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3种榕属叶绿体基因组密码子偏好性分析 被引量：10
1
作者 夏晞 彭劲谕 +2 位作者 王大玮 张新洛 李江飞 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期88-94,共7页
为更好了解黄葛榕、榕树和异叶榕叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W、CUSP、EXCEL等软件对其叶绿体编码基因的密码子使用偏好性进行系统分析。结果表明,3种榕属植物的第3位碱基以A/T为主且GC3的含量远低于GC1和GC2;并且大部分的... 为更好了解黄葛榕、榕树和异叶榕叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W、CUSP、EXCEL等软件对其叶绿体编码基因的密码子使用偏好性进行系统分析。结果表明,3种榕属植物的第3位碱基以A/T为主且GC3的含量远低于GC1和GC2;并且大部分的ENC值都在40以上,说明3种榕属植物的密码子偏好性较弱;中性绘图、ENC-plot和PR2-plot绘图分析表明,3种榕属植物的密码子偏好性不仅受选择的影响,还受突变等多重因素的影响;此外,还确定了3种榕属植物的最优密码子,且都以A/U结尾。该研究结果可为榕属植物叶绿体基因组后续的外源基因改良奠定基础。 展开更多
关键词 黄葛榕 榕树 异叶榕 叶绿体基因组 最优密码子
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云南栘[木衣]总DNA提取方法比较及SSR反应体系优化 被引量：6
2
作者 张新洛 彭劲谕 +1 位作者 王玉昌 王大玮 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1064-1070,共7页
【目的】从云南栘[木衣]叶片中提取高质量的总DNA,并建立稳定的SSR-PCR反应体系。【方法】以云南栘[木衣]幼嫩叶片为材料,采用尿素法、改良尿素法、SDS法、CTAB法、MAGEN试剂盒法和磁珠试剂盒法提取总DNA,从中筛选提取云南栘[木衣]总DN... 【目的】从云南栘[木衣]叶片中提取高质量的总DNA,并建立稳定的SSR-PCR反应体系。【方法】以云南栘[木衣]幼嫩叶片为材料,采用尿素法、改良尿素法、SDS法、CTAB法、MAGEN试剂盒法和磁珠试剂盒法提取总DNA,从中筛选提取云南栘[木衣]总DNA的最佳方法;利用L_(16)(4^(5))的正交设计试验优化影响云南栘[木衣]SSRPCR扩增体系的影响因子,建立云南栘[木衣]SSR-PCR反应体系。【结果】改良尿素法为云南栘[木衣]总DNA的最佳提取方法,提取的总DNA质量浓度、总量和A_(260)/A_(280)分别为382.64 ng/μL、38.26μg和1.87,且琼脂糖凝胶电泳的条带清晰明亮,说明DNA完整性好、质量浓度高。优化后的SSR-PCR扩增反应体系为:模板DNA 30 ng,Taq DNA聚合酶0.5 U,引物1.25μmol/L,Mg^(2+)2.0 mmol/L,dNTPs 2.5 mmol/L,10×PCR buffer 2.5μL,补水至25μL。【结论】改良尿素法能够从云南栘[木衣]中提取高质量的总DNA,所建立的SSR-PCR反应体系为云南栘[木衣]的遗传多样性分析和分子标记辅助育种等研究提供了技术支持。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] DNA提取 改良尿素法 SSR体系
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蔷薇科SSR引物在云南栘[木衣]中的通用性分析 被引量：4
3
作者 杨林 姜月影 +3 位作者 张新洛 李恩良 徐硕 王大玮 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第4期147-154,共8页
【目的】探究蔷薇科植物的SSR引物在云南栘[木衣]中的通用性,以便快速获得在云南栘[木衣]可以通用的SSR标记。【方法】以云南省瑞丽市、梁河县、陇川县和芒市4个天然居群的云南栘[木衣]为试验材料,利用100对李、梨、苹果、枇杷和Malacom... 【目的】探究蔷薇科植物的SSR引物在云南栘[木衣]中的通用性,以便快速获得在云南栘[木衣]可以通用的SSR标记。【方法】以云南省瑞丽市、梁河县、陇川县和芒市4个天然居群的云南栘[木衣]为试验材料,利用100对李、梨、苹果、枇杷和Malacomeles denticulata等蔷薇科植物的SSR引物对云南栘[木衣]进行PCR扩增,从中筛选出具有多态性的SSR引物,并对云南栘[木衣]进行遗传多样性分析和聚类分析。【结果】在100对蔷薇科植物的SSR引物中有52对SSR引物在云南栘[木衣]中扩增出了目标产物条带,其中有42对SSR引物扩增出多态性条带,多态性引物所占比例为80.77%。4个云南栘[木衣]天然居群的多态位点比例、Shannon’s指数、Nei’s遗传多样性、观测等位基因数和有效等位基因数的均值分别为32.65%,0.191 7,0.131 1,1.326 5和1.232 4,其中瑞丽居群的以上多样性指数依次为40%,0.224 3,0.150 9,1.400 0和1.257 7,明显高于其他居群,表明其具有较高的遗传多样性,可能具有较为丰富的遗传变异。聚类分析结果表明,4个居群的云南栘[木衣]可分为2大类群,其中瑞丽、陇川和芒市居群聚为一类,梁河居群单独聚为一类,分类结果与地理区域分布情况一致。【结论】蔷薇科植物的SSR引物在云南栘[木衣]中具有较好的通用性,这些SSR为后续云南栘[木衣]及其近缘种进行种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究提供了可用的标记。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] 蔷薇科 SSR引物 引物通用性
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广东地区桉树优良单株筛选的性状评价指标构建分析
4
作者 张新洛 李孔生 +2 位作者 陈文平 吴彩燕 吴福高 《中文科技期刊数据库（全文版）自然科学》 2024年第9期0097-0100,共4页
桉树是常绿乔木,其根系发达,能够起到固定土壤,减少风沙对沿海地区的侵蚀的作用,实现对海堤的保护,提高海堤的安全性,因此该树种在广东等沿海省份被广泛种植。基于这一背景,研究将探讨广东地区桉树优良单株筛选的性状评价指标构建,依靠... 桉树是常绿乔木,其根系发达,能够起到固定土壤,减少风沙对沿海地区的侵蚀的作用,实现对海堤的保护,提高海堤的安全性,因此该树种在广东等沿海省份被广泛种植。基于这一背景,研究将探讨广东地区桉树优良单株筛选的性状评价指标构建,依靠综合分析桉树的生长、形态、抗性及遗传特性,构建科学合理的评价体系,为广东地区桉树人工林的持续发展提供科学依据。 展开更多
关键词 桉树 性状评价 评价指标
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基于SRAP分子标记构建云南旱冬瓜核心种质
5
作者 邹广权 王晓丽 +3 位作者 曹现富 李艳 张新洛 曹子林 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期49-55,共7页
【目的】通过对比不同抽样比例构建的旱冬瓜种质子集的有效性和代表性,筛选出旱冬瓜核心种质适宜的构建策略。【方法】以旱冬瓜优树同胞子代为试材,设10%、15%、25%、35%、45%和55%共6个抽样比例,采用Nei’s遗传距离和改进的最小距离逐... 【目的】通过对比不同抽样比例构建的旱冬瓜种质子集的有效性和代表性,筛选出旱冬瓜核心种质适宜的构建策略。【方法】以旱冬瓜优树同胞子代为试材,设10%、15%、25%、35%、45%和55%共6个抽样比例,采用Nei’s遗传距离和改进的最小距离逐步取样法取样,采用4个遗传多样性指数分析种质子集对原种质的代表性,通过均值t检验和方差F检验分析种质子集与原种质集变异是否同质,利用相关系数分析种质子集与原种质集的相关性,通过遗传距离比较和聚类分析确认核心种质。【结果】25%抽样比例构建的种质子集的多态位点数、多态位点百分率、观测等位基因数和等位基因保留率与原种质集一致,其余4个评价指数皆显著大于原种质集,均值和方差与原种质的相关系数均接近或者等于1,平均遗传距离较原种质提高16.82%,因此认为在25%抽样比例构建的种质子集能很好地代表原种质。【结论】综合考虑核心种质的有效性、实用性、费用和工作量等,认为25%抽样比例构建的旱冬瓜核心种质能充分代表原种质的遗传多样性。 展开更多
关键词 旱冬瓜 SRAP标记数据 核心种质
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