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多肽与蛋白质对接的研究进展
被引量：
5
1
作者
戚
兴
保
郑珩
方慧生
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第6期747-750,共4页
多肽类药物具有生理活性强、免疫原性低、疗效高等优点,在临床治疗上有着广阔的应用前景。随着固相肽合成和组合肽库等技术的发展,人们已经可以快速合成大量结构不同的多肽用于药物筛选和研发,但随之而来的问题是传统随机筛选方法盲目性...
多肽类药物具有生理活性强、免疫原性低、疗效高等优点,在临床治疗上有着广阔的应用前景。随着固相肽合成和组合肽库等技术的发展,人们已经可以快速合成大量结构不同的多肽用于药物筛选和研发,但随之而来的问题是传统随机筛选方法盲目性大,实验成本高,因此多肽的理性设计方法也日益被人们所关注。一些经典的药物对接软件如DOCK、AutoDOCK等也被用于模拟多肽与其靶标蛋白形成的复合物结构,或被用于多肽虚拟库的筛选。然而相对于小分子化合物,多肽分子柔性较大,而且随着肽链的延长其计算复杂度呈几何级数增长,多肽与蛋白质对接的算法和精度还有待进一步提高。本文重点介绍当前应用于多肽-蛋白质对接的一些方法,例举一些文献报道的应用实例,以促进计算机辅助手段在多肽类药物理性设计中的应用。
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关键词
多肽与蛋白质对接
构象搜索方法
对接软件
原文传递
基于蛋白质结构的多重序列比对的黄金标准评估法：平均相似性法
被引量：
1
2
作者
康勍
胡健
+2 位作者
戚
兴
保
方慧生
陈凯先
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第2期190-192,共3页
目的:建立蛋白质多重序列的质量评估法。方法:假定在多重序列比对中的一条序列是未知的,以其他序列作为模板,通过将模板蛋白质的三维结构作为未知蛋白质的预测模型,进而比较预测与实际结构的相似性,将它们的平均值作为多重序列比对的质...
目的:建立蛋白质多重序列的质量评估法。方法:假定在多重序列比对中的一条序列是未知的,以其他序列作为模板,通过将模板蛋白质的三维结构作为未知蛋白质的预测模型,进而比较预测与实际结构的相似性,将它们的平均值作为多重序列比对的质量。结果:通过SCOP数据库的检验,所得的质量标准与专家分类的标准基本一致。结论:本方法是一种有效的蛋白质多重序列比对的质量评估法。
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关键词
多重序列比对
评估
平均相似性法
蛋白质结构
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职称材料
题名
多肽与蛋白质对接的研究进展
被引量：
5
1
作者
戚
兴
保
郑珩
方慧生
机构
中国药科大学生命科学与技术学院
出处
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第6期747-750,共4页
文摘
多肽类药物具有生理活性强、免疫原性低、疗效高等优点,在临床治疗上有着广阔的应用前景。随着固相肽合成和组合肽库等技术的发展,人们已经可以快速合成大量结构不同的多肽用于药物筛选和研发,但随之而来的问题是传统随机筛选方法盲目性大,实验成本高,因此多肽的理性设计方法也日益被人们所关注。一些经典的药物对接软件如DOCK、AutoDOCK等也被用于模拟多肽与其靶标蛋白形成的复合物结构,或被用于多肽虚拟库的筛选。然而相对于小分子化合物,多肽分子柔性较大,而且随着肽链的延长其计算复杂度呈几何级数增长,多肽与蛋白质对接的算法和精度还有待进一步提高。本文重点介绍当前应用于多肽-蛋白质对接的一些方法,例举一些文献报道的应用实例,以促进计算机辅助手段在多肽类药物理性设计中的应用。
关键词
多肽与蛋白质对接
构象搜索方法
对接软件
Keywords
peptide-protein docking
conformation search technology
docking software
分类号
TQ015.9 [化学工程]
TP391.9 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
原文传递
题名
基于蛋白质结构的多重序列比对的黄金标准评估法：平均相似性法
被引量：
1
2
作者
康勍
胡健
戚
兴
保
方慧生
陈凯先
机构
中国药科大学生命科学与技术学院
上海中医药大学
出处
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第2期190-192,共3页
文摘
目的:建立蛋白质多重序列的质量评估法。方法:假定在多重序列比对中的一条序列是未知的,以其他序列作为模板,通过将模板蛋白质的三维结构作为未知蛋白质的预测模型,进而比较预测与实际结构的相似性,将它们的平均值作为多重序列比对的质量。结果:通过SCOP数据库的检验,所得的质量标准与专家分类的标准基本一致。结论:本方法是一种有效的蛋白质多重序列比对的质量评估法。
关键词
多重序列比对
评估
平均相似性法
蛋白质结构
Keywords
muhiple sequence alignment（MSA）
assessment
average similarity
protein structure
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
多肽与蛋白质对接的研究进展
戚
兴
保
郑珩
方慧生
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2010
5
原文传递
2
基于蛋白质结构的多重序列比对的黄金标准评估法：平均相似性法
康勍
胡健
戚
兴
保
方慧生
陈凯先
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009
1
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职称材料
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