文摘目的通过分析类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)及相关信号通路,探究RA发生发展过程中的分子免疫机制。方法从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载基因表达谱数据GSE55235和GSE55457,使用在线R软件进行数据预处理,将GEOquery和R软件limma包过滤后的数据采用sva包ComBat函数去除批间差,通过ComplexHeatmap包绘制差异表达基因热图。用R软件对RA差异表达基因通过京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)进行富集分析,clusterProfiler包用于富集分析,ggplot2包用于可视化。用Enrichr网站进行在线基因富集分析,得到基因与疾病关系的柱状图。采用R软件clusterProfiler包用于基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA),绘制基因相关信号通路网络图。差异基因通过基因功能(gene ontology,GO)富集分析绘制生物过程中的GO注释图。通过蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)绘制PPI图。通过TIMER 2.0网站对筛选出来的差异基因进行免疫浸润分析。结果本研究筛选得到741个RA高风险差异基因,其中451个基因表达上调,290个基因表达下调。CXCL13、TNFRSF17、MMP1、TRAT1、IL32、CD52、FOSB、FKBP5、PCK1作为RA发生发展过程中与免疫相关的差异表达基因被筛选出。在RA中趋化因子信号通路、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用、造血细胞谱系及TNF信号通路发生功能富集。结论CXCL13、TNFRS17、CD52、IL32和TRAT1是RA发生发展过程中与细胞免疫相关的高风险差异表达基因。
