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孟德尔随机化探究白细胞介素与便秘的因果效应
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作者 滕梦豪 苏啸尘 +1 位作者 郭梦 张银刚 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期737-745,共9页
目的采用两样本孟德尔随机化探讨白细胞介素(interleukin,IL)水平与便秘的因果关系。方法基于全基因关联研究(GWAS)汇总数据进行分析。白细胞介素与便秘数据均来自欧洲人群。其中IL作为暴露变量,来自两个GWAS汇总数据:①从人类血浆蛋白... 目的采用两样本孟德尔随机化探讨白细胞介素(interleukin,IL)水平与便秘的因果关系。方法基于全基因关联研究(GWAS)汇总数据进行分析。白细胞介素与便秘数据均来自欧洲人群。其中IL作为暴露变量,来自两个GWAS汇总数据:①从人类血浆蛋白质组的遗传图谱中获得,包含3301例样本;②来自一项关于90种循环蛋白的GWAS数据,包含30931例样本。便秘作为结局变量纳入两个GWAS汇总数据:①来自芬恩数据库(Finngene),共包含26919例病例和282235例对照;②来自英国生物银行(UKBiobank),共包含3328例病例和459682例对照。将与暴露变量强相关的单核苷酸多态性作为工具变量,以逆方差加权法(IVW)作为主要分析方法,MR-egger回归和加权中位数法作为IVW结果的补充证据,同时进行水平多效性和异质性的检验保证结果的稳定性。结果在两个不同的结局变量GWAS数据中,IVW分析结果均表明IL-17受体C水平的降低与便秘风险增加有关,OR值分别为0.956(95%CI:0.916~0.997,P=0.036‖Finngene)和0.998(95%CI:0.997~0.999,P=0.040‖ukb),IL-18水平的升高与便秘风险增加有关,OR值分别为1.055(95%CI:1.008~1.104,P=0.022‖Finngene)和1.001(95%CI:1.000~1.002,P=0.044‖ukb);而在Finngene数据中,IVW结果还提示IL-2受体α亚单位水平的增加、IL-10和IL-17水平的降低与便秘风险增加有关,OR值分别为1.054(95%CI:1.001~1.110,P=0.049)、0.945(95%CI:0.896~0.996,P=0.035)、0.934(95%CI:0.896~0.997,P=0.040)。结论IL-17受体C、IL-18、IL-2受体α亚单位、IL-10和IL-17与便秘风险存在因果关联。 展开更多
关键词 两样本孟德尔随机化 白细胞介素 便秘 GWAS
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骨质疏松诊断标志物的筛选及其与免疫浸润的关系
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作者 计超 陈一霄 +5 位作者 刘凯 苏啸尘 滕梦豪 郭燕 姬文晨 李萌 《实用临床医药杂志》 2023年第15期1-6,共6页
目的寻找潜在的骨质疏松(OP)诊断标志物,并分析免疫浸润在OP发展中的作用。方法使用源自基因表达综合数据库(GEO)的基因表达谱数据集来鉴定OP的差异表达基因(DEGs),并通过富集分析揭示DEGs的潜在机制;采用最小绝对值收敛和选择算法(LAS... 目的寻找潜在的骨质疏松(OP)诊断标志物,并分析免疫浸润在OP发展中的作用。方法使用源自基因表达综合数据库(GEO)的基因表达谱数据集来鉴定OP的差异表达基因(DEGs),并通过富集分析揭示DEGs的潜在机制;采用最小绝对值收敛和选择算法(LASSO)逻辑回归分析和支持向量机递归特征剔除算法(SVM-RFE)筛选和验证OP的诊断标志物;使用CIBERSORT评价OP组织中免疫细胞的浸润情况,分析诊断标志物与免疫细胞浸润的相关性。结果本研究共筛选出5个诊断相关基因为关键基因:SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10和CSPP1。SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10和CSPP1被确定为OP的诊断标志物。SKAP2、SLC30A3、TDRD12、RPL10联合CSPP1诊断OP的效能较高。22种免疫细胞的相关热图显示,活化的肥大细胞与浆细胞呈正相关,静息肥大细胞与嗜酸性粒细胞呈正相关。此外,活化的CD4记忆T细胞与调节性T细胞呈负相关,巨噬细胞与记忆B细胞呈负相关。结论免疫细胞浸润在OP的发生和发展中至关重要,静息CD4记忆T细胞和M2巨噬细胞可能参与了OP的发病机制,这些结果有助于为OP的诊断和治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 骨质疏松 生物信息学 免疫浸润 诊断标志物 免疫细胞 关键基因
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