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艾AP2/ERF基因家族鉴定及表达模式分析 被引量：1
1
作者 岳雪雪 肖闯 +7 位作者 张倩雯 彭赛男 陈昌婕 周佳 李金鑫 李宇琨 苗玉焕 刘大会 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2634-2647,共14页
艾ArtemisiaargyiLevl.etVant.为我国传统中药,以叶入药,主要含黄酮类、酚酸、挥发油等多种化合物,具有多种药理活性。AP2/ERF转录因子在植物中数量较多,主要参与植物的生长发育、非生物胁迫响应及次生代谢物合成调控,但艾AP2/ERF基因... 艾ArtemisiaargyiLevl.etVant.为我国传统中药,以叶入药,主要含黄酮类、酚酸、挥发油等多种化合物,具有多种药理活性。AP2/ERF转录因子在植物中数量较多,主要参与植物的生长发育、非生物胁迫响应及次生代谢物合成调控,但艾AP2/ERF基因家族的研究及其功能鲜有报道。本研究系统鉴定了艾AP2/ERF基因家族,分析其系统进化树、蛋白理化性质、亚细胞定位、保守基序和启动子作用元件、茉莉酸甲酯诱导表达模式及不同组织表达模式。结果表明,艾基因组中共含有204个AP2/ERF转录因子,其编码的蛋白质由88~483个氨基酸组成,相对分子质量为10~52.94kDa,理论等电点为4.62~9.88。亚细胞预测显示,绝大部分AP2/ERF位于细胞核、细胞质而少部分位于细胞膜和叶绿体。根据拟南芥AP2/ERF家族分类,艾AP2/ERF蛋白分为Soloist、AP2、ERF(B3、B4、B5、B6)及DREB(A1、A2、A4、A5、A6)四个亚家族,其中DREB家族所占比例最大,同一亚家族具有相似的保守基序。顺式作用元件分析表明,AP2/ERF启动子上具有大量响应光和非生物胁迫的元件。表达模式分析显示,AP2/ERF家族大部分基因主要在根和茎中优势表达,其中19个在叶片中优势表达,77个会受到茉莉酸甲酯诱导表达,其中既在叶片中优势表达又受到茉莉酸甲酯诱导表达的基因有16个,这些AP2/ERF基因可能是艾叶中有效成分合成的关键调控基因。该研究为艾AP2/ERF家族基因的功能研究及其在艾叶活性成分合成中的积累调控作用奠定了基础。 展开更多
关键词 艾 有效成分 AP2/ERF转录因子 生物信息学 表达模式
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锆基包裹色料的研究现状及展望 被引量：2
2
作者 宋晓岚 彭林 +2 位作者 李宇琨 刘宏燕 邱冠周 《材料导报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第7期97-100,共4页
综述了陶瓷工业中重要的锆基包裹色料及其包裹机理的国内外研究现状,概述了ZrSiO4-Cd(SxSe1-x)包裹色料的制备方法,分析了包裹色料固相法制备中所存在的问题,提出了解决问题的思考途径,并对包裹色料的前景进行了展望。
关键词 包裹色料 Cd(SxSe1-x) 制备 展望
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艾叶类黄酮O-甲基转移酶基因家族的鉴定及表达分析 被引量：2
3
作者 彭赛男 李宇琨 +6 位作者 罗丹丹 陈昌婕 周佳 李佳怡 郑佳 刘大会 苗玉焕 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1069-1078,共10页
艾(Artemisia argyi)以叶片入药,为我国常用大宗中药材,主要活性成分为挥发油、黄酮等化合物,具有多种药理活性。目前鉴定到的艾叶黄酮类物质多为氧甲基化修饰,而类黄酮O-甲基转移酶(flavonoid O-methyltransferase,FOMT)是黄酮类化合... 艾(Artemisia argyi)以叶片入药,为我国常用大宗中药材,主要活性成分为挥发油、黄酮等化合物,具有多种药理活性。目前鉴定到的艾叶黄酮类物质多为氧甲基化修饰,而类黄酮O-甲基转移酶(flavonoid O-methyltransferase,FOMT)是黄酮类化合物氧甲基化修饰的关键酶。为进一步了解FOMT蛋白功能及特性,本研究对艾中FOMT基因家族进行了全基因组的挖掘和鉴定,并进行系统发育、染色体定位、基因序列特征、亚细胞定位预测、蛋白结构、基因结构分析及表达模式的分析和验证。结果表明,在艾的基因组中,共鉴定得到83个FOMT基因,系统发育树显示FOMT基因分为CCoAOMT(caffeoyl CoA O-methyltransferase)亚家族(32个基因)和COMT(caffeic acid O-methyltransferase)亚家族(51个基因)两个亚类。基因序列特征分析显示FOMT编码氨基酸的数目介于70~734 aa,分子质量为25296.55~34241.3 Da,等电点为4.51~9.99,与32个CCoAOMT亚家族成员相比,51个COMT亚家族成员中,约1/3的FOMT蛋白为疏水性蛋白,2/3蛋白为亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果显示超过80%的CCoAOMT亚家族成员定位于细胞质,96%的COMT亚家族成员定位于叶绿体。COMT成员相对CCoAOMT成员motif数较多,且位于N端的motifs变异相对较大,位于C端的motifs相对保守;表达模式分析显示CCoAOMT亚家族成员主要在根中表达,而COMT成员主要在叶片中高量表达;实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证了部分FOMT在叶片中优势表达,具有组织表达特异性。本研究对艾叶FOMT基因家族进行鉴定与分析,为进一步深入研究FOMT功能和甲基化黄酮类化合物的生物合成提供理论依据。 展开更多
关键词 艾叶 类黄酮 类黄酮O-甲基转移酶 生物信息学 表达分析
原文传递
基于众包问答信息的API使用代码搜索 被引量：1
4
作者 李宇琨 彭鑫 赵文耘 《计算机应用与软件》 北大核心 2018年第7期43-51,共9页
现代软件开发大量依赖类库以及第三方软件框架和开发,为此软件开发者经常需要寻找能够解决特定问题的应用程序编程接口API并通过示例代码学习相关API的使用方式。然而,由于开发者的问题描述与相关的API及其使用代码之间的词汇上经常存... 现代软件开发大量依赖类库以及第三方软件框架和开发,为此软件开发者经常需要寻找能够解决特定问题的应用程序编程接口API并通过示例代码学习相关API的使用方式。然而,由于开发者的问题描述与相关的API及其使用代码之间的词汇上经常存在差异,因此直接的代码搜索效果往往不好。Stack Overflow等众包问答网站上存在着很多开发问题及建议解决方案,其中也会包含一些API等代码元素,可以成为问题描述和代码内容之间匹配的桥梁。基于这一思想,提出并实现一种基于众包问答信息的API使用代码搜索方法。该方法首先借助于众包问答信息将问题描述对应到相关的代码元素上,并生成一种包含结构信息的代码骨架,然后基于代码骨架对代码库(例如开源项目代码)进行搜索和匹配,从而生成搜索结果。为了验证方法的有效性,收集了Stack Overflow上的137多万条问答信息以及GitHub上的3亿行Java源码,并针对30个与API相关的问题进行了实验验证。结果表明,96.6%的问题能在前十个结果中找到正确答案,有40%的问题能在第一个结果中找到正确答案,并且所有问题能在2 s内返回结果。 展开更多
关键词 代码搜索 代码特征提取 文本摘要
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