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应用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选白血病细胞系增殖相关lncRNA
1
作者
马秋怡
石得阳
+4 位作者
汪碧忱
曹
牧
天
李浩渊
袁卫平
初雅婧
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第9期3406-3418,共13页
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是包括细胞增殖在内的许多细胞过程的重要调节因子。虽然已有研究表明多种lncRNA在造血系统恶性肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用,但是缺少一个更全面和无偏倚的方法同时研究多个lncRNA中对...
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是包括细胞增殖在内的许多细胞过程的重要调节因子。虽然已有研究表明多种lncRNA在造血系统恶性肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用,但是缺少一个更全面和无偏倚的方法同时研究多个lncRNA中对白血病细胞系产生功能性影响的lncRNA。在此,我们利用短发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)文库结合高通量测序的方法,筛选对白血病细胞系增殖有影响的lncRNA,确定了74个候选lncRNAs。从中选取lncRNA C20orf204-203作为验证研究对象,发现C20orf204-203在K562和THP-1细胞系中均定位于胞质,敲降C20orf204-203的K562和THP-1细胞系增殖能力降低,早期凋亡细胞增加,BAD基因在mRNA水平上表达量增加,TP53、BCL2蛋白表达量下降,在THP-1细胞系中Caspase 3蛋白表达量减少,激活型Caspase 3蛋白表达量上升,但是二者变化在两种细胞系中不一致。结果表明,在白血病细胞系中敲降lncRNA C20orf204-203会使细胞增殖能力降低。但其在不同细胞系作用途径和机制可能存在差异。这一研究表明了利用shRNA文库结合高通量测序大规模研究lncRNA在白血病细胞系中发挥作用的可行性。
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关键词
长链非编码RNA
C20orf204-203
短发夹RNA文库
高通量测序
白血病细胞系
原文传递
题名
应用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选白血病细胞系增殖相关lncRNA
1
作者
马秋怡
石得阳
汪碧忱
曹
牧
天
李浩渊
袁卫平
初雅婧
机构
中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)
出处
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第9期3406-3418,共13页
基金
国家自然科学基金(82170117,82170135,81970149)。
文摘
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是包括细胞增殖在内的许多细胞过程的重要调节因子。虽然已有研究表明多种lncRNA在造血系统恶性肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用,但是缺少一个更全面和无偏倚的方法同时研究多个lncRNA中对白血病细胞系产生功能性影响的lncRNA。在此,我们利用短发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)文库结合高通量测序的方法,筛选对白血病细胞系增殖有影响的lncRNA,确定了74个候选lncRNAs。从中选取lncRNA C20orf204-203作为验证研究对象,发现C20orf204-203在K562和THP-1细胞系中均定位于胞质,敲降C20orf204-203的K562和THP-1细胞系增殖能力降低,早期凋亡细胞增加,BAD基因在mRNA水平上表达量增加,TP53、BCL2蛋白表达量下降,在THP-1细胞系中Caspase 3蛋白表达量减少,激活型Caspase 3蛋白表达量上升,但是二者变化在两种细胞系中不一致。结果表明,在白血病细胞系中敲降lncRNA C20orf204-203会使细胞增殖能力降低。但其在不同细胞系作用途径和机制可能存在差异。这一研究表明了利用shRNA文库结合高通量测序大规模研究lncRNA在白血病细胞系中发挥作用的可行性。
关键词
长链非编码RNA
C20orf204-203
短发夹RNA文库
高通量测序
白血病细胞系
Keywords
lncRNA C20orf204-203
shRNA library
high-throughput sequencing
leukemia cell lines
分类号
R733.7 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选白血病细胞系增殖相关lncRNA
马秋怡
石得阳
汪碧忱
曹
牧
天
李浩渊
袁卫平
初雅婧
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
原文传递
已选择
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参考文献
引证文献
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