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腺相关病毒基因治疗产品基因组滴度数字PCR检测方法的建立及验证
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作者 毕华 +9 位作者 刘家池 魏云欢 赵琴 于雷 史新昌 裴德宁 李响 周勇 秦玺 梁成罡 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2024年第8期897-903,910,共8页
目的建立一种广泛用于腺相关病毒(adeno-associated virus,AAV)基因治疗产品基因组滴度检测的数字PCR(digital polymerase chain reaction,dPCR)法,并进行初步验证。方法通过对同一批次AAV基因治疗产品进行dPCR检测,优化筛选最佳引物、... 目的建立一种广泛用于腺相关病毒(adeno-associated virus,AAV)基因治疗产品基因组滴度检测的数字PCR(digital polymerase chain reaction,dPCR)法,并进行初步验证。方法通过对同一批次AAV基因治疗产品进行dPCR检测,优化筛选最佳引物、探针、样品处理方式以及引物、探针浓度;对优化后方法进行专属性、线性、相对准确度、重复性验证,并确定方法的定量限及检测范围。结果选择NFS-05 vector titer 5.0为引物、探针,引物终浓度为800 nmol/L,探针终浓度为400 nmol/L,样品前处理方式为经Proteinase K消化。建立的方法专属性良好;在3.3×10~5~1.3×10~8vg/mL检测范围内,标准曲线相关系数(R~2)>0.999;相对准确度为70%~130%;重复性CV均≤15%;定量限为3.3×10~5vg/mL。结论建立的dPCR法专属性、线性、准确度及重复性良好,可用于NFS-05重组腺相关病毒(recombinant adeno-associated virus,rAAV)原液产品基因组滴度的检测。 展开更多
关键词 数字PCR 腺相关病毒 基因组滴度 基因治疗
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重组5型腺相关病毒基因组滴度测定用国家标准品的研制 被引量:1
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作者 郑红梅 于雷 +6 位作者 李永红 史新昌 郭莹 韩春梅 饶春明 周勇 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期429-433,共5页
目的研制重组5型腺相关病毒(recombinant type 5 adeno-associated virus,rAAV5)基因组滴度测定用国家标准品。方法对三质粒系统制备的rAAV5-GFP原液,按《中国药典》三部(2020版)相关要求进行鉴别、外观、pH、无菌、基因组滴度、纯度、... 目的研制重组5型腺相关病毒(recombinant type 5 adeno-associated virus,rAAV5)基因组滴度测定用国家标准品。方法对三质粒系统制备的rAAV5-GFP原液,按《中国药典》三部(2020版)相关要求进行鉴别、外观、pH、无菌、基因组滴度、纯度、感染滴度等检定,根据结果稀释、分装,制备成候选标准品;采用热加速试验对候选标准品进行稳定性考察;组织3家实验室,采用微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)法对候选标准品进行协作标定。结果候选标准品原液及候选标准品的各项检测指标均符合相关要求;在25、4、-20、-40、-80℃条件下,1、3、4、6个月基因组滴度均无明显下降;经3家实验室协作标定,候选标准品赋值为2.56×10^(12)copies/mL,95%置信区间为2.48×1012~2.64×10^(12)copies/mL。结论研制的rAAV5基因组滴度测定用国家标准品具有良好的稳定性,可用于rAAV5相关产品的质量评价。 展开更多
关键词 重组5型腺相关病毒 微滴式数字PCR 基因组滴度 协作标定 国家标准品
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rAAV2-ND4注射液基因转录水平的生物学活性检测方法
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作者 秦玺 陈龙 +9 位作者 史新昌 杨靖清 潘燕群 于雷 毕华 裴德宁 潘悦 李响 周勇 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1820-1825,共6页
目的:建立并验证检测rAAV2-ND4注射液转录水平的生物学活性检测方法。方法:rAAV2-ND4样品(3.0×10^(10)vg·mL^(-1),以每孔360μL)感染HEK293T细胞(3.0×105cells·mL^(-1),每孔0.8 mL,37℃5%二氧化碳培养预培养24 h)后... 目的:建立并验证检测rAAV2-ND4注射液转录水平的生物学活性检测方法。方法:rAAV2-ND4样品(3.0×10^(10)vg·mL^(-1),以每孔360μL)感染HEK293T细胞(3.0×105cells·mL^(-1),每孔0.8 mL,37℃5%二氧化碳培养预培养24 h)后2 h,加适量培养基继续培养24 h,收集细胞;按细胞总RNA提取试剂盒操作细则提取细胞总RNA(裂解细胞、吸附、去蛋白、去杂质和洗脱);将提取后的细胞总RNA为模板,用qPCR方法分别检测ND4的mRNA Ct值和β-actin内参基因mRNA Ct值。通过同时设立rAAV2-ND4参比品进行平行检测,通过β-actin内参基因和rAAV2-ND4参比品双重校正检测rAAV2-ND4相对于其参比品的生物学活性。对所建立方法进行方法学验证,包括准确性、精密度、线性和专属性等。另考察了3批制品的批间一致性。结果:qPCR检测ND4 mRNA转录量和参比品校正的方法检测结果提示ND4 mRNA与rAAV2-ND4感染细胞滴度之间存在量效关系。经方法学验证,方法的检测值与预期值之间偏离率在100%~130%;不同时间不同人员的9次结果RSD为13.75%;rAAV2-ND4滴度在1.0×10^(10)~5.0×10^(10)vg·mL^(-1)范围内方法线性r>0.97;方法具有很好的专属性。3批rAAV-ND4检测值的RSD为9.3%。结论:初步建立了rAAV2-ND4转录水平的生物学活性检测方法。 展开更多
关键词 生物学活性 实时定量PCR 内标法 感染 检测 基因治疗
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人促红素糖链单糖残基组成解析
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作者 史新昌 +2 位作者 于雷 李响 周勇 《中国新药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期853-857,共5页
目的:利用人促红素cIEF-MS检测结果,解析其糖链单糖组成。方法:经cIEF检测后获得cIEF峰,并对每个峰进行了MS检测,得到每个峰的高分辨质谱分子量,扣除蛋白分子量后,将分子量差值与单糖残基分子量组合数据库进行比对(精度约0.01%),获得一... 目的:利用人促红素cIEF-MS检测结果,解析其糖链单糖组成。方法:经cIEF检测后获得cIEF峰,并对每个峰进行了MS检测,得到每个峰的高分辨质谱分子量,扣除蛋白分子量后,将分子量差值与单糖残基分子量组合数据库进行比对(精度约0.01%),获得一系列质量数基本相符的单糖组合方式,并对单糖数量及单糖之间关系合理性进行分析。结果:经cIEF检测后获得10个cIEF峰,MS检测获得不少于32个峰质量数,比较后获得各质量数对应的一系列单糖组合形式,文中只列举了离子数量最高峰P3的组合形式,经有效性分析结果显示其最具有延伸性的组合方式为19个GlcNAc/GlaNAc残基、22个Man/Gla残基、12个Neu5Ac残基和3个Fuc残基。结论:获得人促红素蛋白糖链单糖组合方式,为进一步完整蛋白糖型的解析和表征奠定基础。 展开更多
关键词 毛细管等电聚焦电泳质谱联用 人促红素 等电点异构体 N-糖基化修饰 O-糖基化修饰 单糖残基组合
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数字PCR技术检测rAAV产品中质粒DNA残留
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作者 凡文超 于雷 +3 位作者 王光裕 史新昌 周勇 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期2004-2009,共6页
目的:利用数字PCR(dPCR)技术检测重组腺相关病毒(recombinant adeno-associated virus, rAAV)产品中质粒DNA残留。方法:针对质粒抗性基因KanR序列的4个不同区段设计引物探针,建立单重和双重dPCR检测KanR残留量;在双重dPCR中,双阳性孔代... 目的:利用数字PCR(dPCR)技术检测重组腺相关病毒(recombinant adeno-associated virus, rAAV)产品中质粒DNA残留。方法:针对质粒抗性基因KanR序列的4个不同区段设计引物探针,建立单重和双重dPCR检测KanR残留量;在双重dPCR中,双阳性孔代表2组引物对之间的序列完整,通过测试单、双阳性孔的比例,评价KanR序列的分布情况;利用DNaseⅠ消化游离的质粒DNA,评价病毒衣壳内错包装的质粒DNA情况。结果:4组单重dPCR实测KanR残留量之间基本一致(1.054×10^(8)~1.467×10^(8)copies·μL^(-1));双重dPCR与单重dPCR实测结果间无明显差异;双重dPCR在6~6 000 copies·μL^(-1)浓度范围内显示出良好的线性关系(r>0.999)和重复性(RSD<20%);1/2,2/3和3/43种组合的双重PCR的双阳性孔占比基本一致,表明KanR基因的断裂可能更趋向于随机断裂;DNaseⅠ处理前后结果提示,错包装的大片段质粒DNA(1/4双阳性)比游离的占比更高。结论:dPCR技术可用于检测rAAV产品中质粒DNA残留量,多重dPCR还可评估质粒DNA片段大小及分布情况。 展开更多
关键词 数字PCR 重组腺相关病毒 质粒DNA残留 KanR基因
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双重数字PCR法评价Luc2P系列报告基因细胞系的稳定性
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作者 于雷 王光裕 +3 位作者 裴德宁 史新昌 周勇 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期826-832,838,共8页
目的 建立双重数字PCR(digital PCR,dPCR)法评价Luc2P系列报告基因细胞系(CHO-K1、Hacat、HEK293和UT7)的萤光素酶(luciferase,Luc)基因稳定性。方法 提取Luc2P系列报告基因细胞系的基因组DNA,建立一种双重dPCR法,同时检测内参基因RPP3... 目的 建立双重数字PCR(digital PCR,dPCR)法评价Luc2P系列报告基因细胞系(CHO-K1、Hacat、HEK293和UT7)的萤光素酶(luciferase,Luc)基因稳定性。方法 提取Luc2P系列报告基因细胞系的基因组DNA,建立一种双重dPCR法,同时检测内参基因RPP30和目标基因Luc的拷贝数,以Luc相对拷贝数(copies Luc/copy RPP30)为指标评价Luc基因稳定性;参考《中国药典》三部(2020版)相关要求对建立的方法进行专属性、精密性、线性、准确性和耐用性验证,并分析方法的适用性。结果 未转染报告基因的原始细胞检测结果均为阴性,而4种报告基因细胞系中均可检测到阳性结果,且dPCR结果中阴性和阳性区可明显区分;以相对拷贝数为指标,采用芯片式dPCR法重复检测8次同一基因组DNA样品以及同一细胞6次独立提取的基因组DNA样品的相对标准偏差(RSD)均小于10%,Luc和RPP30的线性拟合R~2均大于0.99,建立的方法检测5组加标样本的加标回收率在50%~100%之间,且芯片式dPCR和液滴式dPCR检测结果一致。该方法可区分不同细胞克隆的Luc相对拷贝数,检测3个代次(P8、P12、P31)细胞Luc相对拷贝数的结果高度一致。结论 建立的双重dPCR法专属性、精密性、线性、准确性、耐用性和适用性良好,可用于Luc2P系列报告基因细胞系的Luc基因稳定性评价。 展开更多
关键词 报告基因细胞系 萤光素酶 稳定性 双重数字PCR
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