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鸡快慢羽基因分子检测新方法探究
1
作者 郭屹凡 熊林威 +1 位作者 张苗爽 李竞一 《中国畜禽种业》 2023年第12期49-55,共7页
该研究旨在开发新的能准确区分所有鸡快慢羽基因型的检测方法。试验基于实验室自有的和公开数据库下载的来自全球各种快慢羽品系共1175个个体数据,从全基因组数据中寻找出K*K基因连锁程度较高的SNP或SV,使用竞争性等位基因特异性PCR(Kom... 该研究旨在开发新的能准确区分所有鸡快慢羽基因型的检测方法。试验基于实验室自有的和公开数据库下载的来自全球各种快慢羽品系共1175个个体数据,从全基因组数据中寻找出K*K基因连锁程度较高的SNP或SV,使用竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele-Specific PCR,KASP)基因分型方法在我国地方鸡群体中验证其检测结果与基因型的符合度。结果显示,本研究从超过1.2万个突变位点中确定了1个可作为分子标记的SNP位点(位于Z染色体10706144bp处)。根据测交结果比较KASP基因分型的结果,基因型吻合个体的比率为77.5%。下一步需要在更小范围的样本中搜索准确度更高的分子标记,如我国的黄羽肉鸡、优质蛋鸡等,以助力我国地方鸡品种的培育。 展开更多
关键词 鸡 快慢羽 分子检测 生物信息学 KASP基因分型
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草鱼FGF21基因编码区生物信息学分析 被引量：2
2
作者 任稳稳 张苗爽 +4 位作者 李委奇 李雅婧 王瑞 刘丽霞 张丽 《现代畜牧兽医》 2020年第7期5-9,共5页
FGF21基因属于成纤维细胞生长因子家族(Fibroblast Growth Factors,FGFs)。试验对草鱼FGF21基因蛋白质的结构功能和理化性质进行了预测。结果显示,草鱼FGF21基因编码蛋白质属于不稳定亲水蛋白质,蛋白质二级结构以无规则卷曲(58.29%)为主... FGF21基因属于成纤维细胞生长因子家族(Fibroblast Growth Factors,FGFs)。试验对草鱼FGF21基因蛋白质的结构功能和理化性质进行了预测。结果显示,草鱼FGF21基因编码蛋白质属于不稳定亲水蛋白质,蛋白质二级结构以无规则卷曲(58.29%)为主,含有187个氨基酸,β-折叠的数值是21.39%,α-螺旋的数值是20.32%,不含β-转角;磷酸化位点有24个,无跨膜结构以及N-糖基化位点和信号肽。研究结果为进一步阐明草鱼FGF21基因的功能奠定分子生物学基础。 展开更多
关键词 草鱼 FGF21基因 生物信息学
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草鱼CD40基因编码区分子序列特征分析
3
作者 沈振宇 张苗爽 +5 位作者 姜涛 马越 史笑宁 王媛媛 刘丽霞 张丽 《当代畜牧》 2021年第2期33-35,共3页
为了研究CD40基因在草鱼出血病中的作用,笔者利用生物信息学分析方法对草鱼CD40基因编码蛋白的理化性质、跨膜结构、蛋白质二级结构、N-糖基化位点、信号肽、结构域等高级结构进行了预测。结果表明,草鱼CD40基因编码288个氨基酸残基,是... 为了研究CD40基因在草鱼出血病中的作用,笔者利用生物信息学分析方法对草鱼CD40基因编码蛋白的理化性质、跨膜结构、蛋白质二级结构、N-糖基化位点、信号肽、结构域等高级结构进行了预测。结果表明,草鱼CD40基因编码288个氨基酸残基,是一不稳定的可溶性蛋白;有2个潜在的N-糖基化位点、存在1个典型的跨膜螺旋区;偏码蛋白质的二级结构是以无规则卷曲和β-折叠为主的混合型蛋白。 展开更多
关键词 CD40 出血病 草鱼 生物信息学分析
原文传递
草鱼Rac1基因编码区生物信息学分析
4
作者 张苗爽 董诗琳 +2 位作者 姜雪 刘丽霞 张丽 《甘肃畜牧兽医》 2020年第9期50-52,共3页
研究采用生物信息学方法预测草鱼Rac1基因序列特征及编码蛋白质的结构和功能。结果表明:草鱼Rac1基因编码192个氨基酸残基,蛋白质相对分子质量为21465.12 KDa,理论等电点(PI)为8.9;草鱼Rac1编码蛋白质的二三级结构均是以α-螺旋和无规... 研究采用生物信息学方法预测草鱼Rac1基因序列特征及编码蛋白质的结构和功能。结果表明:草鱼Rac1基因编码192个氨基酸残基,蛋白质相对分子质量为21465.12 KDa,理论等电点(PI)为8.9;草鱼Rac1编码蛋白质的二三级结构均是以α-螺旋和无规则卷曲为主的混合型蛋白,存在1个N-糖基化位点,蛋白结构显示其是一种稳定的疏水性蛋白。研究结果为进一步研究草鱼RAC1基因的功能提供了理论基础。 展开更多
关键词 草鱼 RAC1 编码区 生物信息学
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