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柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析 被引量：61
1
作者 李琳琳 何雅晴 +4 位作者 朱俊萍 薛颖 朱雅芳 徐星晔 金奇 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期217-222,共6页
对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,Cox.A16)病毒SHZH00-1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox.A16SHZH00-1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5′端非编码区(5′U... 对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,Cox.A16)病毒SHZH00-1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox.A16SHZH00-1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5′端非编码区(5′UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6582个核苷酸,编码一个含2193个氨基酸残基的多聚蛋白,3′端非编码区长为83bp。Cox.A16SHZH00-1基因组的结构与Cox.A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AF177911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97.5%,氨基酸同源性为98.8%;而与Cox.A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79.1%,氨基酸同源性为94.5%。Cox.A16SHZH00-1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80%。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组16型 基因组 手足口病 同源性 序列分析 中国分离株 儿童
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中国柯萨奇病毒A组16型部分VP1区序列测定及系统进化分析 被引量：19
2
作者 卫灿东 李琳琳 +3 位作者 何雅晴 徐星晔 薛颖 金奇 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期223-227,共5页
利用1999～2004年连续6年从中国深圳及北京地区分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox.A16)毒株的部分VP1区基因序列进行分析和研究,试图找出中国Cox.A16的种系进化规律和分型依据.6株Cox.A16病毒部分VP1区核苷酸和氨基酸同... 利用1999～2004年连续6年从中国深圳及北京地区分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox.A16)毒株的部分VP1区基因序列进行分析和研究,试图找出中国Cox.A16的种系进化规律和分型依据.6株Cox.A16病毒部分VP1区核苷酸和氨基酸同源性均较高,相互间核苷酸同源性为94.5%～98.0%,氨基酸同源性为97.8%～100%.6株中国分离株与Cox.A16国际参考株相比,部分VP1区核苷酸同源性高于78.2%,氨基酸同源性高于为93.3%.基因系统进化分析表明,中国大陆分离的6株Cox.A16与中国台湾流行株Tainan-5079-98(AF177911),与4株日本分离株、瑞典株及美国株GA95-2095(AF081613)、PA94-5753(AF081628)的关系均较近,核苷酸同源性大于93.3%.了解我国Cox.A16流行株的遗传学背景和种系进化关系,对有效地预防和控制Cox.A16流行有重要意义. 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组16型 手足口病 系统进化分析 VP1区 序列测定 中国分离株 儿童
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斯氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)A1501反硝化相关基因结构及功能分析 被引量：8
3
作者 燕永亮 杨剑 +9 位作者 陈立宏 杨帆 董杰 薛颖 徐星晔 朱雅芳 姚志健 林敏 王忆平 金奇 《中国科学（C辑）》 CSCD 北大核心 2005年第3期246-253,共8页
在A1501株的基因组上鉴定了4个反硝化相关的基因簇:nar,nir,nor和nos,共40个基因,基因的转录产物与其他种群中物质运输、基因调控以及还原酶类蛋白高度同源.nir,nor和nos基因簇在染色体上位置靠近,与nar基因簇相隔较远.与其他反硝化细... 在A1501株的基因组上鉴定了4个反硝化相关的基因簇:nar,nir,nor和nos,共40个基因,基因的转录产物与其他种群中物质运输、基因调控以及还原酶类蛋白高度同源.nir,nor和nos基因簇在染色体上位置靠近,与nar基因簇相隔较远.与其他反硝化细菌比对的结果表明,A1501株中的40个反硝化基因组成了一套完整的反硝化催化系统.在A1501株中,该系统有以下特点:(ⅰ)nar基因簇中,narK基因只发现一个拷贝.(ⅱ)在narK与narG之间有一个narM基因.(ⅲ)在narX,narL基因的下游鉴定了两个基因dnrE和orf1,其中dnrE基因是一个属于FNR家族的转录因子.(ⅳ)A1501株中nir基因有16个,是所有已知反硝化细菌nir基因数量最多的.(ⅴ)在A1501株中,同时也是在假单胞杆菌属中首次报道norR基因.(ⅵ)nos基因簇相对保守,无论在基因组成还是排列方式与参照的菌株都完全一致. 展开更多
关键词 功能分析 基因结构 相关 反硝化细菌 基因组成 基因簇 假单胞杆菌 nar nir nor 物质运输 转录产物 基因调控 催化系统 转录因子 基因数量 排列方式 nos 染色体 M基因 L基因 r基因 FNR E基因 dnt R基因 鉴定 种群 蛋白
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红色毛癣菌不同生长阶段的基因表达谱分析 被引量：3
4
作者 徐星晔 刘涛 +4 位作者 冷文川 董杰 薛颖 杨汉春 金奇 《中国科学：生命科学》 CSCD 北大核心 2011年第5期414-421,共8页
红色毛癣菌是最重要的浅表感染真菌.目前对红色毛癣菌分子和遗传学方面的研究还比较有限.应用cDNA芯片技术对红色毛癣菌不同生长阶段的基因表达谱进行了分析,获得了2044个在不同生长阶段差异表达的基因.聚类分析表明,这些基因可以分为3... 红色毛癣菌是最重要的浅表感染真菌.目前对红色毛癣菌分子和遗传学方面的研究还比较有限.应用cDNA芯片技术对红色毛癣菌不同生长阶段的基因表达谱进行了分析,获得了2044个在不同生长阶段差异表达的基因.聚类分析表明,这些基因可以分为3种不同的表达模式.本研究验证了先前的结论,即在红色毛癣菌中存在预储存的mRNA.对不同生长状态下转录谱和基因功能分析表明,糖酵解过程中的一些重要的酶具有相似的表达模式,说明在红色毛癣菌的生长过程中,这些酶可能具有共同的调控模式.同时,在红色毛癣菌生长过程中,一些参与诸如小GTPase调控、cAMP依赖的调控途径以及MAPK信号传导途径的基因表达也发生了变化.尽管这些基因和相关的调控途径在红色毛癣菌中的具体生物学功能还不清楚,但它们可能在其生长过程中起了调控作用. 展开更多
关键词 红色毛癣菌 基因表达谱 CDNA 芯片 生长阶段
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志贺氏菌属鲍氏(S.boydii)亚群基因组组成与进化分析 被引量：1
5
作者 张笑冰 王璟 +7 位作者 彭俊平 杨娥 宾文 杨剑 董杰 孙立连 徐星晔 金奇 《中国科学（C辑）》 CSCD 北大核心 2005年第4期359-364,共6页
利用比较基因组杂交法(comparativegenomichybridization,CGH)对志贺氏菌属鲍氏(S.boydii)亚群共18个血清型代表菌株的基因组结构组成进行比较分析,结果显示,该亚群基因组的“共有骨架”包含2552个与非致病性大肠杆菌K12同源的ORFs.比对... 利用比较基因组杂交法(comparativegenomichybridization,CGH)对志贺氏菌属鲍氏(S.boydii)亚群共18个血清型代表菌株的基因组结构组成进行比较分析,结果显示,该亚群基因组的“共有骨架”包含2552个与非致病性大肠杆菌K12同源的ORFs.比对K12基因组,该亚群所有菌株基因组共同缺失ORFs为199个,主要涉及外膜蛋白编码基因和O-抗原合成相关基因,而属于亚群特异性的ORFs主要以噬菌体基因和未知功能ORFs为主,一些参与铁离子代谢、运输和Ⅱ型分泌系统基因在大多数的鲍氏菌株中存在.以比较基因组杂交法得到的进化分析显示:鲍氏亚群18个血清型代表菌株可分为4组,其中13型与其他菌株有较大的差异.这种分组结果与某些代谢相关的基因分布情况存在对应关系.通过对该亚群“共有骨架”、缺失基因和株特异基因,以及进化分类等方面的分析,以期探索该亚群基因组的进化规律,并为志贺氏菌属鲍氏亚群的致病机理、疫苗研制和药物开发等方面的研究提供重要线索. 展开更多
关键词 志贺菌属鲍氏亚群 比较基因组杂交 株特异性ORFs 进化 比较基因组 进化分析 志贺氏菌 结构组成 亚群 致病性大肠杆菌
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痢疾志贺菌A1型IroN,ShuA单、双突变体的构建及功能分析 被引量：1
6
作者 宾文 刘墨青 +4 位作者 彭俊平 孙立连 徐星晔 张景海 金奇 《中国科学（C辑）》 CSCD 北大核心 2006年第3期255-260,共6页
构建了痢疾志贺菌A1型SD51197株IroN与ShuA基因缺失及插入的单、双基因突变体MTS-1,MTS-2和MTS．对各突变体在培养基、细胞水平进行了功能检测,并利用SD51197全基因组芯片对各突变株进行了铁丰富和铁限制条件下的表达谱分析．结果显示,... 构建了痢疾志贺菌A1型SD51197株IroN与ShuA基因缺失及插入的单、双基因突变体MTS-1,MTS-2和MTS．对各突变体在培养基、细胞水平进行了功能检测,并利用SD51197全基因组芯片对各突变株进行了铁丰富和铁限制条件下的表达谱分析．结果显示,在添加铁螯合剂DIP条件下,各突变株生长水平都明显低于野生株,补加铁离子可以使突变株回复到正常生长水平;在HeLa细胞和U937细胞的胞内存活增殖和胞间扩散能力实验中,各突变株的生长状态都没有明显变化,但在HeLa细胞侵袭过程中添加DIP,MTS-1,MTS-2和．MTS的胞内存活增殖能力与野生株相比分别下降了23．4％,25．2％和43．6％．铁限制条件下的表达谱结果表明,各突变株对缺铁的变化比野生株更敏感,多个基因的表达发生改变,上调基因主要涉及转录、辅酶代谢、氨基酸代谢和功能未分类基因,而下调基因主要包括能量代谢和碳水化合物代谢以及功能未分类的基因;已知的转铁相关基因普遍上调．此结果表明,运铁相关基因IroN和ShuA可能影响着志贺氏菌的生长和毒力． 展开更多
关键词 痢疾志贺菌A1型基 因敲除 功能检测 微阵列分析
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Hilbert分形结构TPU夹芯板动态缓冲特性研究
7
作者 徐星晔 宋海燕 王立军 《塑料工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期132-137,157,共7页
基于Hilbert分形理论设计了一种新型夹芯结构,研究其用于热塑性聚氨酯(TPU)夹芯板的动态缓冲特性。首先建立Hilbert分形结构TPU夹芯板的有限元模型并进行动态冲击试验验证,采用ANSYS Workbench进行数值模拟,以单位质量能量吸收(SEA_(M)... 基于Hilbert分形理论设计了一种新型夹芯结构,研究其用于热塑性聚氨酯(TPU)夹芯板的动态缓冲特性。首先建立Hilbert分形结构TPU夹芯板的有限元模型并进行动态冲击试验验证,采用ANSYS Workbench进行数值模拟,以单位质量能量吸收(SEA_(M))为优化目标,进行响应面优化,并与“米”字型夹芯结构进行对比分析。结果表明在阶数为2、层厚为1 mm时,Hilbert分形结构单位质量能量吸收最佳,与“米”字型结构对比,Hilbert分形结构总能量吸收提升98%,单位质量能量吸收提升26%。可为新型塑料夹芯板结构设计提供一定思路和指导。 展开更多
关键词 热塑性聚氨酯 夹芯板 动态冲击 Hilbert分形 缓冲包装
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