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益气活血复方治疗硬皮病肺部炎症与纤维化的作用机制:基于生物信息学与网络药理学方法
1
作者 胡梦华 谭乔瑞 +7 位作者 濮伟霖 杜敏 屠文震 孙大燕 杨婧漪 顾逸飞 王久存 孔祥贞 《皮肤性病诊疗学杂志》 2024年第5期303-312,共10页
目的通过生物信息学与网络药理学方法鉴定益气活血复方(YQHX)治疗硬皮病肺部炎症与纤维化的有效成分和关键分子,为硬皮病药物靶点开发提供依据。方法利用一次性气管灌注方法,使用博莱霉素诱导建立肺纤维化小鼠模型。将24只小鼠随机分成... 目的通过生物信息学与网络药理学方法鉴定益气活血复方(YQHX)治疗硬皮病肺部炎症与纤维化的有效成分和关键分子,为硬皮病药物靶点开发提供依据。方法利用一次性气管灌注方法,使用博莱霉素诱导建立肺纤维化小鼠模型。将24只小鼠随机分成PBS对照组、博来霉素组、YQHX对照组、YQHX治疗组,每组6只,分别予以PBS或益气活血复方灌胃处理。利用HE染色、Masson染色方法验证YQHX对小鼠肺组织炎症及纤维化的治疗效果。从TCMSP数据库获取YQHX抗纤维成分丹参的活性成分及靶基因。整合PPI网络、GO/KEGG富集分析、分子对接等多种生物信息学分析,确定丹参治疗硬皮病的主要活性成分及关键靶点,分析相关信号通路。利用免疫组化分析小鼠肺组织标本中CD3抗体、p-PI3K抗体及p-AKT抗体表达情况,验证YQHX对炎症治疗及关键通路的影响。结果HE染色及Masson染色结果显示小鼠肺组织纤维化程度及炎症浸润下降,提示YQHX能够显著改善肺部纤维化、炎症及组织破坏程度。生物信息分析提示丹参中关键成分主要为木犀草素。PPI网络分析发现AKT1、EGFR、ESR1、TNF、IL6为丹参治疗硬皮病的核心靶点。KEGG富集发现基因主要富集在PI3K-AKT通路。分子对接分析发现木犀草素与4个关键靶点间存在潜在结合位点。免疫组化结果表明,YQHX显著降低博来霉素诱导的小鼠肺组织CD3+T细胞浸润、p-PI3K和p-AKT水平。结论YQHX对肺部炎症与纤维化具有显著的疗效。木犀草素可能是YQHX中关键有效分子,其可能通过靶向PI3K-AKT通路治疗硬皮病肺部炎症与纤维化。 展开更多
关键词 系统性硬化症 益气活血复方 丹参 肺纤维化 肺部炎症
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LEPREL1是特发性肺纤维化的潜在治疗靶点
2
作者 凡志婷 唐宇龙 +4 位作者 陈雅慧 孔祥贞 杨婧漪 王久存 姜帅 《复旦学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期257-267,275,I0002,共13页
为了寻找特发性肺纤维化(IPF)的潜在治疗靶点,从GEO获取IPF基因芯片数据,用R分析差异表达基因和通路;用STRING和Cytoscape筛选枢纽(HUB)基因;RNA-Seq和单细胞数据验证,肺纤维化小鼠实验验证,筛选具有相关性的基因,分析潜在通路。结果显... 为了寻找特发性肺纤维化(IPF)的潜在治疗靶点,从GEO获取IPF基因芯片数据,用R分析差异表达基因和通路;用STRING和Cytoscape筛选枢纽(HUB)基因;RNA-Seq和单细胞数据验证,肺纤维化小鼠实验验证,筛选具有相关性的基因,分析潜在通路。结果显示:基因芯片数据集GSE10667、GSE53845、GSE48149共116例样本,差异基因132个,主要富集在细胞外基质、胶原等通路。STRING和Cytoscape筛选HUB基因,主要为COL1A1、CXCL12、LEPREL1等基因,其中LEPREL1表达显著下调(GSE10667,P_(adj)=0.00096;GSE53845,P_(adj)=0.0001048;GSE48149,P_(adj)=0.01517)。LEPREL1在RNA-Seq数据集GSE92592(P_(adj)=0.0288)、GSE83717(P_(adj)=0.006268)、GSE150910(P_(adj)=1.9528e-30)中均显著下调;在单细胞数据(GSE135893)中主要在AT2细胞中表达并有下调趋势;在肺纤维化小鼠的RT-qPCR和IHC中也表达显著下调。差异表达基因中有81个与LEPREL1具相关性的基因,主要与细胞黏附、钙离子、胶原形成、Wnt等通路相关。IPF的差异基因主要富集在胶原和细胞外基质通路,且AT2细胞中下调的LEPREL1可能是其潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 生物信息学 特发性肺纤维化 LEPREL1
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基于数据库挖掘皮肤黑色素瘤微环境预后生物标志物
3
作者 陈心蕊 马彦云 +4 位作者 李金喜 张诗璇 杨婧漪 徐心茗 王久存 《上海医学》 CAS 2023年第12期809-823,共15页
目的 通过探索肿瘤微环境(TME)来确定与皮肤黑色素瘤(SKCM)预后生存相关基因,并进一步构建评估SKCM患者预后的风险预测模型。方法 根据癌症基因组图谱(TCGA)数据库和ESTIMATE算法计算SKCM患者的免疫评分和基质评分,筛选高分组与低分组... 目的 通过探索肿瘤微环境(TME)来确定与皮肤黑色素瘤(SKCM)预后生存相关基因,并进一步构建评估SKCM患者预后的风险预测模型。方法 根据癌症基因组图谱(TCGA)数据库和ESTIMATE算法计算SKCM患者的免疫评分和基质评分,筛选高分组与低分组之间的差异表达基因(DEG),并进一步通过功能富集分析、蛋白质相互作用网络(PPI)、生存分析和Lasso回归分析筛选预后显著相关基因,最终利用预后显著相关基因构建风险预测模型。结果 471例SKCM病例纳入本研究,根据免疫评分和基质评分的中位数,将236例评分≥中位数的患者纳入高分组,235例评分<中位数的患者纳入低分组。高免疫评分组和高基质评分组的中位生存时间分别显著长于低免疫评分组和低基质评分组(P值均<0.05)。Kaplan-Meier生存曲线显示,免疫评分、基质评分均与SKCM患者的生存时间呈正相关(P=0.000 11、0.046)。SKCM患者中高分组和低分组的基因表达数据分析结果显示,高分组和低分组具有不同的基因表达谱。基于免疫评分的结果显示,高分组有1 257个基因上调,20个基因下调[log2差异倍数(|log2(FC)|>1.5),P<0.05];基于基质评分的结果显示,高分组有876个基因上调,42个基因下调[|log2(FC)|>1.5,P<0.05]。免疫评分和基质评分进行基因集富集分析(GSEA),结果显示上调基因主要富集的基因组百科全书(KEGG)通路为细胞因子-细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号传导途径、NF-κB信号传导途径等,基因本体(GO)通路为免疫学突触、细胞因子产生的负向调节和正向调节、细胞杀伤等。韦恩图显示,有728个DEG在免疫评分和基质评分的高分组中表达上调,3个DEG在免疫评分和基质评分的高分组中表达下调,即一共731个基于不同评分筛选出的共有DEG。对731个共有DEG进行功能富集分析,结果显示共有DEG与免疫应答具有相关性;生存分析显示,共有599个(81.9%)基因 展开更多
关键词 皮肤黑色素瘤 癌症基因组图谱数据库 肿瘤微环境 预后
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基于蛋白质组学的三角帆蚌珍珠囊形成相关免疫因子研究 被引量：1
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作者 李文娟 杨婧漪 +4 位作者 冯上乐 李雪男 陈一格 申晓雅 白志毅 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期344-354,共11页
采用iTRAQ及生物信息分析技术研究三角帆蚌珍珠囊及外套膜外膜组织蛋白组学差异,共鉴定出1871个蛋白,其中显著性差异表达蛋白119个(P<0.05),包括上调蛋白74个,下调蛋白45个,与免疫相关的蛋白有37个,其中19个上调蛋白,18个为下调蛋白... 采用iTRAQ及生物信息分析技术研究三角帆蚌珍珠囊及外套膜外膜组织蛋白组学差异,共鉴定出1871个蛋白,其中显著性差异表达蛋白119个(P<0.05),包括上调蛋白74个,下调蛋白45个,与免疫相关的蛋白有37个,其中19个上调蛋白,18个为下调蛋白,主要富集于Notch、Hippo、NF-κB、TGF-β等信号通路,参与免疫球蛋白、凋亡、损伤愈合以及炎症反应。上调蛋白中的MRC1、LBP、EPX、FcGBP以及下调蛋白中的CD109、CNN3、NOTCH3、LAMB2等在外套膜插核后5和20 d的插核组织及50和90 d的珍珠囊组织的蛋白水平和mRNA表达水平趋势相同,推测珍珠囊形成过程中贝类通过这些差异表达蛋白调节细胞免疫以及炎性反应,并促进移植小片和外套膜愈合形成珍珠囊的过程。研究结果为理解三角帆蚌插核引起的免疫提供了蛋白水平的基础资料。 展开更多
关键词 三角帆蚌 珍珠囊 外套膜外膜 蛋白组学 差异蛋白筛选 免疫相关因子
原文传递
ARTP诱变对三角帆蚌外套膜细胞生长活性及其生物矿化相关因子的影响
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作者 陆阿利 曹玉香 +3 位作者 李文娟 施志仪 夏煌慧 杨婧漪 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期341-351,共11页
为获取高活力的外套膜细胞,研究通过常压室温等离子体(Atmospheric and room temperature plasma,ARTP)诱变和流式细胞术等技术分析了不同诱变气量组(10、12和15 SLM组)和处理时间对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)体外培养的外套膜细胞... 为获取高活力的外套膜细胞,研究通过常压室温等离子体(Atmospheric and room temperature plasma,ARTP)诱变和流式细胞术等技术分析了不同诱变气量组(10、12和15 SLM组)和处理时间对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)体外培养的外套膜细胞的细胞活性及生物矿化相关功能的影响。结果表明:ARTP诱变360—900s能显著升高各组三角帆蚌外套膜细胞活力,且在900s时达到最大值(P<0.05);渗透压稳定剂的添加,显著提高了诱变过程中12和15 SLM组在360—900s作用时间下的细胞活力(P<0.05),其中12 SLM组外套膜细胞增殖指数显著上升至最大值(P<0.05);诱变后细胞体外培养24h时结果显示,12 SLM组720s的外套膜细胞活力显著达到最高(P<0.05);15 SLM组(诱变时间为720s,下同)SOD活力随着诱变气量的增大呈显著下降趋势,且在15 SLM组显著降至最低水平(P<0.05),相反,微核率在15 SLM组达到最大值;生物矿化分析表明,外套膜细胞Ca^(2+)的浓度、生物矿化相关的关键酶(碳酸酐酶、碱性磷酸酶)和钙调蛋白基因(Calmodulin,CAM)基因均在12 SLM组达到最大值(P<0.05),而EFCB1(EF-hand calcium-binding domain-containing protein 1)基因结果显示在10 SLM组达到最大值(P<0.05),12 SLM次之;以上分析表明,氦气诱变在气量为12 SLM,处理720s时与渗透压稳定剂连用对外套膜细胞活性及其他生物学活性影响最为显著,暗示氦气诱变可有效作用于外套膜细胞的离体培养,为三角帆蚌建立细胞系提供生物学基础与新思路。 展开更多
关键词 三角帆蚌 外套膜 ARTP 诱变 生长活性 生物矿化
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