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PCR-DGGE法在慢性胃炎病人舌苔菌群结构研究中的应用 被引量：20
1
作者 张红琳 田凯旋 +3 位作者 周东蕊 杜彩贺 张仁敏 陆祖宏 《生命科学研究》 CAS CSCD 2011年第2期125-128,共4页
在早间未刷牙和进食的情况下,刮取胃炎病人与正常人舌苔,去除杂质,分离菌体,采用酚/氯仿法抽提细菌基因组DNA,并对其中16S rDNA V3可变区进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和变性梯度凝胶电泳(DGGE)测定.用Bionumerics软件对DGGE分子指纹图... 在早间未刷牙和进食的情况下,刮取胃炎病人与正常人舌苔,去除杂质,分离菌体,采用酚/氯仿法抽提细菌基因组DNA,并对其中16S rDNA V3可变区进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和变性梯度凝胶电泳(DGGE)测定.用Bionumerics软件对DGGE分子指纹图谱进行舌苔菌群结构相似性分析.实验结果表明,采用该方法成功地扩增出16S rDNA V3区片段,为230 bp.DGGE分子指纹图谱结果表明,正常人的舌苔菌群最高相似性为0.74,胃炎病人的舌苔菌群的最高相似性为0.52,正常人的舌苔菌群与胃炎病人的舌苔菌群相似性最高为0.38,即胃炎病人舌苔菌群结构发生了变化. 展开更多
关键词 胃炎 舌苔 16SrDNA 菌群结构
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肺癌患者不同舌苔类型菌群结构分析 被引量：20
2
作者 肖飞 周东蕊 +5 位作者 徐征 丁以艳 杜彩贺 毛胜勇 吴承玉 陆祖宏 《南京晓庄学院学报》 2010年第6期4-7,共4页
中医舌苔类型是中医诊断重要组成部分,中医舌苔形成机制复杂,其中舌苔菌群结构是影响舌苔形成的重要影响因素.该项研究收集肺癌病人不同舌苔类型样本,采用变性梯度凝胶电泳技术进行分子生物学分析,结果发现相同舌苔类型的不同样本之间... 中医舌苔类型是中医诊断重要组成部分,中医舌苔形成机制复杂,其中舌苔菌群结构是影响舌苔形成的重要影响因素.该项研究收集肺癌病人不同舌苔类型样本,采用变性梯度凝胶电泳技术进行分子生物学分析,结果发现相同舌苔类型的不同样本之间有较高的相似性,提示舌苔类型与菌群结构相关,分析与鉴定菌群的组成可促进中医诊断标准化. 展开更多
关键词 中医舌苔类型 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 菌群结构
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2型糖尿病小鼠食道菌群的结构分析 被引量：9
3
作者 胡芳 魏婷婷 +4 位作者 杜彩贺 周东蕊 张仁敏 张红琳 陆祖宏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期972-979,共8页
人体内庞大的微生物群体对人体有着巨大的影响.越来越多的数据表明,肠道菌群与肥胖症、糖尿病等代谢性疾病的发生密切相关.食道菌群结构对研究胃肠道及整个消化系统菌群结构至关重要.针对10只2型糖尿病模型小鼠及10只正常对照小鼠食道样... 人体内庞大的微生物群体对人体有着巨大的影响.越来越多的数据表明,肠道菌群与肥胖症、糖尿病等代谢性疾病的发生密切相关.食道菌群结构对研究胃肠道及整个消化系统菌群结构至关重要.针对10只2型糖尿病模型小鼠及10只正常对照小鼠食道样本,进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)和克隆测序分析食道菌群结构.结果发现,实验组小鼠与对照组小鼠食道菌群多样性指数与丰富度指数存在显著差异,均匀度指数无显著差异.说明正常小鼠较2型糖尿病小鼠食道菌群种类及数量较大,优势菌种类及相对含量相似.测序结果显示,正常小鼠食道内含乳杆菌属细菌,而患病小鼠食道内不含乳杆菌属细菌或含量极低.提示乳杆菌属细菌与2型糖尿病密切相关,实验结果对研究糖尿病发病机理及并发症治疗有重要意义. 展开更多
关键词 2型糖尿病 BKS-DB小鼠 食道菌群结构 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
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PCR-DGGE指纹图谱技术分析2型糖尿病模型小鼠胃微生物菌群结构 被引量：6
4
作者 杜彩贺 胡芳 +4 位作者 魏婷婷 张仁敏 张红琳 周东蕊 陆祖宏 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期25-31,共7页
糖尿病患者多出现胃肠道功能紊乱,如急性胃炎、胃溃疡,以及胃动力低下,胃排空延迟、胃内细菌过度滋长等,进一步导致肠道疾病。研究糖尿病胃内容物菌群结构变化对研究糖尿病发病机理及并发症治疗具有重要意义。该项研究采用变性梯度凝胶... 糖尿病患者多出现胃肠道功能紊乱,如急性胃炎、胃溃疡,以及胃动力低下,胃排空延迟、胃内细菌过度滋长等,进一步导致肠道疾病。研究糖尿病胃内容物菌群结构变化对研究糖尿病发病机理及并发症治疗具有重要意义。该项研究采用变性梯度凝胶电泳技术,对10只2型糖尿病模型小鼠及10只正常对照小鼠进行胃内容物和粘膜样本菌群结构研究。结果表明,实验组小鼠与对照组小鼠胃内容物和粘膜菌群条带数、多样性指数、丰富度指数、均匀度指数与优势度指数均无显著差异,且相似度系数差异不明显。而特异条带测序结果显示正常小鼠胃内含乳杆菌,实验组小鼠胃内乳杆菌含量很低甚至检测不到。提示胃内乳杆菌与2型糖尿病密切相关。 展开更多
关键词 2型糖尿病 小鼠 胃微生物 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
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肠道菌群结构多样性初筛研究 被引量：5
5
作者 杜彩贺 周东蕊 +3 位作者 肖飞 张仁敏 魏婷婷 胡芳 《南京晓庄学院学报》 2010年第3期67-70,共4页
目的:探讨研究肠道菌群结构的初筛方法,为进行有效、高质量的高通量测序奠定基础.方法:用粪便采样器采集健康儿童粪便进行粪便标本预处理后,采用酚—氯仿方法提取样本菌群基因组DNA,并进行16S rDNAV3区片段PCR扩增,扩增产物用变性梯度... 目的:探讨研究肠道菌群结构的初筛方法,为进行有效、高质量的高通量测序奠定基础.方法:用粪便采样器采集健康儿童粪便进行粪便标本预处理后,采用酚—氯仿方法提取样本菌群基因组DNA,并进行16S rDNAV3区片段PCR扩增,扩增产物用变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)检测分析.结果:采用该方法成功地扩增出16S rDNA V3区230bp的片段,经DGGE的方法可以比较出不同儿童粪便样本菌群结构的不同.结论:基于16S rDNA V3区的PCR-DGGE技术能够应用于研究肠道微生物多样性,对于肠道微生物的研究起到了初筛的作用. 展开更多
关键词 16S RDNA PCR 变性梯度凝胶电泳
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2型糖尿病BKS-DB小鼠的小肠菌群结构差异性分析 被引量：4
6
作者 韦婷 胡芳 +5 位作者 张红琳 魏婷婷 杜彩贺 周东蕊 章爱娣 陆祖宏 《生命科学研究》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期483-488,共6页
研究肠道中的微生物群落与糖尿病之间的关系,对于预防治疗糖尿病具有十分重要的意义.以10只2型糖尿病小鼠和10只健康小鼠为对象,通过PCR-DGGE(polymerase chain reaction-denaturing gradient geleletrophoresis)分子技术分析小鼠小肠... 研究肠道中的微生物群落与糖尿病之间的关系,对于预防治疗糖尿病具有十分重要的意义.以10只2型糖尿病小鼠和10只健康小鼠为对象,通过PCR-DGGE(polymerase chain reaction-denaturing gradient geleletrophoresis)分子技术分析小鼠小肠菌群结构.实验结果显示,实验组小鼠与对照组小鼠在多样性指数、丰富度指数及优势度指数上存在差异,对照组小鼠小肠内容物的菌群种类及数量明显高于实验组小鼠;而两组小鼠的小肠内容物的优势菌种类及相对含量却相似.特异性条带测序结果显示,正常小鼠小肠内含有乳杆菌,而实验组小鼠小肠内含量很低,甚至检测不到.该结果提示了乳杆菌和2型糖尿病之间的关系. 展开更多
关键词 2型糖尿病 BKS-DB小鼠 小肠菌群结构 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
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应用PCR-DGGE技术分析BKS-2型糖尿病模型小鼠盲肠内容物微生物菌群结构 被引量：4
7
作者 魏婷婷 胡芳 +4 位作者 杜彩贺 张仁敏 周东蕊 张红琳 陆祖宏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期146-151,共6页
通过对BKS-DB 2型糖尿病小鼠盲肠内容物微生物群落结构的分析,探讨基因突变模型鼠肠道微生物群落与糖尿病发生的相关性。提取BKS-DB 2型糖尿病小鼠与同窝对照小鼠盲肠内容物细菌总DNA,PCR扩增16S rRNA基因V3区,DGGE方法检测扩增产物,并... 通过对BKS-DB 2型糖尿病小鼠盲肠内容物微生物群落结构的分析,探讨基因突变模型鼠肠道微生物群落与糖尿病发生的相关性。提取BKS-DB 2型糖尿病小鼠与同窝对照小鼠盲肠内容物细菌总DNA,PCR扩增16S rRNA基因V3区,DGGE方法检测扩增产物,并挑选特异条带测序,对图谱作UPGAMA聚类分析,运用SPSS软件分析多样性。结果显示,UPGAMA聚类分析表明,对照组样本之间相似度0.66-0.91,糖尿病组样本之间相似度0.61-0.88,两组之间最高相似度为0.51。特异性条带测序后经比对与Parabacteroides菌属亲缘关系最近。SPSS统计分析糖尿病组和健康对照组小鼠的DGGE条带数、多样性指数(H’)、丰富度(R)和优势度(D)的差异性显著,具有统计学意义(P<0.05)。糖尿病组小鼠与对照组小鼠的盲肠内容物微生物群落多样性存在差异,糖尿病对肠道微生物的多样性有影响。 展开更多
关键词 2型糖尿病 BKS-DB2小鼠 盲肠内容物菌群结构 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
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PCR-DGGE技术分析孤独症家庭成员肠道菌群结构 被引量：3
8
作者 张仁敏 周东蕊 +4 位作者 宋媛 杜彩贺 魏婷婷 胡芳 陆祖宏 《南京晓庄学院学报》 2010年第6期66-69,共4页
目的应用PCR-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis,变性梯度凝胶电泳)技术对孤独症家庭成员肠道微生物菌群结构进行研究.材料和方法提取粪便细菌总基因组DNA,PCR扩增细菌16S rDNA基因V3可变区,DGGE方法检测PCR产物.结果建立... 目的应用PCR-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis,变性梯度凝胶电泳)技术对孤独症家庭成员肠道微生物菌群结构进行研究.材料和方法提取粪便细菌总基因组DNA,PCR扩增细菌16S rDNA基因V3可变区,DGGE方法检测PCR产物.结果建立了孤独症家庭成员肠道菌群组成的DGGE指纹图谱,分析结果显示孤独症儿童肠道菌群结构的相似度为0.42-0.65,家庭内孤独症儿童与父母之间的相似度为0.42-0.68.结论 PCR-DGGE技术是一种快速有效的用于分析研究人体肠道菌群结构的技术.孤独症儿童肠道菌群结构与父母的相似度较高,提示生活环境对肠道菌群的组成有影响. 展开更多
关键词 PCR-DGGE 孤独症 肠道菌群 16S RDNA
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脆性X染色体综合征的临床检测方法研究
9
作者 魏婷婷 周东蕊 +4 位作者 张红琳 付文忠 张仁敏 杜彩贺 胡芳 《南京晓庄学院学报》 2011年第3期63-66,共4页
目的是建立一种简便、快捷的脆性X染色体综合征的临床检测方法.在常规PCR的基础上,采用热启动法,同时加入PCR增强剂Btaine、DMSO,对20例表型正常人群外周血样本进行FMR1基因(CGG)n重复序列检测.结果表明,改良后的FMR1基因PCR扩增技术能... 目的是建立一种简便、快捷的脆性X染色体综合征的临床检测方法.在常规PCR的基础上,采用热启动法,同时加入PCR增强剂Btaine、DMSO,对20例表型正常人群外周血样本进行FMR1基因(CGG)n重复序列检测.结果表明,改良后的FMR1基因PCR扩增技术能够高效扩增CG富集区,采用该方法我们检测了20例外周血样本均获得目标片段,PCR扩增产物片段长度400～500bp(相当于n=20～53).因此,该方法简便、快速、经济而且重复性好,可用于群体普查和门诊快速筛查脆性X染色体综合征. 展开更多
关键词 脆性X染色体综合征 FMR1基因 CGG重复序列 PCR
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