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腺苷酸激酶催化循环后期Mg^(2+)转移的分子动力学模拟（英文） 被引量：1
1
作者 崔大超 任卫同 +1 位作者 李文飞 王炜 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第2期429-435,共7页
腺苷酸激酶是一个包含三个结构域(LID结构域、NMP结构域和CORE结构域)的蛋白质分子,其主要作用是催化化学反应Mg^(2+)+ATP+AMP(?)2ADP+Mg^(2+)进而将细胞内ATP分子的浓度维持在合适的范围内。在腺苷酸激酶催化上述化学反应的过程中,需要... 腺苷酸激酶是一个包含三个结构域(LID结构域、NMP结构域和CORE结构域)的蛋白质分子,其主要作用是催化化学反应Mg^(2+)+ATP+AMP(?)2ADP+Mg^(2+)进而将细胞内ATP分子的浓度维持在合适的范围内。在腺苷酸激酶催化上述化学反应的过程中,需要有Mg^(2+)的参与。最近的实验发现Mg^(2+)不仅参与上述反应的化学步骤,而且对化学反应发生后底物的释放过程至关重要。己有晶体结构数据显示,在催化循环过程的化学反应步骤完成后,一个Mg^(2+)可同时和分别位于LID结构域及NMP结构域的两个ADP分子配位。然而,在底物的释放与分离过程中,Mg^(2+)可能只与其中一个ADP分子结合。由于Mg^(2+)与ADP分子的结合情况会在很大程度上影响作为催化循环限速步骤的底物释放过程,因此人们有必要研究清楚在底物释放前Mg^(2+)与催化产物ADP分子的配位情况,即Mg^(2+)更倾向于与LID结构域的ADP分子结合还是与NMP结构域的ADP分子结合。本文中,我们对催化反应后底物释放前的酶-底物复合物(包含酶、两个ADP分子以及Mg^(2+))做了分子动力学模拟研究。我们基于metadynamics方法得到了Mg^(2+)在两个ADP分子间转移的自由能面,发现在底物分离与释放过程中,Mg^(2+)更倾向于与LID结构域的ADP分子结合。只有当LID结构域的ADP分子被质子化,同时NMP结构域的ADP分子处于去质子化状态时,Mg^(2+)才会倾向于与NMP结构域的ADP分子结合。另外,我们也刻画了Mg^(2+)转移过程中配体交换与脱水过程。本工作的研究结果有助于理解腺苷酸激酶催化循环后期的分子过程。 展开更多
关键词 腺苷酸激酶 镁离子转移 METADYNAMICS 分子模拟
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C离子辐照引起细胞分泌旁效应信号因子浓度随时间的变化 被引量：4
2
作者 崔大超 李强 +2 位作者 吴庆丰 刘新国 戴中颖 《原子核物理评论》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期189-195,共7页
信号因子通常能介导旁效应的发生。利用高LET C离子辐照体外培养的人肝癌QGY-7703细胞,检测辐照后不同时刻培养基中信号因子TGF-)1和NO的浓度,并通过转移培养基法检测照射后不同时刻转移培养基对人肝L02旁细胞存活率和代谢活力的影响,... 信号因子通常能介导旁效应的发生。利用高LET C离子辐照体外培养的人肝癌QGY-7703细胞,检测辐照后不同时刻培养基中信号因子TGF-)1和NO的浓度,并通过转移培养基法检测照射后不同时刻转移培养基对人肝L02旁细胞存活率和代谢活力的影响,发现受照射细胞在时间与空间上调控着周围信号因子的浓度,并且通过信号因子浓度的变化影响旁细胞的各种效应发生。实验为旁效应的解释提供了新的实验数据。 展开更多
关键词 旁效应 高LET射线 TGF-)1 NO 信号因子
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