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基于BSA重测序的辣椒CMS恢复基因连锁分子标记开发
被引量：
3
1
作者
王萌
赵虎
+4 位作者
徐晓美
潘尧
铧
赵曾菁
吴星
王日升
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2023年第8期1534-1541,共8页
三系配套是辣椒育种的主要研究方向,鉴定并开发辣椒恢复基因连锁标记是利用分子标记辅助选育恢复系的难点。本研究以自主选育的辣椒胞质雄性不育系014A和恢复系014C为亲本构建F2分离群体,经χ2测验可育与不育的分离比例符合3∶1,表明辣...
三系配套是辣椒育种的主要研究方向,鉴定并开发辣椒恢复基因连锁标记是利用分子标记辅助选育恢复系的难点。本研究以自主选育的辣椒胞质雄性不育系014A和恢复系014C为亲本构建F2分离群体,经χ2测验可育与不育的分离比例符合3∶1,表明辣椒胞质雄性不育育性恢复性状受1对显性基因控制。采用BSA法构建可育和不育极端DNA混池,全基因组重测序并与参考基因组比对,通过SNP-index法和Fisher检验将辣椒胞质雄性不育恢复基因定位于辣椒第6号染色体顶端1.44~8.28Mb的区域内。根据亲本间SNP/InDel差异设计引物,在亲本和极端池筛选多态性引物,得到能稳定扩增出特异条带的分子标记PP5和OP59。这2个标记在极端群体验证中准确率均达到100%;标记OP59是共显性标记,位于恢复基因的候选基因T459-15819间区17232 bp,该标记在不育群体准确率为100%,在可育群体准确率为97.21%;标记PP5位于恢复基因的候选基因T459-15819下游318bp,该标记在不育群体和纯合可育群体准确率均为100%,不能区分杂合可育类型。该研究获得与恢复基因紧密连锁2个标记为加速选育辣椒CMS恢复系奠定基础。
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关键词
辣椒
全基因组重测序
胞质雄性不育
恢复基因
分子标记
下载PDF
职称材料
白菜BrYUCCA5.1基因表达和生物信息学及功能分析
被引量：
1
2
作者
孙国胜
李瑞
+2 位作者
潘尧
铧
侯喜林
张昌伟
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期259-266,共8页
[目的]本文旨在研究白菜YUCCA家族基因BrYUCCA5.1在结球白菜和不结球白菜叶片中的表达模式,并探索其在白菜叶片发育中的作用。[方法]利用生物信息学软件对BrYUCCA5.1基因的进化关系、编码蛋白质的保守结构域、蛋白质的理化性质等特性进...
[目的]本文旨在研究白菜YUCCA家族基因BrYUCCA5.1在结球白菜和不结球白菜叶片中的表达模式,并探索其在白菜叶片发育中的作用。[方法]利用生物信息学软件对BrYUCCA5.1基因的进化关系、编码蛋白质的保守结构域、蛋白质的理化性质等特性进行分析;利用实时荧光定量PCR检测结球白菜W30和不结球白菜082及其F2代植株不同部位BrYUCCA5.1表达量的差异;利用芜菁黄化花叶病毒(TYMV)介导的病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术沉默不结球白菜082植株的BrYUCCA5.1,研究该基因的功能。[结果]结球白菜BrYUCCA5.1所编码的蛋白与拟南芥、野生甘蓝、甘蓝型油菜、萝卜的同源性较高;保守结构域分析结果表明BrYUCCA5.1蛋白属于FMO类超家族。该基因在结球白菜W30叶片基部和中部以及F2代结球单株叶片基部的表达量极显著高于其他不结球单株。利用VIGS技术沉默不结球白菜的BrYUCCA5.1,沉默效率达84%,且与对照组相比,BrYUCCA5.1-pTY发病株叶片出现大面积病毒侵染症状,叶片卷曲皱缩,表现出远轴化的形态。[结论]BrYUCCA5.1基因参与调控白菜的叶片发育,且在结球白菜叶球发育过程中具有重要作用。
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关键词
白菜
BrYUCCA5.1基因
VIGS技术
叶片发育
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职称材料
题名
基于BSA重测序的辣椒CMS恢复基因连锁分子标记开发
被引量：
3
1
作者
王萌
赵虎
徐晓美
潘尧
铧
赵曾菁
吴星
王日升
机构
广西壮族自治区农业科学院蔬菜研究所
广东省农业科学院蔬菜研究所
南宁市五象岭森林公园
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2023年第8期1534-1541,共8页
基金
广西自然科学基金项目(No.2019GXNSFBA245053)
粤桂联合基金项目(No.2020A1515410005)
广西农业科学院基本科研业务专项(桂农科2021JM94)。
文摘
三系配套是辣椒育种的主要研究方向,鉴定并开发辣椒恢复基因连锁标记是利用分子标记辅助选育恢复系的难点。本研究以自主选育的辣椒胞质雄性不育系014A和恢复系014C为亲本构建F2分离群体,经χ2测验可育与不育的分离比例符合3∶1,表明辣椒胞质雄性不育育性恢复性状受1对显性基因控制。采用BSA法构建可育和不育极端DNA混池,全基因组重测序并与参考基因组比对,通过SNP-index法和Fisher检验将辣椒胞质雄性不育恢复基因定位于辣椒第6号染色体顶端1.44~8.28Mb的区域内。根据亲本间SNP/InDel差异设计引物,在亲本和极端池筛选多态性引物,得到能稳定扩增出特异条带的分子标记PP5和OP59。这2个标记在极端群体验证中准确率均达到100%;标记OP59是共显性标记,位于恢复基因的候选基因T459-15819间区17232 bp,该标记在不育群体准确率为100%,在可育群体准确率为97.21%;标记PP5位于恢复基因的候选基因T459-15819下游318bp,该标记在不育群体和纯合可育群体准确率均为100%,不能区分杂合可育类型。该研究获得与恢复基因紧密连锁2个标记为加速选育辣椒CMS恢复系奠定基础。
关键词
辣椒
全基因组重测序
胞质雄性不育
恢复基因
分子标记
Keywords
pepper
wholegenome resequencing
cytoplasmic male sterility(CMS)
restoration gene
molecular markers
分类号
S641.3 [农业科学—蔬菜学]
下载PDF
职称材料
题名
白菜BrYUCCA5.1基因表达和生物信息学及功能分析
被引量：
1
2
作者
孙国胜
李瑞
潘尧
铧
侯喜林
张昌伟
机构
南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室
江苏丘陵地区镇江农业科学研究所
出处
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期259-266,共8页
基金
江苏省农业科技自主创新资金[CX(19)3038]。
文摘
[目的]本文旨在研究白菜YUCCA家族基因BrYUCCA5.1在结球白菜和不结球白菜叶片中的表达模式,并探索其在白菜叶片发育中的作用。[方法]利用生物信息学软件对BrYUCCA5.1基因的进化关系、编码蛋白质的保守结构域、蛋白质的理化性质等特性进行分析;利用实时荧光定量PCR检测结球白菜W30和不结球白菜082及其F2代植株不同部位BrYUCCA5.1表达量的差异;利用芜菁黄化花叶病毒(TYMV)介导的病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术沉默不结球白菜082植株的BrYUCCA5.1,研究该基因的功能。[结果]结球白菜BrYUCCA5.1所编码的蛋白与拟南芥、野生甘蓝、甘蓝型油菜、萝卜的同源性较高;保守结构域分析结果表明BrYUCCA5.1蛋白属于FMO类超家族。该基因在结球白菜W30叶片基部和中部以及F2代结球单株叶片基部的表达量极显著高于其他不结球单株。利用VIGS技术沉默不结球白菜的BrYUCCA5.1,沉默效率达84%,且与对照组相比,BrYUCCA5.1-pTY发病株叶片出现大面积病毒侵染症状,叶片卷曲皱缩,表现出远轴化的形态。[结论]BrYUCCA5.1基因参与调控白菜的叶片发育,且在结球白菜叶球发育过程中具有重要作用。
关键词
白菜
BrYUCCA5.1基因
VIGS技术
叶片发育
Keywords
Chinese cabbage
BrYUCCA5.1 gene
VIGS technology
leaf development
分类号
S634.3 [农业科学—蔬菜学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于BSA重测序的辣椒CMS恢复基因连锁分子标记开发
王萌
赵虎
徐晓美
潘尧
铧
赵曾菁
吴星
王日升
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2023
3
下载PDF
职称材料
2
白菜BrYUCCA5.1基因表达和生物信息学及功能分析
孙国胜
李瑞
潘尧
铧
侯喜林
张昌伟
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
下载PDF
职称材料
已选择
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