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题名细胞外酶MnP降解聚乙烯的分子动力学研究
被引量：3
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作者
姚学峰
宋怡铃
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机构
北京航空航天大学生物与医学工程学院
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出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第S1期356-359,共4页
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基金
国家自然科学基金(20777006)
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文摘
MnP酶(manganese peroxidase)已被鉴定为降解聚乙烯的关键酶,通过设计不同长度的碳链聚乙烯蜡为实验底物,分别与MnP结合分析。采用Auto dock分子对接软件进行结合能的预测。并用Gromacs软件模拟了水、离子环境下,底物复合物能量、空间构象的变化等情况。研究结果表明MnP酶只能催化C56以下的聚乙烯蜡,随着碳链长度的增加酶与底物结合越不稳定;能量分析表明随着碳链长度的增加,其动能逐渐降低,而总能量亦有降低的趋势。
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关键词
锰过氧化物酶
聚乙烯降解
分子动力学
结合能
生物降解
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Keywords
Manganese peroxidase
Polyethylene degradation
Molecular stimulation
Binding energy
Biodegradation
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分类号
Q55
[生物学—生物化学]
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题名细胞色素P450 BM3催化正十六烷动力学计算
被引量：1
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作者
姚学峰
宋怡铃
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机构
北京航空航天大学生物与医学工程学院
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出处
《生物信息学》
2011年第2期134-137,共4页
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基金
国家自然科学基金(20477002)
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文摘
细胞色素P450BM3作为烷烃羟基化酶,能催化正链烷烃,已被广发研究和应用。利用动力学模拟软件对BM3酶与烷烃底物复合物进行构象、酶的活性位点以及结合能的预测,并通过模拟水以及离子环境下对复合物的影响,从能量及构象位移的角度阐述BM3酶与底物结合的机理,从而用分子动力学观点来解释细胞色素P450催化烷烃机理。用Autodock等软件将BM3与十六烷对接,发现底物C16与铁原子间距为7.57?,并发现与底物结合的活性位点关键残基:ALA330,ALA74,SER72,GLN73,ALA328,LEU188,LEU437。经Gromacs动力学模拟步长为1ns,温度在298K,压力为常压1.0,复合物结合稳定。
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关键词
细胞色素P450
BM3
正十六烷
底物结合动力学
分子动力学模拟
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Keywords
cytochrome P450 BM3
n-hexadecane
binding calculation
molecular dynamic stimulation
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分类号
Q554.1
[生物学—生物化学]
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