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不同性别滩羊肌内脂肪沉积相关circRNA的鉴定与筛选 被引量：1
1
作者 田彦梅 宋昀静 +2 位作者 孟科 尤科梅 冯登侦 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期168-175,共8页
本文研究了滩羊性别差异对背最长肌肌内脂肪的影响以及circRNA对肌内脂肪的调控,旨在为肉羊的品种改良和育肥提供参考。为了分析不同性别滩羊肌内脂肪沉积的变化,本研究进行转录组测序和分析,以分子机理揭示其肉质的差异。其中肌内脂肪(... 本文研究了滩羊性别差异对背最长肌肌内脂肪的影响以及circRNA对肌内脂肪的调控,旨在为肉羊的品种改良和育肥提供参考。为了分析不同性别滩羊肌内脂肪沉积的变化,本研究进行转录组测序和分析,以分子机理揭示其肉质的差异。其中肌内脂肪(IMF)沉积的分子机制对羊肉品质的改善具有重要研究意义。使用8月龄滩羊的背最长肌作为研究材料,并采用RNA-seq筛选在2个性别组中差异表达的circRNA,鉴定与这些绵羊IMF沉积相关的circRNA。在鉴定到的6101个候选circRNA中筛选出了35个差异表达的circRNAs(DECs),通过对其进行分析可知,以滩羊母羊为对照组,8个DECs表达量上调,27个DECs表达量下调。GO功能富集分析结果表明DECs在42个GO条目中显著富集,包括:对Wnt受体信号传导途径的正向调节、骨骼肌收缩、肌肉收缩、脂质结合和大分子分解代谢过程等条目;KEGG通路富集分析结果表明,DECs富集在其他类型的O-聚糖生物合成、蛋白酶体、FoxO信号通路、Jak-STAT信号通路、内吞作用和MAPK信号通路等信号通路中。通过进一步筛选总结出与脂肪沉积有关的circRNA,有novel_circ_0007468、novel_circ_0009311、novel_circ_0008785、novel_circ_0007282、novel_circ_0005618、novel_circ_0005616、novel_circ_0006782、novel_circ_0003269。对6个随机挑选的circRNA进行实时荧光定量PCR验证,其结果的表达趋势与转录组测序结果一致,这进一步验证了测序结果的准确性。本研究为circRNA调控滩羊IMF沉积提供了更多信息,为未来宁夏优质肉羊新品种(系)的培育提供了有用资源和基础资料。 展开更多
关键词 滩羊 肌内脂肪 环状RNA 性别差异
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不同性别滩羊背最长肌中肌肉发育相关LncRNA的筛选及分析
2
作者 宋昀静 田彦梅 +2 位作者 孟科 尤科梅 冯登侦 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期219-227,共9页
旨在从基因水平分析LncRNA对公母滩羊肌肉发育的影响,因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标,而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理,从而进行转录组测序分析,筛选与绵羊肌肉发育相关的LncRNA... 旨在从基因水平分析LncRNA对公母滩羊肌肉发育的影响,因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标,而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理,从而进行转录组测序分析,筛选与绵羊肌肉发育相关的LncRNA。通过对公母滩羊各3头(8月龄)的背最长肌组织进行全转录组测序(RNA-seq)和分析,从而筛选出可能与滩羊肌肉发育相关的LncRNA。结果显示:鉴定到的8513个LncRNAs中共筛选出45个组间差异表达LncRNAs,其中18个上调,27个下调。预测DELncRNA的co_location靶基因并进行GO功能富集分析结果显示:靶基因显著富集在268个GO条目中,其中有促生长激素分泌细胞分化、典型的Wnt受体信号通路参与对细胞凋亡过程的负向调节、对生长激素分泌的正向调节、cAMP介导的信号传递等条目;KEGG通路富集分析结果表明,DEGs富集在AMPK、NF-KB、PI3K-AKT、MAPK、cAMP、FOXO等信号通路,进一步筛选出TCONS_00017263、TCONS_00147966、TCONS_00163484、TCONS_00079802、TCONS_00079803这5个可能参与肌肉发育相关的LncRNA。对随机挑选的6个DELs进行实时荧光定量PCR验证,其结果的表达趋势与转录组测序结果趋势一致,进一步验证了测序结果的准确性。研究获得的这些DELncRNA可能造成了滩羊公母肌肉生长发育上的差异,同时这些相关LncRNA为调控肌肉发育提供了更多信息,并为今后宁夏地区不同性别滩羊肉用性能的分子育种提供了科学依据。 展开更多
关键词 滩羊 LncRNA RNA-seq技术 肌肉发育 QRT-PCR
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基于转录组学挖掘滩羊肌肉生长发育相关的候选基因
3
作者 尤科梅 孟科 +2 位作者 田彦梅 宋昀静 冯登侦 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期641-647,共7页
【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同性别滩羊肌肉生长发育相关的候选基因,初步揭示滩羊背最长肌差异形成的分子机理,为其肌肉生长发育研究提供理论依据。【方法】以相同饲养条件下的8月龄滩羊为研究对象,通过转录组测序对滩羊背最长肌肉... 【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同性别滩羊肌肉生长发育相关的候选基因,初步揭示滩羊背最长肌差异形成的分子机理,为其肌肉生长发育研究提供理论依据。【方法】以相同饲养条件下的8月龄滩羊为研究对象,通过转录组测序对滩羊背最长肌肉品质进行分析比较,采用Illumina HiSeqTM4000平台进行mRNA转录组测序和分析,发掘对肌肉生长发育有差异影响的相关调控基因,并对筛选的差异基因进行RT-qPCR验证。【结果】利用RNA-Seq技术测序共筛选出37个差异表达基因,其中上调基因10个,下调基因27个。对差异基因进行GO功能注释分析结果显示,其显著富集在41个GO条目中(P<0.05);同时KEGG富集分析表明DEGs富集在28条通路中,包括FoxO、PI3K-Akt、调控干细胞多能性、嘌呤代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、Notch信号、蛋白质消化吸收和钙信号等通路,进一步筛选出6个基因(KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1)。对6个差异基因进行实时荧光定量PCR验证,结果与转录组测序表达趋势一致,说明测序结果可靠。【结论】获得的KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1候选基因为肌肉生长发育提供更多参考资料,从而为后续宁夏优质肉羊肌肉生长发育研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 滩羊 候选基因 转录组 QRT-PCR
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引进的两国外品种肉羊在宁夏地区适应性评价
4
作者 周玉香 朱继红 +3 位作者 郭磊 马国武 尤科梅 范巧玲 《畜牧与兽医》 北大核心 2009年第9期40-41,共2页
对特克塞尔和萨福克2个肉羊品种羔羊在宁夏地区的适应性进行了研究。结果,初生萨福克公母羔羊体重均高于特克塞尔公母羔羊,但差异不显著(P>0.05);初生萨福克公羔胸围显著高于特克塞尔公羔(P<0.05);萨福克断奶公羔体高和胸围均显... 对特克塞尔和萨福克2个肉羊品种羔羊在宁夏地区的适应性进行了研究。结果,初生萨福克公母羔羊体重均高于特克塞尔公母羔羊,但差异不显著(P>0.05);初生萨福克公羔胸围显著高于特克塞尔公羔(P<0.05);萨福克断奶公羔体高和胸围均显著高于特克塞尔断奶公羔(P<0.05);萨福克断奶公羔体重极显著的高于特克塞尔断奶公羔(P<0.01);萨福克羔羊从初生到断奶时的相对生长速度大于特克塞尔羔羊。 展开更多
关键词 萨福克 特克塞尔 羔羊 宁夏 适应性
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