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基于生物信息学的结核杆菌候选药靶基因的分析筛选 被引量:2
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作者 赖煦卉 安定 王洪海 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期1051-1055,共5页
结核分支杆菌(Mycobacteriumtuberculosis,MTB)是结核病的致病菌,MTB基因组和蛋白质组的研究为筛选新的抗MTB药物提供了可能.鉴于前人所做的工作,目前比较一致的意见是:与MTB细胞壁的合成相关的酶类,尤其是与脂肪酸合成和降解相关的酶类... 结核分支杆菌(Mycobacteriumtuberculosis,MTB)是结核病的致病菌,MTB基因组和蛋白质组的研究为筛选新的抗MTB药物提供了可能.鉴于前人所做的工作,目前比较一致的意见是:与MTB细胞壁的合成相关的酶类,尤其是与脂肪酸合成和降解相关的酶类,是筛选抗结核杆菌药物的理想靶标.选取与脂肪酸合成、分解、转运相关的187个基因,分析blast结果,剔除与人和其他生物(如大肠杆菌等)蛋白序列相似性大于60%的基因.利用相关生物软件挑选出至少有一个糖基位点且具有溶剂可及性的抗原基因9个.本研究为以后分析药靶基因编码蛋白质的三维结构、利用现有的生物技术和有关的化合物对候选药靶进行功能研究、在细胞水平加以验证打下基础. 展开更多
关键词 药靶 靶基因 选药 结核杆菌 酶类 筛选 药物 位点 利用 挑选
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单向锚定 PCR 富集扩增在克隆低丰度基因转录本中的应用 被引量:3
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作者 郑其平 余龙 +5 位作者 姜春玲 张宏来 安定 赵勇 庚镇城 赵寿元 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 1998年第10期40-44,共5页
利用国际生物信息资源,通过计算机检索寻找与已知功能基因具有高度同源的ESTs,据此设计特异的PCR扩增引物,并通过单侧特异引物搭配cDNA分子库载体引物(锚定引物),在低严紧条件下扩增各种组织的cDNA分子库以富集目... 利用国际生物信息资源,通过计算机检索寻找与已知功能基因具有高度同源的ESTs,据此设计特异的PCR扩增引物,并通过单侧特异引物搭配cDNA分子库载体引物(锚定引物),在低严紧条件下扩增各种组织的cDNA分子库以富集目标片段。继以单向锚定PCR扩增产物为模板,用双侧特异引物再次扩增,获得的特异扩增PCR产物经测序证实之后,将其用作探针杂交筛选相应的cDNA文库并进而克隆目的基因的全长cD-NA。此方法用于三个人类新基因的全长cDNA的分离与克隆,结果全部获得成功。这三个人类新基因分别是H-RalGDS基因、H-CIS基因和H-S6PK基因,它们在GenBank数据库的登录号分别是:AF027169、AF035946及AF037447。本文结果提示这一方法对于应用现有的人类基因组生物信息资源,克隆具有重要生物学功能的人类新基因,尤其是克隆呈低丰度的基因转录本全长序列具有较高的实用价值。 展开更多
关键词 基因克隆 锚定PCR 低丰度转录本 扩增引物
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用人染色体14q24.3区带探针池直接分离表达顺序 被引量:3
3
作者 张民 余龙 +4 位作者 胡培蓉 安定 夏家辉 邓汉湘 赵寿元 《实验生物学报》 CSCD 1997年第3期241-246,共6页
本文报道了从显微切割的人染色体区带直接分离区带专一性表达序列的方法和结果。
关键词 染色体 14q24.3区带 探针 基因表达序列 分离
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在胚胎性横纹肌肉瘤中呈下调表达的新基因HUMCyr61的分离与克隆 被引量:1
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作者 安定 余龙 +3 位作者 张民 孙喜元 范玉新 赵寿元 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1998年第3期334-335,共2页
关键词 胚胎性 横纹肌肉瘤 基因表达 HUMCyr61
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人类Cyr61基因的组织表达谱分析 被引量:1
5
作者 陈政 傅风云 +3 位作者 安定 蒋滢 张宏来 蒋菊香 《苏州医学院学报》 2000年第6期519-521,共3页
目的 预测HumCyr6 1基因的变异剪接转录本 ,并通过分析其在不同组织中的表达谱进行验证 ,以便初步探讨HumCyr6 1基因的功能。 方法 应用计算机辅助的电子杂交步移策略 ,通过对比查询数据库返回的ESTs序列和先前克隆的HumCyr6 1cDNA序... 目的 预测HumCyr6 1基因的变异剪接转录本 ,并通过分析其在不同组织中的表达谱进行验证 ,以便初步探讨HumCyr6 1基因的功能。 方法 应用计算机辅助的电子杂交步移策略 ,通过对比查询数据库返回的ESTs序列和先前克隆的HumCyr6 1cDNA序列 ,预测了HumCyr6 1基因的变异剪接转录本。将HumCyr6 1基因片段制备探针后与含有人体 8个组织mRNA的MTNI膜杂交 ,进行表达谱分析。结果 计算机预测HumCyr6 1基因存在 3个潜在的变异剪接位点 ,暗示该基因可能具有 3种不同的转录本。Northern杂交结果显示 ,此基因在所检测的 8种组织中除脑组织不表达外 ,其他 7种组织中均存在一种大小基本一致的转录本 ,约 2 .4kb ,该转录本在肾脏和骨骼肌中高度表达 ,在胎盘、心脏、肺脏中中度表达 ,在胰腺、肝脏中低度表达。杂交结果还显示 ,此基因在胰腺和胎盘组织中存在一种约 3.5kb的条带 ,在骨骼肌中存在另一种约 5 .0kb的条带。结论 电子杂交步移预测及Northern杂交结果证实了HumCyr6 1基因变异剪接位点的存在。 展开更多
关键词 HumCyr61基因 NORTHERN杂交 横纹肌肉瘤
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同源模建法建立和检验人类新基因ZNF191锌指基序的三维构象 被引量:2
6
作者 安定 王顺德 +4 位作者 王小柯 余龙 施少林 张琪 赵寿元 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 1998年第2期123-128,共6页
以实验室自行克隆的新基因ZNF191顺序为材料,按三联体密码转换出锌指基因编 码的4个锌指结构域ZNF191a,b,c和d的蛋白质一级顺序,并将它们与已用晶体衍射法确 证了空间构象的7个Cys2His2(C2H2)型锌... 以实验室自行克隆的新基因ZNF191顺序为材料,按三联体密码转换出锌指基因编 码的4个锌指结构域ZNF191a,b,c和d的蛋白质一级顺序,并将它们与已用晶体衍射法确 证了空间构象的7个Cys2His2(C2H2)型锌指进行同源比较,从中发现锌指7ZNF和1ZNF的 一级结构与待检验的锌指顺序同源度高且间隙较小.然后,运用 QUANTA软件包对 4个锌 指结构区 ZNF191a,b,c和d分别进行了计算机三维结构模拟,并以3D profile方法检验了该 结构的准确程度.分析结果提示:ZNF191基因的4个潜在锌指结构区均能够形成正常锌指 结构. 展开更多
关键词 锌指蛋白 同源模建 QUANTA软件包 ZNF191 基因
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人类β-1,4-半乳糖苷转移酶Ⅲ基因的分离与克隆
7
作者 张民 王小柯 +4 位作者 胡培蓉 屠强 安定 余龙 赵寿元 《实验生物学报》 CSCD 1999年第3期233-242,共10页
以人、牛、鼠、鸡、蜗牛的β-1,4-半乳糖苷转移酶催化区的编码核苷酸序列为探针,在NCBI GenBank EST数据库中进行同源搜寻,获得若干有高度同源的EST.在拼接序列的两端设计引物,以从人胎盘cDNA文库中PCR扩增获得的片段为探针,在人胎盘cDN... 以人、牛、鼠、鸡、蜗牛的β-1,4-半乳糖苷转移酶催化区的编码核苷酸序列为探针,在NCBI GenBank EST数据库中进行同源搜寻,获得若干有高度同源的EST.在拼接序列的两端设计引物,以从人胎盘cDNA文库中PCR扩增获得的片段为探针,在人胎盘cDNA分子库中步移获得一个长1,907bp的cDNA片段,包含一个长1,179bp的开放阅读框(ORF,open reading frame),编码393个氨基酸残基。该基因与已知的人类β1,4-GalTI的氨基酸同源性为43.8%,在蛋白质催化区的同源性更高达60.9%。表达谱分析发现该基因在人体16种组织中均有不同程度的表达,转录本大小约为2.4kb.通过该cDNA人/啮齿类杂种细胞株DNA Southern杂交将该基因定位在1号染色体。 展开更多
关键词 半乳糖苷 转移酶Ⅲ 基因分离 基因克隆
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人 reticulon 4c(RTN4c)的cDNA克隆与组织表达谱分析
8
作者 安定 余龙 +2 位作者 张民 周奕 赵寿元 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2000年第9期960-967,共8页
RTNs(reticulons)是一个与神经内分泌细胞生长、分化有关联的基因家族,迄今已发现了RTN1,RTN2和RTN3等3个成员,其中RTN1和RTN2已被证明分别具有3种不同长度的转录本以一个与小细胞肺癌发病机... RTNs(reticulons)是一个与神经内分泌细胞生长、分化有关联的基因家族,迄今已发现了RTN1,RTN2和RTN3等3个成员,其中RTN1和RTN2已被证明分别具有3种不同长度的转录本以一个与小细胞肺癌发病机制有关的 RTN1c cDNA为信息探针,通过电子杂交辅助的新基因克隆技术,从人脑cDNA文库中分离到一个长 1677bp的 cDNA,它含有一个编码199个氨基酸残基的完整开放阅读框.它的推导蛋白质序列与 RTN1C, RTN2C和 RTN3高度同源,同源度分别为64.4%, 45.8%和 50.0%,故将其命名为 RTN4c(GenBank注册号为 AF087901). Northern杂交结果显示, RTN4c基因的转录本长约 1.8 kb,它在心、胎盘、肺、脾、胸腺、睾丸、卵巢、小肠和白细胞等组织中几乎不表达,在胰腺、前列腺和结肠中仅有极少量表达,但在骨骼肌、脑、肝、肾中大量表达.此外,Northern结果还显示,在除肝脏和骨骼肌之外的14种组织中均存在另一种约2.3 kb的转录本;在脑、骨骼肌和睾丸组织中则还存在一种约 5.0 kb的转录本.通过电子杂交步移,发现了两个与上述5.0和 2.3 kb转录本长? 展开更多
关键词 reticulon4 RTN4 CDNA克隆 组织表达谱 肺癌
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人类结缔组织生长因子相关基因Hu mCyr61的染色体定位与表达谱分析
9
作者 程滨 安定 《中国基层医药》 CAS 2001年第2期144-145,共2页
关键词 结缔组织生长因子 HumCyr61 细胞因子基因 表达谱分析 染色体定位
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人类细胞因子信号传导抑制因子基因humSOCS-2的分离与克隆
10
作者 张民 余龙 +5 位作者 屠强 胡培蓉 张琪 安定 姜春玲 赵寿元 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1999年第2期131-135,共5页
采用国际GenBankEST数据库同源筛选的策略 ,筛选到 1个与小鼠细胞因子信号传导抑制因子基因mmSOCS 2高度同源的EST( gb/AA1 1 5 2 39) ,在人胎盘cDNA分子库中PCR获得与之序列一致的cDNA片段 ,以该片段为探针在人胎盘cDNA分子库中步移获... 采用国际GenBankEST数据库同源筛选的策略 ,筛选到 1个与小鼠细胞因子信号传导抑制因子基因mmSOCS 2高度同源的EST( gb/AA1 1 5 2 39) ,在人胎盘cDNA分子库中PCR获得与之序列一致的cDNA片段 ,以该片段为探针在人胎盘cDNA分子库中步移获得一长1 0 1 1bp的cDNA片段 ,包含一个长 5 94bp的开放阅读框 ,编码了 1 98个氨基酸残基 ,经NCBI数据库检索是一个全新的基因 .同源比较发现其与mmSOCS 2的氨基酸同源性高达 93% ,其SH2 结构域及SOCS盒与相关基因的类似结构也具有较高的同源性 ,从而将其命名为hum SOCS 2基因 ,国际GenBank登记号为gb/AF0 2 0 5 90 .表达谱分析表明该基因在前列腺组织中表达量最高 ,但另 1 展开更多
关键词 细胞因子 信号传导 humSOCS-2 分离 克隆
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人类β-1,4-半乳糖苷转移酶基因家族中1个新成员的克隆与表达谱分析
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作者 范玉新 余龙 +7 位作者 张琪 江萤 戴方彦 陈驰原 屠强 安定 许月芳 赵寿元 《中国科学(C辑)》 CSCD 1999年第1期1-8,共8页
应用从EST出发克隆基因家族新成员的策略 ,在人类睾丸组织cDNA文库中分离出 1个新的全长cDNA片段 ,它编码的蛋白产物与 (UDP 半乳糖苷 :N 乙酰基葡萄糖胺 )半乳糖苷转移酶 (GalT)有较高的同源度 .分析表明 ,在其 2 173bp的序列中含有 1... 应用从EST出发克隆基因家族新成员的策略 ,在人类睾丸组织cDNA文库中分离出 1个新的全长cDNA片段 ,它编码的蛋白产物与 (UDP 半乳糖苷 :N 乙酰基葡萄糖胺 )半乳糖苷转移酶 (GalT)有较高的同源度 .分析表明 ,在其 2 173bp的序列中含有 1个长 10 3 2bp的开放读框 ,编码 3 44个氨基酸 .基于该基因与半乳糖苷转移酶基因家族各成员的同源关系 ,尤其是与G .gallusβ 1,4 半乳糖苷转移酶Ⅰ型(CKⅠ )的关系密切 ,这个基因的蛋白产物被命名为人类 β 1,4 半乳糖苷转移酶同源蛋白Ⅰ型 .Northern杂交发现它在被检测的人体 16种组织中均有表达 ,但丰度各异 .通过与含人单条染色体的人 /啮齿类的杂种细胞DNA进行Southern杂交 ,证明该基因位于 3号染色体上 . 展开更多
关键词 半乳糖苷转移酶 同源体 GalT基因 人类 克隆
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胚胎性横纹肌肉瘤中下调表达基因HumCyr 61的分离与克隆
12
作者 程滨 安定 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 2000年第2期18-21,共4页
分离和克隆胚胎性横纹肌肉瘤中下调表达基因 HumCyr 61。方法:利用计算机辅 助的同源扩增策略,成功克隆一个长1887bpcDNA,并与DenBank核酸数据库比较。结果:该基因 与鼠生长因子诱导早期表达的 Cyr6... 分离和克隆胚胎性横纹肌肉瘤中下调表达基因 HumCyr 61。方法:利用计算机辅 助的同源扩增策略,成功克隆一个长1887bpcDNA,并与DenBank核酸数据库比较。结果:该基因 与鼠生长因子诱导早期表达的 Cyr61基因同源度为82%,在蛋白质水平上的同源度高达 92%,其 中对高级结构有重大贡献的半胱氨酸和脯氨酸等氨基酸残基高度保守。查新结果还显示,它包括 在胚胎性横纹肌肉瘤细胞系RD中表达呈下调表达的cDNA片段(GenBank接受号Z50168)和前列 腺癌患者良性组织中表达的cDNA片段(GenBank接受号Y09859)。此外,该基因与鸡CEF-10基因 和人结缔组织生长因子(CTCF)基因都具有较高的同源度。结论:推测这个新基因很可能是人类的 Cyr61基因,故命名为 HumCyr 61(GenBank注册号 AF031385)。 展开更多
关键词 胚胎性横纹肌肉瘤 人Cyr61基因 基因克隆 分离
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Cloning and characterization of a novel member of human β-1, 4-galactosyltransferase gene family
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作者 范玉新 余龙 +7 位作者 张琪 江萤 戴方彦 陈驰原 屠强 安定 许月芳 赵寿元 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 1999年第4期337-345,共9页
By using the EST strategy for identifying novel members belonging to homologous gene families, a novel full-length cDNA encoding a protein significantly homologous to UDP-Gal: N-acetylglucosamine β-1, 4-galactosyl-tr... By using the EST strategy for identifying novel members belonging to homologous gene families, a novel full-length cDNA encoding a protein significantly homologous to UDP-Gal: N-acetylglucosamine β-1, 4-galactosyl-transferase (GalT) was isolated from a human testis cDNA library. A nucleotide sequence of 2 173 bp long was determined to contain an open reading frame of 1 032 nucleotides (344 amino acids) . In view of the homology to members of the galactosyltransferase gene family and especially the closest relationship to Gallus gallus GalT type I (CK I) , the predicted product of the novel cDNA was designated as human β-1,4-galactosyltransferase homolog I (HumGT-Hl) . Its mRNA is present in different degrees in 16 tissues examined. Southern analysis of human genomic DNA revealed its locus on chromosome 3 . 展开更多
关键词 β-1 4-galactosyltransferase CDNA homolog.
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