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整合分析基因表达与拷贝数变异识别癌症的驱动基因及调控子miRNAs
被引量：
2
1
作者
许艳
张
淑娟
+2 位作者
常志强
张
善
镇
尚德思
《现代生物医学进展》
CAS
2016年第5期940-943,共4页
目的:通过整合分析基因的表达与拷贝数变异(CNV)识别癌症的驱动基因及调控子mi RNAs。方法:通过整合基因表达与CNV数据,分别计算了乳腺癌、结肠癌、肺癌、肾癌、膀胱癌、头颈癌六种癌症中mi RNAs的调控得分,提出了一个识别驱动基因和显...
目的:通过整合分析基因的表达与拷贝数变异(CNV)识别癌症的驱动基因及调控子mi RNAs。方法:通过整合基因表达与CNV数据,分别计算了乳腺癌、结肠癌、肺癌、肾癌、膀胱癌、头颈癌六种癌症中mi RNAs的调控得分,提出了一个识别驱动基因和显著调控子mi RNAs的方法。结果:本文研究发现,CNV区域上编码的基因相比于非CNV区域上编码的基因更倾向于受mi RNAs调控。但是,癌相关CNV区域上的基因相比正常CNV区域上的基因更少受mi RNAs调控。本研究识别出了EXOSC4、ZNF7、BOP1等原癌基因,以及mi R-488、mi R-27a、mi R-454等在多种癌症中都起调控作用的调控子mi RNAs。结论:本文的方法为癌症研究带来了新的启发,这些具有调控扩增基因过表达作用的mi RNAs的发现,有助于我们更进一步了解癌基因表达的复杂调控机制,进而推动癌症的诊断、治疗和预后。
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关键词
拷贝数变异
基因表达
驱动基因
调控子miRNAs
原文传递
不同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用
被引量：
2
2
作者
刘建胜
张
善
镇
+1 位作者
姚志洪
杜艳芝
《计算机应用与软件》
CSCD
2015年第6期57-61,108,共6页
Affymetrix表达谱芯片技术是一种研究基因在不同条件下表达变化的高通量分析技术,当前在深度动态挖掘药物作用机制方面的芯片分析方法的应用研究仍比较少。以药物表达谱芯片数据为研究对象,运用不同的算法对芯片数据进行预处理,使用t检...
Affymetrix表达谱芯片技术是一种研究基因在不同条件下表达变化的高通量分析技术,当前在深度动态挖掘药物作用机制方面的芯片分析方法的应用研究仍比较少。以药物表达谱芯片数据为研究对象,运用不同的算法对芯片数据进行预处理,使用t检验和基因芯片显著性分析的方法筛选差异表达的基因,利用凝集型层次聚类和CPP-SOM聚类的方法对差异表达的基因进行聚类分析,最后运用两类富集分析工具DAVID和GSEA对药效可能涉及的信号通路、生物学过程进行相关生物学功能的富集。结果表明,RMA算法处理药物芯片数据优于MAS5.0算法和GCRMA算法;CPP-SOM聚类方法挖掘的数据信息更丰富;GSEA富集分析工具更适合用于药效机制的研究。本研究为新药研发提供算法支持。
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关键词
表达谱芯片
标准化
聚类
富集分析工具
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职称材料
题名
整合分析基因表达与拷贝数变异识别癌症的驱动基因及调控子miRNAs
被引量：
2
1
作者
许艳
张
淑娟
常志强
张
善
镇
尚德思
机构
哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院
中国科学院上海生命科学院健康科学研究所
出处
《现代生物医学进展》
CAS
2016年第5期940-943,共4页
基金
黑龙江省教育厅科技研究项目(12541278)
文摘
目的:通过整合分析基因的表达与拷贝数变异(CNV)识别癌症的驱动基因及调控子mi RNAs。方法:通过整合基因表达与CNV数据,分别计算了乳腺癌、结肠癌、肺癌、肾癌、膀胱癌、头颈癌六种癌症中mi RNAs的调控得分,提出了一个识别驱动基因和显著调控子mi RNAs的方法。结果:本文研究发现,CNV区域上编码的基因相比于非CNV区域上编码的基因更倾向于受mi RNAs调控。但是,癌相关CNV区域上的基因相比正常CNV区域上的基因更少受mi RNAs调控。本研究识别出了EXOSC4、ZNF7、BOP1等原癌基因,以及mi R-488、mi R-27a、mi R-454等在多种癌症中都起调控作用的调控子mi RNAs。结论:本文的方法为癌症研究带来了新的启发,这些具有调控扩增基因过表达作用的mi RNAs的发现,有助于我们更进一步了解癌基因表达的复杂调控机制,进而推动癌症的诊断、治疗和预后。
关键词
拷贝数变异
基因表达
驱动基因
调控子miRNAs
Keywords
Copy number variations
Gene expression
Driver gene
Regulator-mi RNAs
分类号
R749.231 [医药卫生—神经病学与精神病学]
Q33 [医药卫生—临床医学]
原文传递
题名
不同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用
被引量：
2
2
作者
刘建胜
张
善
镇
姚志洪
杜艳芝
机构
上海交通大学医学院/中科院上海生命科学研究院健康科学研究所
上海交通大学医学院附属仁济医院生殖医学中心上海市辅助生殖与优生重点实验室
出处
《计算机应用与软件》
CSCD
2015年第6期57-61,108,共6页
基金
国家自然科学基金项目(81170503)
文摘
Affymetrix表达谱芯片技术是一种研究基因在不同条件下表达变化的高通量分析技术,当前在深度动态挖掘药物作用机制方面的芯片分析方法的应用研究仍比较少。以药物表达谱芯片数据为研究对象,运用不同的算法对芯片数据进行预处理,使用t检验和基因芯片显著性分析的方法筛选差异表达的基因,利用凝集型层次聚类和CPP-SOM聚类的方法对差异表达的基因进行聚类分析,最后运用两类富集分析工具DAVID和GSEA对药效可能涉及的信号通路、生物学过程进行相关生物学功能的富集。结果表明,RMA算法处理药物芯片数据优于MAS5.0算法和GCRMA算法;CPP-SOM聚类方法挖掘的数据信息更丰富;GSEA富集分析工具更适合用于药效机制的研究。本研究为新药研发提供算法支持。
关键词
表达谱芯片
标准化
聚类
富集分析工具
Keywords
cDNA microarray
Normalisation
Clustering
Enrichment analysis tools
分类号
TP3 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
整合分析基因表达与拷贝数变异识别癌症的驱动基因及调控子miRNAs
许艳
张
淑娟
常志强
张
善
镇
尚德思
《现代生物医学进展》
CAS
2016
2
原文传递
2
不同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用
刘建胜
张
善
镇
姚志洪
杜艳芝
《计算机应用与软件》
CSCD
2015
2
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