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MSTN基因编辑牛肌肉转录组测序及生物信息学分析 被引量：5
1
作者 苗曼宁 郭益文 +5 位作者 胡德宝 曾雨晗 李新 张林林 丁向彬 郭宏 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第7期2271-2281,共11页
为探究肌生长抑制素(myostatin,MSTN)基因对牛肌肉发育的具体调控机制,本研究选取同一牛场健康鲁西黄牛10头,其中通过转基因技术得到的基因编辑牛MSTN-/-和同种非转基因野生型牛各5头。分别采集两组牛腿臀肌肉样品,利用IIlumina HiSeq... 为探究肌生长抑制素(myostatin,MSTN)基因对牛肌肉发育的具体调控机制,本研究选取同一牛场健康鲁西黄牛10头,其中通过转基因技术得到的基因编辑牛MSTN-/-和同种非转基因野生型牛各5头。分别采集两组牛腿臀肌肉样品,利用IIlumina HiSeq高通量测序技术进行转录组测序分析,通过生物信息学方法比较两组样本间的差异表达基因,并进行GO和KEGG富集分析,最后利用实时荧光定量PCR验证转录组测序数据。结果显示,基因编辑型牛和野生型牛之间共检测到18071个基因。在log2|FoldChange|≥1.48条件下,筛选出406个差异表达基因,其中347个显著上调,59个显著下调。GO功能富集分析显示,MSTN基因编辑后显著影响915个功能类别(P<0.05),差异基因主要参与结合、生物系统调节、免疫系统等相关功能。KEGG通路富集分析结果共涉及211个通路,差异基因主要富集在细胞黏附分子、趋化因子信号通路、细胞因子互作等信号通路上,进一步从中筛选出可能参与细胞生长、肌肉发育的差异基因(CD14、KIT、CSF1R、FBP1、DUSP4、ULBP21、PRKCB、SPN、CHAD、SRC)。实时荧光定量PCR检测结果显示,所选差异基因表达水平与转录组表达水平一致,证明测序结果的可靠性。本研究结果表明,MSTN基因发挥作用后可以介导多个下游基因表达,从而影响相关信号通路及生物学过程;同时,所筛选出的差异表达基因可作为进一步研究骨骼肌调控机制的候选靶标。 展开更多
关键词 肌生长抑制素 转录组测序 基因筛选 实时荧光定量PCR
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干扰Cul5对牛骨骼肌卫星细胞增殖分化的影响
2
作者 曾雨晗 胡德宝 +4 位作者 李新 张林林 丁向彬 郭宏 郭益文 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2022年第9期159-163,共5页
为探究泛素连接酶库伦-5(Cullin5,Cul5)对牛骨骼肌卫星细胞增殖和分化的影响,本实验采用牛肌卫星细胞进行体外实验模拟牛体内的成肌分化过程,根据基因的表达序列设计Cul5的小干扰RNA(si-RNA),通过实时定量PCR(qRT-PCR)蛋白质印迹(Wester... 为探究泛素连接酶库伦-5(Cullin5,Cul5)对牛骨骼肌卫星细胞增殖和分化的影响,本实验采用牛肌卫星细胞进行体外实验模拟牛体内的成肌分化过程,根据基因的表达序列设计Cul5的小干扰RNA(si-RNA),通过实时定量PCR(qRT-PCR)蛋白质印迹(Western Blot)技术筛选出干扰效果最好的si-RNA转染细胞。成功干扰Cul5后,在转录、蛋白、细胞水平上分别采用qRT-PCR、Western Blot和EdU细胞增殖实验,检测细胞增殖及分化标志因子的表达水平。试验发现,干扰Cul5后,在蛋白水平上Pax7呈显著上调趋势,MyHC呈显著下调趋势,EdU染色阳性细胞率与对照组相比呈显著上调趋势。细胞光镜图下,实验组肌管的数量明显少于对照组。研究结果可见:敲低Cul5的表达能够促进牛肌卫星细胞的增殖,并抑制其分化进程。 展开更多
关键词 牛骨骼肌卫星细胞 E3泛素连接酶 Cul5 增殖 分化
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