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染色质免疫共沉淀测序技术及其在园艺植物中的应用研究进展
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作者 翟挺楷 马湘玮 +6 位作者 陈燕 张雪莹 李卓 徐卢振 傅卓然 赖钟雄 林玉玲 《园艺学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期39-52,共14页
近年来,基于染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与第二代测序技术结合的染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-seq)已被广泛用于研究DNA与蛋白质的相互作用,对解析园艺植物基因的表达与调控、靶基因筛选与定位、调控网络构建、染色质开放程度确认等... 近年来,基于染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与第二代测序技术结合的染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-seq)已被广泛用于研究DNA与蛋白质的相互作用,对解析园艺植物基因的表达与调控、靶基因筛选与定位、调控网络构建、染色质开放程度确认等方面具有较大的优势。本文综述了ChIP-seq技术的发展简史及其在园艺植物转录因子和组蛋白修饰中所取得的进展,以期为园艺植物DNA—蛋白互作研究提供参考。 展开更多
关键词 DNA与蛋白质互作 染色质免疫共沉淀测序 转录因子 组蛋白修饰
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龙眼体胚发生早期SAUR 63/64基因克隆及表达分析 被引量:3
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作者 傅卓然 李卓 +3 位作者 陈燕 张舒婷 赖钟雄 林玉玲 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期1991-2002,共12页
SAUR(small auxin up-regulated RNA)是一类生长素早期响应基因,与植物的生长发育密切相关。为揭示SAUR 63和SAUR 64在龙眼体胚发生早期的调控作用,该研究采用TA克隆龙眼SAUR 63和SAUR 64基因,对其进行亚细胞定位、qRT-PCR表达分析和荧... SAUR(small auxin up-regulated RNA)是一类生长素早期响应基因,与植物的生长发育密切相关。为揭示SAUR 63和SAUR 64在龙眼体胚发生早期的调控作用,该研究采用TA克隆龙眼SAUR 63和SAUR 64基因,对其进行亚细胞定位、qRT-PCR表达分析和荧光原位杂交分析验证。结果显示:(1)龙眼SAUR 63和SAUR 64序列长度分别为386 bp和312 bp;系统发育树显示SAUR63、SAUR64与拟南芥亲缘关系较近;亚细胞定位结果显示SAUR63蛋白定位在细胞核与细胞外基质,SAUR64蛋白定位在叶绿体。(2)预测发现SAUR 63和SAUR 64同时作为LTCONS_00038949、LTCONS_00038950及LTCONS_00038952(lnc38949、lnc38950及lnc38952)的靶基因。(3)qRT-PCR检测发现SAUR 63、SAUR 64与3个lncRNAs均在不完全胚性紧实结构阶段高表达;SAUR 63与3个lncRNAs在100和500μmol·L^(-1)赤霉素(GA 3)处理下上调表达,且在500μmol·L^(-1) GA 3时表达量达到峰值;SAUR 63、SAUR 64、lnc38949和lnc38950均在35℃处理下被显著诱导表达,而lnc38950在35℃下受到抑制;此外,SAUR 63、SAUR 64和3个lncRNAs还响应SA、MeJA、盐胁迫和干旱胁迫的调控。(4)荧光原位杂交结果显示,SAUR 63与lnc38949均没有定位在合子胚特定部位,且lnc38949表达量高于SAUR 63。研究表明,SAUR 63、SAUR 64基因可能受到lncRNAs的调控,共同参与龙眼体胚发生早期的调控。 展开更多
关键词 龙眼 SAUR lncRNA 体胚发生早期 胁迫应答
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单细胞转录组测序技术及其在植物中的应用 被引量:1
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作者 张舒婷 张雪莹 +5 位作者 朱晨 李卓 傅卓然 张梓浩 赖钟雄 林玉玲 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期2163-2173,共11页
近年来发展起来的基于高通量测序技术的高分辨率单细胞转录组测序技术,能够在单细胞水平解析植物组织的异质性,鉴定组织中的不同细胞类型,构建不同细胞类型的连续分化轨迹及其转录调控网络,并能够寻找组织中的稀有细胞类型,深入解析组... 近年来发展起来的基于高通量测序技术的高分辨率单细胞转录组测序技术,能够在单细胞水平解析植物组织的异质性,鉴定组织中的不同细胞类型,构建不同细胞类型的连续分化轨迹及其转录调控网络,并能够寻找组织中的稀有细胞类型,深入解析组织发育的分子机制。为探究单细胞转录组测序技术在植物中的应用,本文中对单细胞转录组测序技术的发展及其在植物中的应用进行了综述。首先,介绍了单细胞转录组测序技术的发展进程;其次,分析其在鉴定植物组织不同细胞类型、筛选不同细胞类型特异表达标记基因及解析植物组织发育过程的连续分化轨迹及其转录调控网络的应用中所取得的进展;最后,总结单细胞转录组测序技术在植物应用中存在的挑战及未来的研究方向。以期为单细胞转录组测序技术在更多植物物种上得以应用提供参考。 展开更多
关键词 单细胞RNA测序 植物组织 细胞异质性 标记基因 拟时分析
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