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环境因素对DNA甲基化的影响 被引量：23
1
作者 曹家雪 张红平 杜立新 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期839-846,共8页
在哺乳动物中,DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶(DNA-methyl transferase,DNMT)的作用下,以S-腺苷甲硫氨酸提供甲基供体,将其甲基转移到脱氧胞嘧啶环第5位碳原子形成甲基化脱氧胞嘧啶的共价修饰。DNA甲基化改变组蛋白和DNA之间的相互作用,... 在哺乳动物中,DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶(DNA-methyl transferase,DNMT)的作用下,以S-腺苷甲硫氨酸提供甲基供体,将其甲基转移到脱氧胞嘧啶环第5位碳原子形成甲基化脱氧胞嘧啶的共价修饰。DNA甲基化改变组蛋白和DNA之间的相互作用,使染色质构象发生改变从而影响基因的表达,总体来说DNA甲基化水平与基因的表达呈负相关。越来越多的报道证实,环境因素可以影响表观遗传修饰,其并没有涉及遗传信息的改变,所以在一定范围内可以解释表型变化。文章围绕环境因素(温度、营养供给、异常化学因子、早期环境刺激和辐射等)对DNA甲基化产生的影响进行综述,这些影响包括亲代和子代DNA甲基化的改变及子代行为和表型变化等方面,以期进一步阐释环境因素与基因互作的关系。 展开更多
关键词 环境因素 表型变异 DNA甲基化 表观遗传
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绵羊季节性繁殖相关基因TSHR外显子多态性研究 被引量：6
2
作者 轩俊丽 马晓萌 +6 位作者 王慧华 曹家雪 魏彩虹 赵福平 马友记 张莉 杜立新 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1342-1353,共12页
旨在研究乌珠穆沁羊与湖羊这两种具有不同繁殖性能和发情周期绵羊的促甲状腺激素受体（Thyroid stimulating hormone receptor,TSHR）基因外显子区遗传变异特性及其构建的单倍型在品种间的分布和对mRNA和蛋白质二级结构的影响,为进一步... 旨在研究乌珠穆沁羊与湖羊这两种具有不同繁殖性能和发情周期绵羊的促甲状腺激素受体（Thyroid stimulating hormone receptor,TSHR）基因外显子区遗传变异特性及其构建的单倍型在品种间的分布和对mRNA和蛋白质二级结构的影响,为进一步揭示其对TSHR表达调控的影响及表型效应奠定基础。本研究采用直接测序的方法对中国蒙古系2个绵羊品种共172个个体TSHR基因的遗传变异情况进行分析。共发现了6个突变位点,独立性卡方检验发现SNP1、SNP3、SNP4和SNP5 4个多态位点的基因型在两个绵羊群体间的分布存在极显著差异（P〈0.01）,其中SNP5为错义突变,其余为同义突变;对这4个位点进行连锁不平衡分析发现,SNP3和SNP4两个位点完全连锁,其余位点两两之间存在不同程度连锁关系;生物信息学分析发现不同的单倍型使TSHR基因的mRNA二级结构发生改变,SNP5使受体蛋白的二级结构发生改变。结果提示：（1）TSHR基因外显子区存在4个在两个绵羊品种中具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成H1～H6共6种单倍型,其中H1（CGCC）和H4（TTTG）分别在乌珠穆沁羊和湖羊群体中为优势单倍型,这可能与这两种绵羊不同的发情周期有关。（2）外显子区SNP5位点突变影响mRNA和蛋白质二级结构的稳定性,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。 展开更多
关键词 绵羊 季节性繁殖 TSHR基因 多态性
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山羊原代软骨细胞的分离培养与鉴定研究
3
作者 陈子同 徐小丽 +4 位作者 徐亮 陈欢 李利 张红平 曹家雪 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期197-201,206,共6页
为探究山羊原代软骨细胞的体外分离培养和鉴定方法,本实验采用胰蛋白酶与Ⅱ型胶原酶相结合的消化方法分离山羊原代软骨细胞。使用倒置显微镜观察并拍摄1、3、5、7 d共4个时期的细胞形态;利用血球计数板对细胞计数并绘制生长曲线;RT-qPC... 为探究山羊原代软骨细胞的体外分离培养和鉴定方法,本实验采用胰蛋白酶与Ⅱ型胶原酶相结合的消化方法分离山羊原代软骨细胞。使用倒置显微镜观察并拍摄1、3、5、7 d共4个时期的细胞形态;利用血球计数板对细胞计数并绘制生长曲线;RT-qPCR法检测山羊软骨细胞标志性基因;通过甲苯胺蓝染色法和Ⅱ型胶原免疫荧光染色法对软骨细胞进行鉴定。结果显示:细胞形态由透亮的圆点逐渐变为三角形、短梭形等形态,最终转变为体积较大,形态圆润的多边形;细胞计数结果显示,1~7 d细胞数量逐渐增加,7 d达到峰值,7~11d细胞数量逐渐减少。Acan和Col Ⅱ基因mRNA相对表达量随细胞培养时间的延长而降低,MMP13基因mRNA相对表达量逐渐升高。甲苯胺蓝染色和Ⅱ型胶原免疫荧光染色结果均为阳性。由以上结果可知,本实验成功获得大量活力良好的山羊软骨细胞,并建立山羊软骨细胞体外分离及培养的方法,为进一步研究山羊软骨相关体外试验提供参考。 展开更多
关键词 软骨细胞 Acan ColⅡ MMP13 体外培养
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深度测序鉴定绵羊microRNA转录组 被引量：4
4
作者 张世芳 魏彩虹 +8 位作者 陆健 张小宁 周鑫磊 张淑珍 王光凯 曹家雪 赵福平 张莉 杜立新 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第9期19-22,共4页
本研究采集的Texel绵羊胎儿的背最长肌样品包括5个发育阶段:70、85、100、120和135 d。通过采用Solexa测序技术对混池样品进行了microRNA(miRNA)深度测序,获得了16532850条原始序列读数。使用ACGT101-miR v4.2分析软件对miRNA测序数据... 本研究采集的Texel绵羊胎儿的背最长肌样品包括5个发育阶段:70、85、100、120和135 d。通过采用Solexa测序技术对混池样品进行了microRNA(miRNA)深度测序,获得了16532850条原始序列读数。使用ACGT101-miR v4.2分析软件对miRNA测序数据进行了深度发掘;通过与最新的哺乳动物成熟miRNA序列(miRNA数据库:miRBase v17.0)、miRNA前体序列、绵羊基因组序列(绵羊基因组数据库,2010年2月)的比对分析,对绵羊microRNA转录组数据库进行了大幅更新,pre-miRNA(miRNA前体)序列增至1529条,编码的miRNA成熟体序列增至1999条。通过实时荧光定量PCR技术对深度测序获得的5个miRNA在混池样品中进行了验证。绵羊miRNA的研究起步较晚,而miRNA的发现与鉴定将促进基因调控机制及miRNA功能的研究。 展开更多
关键词 Solexa测序 Texel绵羊 背最长肌 microRNA转录组
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山羊胰岛素样生长因子结合蛋白1基因的生物信息学分析 被引量：3
5
作者 曹家雪 董恩妮 +5 位作者 李利 李秋 张红平 王永 邓中宝 龚华斌 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第5期20-26,共7页
为进一步研究山羊胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding proteins 1,IGFBP-1)基因的蛋白表达及生理功能,根据已测定出的山羊肝脏组织的IGFBP-1基因全编码区序列,并结合从NCBI获取的19个物种相应序列,利用ExPas... 为进一步研究山羊胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding proteins 1,IGFBP-1)基因的蛋白表达及生理功能,根据已测定出的山羊肝脏组织的IGFBP-1基因全编码区序列,并结合从NCBI获取的19个物种相应序列,利用ExPasy、NetPhos、NetOGlyc、SignalP等生物软件分析IGFBP-1基因CDS区及其氨基酸的理化性质、结构特点。结果显示,山羊IGFBP-1基因的CDS全长编码的多肽含有263个氨基酸残基,理论pI=6.33,分子质量为28.5758ku,非稳定系数为53.15,非球形且定位于细胞外。IGFBF-1起始25个氨基酸残基构成信号肽,成熟肽具有2个疏水区、4个亲水区,无跨膜区;二级结构以无规卷曲为主,α-螺旋和延伸片段很少。预测存在磷酸化(17个)和O-糖基化(8个)两种翻译后修饰,但后者分值较低。山羊IGFBP-1核苷酸、氨基酸序列相似性与绵羊和牛的分别为99%和98%,与其他哺乳动物间的相似性也较高。进一步分析发现,IGFBP-1N-端(26-110)和C-端(204-263)的保守性均在50%以上;信号肽(1-25)和中间连接区(111-203)则变异很大,山羊和绵羊的中间区序列完全一致,但与人的相似性只有9%。除RGD和YF在斑马鱼和鸡中不一致外,其他基序包括新片段(FYLPNC)在物种中高度保守。山羊IGFBP-1是一种稳定性较差、弱亲水性且具有信号肽的分泌蛋白,在物种间高度保守,磷酸化是调控其功能的主要因素。 展开更多
关键词 山羊 IGFBP-1基因 生物信息学分析
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CRISPR/Cas9技术在动物非编码RNA功能研究中的应用 被引量：3
6
作者 徐小丽 曹家雪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期649-659,共11页
CRISPR/Cas9系统是一种广泛存在于细菌和古菌中的免疫机制。近年来,已发展为一种快捷高效的基因编辑工具,用于研究编码或非编码RNA的功能。非编码RNA是一类不编码蛋白质的RNA,其可通过多种调控途径在动物的生长发育、疾病免疫等生理或... CRISPR/Cas9系统是一种广泛存在于细菌和古菌中的免疫机制。近年来,已发展为一种快捷高效的基因编辑工具,用于研究编码或非编码RNA的功能。非编码RNA是一类不编码蛋白质的RNA,其可通过多种调控途径在动物的生长发育、疾病免疫等生理或病理过程中发挥重要的生物学功能。CRISPR/Cas9技术可以靶向核酸序列稳定敲除基因,得到敲除小鼠或细胞系,虽然其在非编码RNA功能研究中的使用干扰了邻近基因或宿主基因表达,但该技术的出现为非编码RNA功能机制的探索提供了不同的途径。本文通过简要概述CRISPR/Cas系统的发展和作用原理,并重点介绍CRISPR/Cas9技术在动物miRNA、lncRNA及circRNA功能研究中的应用,以期为相关研究提供参考。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9技术 非编码RNA MIRNA lncRNA circRNA 动物
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