本试验旨在测定和比较5个绿壳蛋鸡群体中EAV-HP在溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B3（solute carrier organic anion transporter family member 1B3,SLCO1B3）基因的5′-非编码区插入整合的频率和类型。所选5个绿壳蛋鸡群体包括3...本试验旨在测定和比较5个绿壳蛋鸡群体中EAV-HP在溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B3（solute carrier organic anion transporter family member 1B3,SLCO1B3）基因的5′-非编码区插入整合的频率和类型。所选5个绿壳蛋鸡群体包括3个北京地区的商业群体（北京-LK、北京-LF和北京-YM）、贵州长顺绿壳蛋鸡群体和四川省地方品种旧院黑鸡;采用双重PCR对EAV-HP的插入整合进行检测,并利用DNA测序的方法判断EAV-HP的主要突变位点。结果表明,5个绿壳蛋鸡群体均拥有一定数量的EAV-HP插入整合的个体,表现为杂合（LC/N）和纯合（LC/LC）基因型,均可产绿壳蛋,其中旧院黑鸡的绿壳蛋频率最低,仅为28.90%,其次是北京-LF群体,为46.94%,其他3个群体的绿壳蛋频率为83.33%~84.62%;经卡方检验,北京-LF和旧院黑鸡群体符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）,而其他3个群体则极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0.01）。DNA测序结果显示这5个绿壳蛋鸡群体中EAV-HP插入整合的序列与之前报道的东乡绿壳蛋鸡的KC632577.1完全一致。地方品种旧院黑鸡的绿壳蛋频率较低,建议利用双重PCR检测的分子标记辅助选择方法加以提高。展开更多
东帕米尔高原作为生物多样性丰富的区域之一,喜马拉雅雪鸡和藏雪鸡在此混群分布。以东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡为研究对象,采用PCR和测序技术,研究了mt DNA D-loop区序列特征,下载Gen Bank已提交的雪鸡序列,利用最大似然法构建系统发育...东帕米尔高原作为生物多样性丰富的区域之一,喜马拉雅雪鸡和藏雪鸡在此混群分布。以东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡为研究对象,采用PCR和测序技术,研究了mt DNA D-loop区序列特征,下载Gen Bank已提交的雪鸡序列,利用最大似然法构建系统发育树和中介网络关系,以阐明东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡遗传多样性水平和系统进化地位。结果表明:东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡mt DNA D-loop序列富含A、T碱基,含量为59.8%,存在64个多态位点,占核苷酸总数的5.5%,其中单一多态位点29个,简约信息位点33个,两处插入或缺失,转换发生的频率远远高于颠换;25个个体存在23种单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.92±0.0001,平均核苷酸多样度(π)为0.00958,平均核苷酸差异度(K)为11.067,说明东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡核苷酸多样性较低,单倍型多样性高,具有较为丰富的遗传多样性;系统发育分析显示喜马拉雅雪鸡与藏雪鸡分为明显的两大簇群,本研究涉及的东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡出现遗传分化,呈现明显的2个进化支;中介网络关系分析显示雪鸡具有明显的地理分布特征,本研究雪鸡84%的单倍型聚在以东帕米尔高原为中心的进化支上。因此,建议扩大塔什库尔干野生动物自然保护区(位于东帕米尔高原境内)范围,建立国家级自然保护区,恢复生态环境,以提高雪鸡栖息地的生存适宜性。展开更多
拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是基因组结构变异(Structural variation,SV)的重要组成部分,主要指大小从1 kb到数Mb的DNA片段拷贝数改变,表现为亚显微水平的缺失和重复。有人先后应用不同的方法构建了畜禽的全基因组CNV图谱,...拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是基因组结构变异(Structural variation,SV)的重要组成部分,主要指大小从1 kb到数Mb的DNA片段拷贝数改变,表现为亚显微水平的缺失和重复。有人先后应用不同的方法构建了畜禽的全基因组CNV图谱,并发现与色素沉积、表型性状和疾病相关的CNVs。为了更清楚地了解CNV这种结构变异,文章对近几年畜禽的CNV研究进行了较为全面的分析与阐述,结果表明:CNV分布有一定的保守性,其覆盖的序列约占基因组的30%,可用于畜禽基因组结构特征研究。展开更多
文摘本试验旨在测定和比较5个绿壳蛋鸡群体中EAV-HP在溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B3（solute carrier organic anion transporter family member 1B3,SLCO1B3）基因的5′-非编码区插入整合的频率和类型。所选5个绿壳蛋鸡群体包括3个北京地区的商业群体（北京-LK、北京-LF和北京-YM）、贵州长顺绿壳蛋鸡群体和四川省地方品种旧院黑鸡;采用双重PCR对EAV-HP的插入整合进行检测,并利用DNA测序的方法判断EAV-HP的主要突变位点。结果表明,5个绿壳蛋鸡群体均拥有一定数量的EAV-HP插入整合的个体,表现为杂合（LC/N）和纯合（LC/LC）基因型,均可产绿壳蛋,其中旧院黑鸡的绿壳蛋频率最低,仅为28.90%,其次是北京-LF群体,为46.94%,其他3个群体的绿壳蛋频率为83.33%~84.62%;经卡方检验,北京-LF和旧院黑鸡群体符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）,而其他3个群体则极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0.01）。DNA测序结果显示这5个绿壳蛋鸡群体中EAV-HP插入整合的序列与之前报道的东乡绿壳蛋鸡的KC632577.1完全一致。地方品种旧院黑鸡的绿壳蛋频率较低,建议利用双重PCR检测的分子标记辅助选择方法加以提高。
文摘东帕米尔高原作为生物多样性丰富的区域之一,喜马拉雅雪鸡和藏雪鸡在此混群分布。以东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡为研究对象,采用PCR和测序技术,研究了mt DNA D-loop区序列特征,下载Gen Bank已提交的雪鸡序列,利用最大似然法构建系统发育树和中介网络关系,以阐明东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡遗传多样性水平和系统进化地位。结果表明:东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡mt DNA D-loop序列富含A、T碱基,含量为59.8%,存在64个多态位点,占核苷酸总数的5.5%,其中单一多态位点29个,简约信息位点33个,两处插入或缺失,转换发生的频率远远高于颠换;25个个体存在23种单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.92±0.0001,平均核苷酸多样度(π)为0.00958,平均核苷酸差异度(K)为11.067,说明东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡核苷酸多样性较低,单倍型多样性高,具有较为丰富的遗传多样性;系统发育分析显示喜马拉雅雪鸡与藏雪鸡分为明显的两大簇群,本研究涉及的东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡出现遗传分化,呈现明显的2个进化支;中介网络关系分析显示雪鸡具有明显的地理分布特征,本研究雪鸡84%的单倍型聚在以东帕米尔高原为中心的进化支上。因此,建议扩大塔什库尔干野生动物自然保护区(位于东帕米尔高原境内)范围,建立国家级自然保护区,恢复生态环境,以提高雪鸡栖息地的生存适宜性。
文摘拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是基因组结构变异(Structural variation,SV)的重要组成部分,主要指大小从1 kb到数Mb的DNA片段拷贝数改变,表现为亚显微水平的缺失和重复。有人先后应用不同的方法构建了畜禽的全基因组CNV图谱,并发现与色素沉积、表型性状和疾病相关的CNVs。为了更清楚地了解CNV这种结构变异,文章对近几年畜禽的CNV研究进行了较为全面的分析与阐述,结果表明:CNV分布有一定的保守性,其覆盖的序列约占基因组的30%,可用于畜禽基因组结构特征研究。
