目的:基于网络药理学方法探究马齿苋治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法:通过TCMSP (Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)数据库获取马齿苋的活性成分及作用靶点,根据ADME筛选其主要活...目的:基于网络药理学方法探究马齿苋治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法:通过TCMSP (Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)数据库获取马齿苋的活性成分及作用靶点,根据ADME筛选其主要活性成分,通过String平台进行分析并利用Cytoscape3.7.2软件构建马齿苋主要活性成分与作用靶点的网络;收集Disgenet、OMIM、Drugbank数据库中动脉粥样硬化的靶点,通过String平台进行马齿苋与动脉粥样硬化共同靶点相互作用分析并利用Cytoscape3.7.2软件构建其PPI网络;采用Metascape平台进行“药物–成分–靶点”的基因功能与通路分析,通过CB-DOCK进行分子对接验证。结果:马齿苋的主要活性成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素等10个,对应212个作用靶点。动脉粥样硬化有关的靶点1081个。马齿苋成分–动脉粥样硬化共同靶点有ALB、IL-6、TNF等108个,主要通路有流体剪切力与动脉粥样硬化途径、癌症的途径、TNF信号通路等。槲皮素、山柰酚、木犀草素分别与ALB、IL-6的对接得分均【−5 kcal/mol,说明它们之间的分子对接能力均较好。结论:马齿苋通过多成分、多靶点、多通路参与动脉粥样硬化的调节。展开更多
目的:基于网络药理学探究金银花治疗过敏性鼻炎的作用机制。方法:通过TCMSP数据库,根据ADME筛选出金银花的活性成分及其靶点,使用Uniprot数据库规范靶点对应的人类基因名;通过Genecards、TTD、OMIM数据库获取过敏性鼻炎主要靶点,利用R...目的:基于网络药理学探究金银花治疗过敏性鼻炎的作用机制。方法:通过TCMSP数据库,根据ADME筛选出金银花的活性成分及其靶点,使用Uniprot数据库规范靶点对应的人类基因名;通过Genecards、TTD、OMIM数据库获取过敏性鼻炎主要靶点,利用R语言绘制Venn图得到金银花活性成分作用靶点与过敏性鼻炎的交集靶点;Perl软件整理数据,采用Cytoscape3.7.2软件构建“金银花活性成分–过敏性鼻炎靶点”网络;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块;采用Metascape平台进行GO富集与KEGG富集分析;最后通过Ledock进行分子对接验证。结果:通过TCMSP检索到236个金银花主要化学成分,筛选出23个活性成分,根据Uniprot数据库,排除无对应基因名部分,排除靶点重复部分,共获得活性成分17个,靶点193个;以“allergic rhinitis”为关键词,检索OMIM数据库、GeneCards数据库、TTD数据库的疾病潜在作用靶点,排除重复部分,得到过敏性鼻炎潜在作用靶点2089个,利用R语言绘制Venn图,得到疾病–活性成分共同靶点98个;利用CytoNCA得出Degree前3的活性成分是槲皮素、木犀草素和山柰酚;物种设置为人源性,以0.40为置信区间,构建了节点数98、边数1762、平均节点度36、平均局部聚类系数0.684的PPI网络;GO富集和KEGG富集显示,金银花主要参与的生物学过程包括生物对脂多糖的应答过程(response to lipopolysaccharide)、凋亡细胞通路(apoptotic signaling pathway)、调节细胞黏附(regulation of cell adhesion)、对受伤的应答(response to wounding)、对毒性物质的应答(response to toxic substance)等,参与的通路主要有癌症信号通路(Pathways in cancer)、流体剪切应力与动脉粥样硬化(Fluid shear stress and atherosclerosis)、IL-17信号通路(IL-17signaling pathway)以及癌症蛋白聚糖(Proteoglycans in cancer)等,相关靶点治疗过敏性鼻炎的功能主展开更多
文摘目的:基于网络药理学方法探究马齿苋治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法:通过TCMSP (Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)数据库获取马齿苋的活性成分及作用靶点,根据ADME筛选其主要活性成分,通过String平台进行分析并利用Cytoscape3.7.2软件构建马齿苋主要活性成分与作用靶点的网络;收集Disgenet、OMIM、Drugbank数据库中动脉粥样硬化的靶点,通过String平台进行马齿苋与动脉粥样硬化共同靶点相互作用分析并利用Cytoscape3.7.2软件构建其PPI网络;采用Metascape平台进行“药物–成分–靶点”的基因功能与通路分析,通过CB-DOCK进行分子对接验证。结果:马齿苋的主要活性成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素等10个,对应212个作用靶点。动脉粥样硬化有关的靶点1081个。马齿苋成分–动脉粥样硬化共同靶点有ALB、IL-6、TNF等108个,主要通路有流体剪切力与动脉粥样硬化途径、癌症的途径、TNF信号通路等。槲皮素、山柰酚、木犀草素分别与ALB、IL-6的对接得分均【−5 kcal/mol,说明它们之间的分子对接能力均较好。结论:马齿苋通过多成分、多靶点、多通路参与动脉粥样硬化的调节。
文摘目的:基于网络药理学探究金银花治疗过敏性鼻炎的作用机制。方法:通过TCMSP数据库,根据ADME筛选出金银花的活性成分及其靶点,使用Uniprot数据库规范靶点对应的人类基因名;通过Genecards、TTD、OMIM数据库获取过敏性鼻炎主要靶点,利用R语言绘制Venn图得到金银花活性成分作用靶点与过敏性鼻炎的交集靶点;Perl软件整理数据,采用Cytoscape3.7.2软件构建“金银花活性成分–过敏性鼻炎靶点”网络;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块;采用Metascape平台进行GO富集与KEGG富集分析;最后通过Ledock进行分子对接验证。结果:通过TCMSP检索到236个金银花主要化学成分,筛选出23个活性成分,根据Uniprot数据库,排除无对应基因名部分,排除靶点重复部分,共获得活性成分17个,靶点193个;以“allergic rhinitis”为关键词,检索OMIM数据库、GeneCards数据库、TTD数据库的疾病潜在作用靶点,排除重复部分,得到过敏性鼻炎潜在作用靶点2089个,利用R语言绘制Venn图,得到疾病–活性成分共同靶点98个;利用CytoNCA得出Degree前3的活性成分是槲皮素、木犀草素和山柰酚;物种设置为人源性,以0.40为置信区间,构建了节点数98、边数1762、平均节点度36、平均局部聚类系数0.684的PPI网络;GO富集和KEGG富集显示,金银花主要参与的生物学过程包括生物对脂多糖的应答过程(response to lipopolysaccharide)、凋亡细胞通路(apoptotic signaling pathway)、调节细胞黏附(regulation of cell adhesion)、对受伤的应答(response to wounding)、对毒性物质的应答(response to toxic substance)等,参与的通路主要有癌症信号通路(Pathways in cancer)、流体剪切应力与动脉粥样硬化(Fluid shear stress and atherosclerosis)、IL-17信号通路(IL-17signaling pathway)以及癌症蛋白聚糖(Proteoglycans in cancer)等,相关靶点治疗过敏性鼻炎的功能主
