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一种保存剂在血液储存及运输过程中对游离DNA丰度的稳定效果 被引量：5
1
作者 段利朋 郑海灵 +3 位作者 李维 吴书凌 祝兴强 陈洪亮 《检验医学与临床》 CAS 2017年第A02期25-29,共5页
目的 探究保存剂是否可以达到血液样品在常温储存以及运输中稳定有核细胞,维持血浆中游离DNA丰度的要求.方法 志愿者们分别使用 EDTA-K2和 Vangenes？Cell-Free DNA 采血管各采集一管血液进行常温保存测试,同时使用Streck？Cell-Free DN... 目的 探究保存剂是否可以达到血液样品在常温储存以及运输中稳定有核细胞,维持血浆中游离DNA丰度的要求.方法 志愿者们分别使用 EDTA-K2和 Vangenes？Cell-Free DNA 采血管各采集一管血液进行常温保存测试,同时使用Streck？Cell-Free DNA和Vangenes？Cell-Free DNA采血管各采集一管血液进行运输保存测试.然后,在特定时间点分离血浆并提取游离DNA,荧光定量检测游离DNA浓度.结果 在室温条件下,血液样品在Vangenes？Cell-Free DNA采血管保存14 d的游离DNA的拷贝数和0 d无显著差异.运输72 h内,Vangenes？Cell-Free DNA 采血管保存血液样品与Streck？Cell-Free DNA采血管效果一致,与0 d拷贝数均无显著差异;游离DNA的PCR扩增效率与0天基本一致.但是,运输7 d,保存剂对游离DNA的PCR扩增存在一定的抑制作用.结论 室温保存中,Vangenes？Cell-Free DNA 采血管可以稳定血液中的有核细胞,维持血浆游离DNA的丰度达到14 d;运输过程中,保存血液样品长达72 h.未来,Vangenes？Cell-Free DNA采血管可用于利用游离DNA丰度变化进行的检测. 展开更多
关键词 保存剂 游离DNA 运输 储存
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日本鳗鲡IFN-γ基因的鉴定、表达模式及启动子活性分析 被引量：5
2
作者 彭喜霞 黄贝 +4 位作者 段利朋 李春艳 梁英 聂品 黄文树 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期589-602,共14页
为揭示鱼类IFN-γ的生物学功能,研究从日本鳗鲡(Anguilla japonica)中克隆获得了IFN-γ基因,命名为Aj IFN-γ。Aj IFN-γ具有脊椎动物IFN-γ的典型特征:包括4外显子/3内含子的基因结构、C端的IFN-γ特征性氨基酸基序和1个核定位信号,以... 为揭示鱼类IFN-γ的生物学功能,研究从日本鳗鲡(Anguilla japonica)中克隆获得了IFN-γ基因,命名为Aj IFN-γ。Aj IFN-γ具有脊椎动物IFN-γ的典型特征:包括4外显子/3内含子的基因结构、C端的IFN-γ特征性氨基酸基序和1个核定位信号,以及6个α-螺旋反向平行构成的二级结构。Aj IFN-γ在日本鳗鲡所有组织中均低水平转录表达,其中肝脏中表达量最高,其次是皮肤和头肾。Poly I:C刺激和迟缓爱德华氏菌感染均可显著诱导Aj IFN-γ在鳃、头肾、体肾和(或)脾脏中的转录表达,表明Aj IFN-γ能够参与日本鳗鲡抗菌和抗病毒的免疫过程。此外,研究还克隆了Aj IFN-γ基因的5′调控区序列共1536 bp,并构建了一系列Aj IFN-γ5′调控区删节突变体,分析其启动子活性,结果表明,上游–240/+136区域中含有起始Aj IFN-γ转录的关键启动子调控元件,–1062/–814区域存在转录的正调控元件,而–1252/–1062区域存在转录的负调控元件。上述结果进一步丰富了鱼类IFN-γ的基础知识。 展开更多
关键词 IFN-Γ 日本鳗鲡 转录表达 启动子
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Vangenes Cell-Free DNA采血管与 Streck Cell-Free DNA采血管在无创产前检测应用中的效果比较
3
作者 段利朋 祝兴强 +3 位作者 徐欢 李维 郑海灵 陈洪亮 《医学检验与临床》 2018年第12期12-16,共5页
目的:比较Vangenes■Cell-Free DNA采血管和Streck■Cell-Free DNA 采血管对血液样品的运输保存效果.方法:通过静脉抽血, 18名志愿者分别使用Vangenes■Cell-Free DNA 采血管与Streck■Cell-Free DNA采血管各采集一管10mL血液.经过约50... 目的:比较Vangenes■Cell-Free DNA采血管和Streck■Cell-Free DNA 采血管对血液样品的运输保存效果.方法:通过静脉抽血, 18名志愿者分别使用Vangenes■Cell-Free DNA 采血管与Streck■Cell-Free DNA采血管各采集一管10mL血液.经过约50h运输样本回到实验室,进行血浆分离、游离DNA提取、构建文库、上机测序并进行建库浓度、测序数据的unique read counts、 GC%以及duplication值等分析.结果:经比较, Vangenes ?Cell-Free DNA采血管保存样品在血浆颜色、建库浓度以及测序数据的unique read counts、 GC%以及duplication值等达到了Streck■Cell-Free DNA 采血管保存样品相似的结果,二者不存在显著性差异.结论:在血液样品运输保存过程中, Vangenes■Cell-Free DNA采血管可有效阻止有核细胞破裂导致的基因组DNA对于游离DNA的污染,对于利用胎儿游离DNA进行的无创产前检测技术具有重要意义. 展开更多
关键词 移离DNA CELL-FREE DNA采血管 无创产前检测
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斜带石斑鱼干扰素调节因子8基因的鉴定与表达模式分析
4
作者 贾芹芹 黄贝 +4 位作者 熊静 段利朋 徐继松 聂品 黄文树 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期178-187,共10页
干扰素调节因子8(IRF8)是IRF家族转录因子中的一个成员.利用简并PCR和cDNA末端快速克隆(RACE)技术获得了斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)IRF8基因(EcIRF8)全长cDNA序列,其编码422个氨基酸残基的蛋白质,含有脊椎动物IRF家族的特征性结... 干扰素调节因子8(IRF8)是IRF家族转录因子中的一个成员.利用简并PCR和cDNA末端快速克隆(RACE)技术获得了斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)IRF8基因(EcIRF8)全长cDNA序列,其编码422个氨基酸残基的蛋白质,含有脊椎动物IRF家族的特征性结构域,即N端保守的DNA结合结构域(DBD)和C端多样化的干扰素调控因子结合结构域(IAD),其中DBD中包含5个特征性的色氨酸残基和1个核定位信号.与绝大多数脊椎动物的IRF8基因相似,EcIRF8基因组序列也是9个外显子和8个内含子的结构.EcIRF8在斜带石斑鱼肝脏中高水平表达.活体聚肌胞苷酸刺激后6h,EcIRF8在头肾、中肾、胸腺、肝脏和肠中的表达量显著上调(p<0.05),其中在中肾中上调幅度最大,是对照组的106倍;副溶血弧菌(Vibrio paraheamolyticus)刺激后24h,EcIRF8在肝脏中的表达量也显著上调(p<0.05),但上调倍数仅为对照组的9.37倍.结果表明,EcIRF8基因可能主要参与斜带石斑鱼的抗病毒免疫反应. 展开更多
关键词 干扰素调节因子8 斜带石斑鱼 活体聚肌胞苷酸
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拟穴青蟹两种新C-型凝集素基因的克隆与表达分析 被引量：12
5
作者 段利朋 黄贝 +3 位作者 周立红 梁英 聂品 黄文树 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期321-330,共10页
为研究拟穴青蟹(Scylla paramamosain)中C-型凝集素(C-lectin)的功能,从其肝胰腺中克隆获得全长858 bp和598 bp的两个C-型凝集素分子,分别命名为Sp-lectin3和Sp-lectin4,其推导的氨基酸序列含有信号肽和一个CRD,其中Sp-lectin4还具有糖... 为研究拟穴青蟹(Scylla paramamosain)中C-型凝集素(C-lectin)的功能,从其肝胰腺中克隆获得全长858 bp和598 bp的两个C-型凝集素分子,分别命名为Sp-lectin3和Sp-lectin4,其推导的氨基酸序列含有信号肽和一个CRD,其中Sp-lectin4还具有糖类结合的特征性基序"QPD"。Sp-lectin3和Sp-lectin4的开放阅读框分别由5个和4个外显子编码。在正常养殖青蟹的肝胰腺中该两个基因表达量最高,其次是射精管(Sp-lectin3)或肠(Sp-lectin4);除脑和储精囊外的所检测组织/器官中,Sp-lectin4表达量均高于Sp-lectin3。随着胚胎的发育,该两个基因表达量逐渐升高,峰期为溞状幼体,而大眼幼体期的表达量急剧下降,仔蟹期再回升;在胚胎发育阶段除囊胚期外,Sp-lectin4表达量极显著高于Sp-lectin3(P<0.01),相反,在胚后发育阶段除大眼幼体II期外,Sp-lectin3表达量却极显著高于Sp-lectin4(P<0.01)。副溶血弧菌(Vibrio parahemolyticus)人工感染,可诱导Sp-lectin3在储精囊和射精管中的表达,分别在感染后12h和6h显著上调(P<0.05);同时,可诱导Sp-lectin4在肝胰腺中的表达,并在感染后12h和18h显著上调(P<0.05)。结果表明,Sp-lectin3和Sp-lectin4可能参与拟穴青蟹的抗细菌感染免疫反应,Sp-lectin3侧重于生殖系统如射精管和储精囊中发挥作用,而Sp-lectin4侧重于在肝胰腺。 展开更多
关键词 拟穴青蟹 C-型凝集素 胚胎发育 副溶血弧菌
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