目的:基于中药化学生物学理论,运用生物信息学分析方法对小青龙汤治疗肺系疾病的靶点群及机制进行探讨。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,...目的:基于中药化学生物学理论,运用生物信息学分析方法对小青龙汤治疗肺系疾病的靶点群及机制进行探讨。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)对小青龙汤中活性成分进行筛选,基于所筛选成分,从Swiss Target Prediction、PharmMapper预测成分相关靶点。同时用DisGeNET、GeneCards和CTD数据库收集肺系疾病相关靶点,通过成分靶点和疾病靶点映射分析,运用STRING数据库对交集靶点群进行蛋白质互作网络(protein-protein interaction, PPI)分析,应用Metascape和DAVID在线分析平台对交集靶点群进行基因本体论(gene ontology, GO)生物过程和KEGG通路富集分析,使用SYBYL-X2.0软件对分析结果进行分子对接验证。结果:获得2个靶点群,分别涉及63个和160个靶点。PPI网络分析显示,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase 1,AKT1)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、白细胞介素-6 (Interleukin-6,IL-6)、TP53和肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)等靶点具有较高的度值;GO生物学过程主要涉及促分裂原活化蛋白激酶(mitogenactivated protein kinase, MAPK1)级联的调控、一氧化氮(nitric oxide, NO)生物合成和炎症反应等;KEGG通路富集分析显示,PI3K-AKT信号通路具有较高的度值;分子对接结果显示,槲皮素和MAPK、VEGFA、CDK2、PTK2靶点的对接得分较高。结论:小青龙汤可能通过调控PI3K-AKT信号通路及其相关靶点发挥治疗肺系疾病的作用。展开更多
目的:基于核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(Nod-like receptor protein 3,NLRP3)相关靶点研究六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎及炎癌转化的作用机制。方法:通过CTD、STRING和STITCH数据库预测NLRP3相关靶点。从TCMSP筛选六君子汤组方中...目的:基于核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(Nod-like receptor protein 3,NLRP3)相关靶点研究六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎及炎癌转化的作用机制。方法:通过CTD、STRING和STITCH数据库预测NLRP3相关靶点。从TCMSP筛选六君子汤组方中药的活性成分,并利用DrugBank和Swiss Target Prediction预测成分相关靶点。通过Cytoscape软件获取活性成分相关靶点和NLRP3相关靶点的交集,构建“中药-活性成分-交集靶点-NLRP3”网络图,拓扑分析筛选核心活性成分。从DisGeNET数据库、GeneCards数据库、CTD数据库、药物靶标数据库(therapeutic target database,TTD)检索疾病相关靶点。通过Cytoscape 3.2.1软件Merge功能取慢性萎缩性胃炎相关靶点和NLRP3相关靶点的交集,并构建“慢性萎缩性胃炎-NLRP3”网络图。将“中药-活性成分-交集靶点-NLRP3”网络图和“慢性萎缩性胃炎-NLRP3”网络图相交,获取潜在靶点,通过STRING数据库获取潜在靶点相互作用网络,并利用Cytoscape软件将结果进行可视化,获得蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,通过网络拓扑分析揭示关键靶点,并与核心活性成分进行分子对接。通过DAVID对靶点进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and gnomes,KEGG)通路富集分析。结果:以“NRLP3”为关键词获得270靶点。从TCMSP数据库得到六君子汤组方中药152个活性成分,从DrugBank和Swiss Target Prediction预测得到181个成分相关靶点。“中药-活性成分-交集靶点-NLRP3”网络拓扑分析发现山柰酚和柚皮素可能为核心活性成分。将“中药-活性成分-交集靶点-NLRP3”网络图和“慢性萎缩性胃炎-NLRP3”网络图相交,获取11个潜在靶点。PPI网络分析显示,JUN、PPARG、AKT1和TNF等靶点可能为关键靶点。KEGG富集分析得到23条信号通路,其中TNF信号通路和MAPK等信号通路可能发挥重要作用。分子对接结果显示,核心靶点M展开更多
