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西伯利亚杏PsSOC1-like基因密码子偏好性与进化分析
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作者 蔺悦 陈俊兴 +7 位作者 红梅 陈一潇 徐宛玉 张雅茜 包福海 乌云塔娜 王淋 包文泉 《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》 CAS 2023年第1期13-25,共13页
对西伯利亚杏PsSOC1-like基因密码子偏好性进行分析,为PsSOC1-like基因的功能验证及完善其遗传转化体系提供理论依据。研究利用CondoW、SPSS27、Origin64等软件及EMBOSS在线程序分析PsSOC1-like密码子偏好性,对不同物种SOC1基因密码子... 对西伯利亚杏PsSOC1-like基因密码子偏好性进行分析,为PsSOC1-like基因的功能验证及完善其遗传转化体系提供理论依据。研究利用CondoW、SPSS27、Origin64等软件及EMBOSS在线程序分析PsSOC1-like密码子偏好性,对不同物种SOC1基因密码子进行聚类分析、中性绘图、ENc绘图和PR2分析,推测SOC1基因密码子偏好性形成的影响因素,比较PsSOC1与模式生物的密码子使用频率,确定最佳异源表达转化受体及表达载体。PsSOC1-like密码子中GC、GC3、ENc和CAI均值分别为45.50%、48.07%、54.01和0.18,PsSOC1-1密码子偏好性较强的有21个(RSCU>1),其中13个以A/T结尾;PsSOC1-2密码子偏好性较强的有26个,以A/T结尾的有14个;PsSOC1-3密码子偏好性较强的有26个,18个以A/T结尾。进化分析及RSCU聚类分析表明,PsSOC1-like基因与梅花和桃SOC1基因密码子使用偏好性相似且同源关系较近;密码子碱基成分及相关性分析表明,PsSOC1-like密码子偏好性主要受突变压力影响;密码子使用频率分析表明,模式生物中拟南芥和烟草适合作为遗传转化受体,酵母菌表达系统适合作为PsSOC1-like异源表达载体。本研究初步探明了PsSOC1-like基因密码子的使用规律,为后续PsSOC1-like基因功能研究奠定理论基础,并为西伯利亚杏遗传转化体系构建提供参考。 展开更多
关键词 西伯利亚杏 PsSOC1 密码子偏好性 进化分析 异源表达
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西伯利亚杏全基因组MADS-box基因家族鉴定及表达分析 被引量：4
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作者 陈晨 朱高浦 +6 位作者 赵罕 刘慧敏 罗颖 徐宛玉 黄梦真 乌云塔娜 王淋 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第20期6575-6585,共11页
MADS-box转录因子在调控植物生长发育中具有重要的作用,为了探明MADS-box基因家族在西伯利亚杏(Prunus sibirica)的功能,本研究基于西伯利亚杏基因组数据,对西伯利亚杏MADS-box基因(PsMADS-box)进行鉴定并对其基因结构、染色体分布、系... MADS-box转录因子在调控植物生长发育中具有重要的作用,为了探明MADS-box基因家族在西伯利亚杏(Prunus sibirica)的功能,本研究基于西伯利亚杏基因组数据,对西伯利亚杏MADS-box基因(PsMADS-box)进行鉴定并对其基因结构、染色体分布、系统进化和表达模式进行分析。结果表明,在西伯利亚杏基因组中共鉴定得到72个PsMADS-box基因,其中36个TypeⅠ型MADS-box基因,包含3个亚家族,36个TypeⅡ型MADS-box基因,包含14个亚家族;PsMADS-box基因不均匀地分布于西伯利亚杏的8条染色体上;基因结构分析表明,TypeⅡ型MADS-box基因的内含子数量较多;表达模式分析显示Ps MADSbox基因家族成员具有不同的表达模式,其中多数TypeⅠ型MADS-box基因在叶片、花芽、花、果实、种仁、萼片、花瓣、雌蕊、雄蕊中表达量极少甚至不表达;MIKCc型MADS-box基因在不同的组织中存在特异表达。本研究将为解析西伯利亚杏花器官发育的分子机制提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 西伯利亚杏(Prunus sibirica) MADS-BOX 基因家族 表达模式
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西伯利亚杏开花相关基因的转录组测序分析 被引量：3
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作者 陈晨 徐宛玉 +4 位作者 朱高浦 赵罕 刘慧敏 王淋 乌云塔娜 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第22期7422-7430,共9页
为探明调控西伯利亚杏(Prunus sibirica)成花的分子机制,筛选参与调控开花的相关候选基因,本研究以两个不同时期的西伯利亚杏花芽为样本进行转录组测序,共获得42.04 Gb高质量数据,平均95.6%的数据均可以比对上参考基因组。共筛选出6850... 为探明调控西伯利亚杏(Prunus sibirica)成花的分子机制,筛选参与调控开花的相关候选基因,本研究以两个不同时期的西伯利亚杏花芽为样本进行转录组测序,共获得42.04 Gb高质量数据,平均95.6%的数据均可以比对上参考基因组。共筛选出6850个显著差异表达基因,其中在花芽萌动期上调表达基因有2784个,下调表达基因4066个,花芽萌动期特异表达基因392个,盛花期特异表达基因346个。KEGG富集结果表明差异表达基因在植物激素信号转导、苯丙素生物合成、淀粉和蔗糖代谢等代谢通路被富集最多。另外,本研究共发现39个显著差异表达基因涉及植物开花调控的相关途径,主要包括:春花途径相关基因中10个、光周期途径相关基因17个、自主途径相关基因5个、霉素途径相关基因1个、温度途径相关基因2个,整合因子(SOC1,FT,LFY)共4个。研究结果可为西伯利亚杏开花调控提供了重要的候选基因,对西伯利亚杏育种具有一定的参考价值。 展开更多
关键词 西伯利亚杏 开花调控 差异表达基因 转录组
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