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整合WGNCA和PPI网络鉴定口腔鳞状细胞癌的关键基因
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作者 李锦存 翟堃 +3 位作者 胡晨 刘絮影 马兴平 马坚 《中国口腔颌面外科杂志》 CAS 2024年第2期128-136,共9页
目的:应用生物信息技术筛查与口腔鳞状细胞癌(OSCC)相关的重要生物标志物。方法:从GEO数据库获取OSCC基因表达谱,鉴定出差异表达基因(DEGs)。利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得与OSCC关系最密切模块中的核心基因并与DEGs取交集。... 目的:应用生物信息技术筛查与口腔鳞状细胞癌(OSCC)相关的重要生物标志物。方法:从GEO数据库获取OSCC基因表达谱,鉴定出差异表达基因(DEGs)。利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得与OSCC关系最密切模块中的核心基因并与DEGs取交集。对重叠DEGs进行通路分析及蛋白网络分析(PPI),以CytoHubba提取候选关键基因,通过生存分析确定关键基因,验证其在OSCC中的表达,进一步探索关键基因在OSCC中与免疫浸润细胞、免疫检查点之间的关系。采用GraphPad Prism 8软件进行统计学分析。结果:共鉴定出53个共DEGs,富集分析其主要参与细胞外基质、细胞外区域、PI3K-Akt等通路。从PPI网络中鉴定20个候选核心基因,通过生存分析确定5个(SERPINE1、SERPINH1、LAMC2、ITGA5和ITGA3)与OSCC总生存期相关的基因作为关键基因(P<0.05)。通过GEPIA、GSE30784数据从基因水平证明这5个基因在OSCC组织中存在差异表达(P<0.05),通过HPA数据库发现SERPINE1在OSCC的蛋白水平上不表达,SERPINH1、LAMC2、ITGA5和ITGA3高表达。另外,5个关键基因与CD8+T细胞、树突状细胞等免疫浸润细胞和CD276、VEGFA、PDCD1等免疫检查点明显相关(P<0.05)。结论:SERPINE1、SERPINH1、LAMC2、ITGA5、ITGA3可视为OSCC的生物标志物,其为OSCC的诊断、预后及治疗提供了新的视野。 展开更多
关键词 加权基因共表达网络分析 口腔鳞状细胞癌 生存分析 关键基因 免疫浸润
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转录组测序筛选口腔鳞状细胞癌中差异表达环状RNA
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作者 翟堃 刘絮影 +5 位作者 李锦存 胡晨 于丽丽 樊美荣 黄永清 马坚 《医学信息》 2024年第12期1-6,共6页
目的利用转录组测序技术对口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织进行测序,筛选OSCC中差异表达的环状RNA(circRNA),并探讨可能与OSCC相关的信号通路。方法收集3对OSCC患者的癌及癌旁正常组织,提取总RNA,构建circRNA文库,对其进行转录组测序,获得circ... 目的利用转录组测序技术对口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织进行测序,筛选OSCC中差异表达的环状RNA(circRNA),并探讨可能与OSCC相关的信号通路。方法收集3对OSCC患者的癌及癌旁正常组织,提取总RNA,构建circRNA文库,对其进行转录组测序,获得circRNA表达谱,筛选差异表达circRNA并进行GO和KEGG分析;构建ceRNA网络,分析预测circRNA在OSCC中的作用,并利用cytoscape软件对网络进行可视化。结果本研究鉴定出了差异表达的circRNA281个,上调的有33个,下调的有248个。GO富集分析中主要参与细胞器组织的调节、GTP酶活性的调节;细胞组分主要在锚定连接、P小体;分子功能在核苷三磷酸酶调节活性、GTPase激活剂活性等生物学过程;KEGG主要富集在肌动蛋白细胞骨架的调节、调节干细胞多能性的信号通路、ErbB信号通路、细胞粘附连接等通路。最终筛选出7个差异表达的circRNA、2个差异表达的miRNA和3个差异表达的mRNA。结论通过转录组测序鉴定出口腔鳞状细胞癌circRNA几乎全部为的外显子circRNA,主要富集在肌动蛋白细胞骨架的调节、GTP酶活性的调节等通路。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 环状RNA 转录组测序
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RNA测序联合生物信息学识别口腔鳞状细胞癌的关键基因
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作者 李锦存 罗庆 +2 位作者 翟堃 胡晨 马坚 《现代医药卫生》 2023年第15期2530-2538,共9页
目的采用RNA测序联合生物信息学分析寻找与口腔鳞状细胞癌(OSCC)预后相关的基因。方法收集2019年2-10月宁夏医科大学总医院口腔颌面外科收治的3例OSCC患者的癌及癌旁组织,分别提取RNA并构建DNA文库,进行Illumina高通量测序,整合数据筛... 目的采用RNA测序联合生物信息学分析寻找与口腔鳞状细胞癌(OSCC)预后相关的基因。方法收集2019年2-10月宁夏医科大学总医院口腔颌面外科收治的3例OSCC患者的癌及癌旁组织,分别提取RNA并构建DNA文库,进行Illumina高通量测序,整合数据筛选出差异表达基因(DEGs)。对其进行生物学过程、信号通路及互作网络分析,进行可视化和模块分析。利用TCGA数据库对得分最高的模块基因生存分析鉴定出候选基因,进一步采用GSE41613数据集对候选基因生存分析筛选出关键基因;人类蛋白质图谱数据库评估关键基因在OSCC中的蛋白表达。用基因集富集分析(GSEA网站)预测关键基因在OSCC中可能调控的信号通路。结果通过3对OSCC组织RNA测序数据识别出1818个DEGs,其中上调基因824个,下调基因994个,其主要富集有丝分裂核分裂、细胞外区域、钙信号通路等。TCGA数据鉴定出3个候选基因ASPM、CENPF和KIF15;通过对GSE41613数据生存分析确定CENPF作为OSCC的关键基因。CENPF在OSCC组织中表达量明显升高,差异有统计学意义(P<0.05)。CENPF表达量较高的OSCC预后较差,差异有统计学意义(P<0.05);OSCC中CENPF蛋白表达较高,CENPF高表达者存在基础转录因子和细胞周期等多个通路基因集的富集,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论转录测序共鉴定出1818个DEGs,其中CENPF在OSCC中表达量较高时其预后较差,其可能与OSCC的发生、发展及预后相关。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 计算生物学 差异表达基因 RNA测序 CENPF
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