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基于LSTM和注意力机制的蛋白质-配体结合亲和力预测
1
作者
王伟
吴世玉
+5 位作者
刘栋
梁慧
茹
史进玲
周运
张红军
王鲜芳
《陕西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期76-84,共9页
蛋白质-配体的结合亲和力预测是药物重定位回归中具有挑战性的任务。深度学习方法可以有效预测蛋白质与配体相互作用的结合亲和力,减少药物发现的时间和成本。由此,基于长短期记忆模块(LSTM)和注意力机制模块(attention)提出了一种深度...
蛋白质-配体的结合亲和力预测是药物重定位回归中具有挑战性的任务。深度学习方法可以有效预测蛋白质与配体相互作用的结合亲和力,减少药物发现的时间和成本。由此,基于长短期记忆模块(LSTM)和注意力机制模块(attention)提出了一种深度卷积神经网络模型(DLLSA)。模型由嵌入LSTM和空间注意力模块(spatial-attention)的卷积网络并行模块构建,其中LSTM模块针对蛋白质-配体接触特征的长序列信息,spatial-attention注意力模块聚集接触特征局部信息。采用PDBbind(v.2020)数据集进行训练,CASF-2013和CASF-2016数据集进行验证,模型的皮尔逊相关系数相比于PLEC模型分别提高了0.6%和3%,实验结果显著优于其他相关方法。
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关键词
结合亲和力
卷积神经网络
注意力机制
评分功能
机器学习
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职称材料
应急柴油发电机组的建模与瞬态仿真
被引量：
3
2
作者
徐荣
梁慧
茹
王贺春
《内燃机》
2014年第3期7-10,14,共5页
建立了某柴油发电机组柴油机的瞬态仿真模型,在Matlab/Simulink仿真平台编制了仿真计算程序,根据核电站反应堆安全停堆的负荷特性,进行了柴油机突加负载瞬态仿真计算,预测了柴油机的转速、喷油量、进气压力以及齿条位置等参数的变化。...
建立了某柴油发电机组柴油机的瞬态仿真模型,在Matlab/Simulink仿真平台编制了仿真计算程序,根据核电站反应堆安全停堆的负荷特性,进行了柴油机突加负载瞬态仿真计算,预测了柴油机的转速、喷油量、进气压力以及齿条位置等参数的变化。将计算结果与国外某公司的计算结果进行了对比分析,验证了所建立仿真模型的准确性及实用性。
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关键词
柴油机
发电机组
瞬态
建模
仿真
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职称材料
核电厂支架设置简介
3
作者
梁慧
茹
石玉博
《科技视界》
2014年第12期257-257,310,共2页
管道支吊架的设置是核电厂管道设计重要组成部分,它对管道起支承、限位和固定作用,控制管系的受力及设备的受力,保证管道和设备长期安全运行。
关键词
支架
承受
荷载
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职称材料
题名
基于LSTM和注意力机制的蛋白质-配体结合亲和力预测
1
作者
王伟
吴世玉
刘栋
梁慧
茹
史进玲
周运
张红军
王鲜芳
机构
河南师范大学计算机与信息工程学院
河南省教育人工智能与个性化学习重点实验室
许昌学院国际教育学院
河南理工大学鹤壁工程技术学院
河南工学院计算机科学与技术学院
出处
《陕西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期76-84,共9页
基金
国家自然科学基金(62072157)
河南省科技攻关项目(242102211045,242102210001)
河南师范大学高性能计算中心项目。
文摘
蛋白质-配体的结合亲和力预测是药物重定位回归中具有挑战性的任务。深度学习方法可以有效预测蛋白质与配体相互作用的结合亲和力,减少药物发现的时间和成本。由此,基于长短期记忆模块(LSTM)和注意力机制模块(attention)提出了一种深度卷积神经网络模型(DLLSA)。模型由嵌入LSTM和空间注意力模块(spatial-attention)的卷积网络并行模块构建,其中LSTM模块针对蛋白质-配体接触特征的长序列信息,spatial-attention注意力模块聚集接触特征局部信息。采用PDBbind(v.2020)数据集进行训练,CASF-2013和CASF-2016数据集进行验证,模型的皮尔逊相关系数相比于PLEC模型分别提高了0.6%和3%,实验结果显著优于其他相关方法。
关键词
结合亲和力
卷积神经网络
注意力机制
评分功能
机器学习
Keywords
binding affinity
convolution neural network
attention mechanism
scoring function
machine learning
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
应急柴油发电机组的建模与瞬态仿真
被引量：
3
2
作者
徐荣
梁慧
茹
王贺春
机构
陕西柴油机重工有限公司
中国核电工程有限公司
哈尔滨工程大学
出处
《内燃机》
2014年第3期7-10,14,共5页
文摘
建立了某柴油发电机组柴油机的瞬态仿真模型,在Matlab/Simulink仿真平台编制了仿真计算程序,根据核电站反应堆安全停堆的负荷特性,进行了柴油机突加负载瞬态仿真计算,预测了柴油机的转速、喷油量、进气压力以及齿条位置等参数的变化。将计算结果与国外某公司的计算结果进行了对比分析,验证了所建立仿真模型的准确性及实用性。
关键词
柴油机
发电机组
瞬态
建模
仿真
Keywords
diesel engine
generator set
transient
modeling
simulation
分类号
TK422 [动力工程及工程热物理—动力机械及工程]
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职称材料
题名
核电厂支架设置简介
3
作者
梁慧
茹
石玉博
机构
中国核电工程有限公司
湖南核电有限公司
出处
《科技视界》
2014年第12期257-257,310,共2页
文摘
管道支吊架的设置是核电厂管道设计重要组成部分,它对管道起支承、限位和固定作用,控制管系的受力及设备的受力,保证管道和设备长期安全运行。
关键词
支架
承受
荷载
分类号
TD355.2 [矿业工程—矿井建设]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于LSTM和注意力机制的蛋白质-配体结合亲和力预测
王伟
吴世玉
刘栋
梁慧
茹
史进玲
周运
张红军
王鲜芳
《陕西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
应急柴油发电机组的建模与瞬态仿真
徐荣
梁慧
茹
王贺春
《内燃机》
2014
3
下载PDF
职称材料
3
核电厂支架设置简介
梁慧
茹
石玉博
《科技视界》
2014
0
下载PDF
职称材料
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