调研和查阅文献等方式收集资料,研究梳理了三江牛遗传资源保护利用现状,分析了三江牛品种特征特性,剖析了三江牛产业发展问题,并提出了种质资源保护和产业发展建议。
关键词 三江牛 遗传资源 产业发展
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牦牛低氧诱导因子-1α基因克隆及蛋白质结构分析 被引量:5
14
作者 段荟芹 王利 +1 位作者 李键 显荣 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第6期1430-1436,共7页
试验采用RT-PCR方法,以麦洼牦牛脾脏cDNA为模板扩增牦牛低氧诱导因子-1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)基因,并运用生物信息学软件对其序列进行分析。结果发现,扩增得到的麦洼牦牛HIF-1α基因编码区长为2 472bp,编码823个氨基... 试验采用RT-PCR方法,以麦洼牦牛脾脏cDNA为模板扩增牦牛低氧诱导因子-1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)基因,并运用生物信息学软件对其序列进行分析。结果发现,扩增得到的麦洼牦牛HIF-1α基因编码区长为2 472bp,编码823个氨基酸;蛋白质预测结果显示,该蛋白质分子质量为92.13ku,等电点5.09,为亲水性蛋白,二级结构以随机卷曲和α-螺旋为主,有69个磷酸化位点和4个N-糖基化位点;系统进化树显示,麦洼牦牛与牦牛、野牦牛、普通牛亲缘关系最近。本试验成功克隆麦洼牦牛HIF-1α基因并对其序列进行了分析,为进一步研究HIF-1α基因的功能提供参考。 展开更多
关键词 麦洼牦牛 低氧诱导因子-1Α 克隆 蛋白质分析
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KDM2B基因克隆及其在牦牛组织和卵母细胞减数分裂过程中的表达研究 被引量:5
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作者 蔡雯祎 显荣 +4 位作者 陈通 杨显英 韩杰 阿果约达 李键 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期534-541,共8页
本研究旨在克隆牦牛组蛋白去甲基化酶2B(Lysine-specific histone demethylase 2B,KDM2B)基因,检测其在牦牛不同组织及其在卵母细胞减数分裂过程中的表达水平,从而为研究KDM2B基因在牦牛减数分裂中的作用机制提供试验依据。牦牛屠宰后,... 本研究旨在克隆牦牛组蛋白去甲基化酶2B(Lysine-specific histone demethylase 2B,KDM2B)基因,检测其在牦牛不同组织及其在卵母细胞减数分裂过程中的表达水平,从而为研究KDM2B基因在牦牛减数分裂中的作用机制提供试验依据。牦牛屠宰后,采集心、肝、脾、肺、肾、脑、小肠、胃、肌肉、卵巢、睾丸和子宫组织样品,分别提取各个样本的总RNA。另选择3~5周岁的健康牦牛,采集卵巢后,抽取卵丘-卵母细胞复合体(Cumulus-oocyte complex,COCs),透明质酸酶作用后,获得卵母细胞和颗粒细胞,利用RT-PCR扩增得到KDM2B基因CDS区序列,实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测KDM2B基因在不同组织中的表达水平。体外培养获得GV、MI、MII 3个时期COCs,用qRT-PCR法检测KDM2B基因在卵母细胞减数分裂过程中的表达规律。结果表明,KDM2B基因CDS区长为3 930bp,编码1 309个氨基酸,与牦牛已有预测序列相比,属于长型转录本。与牛、绵羊、山羊的同源性较高,与斑马鱼和鸡的同源性较低。KDM2B基因在牦牛的各个组织中均有表达,其中脾、子宫、睾丸和卵巢的表达量较高。在MI期卵母细胞中,KDM2B基因的表达水平显著高于GV期和MII期(P<0.01)。在卵丘颗粒细胞中,KDM2B基因的表达水平随减数分裂的进行而显著增加(P<0.01)。本研究为进一步研究牦牛卵母细胞减数分裂机制及改善牦牛繁殖效率提供基础资料。 展开更多
关键词 牦牛 KDM2B基因 组织表达 卵母细胞 减数分裂
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NOBOX基因在麦洼牦牛卵母细胞、早期胚胎及胎儿卵巢的表达 被引量:5
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作者 符梅 陈亚冰 +2 位作者 李键 显荣 兰道亮 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1746-1751,共6页
旨在研究牦牛胚胎发育过程中NOBOX基因表达与卵母细胞、胚胎发育及胎儿卵巢的关系。利用RTPCR技术检测NOBOX基因在颗粒细胞、牦牛胎儿卵巢及牦牛各组织中的表达;并采用荧光定量PCR技术检测NOBOX基因在卵母细胞体外受精胚胎发育过程中(G... 旨在研究牦牛胚胎发育过程中NOBOX基因表达与卵母细胞、胚胎发育及胎儿卵巢的关系。利用RTPCR技术检测NOBOX基因在颗粒细胞、牦牛胎儿卵巢及牦牛各组织中的表达;并采用荧光定量PCR技术检测NOBOX基因在卵母细胞体外受精胚胎发育过程中(GV期、MII期、2-细胞、4-细胞、8-细胞、16-细胞、桑椹胚和囊胚)的相对表达变化。结果表明,NOBOX基因在牦牛各组织中均有表达,其中肾表达量最高。在GV期卵泡中,NOBOX基因仅在卵母细胞中有表达,颗粒细胞中未检测到表达。早期胚胎发育过程中,随着胚胎发育,其表达量逐渐降低,在GV期时表达量最高(P<0.05),随后逐渐降低,在16-细胞表达量最低并趋于稳定。胎牛发育成长过程中,NOBOX基因在胎儿卵巢中表达量随着胎儿年龄的增长表达呈上升趋势。综上表明,NOBOX基因在牦牛早期胚胎发育过程中mRNA表达量存在差异性,可能与早期胚胎的正常发育和不同的生理活动有关。 展开更多
关键词 牦牛 卵母细胞成熟 早期胚胎发育 胎儿卵巢 NOBOX基因表达
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多胎和单胎山羊品种Bcl-2和Bax基因的克隆及组织表达研究 被引量:5
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作者 胡亮 字向东 +5 位作者 卢建远 马力 显荣 王永 任称罗尔日 任陶 《畜牧与兽医》 北大核心 2015年第1期28-32,共5页
以低繁藏山羊和高繁金堂黑山羊卵巢等组织为试验材料,通过RT-PCR,对Bcl-2和Bax基因c DNA进行克隆、序列分析,并采用Real-time PCR对其在发情前期母羊垂体、卵巢、子宫和输卵管等组织的表达进行检测。结果:山羊Bcl-2基因编码区全长为690 ... 以低繁藏山羊和高繁金堂黑山羊卵巢等组织为试验材料,通过RT-PCR,对Bcl-2和Bax基因c DNA进行克隆、序列分析,并采用Real-time PCR对其在发情前期母羊垂体、卵巢、子宫和输卵管等组织的表达进行检测。结果:山羊Bcl-2基因编码区全长为690 bp,共编码229个氨基酸,2个品种间有3处碱基差异,但未导致氨基酸的差异;Bax基因编码区全长为579 bp,共编码192个氨基酸,2个品种的同源性为100%。Bcl-2和Bax mRNA在2个品种山羊的卵巢、子宫、输卵管、垂体中均有表达,但品种间差异不显著(P>0.05)。说明Bcl-2和Bax基因在动物进化中比较保守,与山羊多羔性状的相关性有待进一步研究。 展开更多
关键词 藏山羊 金堂黑山羊 Bcl-2 BAX 克隆 q PCR
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犏牛高效生产新模式的建立 被引量:5
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作者 显荣 李键 +5 位作者 字向东 兰道亮 何世明 吴锦波 余忠华 王二耀 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1007-1013,共7页
犏牛是牦牛与奶(肉)牛杂交的后代,具有明显的杂种优势,是牦牛育种改良的重要方向之一。由于雄性犏牛不育,杂种优势无法稳定遗传。因此,利用现代繁殖育种技术是解决此问题的关键。本研究利用牦牛屠宰场的卵巢收集卵母细胞,与奶(肉)牛的... 犏牛是牦牛与奶(肉)牛杂交的后代,具有明显的杂种优势,是牦牛育种改良的重要方向之一。由于雄性犏牛不育,杂种优势无法稳定遗传。因此,利用现代繁殖育种技术是解决此问题的关键。本研究利用牦牛屠宰场的卵巢收集卵母细胞,与奶(肉)牛的冻精进行体外受精,将获得的胚胎移植到同期发情的犏牛体内,建立生产犏牛新模式。结果表明,用荷斯坦牛、西门塔尔牛和娟姗牛的冻精与牦牛卵母细胞体外受精,受精率无显著差异(P>0.05),但显著高于牦牛种内体外受精(P<0.05)。胚胎发育动力学结果表明,犏牛胚胎的体外发育速率显著高于牦牛胚胎(P<0.05);雄性犏牛胚胎的发育显著快于雌性胚胎。用孕酮阴道栓、马绒毛膜促性腺激素(eCG)和氯前列腺烯醇(PG)组合的同期发情处理方案,诱导犏牛发情效果较好,发情率显著高于单独使用PG组(P<0.05)。获得了全球首批试管犏牛(7头),实现了犏牛生犏牛新模式。获得的试管犏牛体型丰满、生长迅速、1周岁的体质量达160 kg,是同龄牦牛的2倍。综上,本研究建立了一套高效的犏牛体外生产技术体系,充分利用了母犏牛的繁殖性能,为挖掘优秀母犏牛的繁殖潜能和加速扩繁犏牛奠定了基础,对实现少数民族地区牧民增收与生态保护具有重要的意义。 展开更多
关键词 犏牛 体外生产 胚胎 繁殖
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供体细胞来源和TSA处理对牦牛iSCNT胚胎重编程的影响 被引量:5
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作者 显荣 高川 +3 位作者 符梅 李键 字向东 钟金城 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2012年第10期9-14,共6页
【目的】探讨不同来源的供体细胞和TSA处理对牦牛异种体细胞核移植(Interspecies nuclear trans-fer,iSCNT)胚胎的影响。【方法】以黄牛卵母细胞为受体,分别以牦牛50日龄胎儿及6和18月龄个体成纤维细胞为供体,构建牦牛iSCNT胚胎,研究供... 【目的】探讨不同来源的供体细胞和TSA处理对牦牛异种体细胞核移植(Interspecies nuclear trans-fer,iSCNT)胚胎的影响。【方法】以黄牛卵母细胞为受体,分别以牦牛50日龄胎儿及6和18月龄个体成纤维细胞为供体,构建牦牛iSCNT胚胎,研究供体细胞来源对牦牛iSCNT胚胎的影响。分别用0(对照),20,40,60和80nmol/L的TSA处理50日龄胎儿成纤维细胞12h,构建iSCNT胚胎,比较其发育情况,确定TSA的最佳处理浓度;用最佳浓度的TSA处理50日龄胎儿成纤维细胞0(对照),6,12和18h,构建iSCNT胚胎,比较其发育情况,确定TSA的最佳处理时间。用最佳TSA作用时间和浓度处理供体细胞,构建牦牛iSCNT,之后用40和80nmol/L的TSA分别处理iSCNT胚胎6和12h,比较不同处理方式对牦牛iSCNT胚胎发育的影响。采用qRT-PCR方法检测40nmol/L TSA处理供体细胞6h的iSCNT胚胎及40nmol/L TSA处理供体细胞6h且处理iSCNT胚胎12h的iSCNT胚胎去乙酰化酶2(HDAC2)基因mRNA的表达水平,以不进行TSA处理的iSCNT胚胎为对照。【结果】以50日龄胎儿成纤维细胞作为供体细胞,牦牛iSCNT胚胎的囊胚率最高,但与其他组差异不显著(P>0.05)。40nmol/L TSA处理供体细胞6h能显著提高牦牛iSCNT胚胎的囊胚率(30.6%),且与对照组差异显著(P<0.05)。用40nmol/L TSA处理牦牛iSCNT胚胎12h组的囊胚率高于80nmol/L TSA处理iSCNT胚胎6h组,2组间差异不显著(P>0.05)。用TSA处理供体细胞和iSCNT胚胎之后,HDAC2mRNA表达水平降低,且与对照组差异显著(P<0.05)。【结论】不同来源的供体细胞对iSCNT胚胎发育的影响不明显;40nmol/L TSA处理供体细胞6h和iSCNT胚胎12h能显著提高牦牛iSCNT胚胎体外发育及重编程能力。 展开更多
关键词 牦牛 异种核移植 胚胎发育 去乙酰化酶2基因
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麦洼牦牛TF基因的克隆及蛋白质结构分析 被引量:5
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作者 段荟芹 王利 +5 位作者 李键 钟金城 字向东 江明锋 显荣 李雪峰 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期13-16,共4页
[目的]探讨麦洼牦牛转铁蛋白(Transferrin,TF)的结构及生理功能。[方法]采用RT-PCR方法,从麦洼牦牛心脏克隆出TF基因,并运用多种生物信息学软件对其进行核苷酸序列及蛋白质结构分析。[结果]克隆得到的麦洼牦牛TF基因开放阅读框为780 bp... [目的]探讨麦洼牦牛转铁蛋白(Transferrin,TF)的结构及生理功能。[方法]采用RT-PCR方法,从麦洼牦牛心脏克隆出TF基因,并运用多种生物信息学软件对其进行核苷酸序列及蛋白质结构分析。[结果]克隆得到的麦洼牦牛TF基因开放阅读框为780 bp,编码259个氨基酸,分子质量为28.33 k Da,理论等电点8.57,不含跨膜区域,存在信号肽序列,二级结构以随机卷曲和α-螺旋为主,无β-折叠,同源建模预测出牦牛TF蛋白与猪血清转铁蛋白有相似的三级结构,同源性可达71.91%。[结论]成功克隆了麦洼牦牛TF基因并分析了其蛋白质结构,为进一步研究TF蛋白功能提供理论基础。 展开更多
关键词 麦洼牦牛 转铁蛋白 克隆 蛋白质分析
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