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2018—2022年无锡市H3N2流感病毒全基因组特征分析
1
作者 邹国华 王瑞 +4 位作者 肖勇 於淳安 鲍静 周琪 马广源 《江苏预防医学》 CAS 2024年第4期412-417,共6页
目的了解无锡市近年H3N2流感病毒的进化和变异特征。方法采用实时荧光定量RT-PCR方法,对流感样病例标本进行检测和分型,将H3N2流感病毒核酸阳性标本经细胞培养后,选取红细胞凝集试验(HA)≥1∶8的毒株扩增全基因组,构建文库,采用MiSeq测... 目的了解无锡市近年H3N2流感病毒的进化和变异特征。方法采用实时荧光定量RT-PCR方法,对流感样病例标本进行检测和分型,将H3N2流感病毒核酸阳性标本经细胞培养后,选取红细胞凝集试验(HA)≥1∶8的毒株扩增全基因组,构建文库,采用MiSeq测序仪上机测序,以NC_007366.1为参考株,使用CLC Genomics Workbench(Version 23)软件分析,采用MEGA 7.0软件构建系统进化树,NetNGlyc 1.0 Server软件预测N-糖基化位点。结果2018—2022年共监测流感样鼻咽拭子标本10440份,流感病毒核酸阳性率9.60%,H3N2型占28.44%(285株)。对19株H3N2型毒株进行全基因组测序分析,以HA基因核苷酸、氨基酸同源性最低,分别为97.43%~100.00%、96.37%~100.00%;M基因核苷酸、氨基酸同源性最高,分别为98.23%~100.00%、100.00%。不同基因核苷酸、氨基酸变异率差异均有统计学意义(χ^(2)=41.26、86.12,P值均<0.05),核苷酸变异率3.05%(M)~7.05%(HA),氨基酸变异率1.54%(PB2)~7.45%(NA)。基因进化距离以NS最小(0.000~0.028)、HA最大(0.000~0.065)。H3N2流感流行株2018流感监测年(1—3月)属3C.2a进化分支,2018—2020流感监测年属3C.2a1b.2进化分支,2022流感监测年(4—12月)属3C.2a1b.2a.1a.1进化分支。19株H3N2型毒株8个基因片段均有突变位点,以HA(51个)和NA基因(40个)较多,M基因较少(6个);5年均有特有突变位点,HA基因存在9~12个潜在N-糖基化位点,NA基因均为6个潜在N-糖基化位点。结论无锡地区H3N2流行株虽在不断进化,与疫苗株匹配性仍较好。应进一步加强监测,及时掌握流感病毒流行趋势,以制定有效的防控策略。 展开更多
关键词 H3N2流感 全基因组测序 变异 糖基化
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2022-2023年无锡市甲型H3N2流感病毒全基因组特征分析
2
作者 徐勇 王瑞 +6 位作者 於淳安 鲍静 周琪 肖勇 李泓 石晓娈 马广源 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2024年第4期454-463,共10页
目的了解无锡市2022-2023年甲型H3N2流感病毒的全基因组和遗传进化特征。方法采用实时荧光定量RT-PCR方法对流感样病例呼吸道样本进行分型检测,对甲型H3N2流感病毒核酸阳性的样本进行病毒分离培养,红细胞凝集试验(HA)≥1∶8的毒株提取核... 目的了解无锡市2022-2023年甲型H3N2流感病毒的全基因组和遗传进化特征。方法采用实时荧光定量RT-PCR方法对流感样病例呼吸道样本进行分型检测,对甲型H3N2流感病毒核酸阳性的样本进行病毒分离培养,红细胞凝集试验(HA)≥1∶8的毒株提取核酸,扩增全基因组序列,构建文库,采用MiSeq测序仪上机测序。以NC_007366.1为参考株,使用CLC Genomics Workbench(Version 23)软件分析下机数据。采用MEGA 7.0软件构建系统进化树,NetNGlyc 1.0 Server软件预测N-糖基化位点。结果2022-2023年35株甲型H3N2流感病毒流行株之间的核苷酸同源性为96.4%-100%,氨基酸同源性为95.2%~100%。2022年16株流行株属于3C.2a1b.2a.1a进化分支,2023年19株流行株属于3C.2a1b.2a.2a.3a.1进化分支。2022年流行株与对应疫苗株比较HA基因核苷酸序列存在7个差异位点,共享15个突变位点;2023年流行株与对应疫苗株比较HA基因核苷酸序列存在28个差异位点,共享17个突变位点。35株流行株HA基因均缺少N-糖基化位点61:NSS,而2023年19株流行株HA基因新增N-糖基化位点110:NSS。结论2022年和2023年甲型H3N2流感病毒的HA和NA基因分别属于2个进化分支,与相应疫苗株比较均出现特异性氨基酸位点改变。2022年流行株与疫苗株比较抗原匹配性较好,2023年流行株与疫苗株比较存在抗原匹配性较低的现象。 展开更多
关键词 甲型H3N2流感病毒 全基因组测序 变异 N-糖基化
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2016-2018年江苏省无锡市儿童呼吸道合胞病毒流行病学特征及G基因变异分析
3
作者 王瑞 肖勇 +5 位作者 鲍静 管红霞 周琪 於淳安 张志明 马广源 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期324-330,共7页
目的 分析2016年1月至2018年12月江苏省无锡市儿童中呼吸道合胞病毒(RSV)感染的流行特征及RSV-G基因变异情况,为江苏省无锡市RSV预防控制提供科学数据。方法 采集2016-2018年江苏省无锡市儿童医院的急性上呼吸道感染样本,使用实时荧光... 目的 分析2016年1月至2018年12月江苏省无锡市儿童中呼吸道合胞病毒(RSV)感染的流行特征及RSV-G基因变异情况,为江苏省无锡市RSV预防控制提供科学数据。方法 采集2016-2018年江苏省无锡市儿童医院的急性上呼吸道感染样本,使用实时荧光定量聚合酶链式反应技术对采集的样本进行RSV检测,使用双重荧光聚合酶链式反应方法明确A/B亚型,选取部分阳性样本进行G基因测序,比对测序结果与已知的RSV基因序列,确定基因型别和分析G基因的变异情况。结果 2016-2018年RSV总体检出率为9.01%(281/3 120),RSV A亚型为4.07%(127/3 120),RSV B亚型为4.87%(152/3 120),A、B亚型混合感染仅2例。婴幼儿检出率最高为10.77%(196/1820)。每年11月至次年2月占比(69.97%,191/281)远高于其他月份。2016年1月至2017年4月以B亚型为主,2017年9月至2018年12月以A亚型为主。RSV A亚型有1种基因型:ON1,RSV B亚型有1种基因型:BA10。RSV A亚型核苷酸同源性为95.70%~99.00%,RSV B亚型核苷酸同源性97.10%~99.50%。A亚型易发生E262K、L274P突变,B亚型均发生T270I和V271A突变。ON1型N-糖基化位点只有237位点与ON1原型株一致,BA10型N-糖基化位点与BA原型株一致。结论 婴幼儿是江苏省无锡市RSV感染的主要人群,每年11月至次年2月为RSV感染高峰期,呈现A亚型和B亚型交替流行的特点。ON1基因型和BA10基因型分别是RSV A、B亚型的唯一基因型。RSV-G基因同源性差异较小,均有ON1、BA10基因型的典型氨基酸位点突变,ON1型N-糖基化位点比BA10型较易发生变异。 展开更多
关键词 呼吸道合胞病毒 急性呼吸道感染 G基因
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耐高温葡萄糖异构酶重组菌发酵与转化条件研究 被引量：2
4
作者 贾东旭 周霖 +6 位作者 王腾 於淳安 廖承军 陈德水 王红艳 廖小颖 金利群 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期13-19,共7页
耐高温的葡萄糖异构酶(glucose isomerase,GI)在高温下可将D-葡萄糖异构化为D-果糖,获得的高果糖浆可作为甜味剂应用于食品诸多领域。对Thermus oshimai GI重组菌发酵产酶条件和全细胞转化D-葡萄糖生成D-果糖工艺进行研究。确定诱导温... 耐高温的葡萄糖异构酶(glucose isomerase,GI)在高温下可将D-葡萄糖异构化为D-果糖,获得的高果糖浆可作为甜味剂应用于食品诸多领域。对Thermus oshimai GI重组菌发酵产酶条件和全细胞转化D-葡萄糖生成D-果糖工艺进行研究。确定诱导温度28℃,诱导剂终浓度0.1 mmol/L,发酵培养基添加5 mmol/L Mn^(2+)的最优产酶发酵条件;将最优转化体系放大,包括20 g/L湿菌体、10 mmol/L Mn^(2+)和200 g/L底物,于95℃和pH 7.5条件下生物转化4 h,D-果糖得率高达57.34%。该工艺具备一步法生产F55型高果糖浆的可能性,可简化后续浓缩分离等步骤,为进一步使用食品安全的表达系统生产F55型高果糖浆提供理论依据。 展开更多
关键词 THERMUS oshimai葡萄糖异构酶 工程菌E.coli BL21(DE3)/pET28b/ToGI D-葡萄糖 D-果糖 细胞催化 转化
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无锡市新型冠状病毒感染不同流行时期病例的全基因组特征分析
5
作者 马广源 肖勇 +6 位作者 施超 於淳安 王雅静 管红霞 鲍静 周琪 焦建栋 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 2023年第2期116-121,共6页
目的了解无锡市不同流行时期新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组序列特征及其突起蛋白的变异情况。方法对无锡市2020年1月至2月的6例新型冠状病毒感染(COVID-19)本土病例和2021年3月至9月的13例COVID-19输入病例的鼻咽拭子样本提取病毒核... 目的了解无锡市不同流行时期新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组序列特征及其突起蛋白的变异情况。方法对无锡市2020年1月至2月的6例新型冠状病毒感染(COVID-19)本土病例和2021年3月至9月的13例COVID-19输入病例的鼻咽拭子样本提取病毒核酸,扩增全基因组序列,构建测序文库,并采用二代测序仪上机测序。以NC_045512.2为参考株,使用CLC Genomics Workbench(21版)软件分析下机数据。采用MEGA 7.0软件构建系统进化树,采用Nextstrain分型法和系统发育归类命名全球暴发分支(Pangolin)分型法鉴定型别。结果19例COVID-19患者中,Nextstrain分型有5种亚型,Pangolin分型有7种亚型。与参照株NC_045512.2相比,核苷酸突变位点范围为0~42个,中位数为29个;核苷酸突变造成氨基酸突变位点范围为0~34个,中位数为20个。6例本土病例与13例输入病例无共有的核苷酸突变位点,处于不同的进化分支。6例本土病例属于大流行早期病例,其病毒序列与参考株NC_045512.2序列高度同源,进化距离接近参考株;13例输入病例明显分成3个进化分支(阿尔法、贝塔、德尔塔变异株)。4例贝塔变异株突起蛋白共享8个氨基酸突变位点,2例阿尔法变异株突起蛋白共享8个氨基酸突变位点;7例德尔塔变异株突起蛋白共享5个氨基酸突变位点。结论SARS-CoV-2在流行中不断出现新的变异株,随着核苷酸位点数的增加,有可能引起突起蛋白氨基酸的改变,因此开展全基因组测序分析可对疫情精准溯源和防控措施的调整起到至关重要的作用。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 新型冠状病毒感染 全基因组测序 突起蛋白
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一起由柯萨奇病毒A6引起的成人病毒性皮疹的流行病学调查
6
作者 曹军 肖勇 +4 位作者 鲍静 蔡群 周琪 於淳安 马广源 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2022年第1期77-80,共4页
目的调查一起由肠道病毒引起的病毒性皮疹的流行病学特征。方法对公司感染性病例进行回顾性流行病学分析,采集病例的咽拭子标本进行22种呼吸道病原核酸检测,肠道病毒VP1基因扩增并测序。结果本次病例发生在同一个公司多个部门,所涉病例... 目的调查一起由肠道病毒引起的病毒性皮疹的流行病学特征。方法对公司感染性病例进行回顾性流行病学分析,采集病例的咽拭子标本进行22种呼吸道病原核酸检测,肠道病毒VP1基因扩增并测序。结果本次病例发生在同一个公司多个部门,所涉病例从2月14至2月21日共14例,发病高峰为2月18日,共发病4例。临床特征为皮疹、发热、眼结膜充血症和咽痛等。14例病例中,男生6人,女生8人,男:女=0.75∶1。年龄分布在22~42岁,平均年龄35岁。22种呼吸道病原核酸检测结果为肠道病毒通用EV阳性,VP1基因扩增测序结果为肠道病毒柯萨奇A6。结论结合流行病学调查和实验室检测结果,判断这起病毒性皮疹为肠道病毒柯萨奇A6引起。 展开更多
关键词 病毒性皮疹 肠道病毒 柯萨奇A6
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2017—2020年无锡市人腺病毒流行特征及B3亚型Hexon基因变异分析
7
作者 马广源 肖勇 +3 位作者 鲍静 管红霞 周琪 於淳安 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2022年第5期569-574,共6页
目的了解2017—2020年无锡市人腺病毒(human adenovirus,HAdV)的基因分型、流行特征及主要流行株的基因变异情况。方法使用实时荧光PCR技术检测2017—2020年哨点医院送检急性呼吸道感染标本,荧光PCR检测阳性标本经细胞分离培养,Hexon基... 目的了解2017—2020年无锡市人腺病毒(human adenovirus,HAdV)的基因分型、流行特征及主要流行株的基因变异情况。方法使用实时荧光PCR技术检测2017—2020年哨点医院送检急性呼吸道感染标本,荧光PCR检测阳性标本经细胞分离培养,Hexon基因测序、分析,确定基因型别及变异。结果2017—2020年无锡市HAdV检出情况略有不同,总体在5~7月和11~次年1月份出现2个流行峰。病例主要为幼儿(1~3岁),阳性标本占比为32.05%(75/234)。临床症状主要为发热占比为65.81%,其次是咳嗽占比为58.12%。检出HAdV有8个型别,分属3个亚属,HAdV-3已成为主要流行株,占比为47.18%(67/142),其余HAdV-713.38%(19/142),HAdV-557.75%(11/142),HAdV-19.15%(13/142),HAdV-29.15%(13/142),HAdV-55.63%(8/142),HAdV-62.11%(3/142),HAdV-45.63%(8/142)。本地流行株HAdV-3与9株国内和国际(KX384958.1-USA)参考株比较,HAdV-3在进化过程中623位、938位出现氨基酸的突变。结论2017—2020年无锡市HAdV在5~7月和11~次年1月出现2个流行峰,病例主要为1~3岁的幼儿,HAdV-3已逐渐成为优势流行株,在压力选择和进化过程中出现2个高频突变位点。 展开更多
关键词 人腺病毒 Hexon基因 变异
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