目的了解柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)总体的分子流行病学及时空进化规律。方法对美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)中2020年4月10日前提交的所有完整VP1序列进行分析。...目的了解柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)总体的分子流行病学及时空进化规律。方法对美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)中2020年4月10日前提交的所有完整VP1序列进行分析。采用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统进化树,采用贝叶斯因子法(Bayes factor,BF)分析平均碱基替换速率、最早共同祖先和起源进化,采用贝叶斯天际线图(Bayesian skyline plot,BSP)方法分析群体动态历史,采用EasyCodeML 1.2软件对不同序列集进行选择压力分析。结果1950—2018年CV-A10分为A~F共6个基因型,其中C基因型分为C1~C3基因亚型。CV-A10于1865[95%的最大密度置信区间(95%highest probability density interval,95%HPD interval):1818.82—1908.34]年起源于美国,约在1990年传播至中国大陆,2010—2018年在世界范围广泛传播。在2009年和2014年,CV-A10出现两次显著的种群扩张,且2018年后有效种群大小为98.79,显著高于以前。CV-A10每年的平均碱基替换速率为4.66×10^(-3)(95%HPD interval:3.97×10^(-3)~5.35×10^(-3))。2008年后,我国大陆的优势株为C3基因亚型毒株,该亚型毒株的起源可追溯到2006.19(95%HPD interval:2005.32—2006.99)年。筛选到6个位于VP1区的正选择压力位点,分别为140E、141E、220T、239E、282A和284T。结论本研究中CV-A10分为A~F型,C基因型分为C1~C3基因亚型。CV-A10起源于1865年的美国,曾出现两次种群扩张。筛选到的220T、239E、282A和284T可能与病毒进入及中和表位有关。展开更多
文摘目的了解柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)总体的分子流行病学及时空进化规律。方法对美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)中2020年4月10日前提交的所有完整VP1序列进行分析。采用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统进化树,采用贝叶斯因子法(Bayes factor,BF)分析平均碱基替换速率、最早共同祖先和起源进化,采用贝叶斯天际线图(Bayesian skyline plot,BSP)方法分析群体动态历史,采用EasyCodeML 1.2软件对不同序列集进行选择压力分析。结果1950—2018年CV-A10分为A~F共6个基因型,其中C基因型分为C1~C3基因亚型。CV-A10于1865[95%的最大密度置信区间(95%highest probability density interval,95%HPD interval):1818.82—1908.34]年起源于美国,约在1990年传播至中国大陆,2010—2018年在世界范围广泛传播。在2009年和2014年,CV-A10出现两次显著的种群扩张,且2018年后有效种群大小为98.79,显著高于以前。CV-A10每年的平均碱基替换速率为4.66×10^(-3)(95%HPD interval:3.97×10^(-3)~5.35×10^(-3))。2008年后,我国大陆的优势株为C3基因亚型毒株,该亚型毒株的起源可追溯到2006.19(95%HPD interval:2005.32—2006.99)年。筛选到6个位于VP1区的正选择压力位点,分别为140E、141E、220T、239E、282A和284T。结论本研究中CV-A10分为A~F型,C基因型分为C1~C3基因亚型。CV-A10起源于1865年的美国,曾出现两次种群扩张。筛选到的220T、239E、282A和284T可能与病毒进入及中和表位有关。
