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探讨肌内效贴联合手法淋巴引流综合疗法对下肢淋巴水肿患者的疗效 被引量：10
1
作者 毛朝琴 周国俊 +3 位作者 冯彦超 李文菠 应伟 冷政伟 《川北医学院学报》 CAS 2020年第6期1025-1028,共4页
目的:探讨肌内效贴联合手法淋巴引流综合疗法对下肢淋巴水肿患者的疗效。方法:70例下肢淋巴水肿患者分为观察组和对照组,每组各35例。对照组采用常规手法淋巴引流综合疗法,观察组在对照组的基础上加肌内效贴治疗。治疗30 d后,通过检测... 目的:探讨肌内效贴联合手法淋巴引流综合疗法对下肢淋巴水肿患者的疗效。方法:70例下肢淋巴水肿患者分为观察组和对照组,每组各35例。对照组采用常规手法淋巴引流综合疗法,观察组在对照组的基础上加肌内效贴治疗。治疗30 d后,通过检测细胞外液水肿程度、下肢疼痛状况、肢体围度周径大小、睡眠状况、下肢运动功能状况和生活质量等来评估最终疗效。结果:1个疗程治疗后,两组患者下肢情况均有所好转,组织水肿程度及疼痛明显减轻(P<0.05),患肢周径明显缩小(P<0.05),睡眠、运动功能和生活质量明显改善(P<0.05),且观察组更明显(P<0.05)。结论:下肢淋巴水肿患者接受手法淋巴引流综合疗法配合肌内效贴治疗后,能更有效地促进淋巴回流,减轻肿胀和疼痛,有利于下肢运动功能进一步恢复和病人睡眠和生活质量的提高。 展开更多
关键词 下肢淋巴水肿 肌内效贴 淋巴引流 生活质量
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基于生物信息学研究肝癌发生相关基因及其功能 被引量：6
2
作者 周国俊 应伟 +6 位作者 李文菠 冯彦超 吴妮莎 黄理政 雷蕾 侍琳 冷政伟 《中华肝脏外科手术学电子杂志》 CAS 2020年第5期488-492,共5页
目的基于生物信息学探讨肝细胞癌(肝癌)发生相关基因及其功能。方法从公共基因数据库GEO筛选并下载肝癌组织及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具和Venn图网站筛选出差异表达基因(DEGs)。对筛选出来的DEGs在DAVID网站进行基因本体(GO)... 目的基于生物信息学探讨肝细胞癌(肝癌)发生相关基因及其功能。方法从公共基因数据库GEO筛选并下载肝癌组织及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具和Venn图网站筛选出差异表达基因(DEGs)。对筛选出来的DEGs在DAVID网站进行基因本体(GO)功能分析和KEGG通路富集分析,再用STRING网站及Cytscape软件进行蛋白-蛋白相互作用网络分析并筛选出核心DEGs,最后将核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析,筛选出与预后相关的DEGs。将与预后相关且在肝癌组织中高表达的DEGs经metascape网站进行GO功能及KEGG通路富集分析,分析与肝癌发生、发展相关的重要基因及其功能。结果从3个基因芯片GSE60502、GSE14520、GSE45267共筛选出DEGs 124个。GO功能、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytscape软件分析后筛选出22个核心DEGs,11个基因与肝癌预后相关,其中9个基因在肝癌组织中高表达,包括GINS1、AURKA、NUSAP1、TOP2A、ASPM、RRM2、PRC1、RACGAP1、GMNN。metascape网站及KEGG通路富集分析发现,高表达基因涉及细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变。结论基于生物信息学分析发现9个基因是肝细胞癌发生、发展的重要基因,参与细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变过程。 展开更多
关键词 癌 肝细胞 生物信息学 基因
原文传递
应用生物信息学分析筛选肝细胞癌关键基因及表达验证 被引量：2
3
作者 王何斌 刘德钦 +6 位作者 杨茂辉 应伟 周国俊 冯彦超 钟晓蓉 李文菠 冷政伟 《中国普外基础与临床杂志》 CAS 2021年第6期743-750,共8页
目的通过对肝细胞癌关键基因的筛选从而探讨其在肝细胞癌中的临床意义及可能的潜在机制。方法从GEO数据库中获取肝细胞癌基因芯片,通过GEO2R在线工具及Venn图筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物学信息注... 目的通过对肝细胞癌关键基因的筛选从而探讨其在肝细胞癌中的临床意义及可能的潜在机制。方法从GEO数据库中获取肝细胞癌基因芯片,通过GEO2R在线工具及Venn图筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物学信息注释数据库(DAVID)进行GO分析和KEGG通路分析,应用STRING及Cytscape软件筛选出核心基因,将核心基因通过Kaplan-Meier Plotter数据库进行生存分析,再通过GEPIA数据库进行表达量分析,将与预后相关且在肝细胞癌中高表达的核心基因经基因富集分析在线工具Metascape进行功能及通路富集分析,最后将关键基因在所选取的临床病例的肝细胞癌及其癌旁组织中进行验证。结果从GEO数据库获取了符合要求的3个基因芯片GSE14520、GSE60502和GSE102079,共筛选出DEGs94个。对筛选出的DEGs通过上述相应分析后,筛选出19个核心DEGs,将19个核心DEGs通过Kaplan-Meier Plotter生存分析后,发现有9个基因即核糖核苷酸还原酶调节亚基M2(RRM2)、多梳抑制复合物1(PRC1)、DNA拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)、极光激酶A(AURKA)、核仁和纺锤体相关蛋白1(NUSAP1)、Rac-GTPase激活蛋白1(RACGAP1)、纺锤体微管组装因子(ASPM)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)和GINS复合体1(GINS1)与肝细胞癌的预后相关(P<0.05)。将这9个基因通过GEPIA数据库进行表达量分析,结果9个基因均在肝细胞癌组织中高表达(P<0.05)。通过Metascape在线分析工具将9个高表达基因进行功能及通路富集分析。选取RRM2在肝细胞癌组织和癌旁组织中进行验证,发现RRM2在肝细胞癌组织中的染色评分为(10.9±1.5)分,明显高于其在癌旁组织中的染色评分[(4.5±1.2)分],P<0.001。结论通过生物信息学方法分析得出的9个基因可能是肝细胞癌发生发展的关键基因,可为进一步研究肝细胞癌的发生机制、诊断及治疗提供参考。 展开更多
关键词 肝细胞癌 生物信息学分析 关键基因
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肝细胞癌发生发展关键基因及其功能的生物信息学分析 被引量：6
4
作者 李文菠 孙成杰 +7 位作者 周国俊 应伟 冯彦超 黄婷 侍琳 黄理政 李健水 冷政伟 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期32-43,共12页
背景与目的:肝细胞癌(HCC)是常见的原发性肝癌,其预后较差。基因的激活与失活可促进HCC的发生发展。本研究基于生物信息学HCC发生发展的关键基因及功能并进行临床样本表达验证。方法:从公共基因GEO数据库中筛选HCC及癌旁组织基因芯片,通... 背景与目的:肝细胞癌(HCC)是常见的原发性肝癌,其预后较差。基因的激活与失活可促进HCC的发生发展。本研究基于生物信息学HCC发生发展的关键基因及功能并进行临床样本表达验证。方法:从公共基因GEO数据库中筛选HCC及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具及Venn图筛选出差异表达基因(DEGs),对筛选出来的DEGs用DAVID网站进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,再用STRING网站及Cytscape软件对DEGs进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析并筛选出核心DEGs,将核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析,筛选出与预后相关的DEGs,将与预后相关的DEGs用GEPIA网站进行表达量分析,得到在HCC和癌旁组织中的差异表达情况;将与预后相关且在HCC中高表达的DEGs经Metascape网站进行功能及富集通路分析,得到与HCC发生发展有关的关键基因,最后选取关键基因在HCC和癌旁组织标本中进行表达验证。结果:从GEO数据库下载的符合要求的3个基因芯片(GSE14520,GSE41804,GSE45267)中共筛选出78个DEGs。用DAVID网站进行GO功能分析、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytscape软件分析后,筛选出17个核心DEGs(CDK1、ASPM、CENPF、RRM2、CCNB1、TOP2A、PTTG1、ECT2、CDKN3、CYP2B6、SLCO1B3、CYP1A2、CYP4A11、CYP26A1、CYP2E1、NAT2、CYP3A4),将17个核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析后显示,有9个基因(CDK1、ASPM、CENPF、RRM2、CCNB1、TOP2A、PTTG1、ECT2、CDKN3)与HCC的预后相关(均P<0.05)。GEPIA网站进行表达量分析显示,9个基因在HCC组织中均高表达(均P<0.05)。Metascape网站分析显示,9个高表达基因要富集在细胞有丝分裂的负调控、细胞周期、核染色体隔离和雌配子的产生方面。选取CDK1在HCC组织和癌旁组织中进行验证,结果显示,CDK1在HCC组织中的表达量明显高于癌旁组织(P<0.05)。结论:本研究得到的9个基因可能是HCC发生、发展的关键基因,可为HCC的发生机 展开更多
关键词 癌 肝细胞 基因 肿瘤 计算生物学
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基于生物信息学方法对结直肠癌组织差异表达关键基因的筛选 被引量：4
5
作者 冯彦超 应伟 +7 位作者 李文菠 李雪 周国俊 洪潇 陈科 周佳雨 田奕洋 冷政伟 《山东医药》 CAS 2021年第35期1-5,共5页
目的使用生物信息学的方法筛选结直肠癌(CRC)发生发展中的关键基因。方法从基因表达数据库(GEO)中筛选并下载CRC组织及癌旁组织的3个基因芯片(GSE71187、GSE31905、GSE35279),使用GEO在线分析工具GEO2R筛选出基因芯片中的差异表达基因(D... 目的使用生物信息学的方法筛选结直肠癌(CRC)发生发展中的关键基因。方法从基因表达数据库(GEO)中筛选并下载CRC组织及癌旁组织的3个基因芯片(GSE71187、GSE31905、GSE35279),使用GEO在线分析工具GEO2R筛选出基因芯片中的差异表达基因(DEGs),并使用Venn在线网站筛选共表达DEGs。将筛选出来的共表达DEGs在DAVID网站进行基因本体(GO)功能和KEGG通路富集分析,绘制蛋白—蛋白相互作用网络图(PPI)并分析PPI中的核心DEGs。在基因表达谱数据动态分析网页工具(GEPIA)中绘制核心DEGs影响患者总生存期的生存曲线,筛选出预后相关基因,并在GEPIA和GEO中对预后相关基因在CRC组织和癌旁组织中的表达进行验证,得到CRC发生发展中的关键基因。结果从3个基因芯片中筛选出DEGs 5664个,其中上调DEGs 2703个、下调DEGs 2961个,通过Venn图筛选出共表达DEGs 390个。对共表达差异基因进行GO功能分析、KEGG通路富集分析、PPI绘制及核心网络分析后,再次筛选出核心DEGs 66个。对核心DEGs进行生存曲线分析及表达量验证后,筛选出核心DEGs 6个;其中上调DEGs 2个,包括分泌型磷蛋白1(SPP1)、血小板反应蛋白2(THBS2);下调DEGs 4个,包括氯化物通道附件1(CLCA1)、接触蛋白3(CNTN3)、胰高血糖素(GCG)、酶原颗粒蛋白16(ZG16)。结论使用生物信息学的方法筛选出SPP1、THBS2、CLCA1、CNTN3、GCG、ZG16可能是CRC发生发展过程中的关键基因。 展开更多
关键词 结直肠癌 生物信息学 基因 差异表达
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基于生物信息学方法对胰腺癌发生发展关键基因的筛选
6
作者 陈科 洪潇 +7 位作者 冯彦超 应伟 李文菠 李钊 赵敬兵 汪杰 周国俊 冷政伟 《山东医药》 CAS 2022年第26期17-20,共4页
目的采用生物信息学方法筛选胰腺癌发生发展的关键基因并进行验证。方法从基因表达数据库(GEO)中选择并下载胰腺癌及癌旁组织基因芯片GSE71989、GSE62165、GSE19650,通过GEO2R在线工具筛选基因芯片中胰腺癌与癌旁组织的差异表达基因,使... 目的采用生物信息学方法筛选胰腺癌发生发展的关键基因并进行验证。方法从基因表达数据库(GEO)中选择并下载胰腺癌及癌旁组织基因芯片GSE71989、GSE62165、GSE19650,通过GEO2R在线工具筛选基因芯片中胰腺癌与癌旁组织的差异表达基因,使用Venn图分析3个基因芯片共有的差异表达基因;使用STRING网站及Cytscape软件对差异表达基因进行蛋白—蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选出核心差异表达基因;将核心差异表达基因在基因表达谱数据动态分析网页工具(GEPIA)进行生存分析,筛选出与预后相关的差异表达基因;将与预后相关的差异表达基因用GEPIA网站进行表达量分析验证,筛选出胰腺癌发生发展的关键基因。结果从3个基因芯片中筛选出156个差异表达基因,其中上调差异表达基因62个,下调差异表达基因94个。对共3个基因芯片共有的差异表达基因进行STRING网站PPI绘制及Cytoscape软件核心网络分析后,筛选出19个核心差异表达基因。使用GEPIA在线网站对核心差异表达基因进行生存分析及表达验证,筛选出6个核心差异表达基因,即ANLN、CDK1、ECT2、NUSAP1、RRM2、TOP2A,这6个基因均与胰腺癌预后相关,且在胰腺癌组织中的表达均高于癌旁组织(P均<0.05)。结论使用生物信息学的方法发现6个基因可能是胰腺癌癌发生发展中的关键基因,可为胰腺癌的发生机制的研究以及诊断、治疗提供参考。 展开更多
关键词 胰腺肿瘤 生物信息学 差异表达基因
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