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宁乡猪宰后pH和肉色性状的全基因组关联分析 被引量：9
1
作者 廖印长 高虎 +3 位作者 张跃博 殷诗舒 徐康 何俊 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2021年第S01期174-181,共8页
本研究屠宰测定了323头宁乡猪背最长肌和头半棘肌pH值(包括pH_(24h)、pH_(45min)值)及肉色性状(包括红度a、黄度b、亮度L),分析了各性状间的相关性。之后利用全基因组关联分析(GWAS)方法对宁乡猪肉质性状相关的候选基因及分子标记进行... 本研究屠宰测定了323头宁乡猪背最长肌和头半棘肌pH值(包括pH_(24h)、pH_(45min)值)及肉色性状(包括红度a、黄度b、亮度L),分析了各性状间的相关性。之后利用全基因组关联分析(GWAS)方法对宁乡猪肉质性状相关的候选基因及分子标记进行初步筛选,并通过QQ-plot图对群体层化效应进行了检测。结果表明,相同性状间存在正相关,不同性状间存在负相关,肉色和pH之间存在负相关关系,且均达到强相关水平(|r|>0.18)。群体层化分析没有发现明显的整体系统偏差,也不存在明显群体层化效应。关联分析结果表明共有56个SNP位点达到染色体显著水平,其中12个SNP达到基因组显著水平,分布于猪基因组上的33个区域内(≤1Mb),与pH显著关联的SNP有41个,与肉色显著关联的SNP有15个。根据基因注释和文献检索结果,鉴定出与pH相关的候选基因为IGF2R、GRIK1、PIK3R4基因,与肉色相关的候选基因为FGF10基因和GRM4基因,所筛选出的候选基因主要通过调控肌肉发育和脂肪沉积等途径影响肉色和pH。 展开更多
关键词 全基因组关联分析 肉质性状 PH 肉色
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Meta分析及其在动物遗传育种中的应用 被引量：4
2
作者 殷诗舒 何俊 +1 位作者 黄生强 吴晓林 《家畜生态学报》 北大核心 2018年第7期69-75,共7页
Meta分析是一类可以将多项研究结果整合在一起加以分析的统计方法。该方法通过收集与主题相关的研究结果,并将每个研究结果计算为一个统一的指标(效果量),然后对不同研究的效果进行量化加以统计分析。文章综述了Meta分析方法的发展历史... Meta分析是一类可以将多项研究结果整合在一起加以分析的统计方法。该方法通过收集与主题相关的研究结果,并将每个研究结果计算为一个统一的指标(效果量),然后对不同研究的效果进行量化加以统计分析。文章综述了Meta分析方法的发展历史、Meta分析方法的一般性步骤、常用统计模型以及该方法在动物遗传育种研究中的候选基因研究、QTL定位和全基因组关联分析这三个方面的应用。 展开更多
关键词 META分析 全基因组关联分析 数量性状位点 候选基因
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雪峰乌骨鸡白羽系体重、体尺、皮肤乌度的非遗传因素分析及其遗传力估计 被引量：4
3
作者 杨光 殷诗舒 +4 位作者 聂昂 何俊 郭松长 肖冰 曲湘勇 《中国家禽》 北大核心 2021年第12期21-25,共5页
为了建立雪峰乌骨鸡育种模型,应用SPSS中的GLM(一般线性模型)与R语言软件的hiblup包对雪峰乌骨鸡白羽系四个世代共5 457条记录进行了体重、体尺、皮肤乌度的非遗传因素分析及遗传力估计。结果显示:非遗传因素对雪峰乌骨鸡白羽系各性状... 为了建立雪峰乌骨鸡育种模型,应用SPSS中的GLM(一般线性模型)与R语言软件的hiblup包对雪峰乌骨鸡白羽系四个世代共5 457条记录进行了体重、体尺、皮肤乌度的非遗传因素分析及遗传力估计。结果显示:非遗传因素对雪峰乌骨鸡白羽系各性状有影响,主要体现在年度效应上;表型相关中,正相关最高为胫围与胫长(r=0.765),负相关最高为体斜长与胸宽(r=-0.405);遗传相关中,正相关最高为体重与胫长(r=0.636),负相关最高为体斜长与胸宽(r=-0.408);遗传力最高为龙骨长(0.516),其次为体重(0.330),其余性状指标遗传力在0.131~0.226之间。研究结果为雪峰乌骨鸡的遗传评定与遗传参数估计模型设计提供了参考依据。 展开更多
关键词 雪峰乌骨鸡 体尺性状 非遗传因素 遗传参数
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宁乡猪生长发育规律及生长曲线拟合分析
4
作者 周溪 郭海民 +5 位作者 杨芳 殷诗舒 曾青华 高宁 何俊 张跃博 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期254-261,共8页
为探究宁乡猪生长发育规律,本试验对200头宁乡猪(公母各半)35~248 d间的体重、体尺及背膘厚进行测定,并利用Logistic、Gompertz和Bertalanffy 3种非线性生长模型拟合生长曲线,使用最佳生长模型计算相对生长量(R)和绝对生长量(G),以及相... 为探究宁乡猪生长发育规律,本试验对200头宁乡猪(公母各半)35~248 d间的体重、体尺及背膘厚进行测定,并利用Logistic、Gompertz和Bertalanffy 3种非线性生长模型拟合生长曲线,使用最佳生长模型计算相对生长量(R)和绝对生长量(G),以及相应的最大生长速度拐点(Maximum Growth Rate Point,MGR)、“慢增期-快增期”拐点(Gradually Increasing Stage to Rapidly Increasing Stage,GRI)和“快增期-缓增期”拐点(Rapidly Increasing Stage to Slowly Increasing Stage,RSI)。结果显示:宁乡猪生长曲线为“S”型;Gompertz模型更符合宁乡猪生长过程中的体重变化,且最大日增重为481 g,GRI、MGR、RSI日龄分别为43.539、139.773、236.014 d;胸围的最优模型是Bertalanffy模型,而其余体尺指标和背膘厚的最优模型均为Logistic。生长发育规律分析发现,宁乡猪体重和体尺及背膘的发育不同步,体尺发育快于体重及背膘,体高最快到达平台期;宁乡猪在125~155 d时生长速度达到最大,随后生长速度逐渐下降。同时,宁乡猪在生长早期的相对生长率最高,随着日龄的增加逐渐降低,最后趋于平稳。对于同一日龄的公母猪进行分析,发现公母猪生长发育过程中部分阶段存在显著差异,但整体差异不显著。本研究探索了宁乡猪体重体尺及背膘厚增长的变化规律,分析了其生长发育特点和发育规律,为宁乡猪的饲养管理、选育及开发利用提供了实际参考。 展开更多
关键词 宁乡猪 生长规律 生长曲线 曲线拟合 拐点
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衰弱评估及其对老年胃癌手术临床结局影响的研究进展
5
作者 殷诗舒 李子建 +3 位作者 马福海 曹祥龙 骆紫衿 赵刚 《中华全科医师杂志》 2024年第5期532-536,共5页
衰弱是一种以生理储备下降和脆弱性增加为特点的非特异性状态,被广泛应用于评估老年患者术前状态。胃癌是全球常见的恶性肿瘤,老年患者日益增加,手术是可切除胃癌的首选治疗方式。老年患者因其功能下降,术后不良事件发生率高,准确评估... 衰弱是一种以生理储备下降和脆弱性增加为特点的非特异性状态,被广泛应用于评估老年患者术前状态。胃癌是全球常见的恶性肿瘤,老年患者日益增加,手术是可切除胃癌的首选治疗方式。老年患者因其功能下降,术后不良事件发生率高,准确评估患者术前状态有望提高其手术预后。文章就衰弱评估及对老年胃癌手术临床结局的影响展开综述,阐述了目前常见的几种衰弱评估工具及不同国家和地区选择的倾向性,总结了衰弱对术后病死率、并发症、生存质量及医疗花费的影响,发现衰弱可显著增加术后短期和长期死亡率、使Clavien-Dindo(CD)分级>2患者的并发症发生率显著增高,并降低术后生存质量,但其对癌症特异性生存期及医疗花费的影响暂不明确。 展开更多
关键词 老年人 胃肿瘤 衰弱
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初情期和初配日龄对丹系大白母猪头胎繁殖性能的影响
6
作者 郭海民 鲍恒 +4 位作者 殷诗舒 许拓 唐彤 袁金锋 何俊 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期92-97,共6页
收集515头丹系大白母猪的初情期和初配日龄以及繁殖性能(总产仔数、产活仔数、健仔数、弱仔数、死胎数、木乃伊数、畸形数和出生窝重)数据,按初情期(≤180 d、181~200 d、201~220 d、≥221 d)和初配日龄(≤240 d、241~270 d、≥271 d)... 收集515头丹系大白母猪的初情期和初配日龄以及繁殖性能(总产仔数、产活仔数、健仔数、弱仔数、死胎数、木乃伊数、畸形数和出生窝重)数据,按初情期(≤180 d、181~200 d、201~220 d、≥221 d)和初配日龄(≤240 d、241~270 d、≥271 d)进行分组,分析比较不同组丹系大白母猪头胎繁殖性能。结果表明:初情期≤180 d的丹系大白母猪的总产仔数、产活仔数、健仔数、出生窝重显著高于其他初情期母猪的,当初情期为201~220 d时,母猪的繁殖性能最低。初配日龄≤240 d的母猪头胎繁殖性能显著高于其他组的。丹系大白母猪初配日龄与初情期的相关系数为0.77(P<0.001),初配日龄与初情期呈显著正相关;初配日龄(Y)与初情期(X)的回归模型为Y=0.66X+104.48,决定系数R 2为0.592,说明初情期较早的丹系大白母猪头胎具有较好的繁殖性能;丹系大白母猪的初配日龄在210~240 d时,母猪初配繁殖性能好。在实际生产中可根据初情期信息,提前作好母猪初配计划,提高生产效率。 展开更多
关键词 丹系大白母猪 初情期 初配日龄 头胎繁殖性能
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宁乡猪FABPs、SLC13A5和NR1H4基因多态性及其与IMF含量的关联分析 被引量：2
7
作者 李艺阳 殷诗舒 +3 位作者 廖印长 徐康 张跃博 何俊 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期3737-3747,共11页
旨在研究宁乡猪FABPs、SLC13A5和NR1H4基因的多态性及其与肌内脂肪(IMF)含量的关联性。本试验采用PCR-RFLP和Sanger测序的方法对172头宁乡阉公猪FABPs、SLC13A5和NR1H4基因的多态性进行检测,并探究多态性与宁乡猪IMF含量的关联性。结果... 旨在研究宁乡猪FABPs、SLC13A5和NR1H4基因的多态性及其与肌内脂肪(IMF)含量的关联性。本试验采用PCR-RFLP和Sanger测序的方法对172头宁乡阉公猪FABPs、SLC13A5和NR1H4基因的多态性进行检测,并探究多态性与宁乡猪IMF含量的关联性。结果表明,宁乡猪H-FABP-HinfⅠ酶切位点存在多态性,其中Hh基因型个体的IMF含量最高,与HH、hh基因型个体的IMF含量差异极显著(P<0.01);H-FABP-HaeⅢ酶切只检测到DD和Dd两种基因型,Dd基因型个体的IMF含量极显著高于DD基因型个体(P<0.01);H-FABP基因的HinfⅠ和HaeⅢ多态性位点共形成3种单倍型和5种单倍型组合,其中单倍型组合HD/hd个体具有最佳的IMF含量。H-FABP的Msp I酶切结果及A-FABP基因测序结果显示,宁乡猪不存在多态现象;SLC13A5基因多态性位点g.50705299T/C和NR1H4基因多态性位点g.83607915G/A处不同基因型间IMF含量的差异均不显著(P>0.05)。综上所述,H-FABP基因HinfⅠ和HaeⅢ酶切位点多态性与宁乡猪IMF含量显著关联,其形成的单倍型组合HD/hd的IMF含量最高。以上结果可为宁乡猪IMF含量性状的早期分子选育提供参考。 展开更多
关键词 宁乡猪 FABPs SLC13A5 NR1H4 肌内脂肪
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关联分析数据并行计算与Meta分析模型的关系探讨
8
作者 殷诗舒 何俊 吴晓林 《生物数学学报》 2019年第2期273-281,共9页
本研究探讨了关联分析的数据并行计算方法及其与固定效应Meta分析之间的关系,同时采用计算机模拟方法,研究了两种方法在不同的遗传力、群体规模和数据分块情形下,对估计基因效应的方差和平方偏差的影响,结果表明:(1)用并行计算和固定效... 本研究探讨了关联分析的数据并行计算方法及其与固定效应Meta分析之间的关系,同时采用计算机模拟方法,研究了两种方法在不同的遗传力、群体规模和数据分块情形下,对估计基因效应的方差和平方偏差的影响,结果表明:(1)用并行计算和固定效应Meta分析方法所估计的基因效应具有很高的相关性(r>0.97),二者的差异主要是来源于Monte Carlo误差;(2)估计基因效应的方差和平方偏差在不同的遗传力和群体规模间的差异显著(p<0.05)或极显著(p<0.01):群体越大,遗传力越高,估计基因效应的方差和平方偏差就越小,其精确性和准确性也越高;(3)用极端小样本(N=50)估计基因效应,尽管方差小(精确度高),但是其平均偏差往往很大,所以估计值的准确度很差.当群体规模大于100时,所估计基因效应的方差和平方偏差的变化趋于平稳,二者均接近于零.但对于低遗传力性状(h^2≤0.1),预期有效估计基因效应的群体规模可能要远远大于这个数目. 展开更多
关键词 数据并行计算 META分析 全基因组关联分析 遗传力 群体规模
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CRISPR/Cas9基因编辑技术的研究进展 被引量：1
9
作者 殷诗舒 黄生强 《猪业科学》 2016年第11期108-109,共2页
随着科学的进步,基因编辑技术得到不断发展,从同源重组与第一代人工核酸内切酶(ZFN)到第二代内切酶转录激活因子样效应蛋白核酸酶(TALEN),再到如今出现的CRISPR/Cas9技术,基因编辑工具得到进一步的发展,降低了成本,简化了操作步骤,提高... 随着科学的进步,基因编辑技术得到不断发展,从同源重组与第一代人工核酸内切酶(ZFN)到第二代内切酶转录激活因子样效应蛋白核酸酶(TALEN),再到如今出现的CRISPR/Cas9技术,基因编辑工具得到进一步的发展,降低了成本,简化了操作步骤,提高了作用效率。该文简述了基因编辑技术的发展进程以及最新编辑技术CRISPR/Cas9的应用情况、问题和前景。 展开更多
关键词 基因编辑技术 CRISPR/Cas系统 CRISPR/Cas9 脱靶效应
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