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AeDNA:水生生物eDNA数据库 被引量：3
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作者 陈凯 方成池 +17 位作者 吴志刚 熊凡 俞丹 崔永德 张琪 王宝强 姜传奇 宋立荣 王洪铸 刘焕章 陈晓飞 凌海波 蔡俊雄 李涛 何舜平 缪炜 熊杰 曾宏辉 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1741-1747,共7页
环境DNA (eDNA)技术是一种生态和生物多样性监测和评价的新手段,完整和准确的参考序列库是eDNA技术应用于水生生物多样性调查的基础。当前,不同水生生物eDNA参考序列还存在诸多问题,如不同类群使用的标记基因不同且资源较为分散,部分参... 环境DNA (eDNA)技术是一种生态和生物多样性监测和评价的新手段,完整和准确的参考序列库是eDNA技术应用于水生生物多样性调查的基础。当前,不同水生生物eDNA参考序列还存在诸多问题,如不同类群使用的标记基因不同且资源较为分散,部分参考序列分类不准确,以及针对我国各类水体中水生生物eDNA参考序列不多等。针对上述问题,研究构建了水生生物eDNA数据库(AeDNA, http://aedna.ihb.ac.cn/)。AeDNA整合了DNA条形码和基因组两种类型参考序列。其中18S、28S、ITS、COΙ、12S、rbcL等各类DNA条形码60余万条,涉及2万余种鱼类、1万余种水生植物、1万余种底栖动物、1万余种浮游动物和1万余种浮游植物;基因组包含线粒体、叶绿体等细胞器基因组6199个及万种鱼类基因组计划和万种原生生物基因组计划所产生的物种基因组。涉及的生境有江、河、湖、海、冰川和温泉等各类水环境,尤其数据库构建团队贡献的6万余条参考序列,具有我国丰富的各类水体生境信息。总体来说, AeDNA是一个数据量大、类群覆盖全、准确性高且具有我国水生生物特色的综合性eDNA参考序列库,是水生态和水生生物多样性监测的重要基础资源。 展开更多
关键词 eDNA数据库 DNA条形码 基因组 eDNA技术
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中国科学院水生生物研究所科学数据中心:助推大数据时代水生生物学研究新发展 被引量：2
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作者 缪荣丽 魏朝军 +6 位作者 王宝强 彭新奎 陈凯 熊凡 方成池 甘小妮 曾宏辉 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1719-1724,共6页
中国科学院水生生物研究所(以下简称“水生所”)是研究内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用的综合性学术机构。自20世纪50年代开始,水生所科研人员率先有计划地针对全国主要水体开展了实地科学考察,产生了大量的水生生物原始... 中国科学院水生生物研究所(以下简称“水生所”)是研究内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用的综合性学术机构。自20世纪50年代开始,水生所科研人员率先有计划地针对全国主要水体开展了实地科学考察,产生了大量的水生生物原始生态学数据;随着显微拍照和测序技术的进步,调查还产生了各种浮游生物显微照片和大量的遗传数据。这些数据为水生态监测服务系统和数据库的构建提供了数据支持,有助于推进水生生物学研究的发展。此外,面向国家在水环境保护、渔业可持续发展方面的重大战略需求,中国科学院水生生物研究所科学数据中心(以下简称水生所科学数据中心)(http://sdb.ihb.ac.cn/)聚焦科学数据标准规范、安全可控和开放共享,对上述科学数据进行收集保存、汇交整合、分级管理和分析挖掘,以期为生态环境保护与生物资源保护利用等领域的基础性、战略性和前瞻性的科学研究和技术创新服务。 展开更多
关键词 大数据 水生生物 水环境保护 渔业可持续发展 科技创新
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