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Ⅰ型单纯疱疹病毒感染人二倍体成纤维细胞后长链非编码RNA表达谱分析 被引量：1
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作者 邓荣珍 李志远 +6 位作者 徐梁子 杞梦迪 杨梦梅 孙静 胡凝珠 施建东 胡云章 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2020年第2期158-163,共6页
目的探讨Ⅰ型单纯疱疹病毒(Herpes simplex virus type 1,HSV-1)感染人胚肺二倍体成纤维细胞(KMB-17)对长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的调控作用。方法用HSV-1感染KMB-17细胞,于感染后48h提取RNA进行高通量测序。测序获得... 目的探讨Ⅰ型单纯疱疹病毒(Herpes simplex virus type 1,HSV-1)感染人胚肺二倍体成纤维细胞(KMB-17)对长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的调控作用。方法用HSV-1感染KMB-17细胞,于感染后48h提取RNA进行高通量测序。测序获得的转录本用Cufflinks、CPC和CNCI软件进行lncRNA的鉴定和注释,并利用cuffdiff软件进行差异表达lncRNA的筛选。对筛选的差异表达lncRNA进行靶基因的预测及其GO和KEGG功能富集分析。结果共筛选到891个差异表达的lncRNA,其中上调515个,下调376个。GO和KEGG功能富集分析表明,HSV-1感染诱导表达差异的lncRNA靶基因主要富集在Toll样受体信号通路,RIG?I样受体信号通路,Jak-STAT信号通路、Hedgehog信号通路、趋化因子信号通路和细胞代谢相关信号通路上。结论 HSV-1感染KMB-17细胞后诱导细胞lncRNA差异表达并通过靶基因来影响细胞抗病毒免疫和细胞代谢等相关信号通路,调控细胞抗病毒的响应机制。 展开更多
关键词 单纯疱疹病毒1型 人胚肺二倍体成纤维细胞 长链非编码RNA 表达谱
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猴空泡病毒40感染 Vero细胞前后长链非编码RNA差异表达及功能分析
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作者 李志远 邓荣珍 +6 位作者 徐梁子 杞梦迪 杨梦梅 孙静 胡凝珠 施建东 胡云章 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2020年第3期274-278,284,共6页
目的运用二代测序技术检测猴空泡病毒40(SV40)感染非洲绿猴肾细胞(Vero)后细胞内长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达情况,并分析差异表达lncRNA的生物学功能,为解析SV40和宿主细胞的互作机制提供新思路。方法用SV40病毒感染Vero细胞,72h... 目的运用二代测序技术检测猴空泡病毒40(SV40)感染非洲绿猴肾细胞(Vero)后细胞内长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达情况,并分析差异表达lncRNA的生物学功能,为解析SV40和宿主细胞的互作机制提供新思路。方法用SV40病毒感染Vero细胞,72h后收取样品,与对照组同时使用Trizol法提取RNA,并对其进行二代测序。使用CNCI、CPC和Cufflinks系列软件对来源于Vero细胞的lncRNA进行鉴定,筛选差异表达lncRNA。根据位置关系进行lncRNA靶基因预测,利用GO富集分析和KEGG富集分析进行靶基因功能富集分析。结果SV40感染Vero细胞后,共有274个lncRNA发生显著性差异表达,其中50个表达上调,224个表达下调。GO富集分析显示,差异表达lncRNA靶基因主要与胞内信号转导、染色质沉默、免疫反应、葡萄糖代谢和蛋白磷酸化调控等生物学过程密切相关。KEGG富集分析显示,差异表达lncRNA的靶基因主要富集在Notch信号通路、TGF-β信号通路、mTOR信号通路和抗原加工和呈递等多个信号通路上。结论SV40感染Vero细胞后重塑了Vero细胞的lncRNA表达谱,多个显著差异表达的lncRNA通过Notch、TGF-β、mTOR和抗原加工和呈递等信号通路参与细胞对病毒感染的反应调控。 展开更多
关键词 SV40 lncRNA VERO细胞 表达谱分析 功能
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