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恶疫霉实时定量RT-PCR分析中内参基因的选择
被引量：
4
1
作者
陈孝仁
张
博
月
+2 位作者
邢玉平
童蕴慧
徐敬友
《中国农学通报》
CSCD
2012年第30期201-207,共7页
为选择合适的内参基因用于分析植物病原卵菌恶疫霉(Phytophthora cactorum)的基因表达情况,本研究利用实时定量RT-PCR分析持家基因Ubc、Tub-b、WS21和WS41在恶疫霉生长发育阶段和侵染草莓阶段的表达差异,并利用软件geNorm、NormFinder和...
为选择合适的内参基因用于分析植物病原卵菌恶疫霉(Phytophthora cactorum)的基因表达情况,本研究利用实时定量RT-PCR分析持家基因Ubc、Tub-b、WS21和WS41在恶疫霉生长发育阶段和侵染草莓阶段的表达差异,并利用软件geNorm、NormFinder和BestKeeper比较其表达稳定性。结果表明:基于公共数据库序列和其他疫霉菌同源序列设计的持家基因引物在恶疫霉中具有良好的扩增效率、反应有效性和特异性。通过分析,发现在恶疫霉的不同生长发育阶段(菌丝生长、游动孢子囊、游动孢子和休止孢萌发)和侵染草莓阶段(接种后3、5、7天),表现最为稳定的是Ubc基因。当使用多个内参基因时,Ubc和WS41是最适合校正恶疫霉基因表达数据的内参基因组合。本研究结果为利用实时定量RT-PCR准确分析恶疫霉基因相对表达量提供了重要的内参基因,也为其他疫霉菌的基因表达研究提供了有价值的参考。
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关键词
内参基因
持家基因
恶疫霉
实时定量RT-PCR
草莓
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职称材料
利用mRNA差异显示技术克隆恶疫霉侵染诱导表达的草莓基因
被引量：
2
2
作者
陈孝仁
张
博
月
May Bente Brurberg
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期54-58,共5页
为了解草莓与恶疫霉互作的分子机制,以接种后3、5和7 d的感病草莓品种‘FDP821’的冠部为材料,利用mRNA差异显示技术研究‘FDP821’与恶疫霉亲和互作前后基因表达的差异,获得78条差异表达的cDNA片段,通过分析从中分离出恶疫霉侵染诱导...
为了解草莓与恶疫霉互作的分子机制,以接种后3、5和7 d的感病草莓品种‘FDP821’的冠部为材料,利用mRNA差异显示技术研究‘FDP821’与恶疫霉亲和互作前后基因表达的差异,获得78条差异表达的cDNA片段,通过分析从中分离出恶疫霉侵染诱导表达的10个草莓基因cDNA片段。BLASTX在线分析表明,这些草莓基因的功能涉及呼吸作用、衰老和核苷运输与代谢等。为阐明草莓与恶疫霉互作的分子机制提供了重要的线索。
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关键词
草莓冠腐病
恶疫霉
MRNA差异显示技术
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职称材料
题名
恶疫霉实时定量RT-PCR分析中内参基因的选择
被引量：
4
1
作者
陈孝仁
张
博
月
邢玉平
童蕴慧
徐敬友
机构
扬州大学园艺与植物保护学院
出处
《中国农学通报》
CSCD
2012年第30期201-207,共7页
基金
国家自然科学基金项目"恶疫霉致病性相关RXLR效应分子的克隆及功能分析"(31101395)
文摘
为选择合适的内参基因用于分析植物病原卵菌恶疫霉(Phytophthora cactorum)的基因表达情况,本研究利用实时定量RT-PCR分析持家基因Ubc、Tub-b、WS21和WS41在恶疫霉生长发育阶段和侵染草莓阶段的表达差异,并利用软件geNorm、NormFinder和BestKeeper比较其表达稳定性。结果表明:基于公共数据库序列和其他疫霉菌同源序列设计的持家基因引物在恶疫霉中具有良好的扩增效率、反应有效性和特异性。通过分析,发现在恶疫霉的不同生长发育阶段(菌丝生长、游动孢子囊、游动孢子和休止孢萌发)和侵染草莓阶段(接种后3、5、7天),表现最为稳定的是Ubc基因。当使用多个内参基因时,Ubc和WS41是最适合校正恶疫霉基因表达数据的内参基因组合。本研究结果为利用实时定量RT-PCR准确分析恶疫霉基因相对表达量提供了重要的内参基因,也为其他疫霉菌的基因表达研究提供了有价值的参考。
关键词
内参基因
持家基因
恶疫霉
实时定量RT-PCR
草莓
Keywords
internal control gene
house-keeping gene
Phytophthora cactorum
real-time RT-PCR
strawberry
分类号
S432.44 [农业科学—植物病理学]
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职称材料
题名
利用mRNA差异显示技术克隆恶疫霉侵染诱导表达的草莓基因
被引量：
2
2
作者
陈孝仁
张
博
月
May Bente Brurberg
机构
扬州大学园艺与植物保护学院
Plant Heahh and Phmt Protectiml Division
出处
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期54-58,共5页
基金
国家自然科学基金项目(31101395)
江苏省自然科学基金资助项目(BK2011443)
扬州大学高层次人才科研启动项目
文摘
为了解草莓与恶疫霉互作的分子机制,以接种后3、5和7 d的感病草莓品种‘FDP821’的冠部为材料,利用mRNA差异显示技术研究‘FDP821’与恶疫霉亲和互作前后基因表达的差异,获得78条差异表达的cDNA片段,通过分析从中分离出恶疫霉侵染诱导表达的10个草莓基因cDNA片段。BLASTX在线分析表明,这些草莓基因的功能涉及呼吸作用、衰老和核苷运输与代谢等。为阐明草莓与恶疫霉互作的分子机制提供了重要的线索。
关键词
草莓冠腐病
恶疫霉
MRNA差异显示技术
Keywords
strawberry crown rot
Phytophthora cactorum
mRNA differential display RT-PCR（DDRT-PCR）
分类号
S668.4 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
恶疫霉实时定量RT-PCR分析中内参基因的选择
陈孝仁
张
博
月
邢玉平
童蕴慧
徐敬友
《中国农学通报》
CSCD
2012
4
下载PDF
职称材料
2
利用mRNA差异显示技术克隆恶疫霉侵染诱导表达的草莓基因
陈孝仁
张
博
月
May Bente Brurberg
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012
2
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职称材料
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