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3种流感病毒检测方法的比较 被引量:10
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作者 初阳 吴双志 +2 位作者 刘磊 吕昌武 《医学动物防制》 2016年第5期583-585,共3页
目的对病毒分离培养法、实时荧光PCR法和鸡胚培养法3种检测流感病毒的方法和结果进行比较研究,筛选快速准确的检测方法,为流感监测与防控工作提供及时可靠的病原学依据。方法同时采用病毒分离培养法、实时荧光PCR法和鸡胚培养法对2014... 目的对病毒分离培养法、实时荧光PCR法和鸡胚培养法3种检测流感病毒的方法和结果进行比较研究,筛选快速准确的检测方法,为流感监测与防控工作提供及时可靠的病原学依据。方法同时采用病毒分离培养法、实时荧光PCR法和鸡胚培养法对2014年10月~2015年3月牡丹江市流感监测哨点医院采集的流感样病例咽拭子样本进行检测,比较检测结果。结果实时荧光PCR法的流感病毒核酸检测阳性率为15.52%,其中169份为季节性H3N2流感病毒,73份为B型Yamagata株;病毒分离培养法的阳性率为6.29%,分离出63株季节性H3N2流感病毒,35株B型Yamagata株;鸡胚分离培养法检出率为0.64%。3种方法中,实时荧光PCR法的阳性率最高,病毒分离培养法次之,鸡胚分离培养法阳性率最低。结论实时荧光PCR法比病毒分离培养法和鸡胚培养法灵敏快捷、特异性强、敏感度高,适用于流感病毒的快速检测。 展开更多
关键词 流感病毒 实时荧光PCR法 病毒分离培养 鸡胚分离
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一株基因Ⅱ型新城疫病毒的分离及基因组分析 被引量:3
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作者 委委 初阳 +4 位作者 张晓楠 韩宗玺 邵昱昊 孔宪刚 刘胜旺 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期175-178,共4页
本研究从2008山东表现神经症状的某新城疫疫苗免疫鸡群中分离到一株病毒。通过鸡红细胞凝集试验和血凝抑制试验,表明为新城疫病毒,将其命名为ck/CH/LSD/08-29。根据GenBank上登录的新城疫病毒基因组序列,设计14对引物经过RT-PCR扩增病... 本研究从2008山东表现神经症状的某新城疫疫苗免疫鸡群中分离到一株病毒。通过鸡红细胞凝集试验和血凝抑制试验,表明为新城疫病毒,将其命名为ck/CH/LSD/08-29。根据GenBank上登录的新城疫病毒基因组序列,设计14对引物经过RT-PCR扩增病毒感染的尿囊液,同时应用3'-RACE和5'-RACE技术,扩增得到该病毒全部基因组序列。结果表明,该毒株基因组由15186个核苷酸序列组成,编码6种结构蛋白,在RNA上的顺序依次为3'-NP-P-M-F-HN-L-5'。F基因裂解位点处的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株氨基酸序列特点。通过F基因裂解位点附近高变区389个核苷酸序列构建遗传进化树,证明该毒株在分类地位上属于基因Ⅱ型。此外,病毒感染SPF鸡试验证明ck/CH/LSD/08-29毒株属于强毒嗜神经型毒株,能引起SPF鸡高致死率。 展开更多
关键词 新城疫病毒 嗜神经型 全基因序列 遗传进化分析
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海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因特性 被引量:6
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作者 崔蕾 初阳 +3 位作者 李丹丹 王如敏 潘家兴 马焱 《中国热带医学》 CAS 2020年第9期809-813,共5页
目的了解海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法选取2019—2020监测年度海南省5家流感监测网络实验室分离的16株H3N2亚型流感毒株进行一代全基因组测序,利用MEGA 10.1.8构建血凝素基因系统... 目的了解海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法选取2019—2020监测年度海南省5家流感监测网络实验室分离的16株H3N2亚型流感毒株进行一代全基因组测序,利用MEGA 10.1.8构建血凝素基因系统进化树,并分析氨基酸位点替换情况,应用DNA Star 7.0.1软件进行血凝素基因同源性分析。结果系统进化树显示,相比于疫苗株A/Kansas/14/2017(2019—2020),16株H3N2亚型流感病毒分离株血凝素基因在进化树上与疫苗株A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016(2018—2019)亲缘关系更近,属于3C.2a1分支,核苷酸与氨基酸同源性范围分别为98.5%~98.9%、97.9%~98.4%。16株分离株在抗原性位点发生8处氨基酸位点替换,涉及5个抗原决定簇;15株分离株在糖基化位点发生2处缺失。结论2019—2020年监测年度海南省H3N2亚型流感病毒与2018—2019年疫苗株亲缘关系较近,血凝素蛋白抗原性位点在5个决定簇均有变异,易造成较大流行,WHO推荐的2019—2020年疫苗株保护效果可能不理想。应密切关注H3N2亚型流感病毒的流行与基因变异情况,为流感病毒疫苗株推荐及防控提供科学依据。 展开更多
关键词 流感病毒 H3N2亚型 HA基因 遗传进化
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2019-2020年海南省登革病毒E基因序列分析
4
作者 王如敏 杜珊珊 +6 位作者 陈菁菁 李丹丹 马焱 崔蕾 初阳 李建东 任莉娜 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第4期389-394,共6页
目的了解2019-2020年海南省登革病毒(Dengue virus,DENV)E基因序列分子特征,探讨病毒可能的输入来源。方法收集登革热疑似病例血清样本,采用RT-PCR法进行核酸检测并分型,阳性样本进行登革病毒包膜(envelope,E)蛋白基因扩增及测序,应用... 目的了解2019-2020年海南省登革病毒(Dengue virus,DENV)E基因序列分子特征,探讨病毒可能的输入来源。方法收集登革热疑似病例血清样本,采用RT-PCR法进行核酸检测并分型,阳性样本进行登革病毒包膜(envelope,E)蛋白基因扩增及测序,应用生物信息软件进行同源性和系统进化分析。结果从49例DENV阳性样本中获得14条DENV E基因序列。进化分析显示,11条DENV1型E基因序列间核苷酸同源性为97.2%~100.0.0%,均属于基因Ⅰ型,其中2条E基因序列(HNLS-8和HNCM-14)与2019年广州流行株(Guangzhou/19XN24503/2019)的核苷酸同源性为100.0%;2条DENV2型E基因序列分别属于Asian 1基因型和Cosmopolitan基因型,其中1条(HNLS-10)与2019-2020年广州流行株(Guangzhou/19XN22111/2019、Guangzhou/19XN50506/2020)同源性为99.6%,另1条(HNLD-2)与2019年昆明2株流行株(Kunming/HNQY20180091/2019、Kunming/HNQY2018005/2019)核苷酸同源性为100.0%。1条DENV3型E基因序列属于基因Ⅲ型,与2018年广州流行株(Guangzhou/18XN61927/2018)和2017年新加坡流行株(Singapore/15095Y15/2017)同源性较高,分别为99.6%和99.5%。结论2019-2020年,海南省检出输入引发的本地传播DENV1、DENV2和DENV3多型病毒,以DENV1为主,显示了加强流动人群中登革热监测与管理,及时防控登革热跨省、跨境传播的重要性。 展开更多
关键词 登革病毒 包膜蛋白基因 基因型 同源性
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海南省2022年emm12型A族链球菌基因组及药物敏感性特征分析
5
作者 初阳 吴庆梓 +5 位作者 蔡英桂 甘晓婷 王素 王吉晓 张亚淋 遇晓杰 《中国热带医学》 CAS 北大核心 2024年第6期659-663,共5页
目的 了解海南emm12型A族链球菌(group A Streptococcus, GAS)基因组特征及对目前常用抗菌药物的敏感性,为猩红热等GAS相关疾病提供病原学数据。方法 基于2022年海南省呼吸道症候群监测获得的咽拭子分离GAS菌株,应用高通量测序技术对所... 目的 了解海南emm12型A族链球菌(group A Streptococcus, GAS)基因组特征及对目前常用抗菌药物的敏感性,为猩红热等GAS相关疾病提供病原学数据。方法 基于2022年海南省呼吸道症候群监测获得的咽拭子分离GAS菌株,应用高通量测序技术对所分离菌株进行基因组测序和emm基因分型、基因多位点序列分型(multi-locus sequence typing, MLST)、耐药基因与毒力基因预测,利用MEGA 10.1.8最大似然法(maximum likelihood, ML)绘制系统进化树。采用微量肉汤稀释法测定最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC)进行药敏试验。结果 2022年海南呼吸道症候群监测分离的4株GAS分离株均为emm12/ST36型,毒力基因除emm基因外,共检测到7种超抗原基因speB(100%)、speI(75%)、speH(75%)、speC(100%)、ssa(100%)、sme Z(100%)、speG(100%)。所有菌株均携带大环内酯类耐药基因ermB和ermTM、四环素耐药基因tet(M),均不携带耐药基因mefA,对红霉素、克林霉素、四环素耐药率100%,对青霉素仍保持高度敏感。系统进化树分析显示,海南分离株均集中在同一分支上。结论 2022年海南GAS优势基因型为emm12型,MLST分型与emm分型具有一致性。携带的耐药基因与药敏实验结果一致,海南地区青霉素等β-内酰胺类药物可继续作为GAS临床治疗首选药物,需扩大菌株量进一步监测。 展开更多
关键词 猩红热 A族溶血性链球菌 emm12型 超抗原 药物敏感性
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2022年海南省新型冠状病毒奥密克戎(BA.1.1)变异株基因特征分析
6
作者 初阳 邱丽 +13 位作者 李丹丹 苏林梁 蔡英桂 邝仕壮 陈海云 吴庆梓 甘晓婷 王如敏 曾云婷 张亚淋 潘正帆 崔蕾 遇晓杰 马焱 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1642-1649,共8页
为进一步积累和完善海南省新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株病原学特点的认识,本研究对2022年海南省14例感染奥密克戎(BA.1.1)变异株病例进行新冠病毒基因特征分析。... 为进一步积累和完善海南省新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株病原学特点的认识,本研究对2022年海南省14例感染奥密克戎(BA.1.1)变异株病例进行新冠病毒基因特征分析。应用Illumina公司MiSeqDX深度测序平台进行全基因组序列测定,Nextclade在线分析平台和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和基因组特征分析,采用MEGA 10.1.8邻位归并法(Neighbour-joining)绘制系统进化树,结合流行病学调查进行回顾性溯源分析。海南省14例病例感染的奥密克戎(BA.1.1)变异株基因组高度相似,同武汉参考序列(GenBank No.NC_045512)相比,存在63或64个核苷酸突变位点,39个核苷酸位点缺失,22204位点有9个核苷酸插入,引起43个氨基酸突变和16个氨基酸位点缺失。刺突(Spike,S)蛋白存在32个氨基酸突变位点,S1蛋白RBD区R346K是VOC/Omicron(BA.1.1)变异株特征性突变位点。14例病例分布在三亚市及外溢到周边陵水、儋州等市县,均为外省来琼感染者引发后续本地传播。海南省因输入病例引起本土新冠疫情的风险较大,应继续加强新冠病毒重要流行变异株的研究,持续开展新冠病毒基因型变异监测。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 奥密克戎变异株 基因特征
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2021-2022年度海南省B型Victoria系流感病毒病原学特征分析
7
作者 初阳 王如敏 +5 位作者 唐潆芳 冯芳莉 李丹丹 邱仁 李俊 遇晓杰 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期682-688,共7页
目的了解2021—2022监测年度海南省B型Victoria系流感病毒的流行状况,分析其抗原性、耐药性和基因变异情况。方法选取33株B型Victoria系流感病毒,利用标准雪貂抗血清进行抗原性分析和荧光法检测病毒对神经氨酸酶抑制剂(NAI)的敏感性,应... 目的了解2021—2022监测年度海南省B型Victoria系流感病毒的流行状况,分析其抗原性、耐药性和基因变异情况。方法选取33株B型Victoria系流感病毒,利用标准雪貂抗血清进行抗原性分析和荧光法检测病毒对神经氨酸酶抑制剂(NAI)的敏感性,应用Illumina公司MiSeqDx深度测序平台进行基因组序列测定,使用MEGA 10.1.8和DNAStar 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和分析,并采用邻位归并法(N-J)绘制系统进化树。结果2021—2022监测年度海南省流感病毒基因型为B型Victoria系,依据WHO命名方式,33株分离株血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因均属于1A.3遗传分支,未发生HA与NA基因分支间的重配,与WHO推荐的疫苗株B/Washington/02/2019(2020—2022)抗原性类似,对磷酸奥司他韦敏感,检测到1株NA基因发生D197E氨基酸位点变异并对扎那米韦的敏感性高度降低的毒株。结论2021—2022监测年度海南省流行的B型Victoria系流感病毒与疫苗株相匹配,对神经氨酸酶抑制剂类药物敏感。 展开更多
关键词 流感病毒 抗原性 神经氨酸酶抑制剂 基因特性 血凝素
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2013-2021年海南省流感病原学检测及流行特征分析
8
作者 王如敏 崔蕾 +5 位作者 潘家兴 李丹丹 初阳 冯芳莉 马焱 曾祥洁 《中国人兽共患病学报》 CSCD 北大核心 2023年第12期1188-1195,共8页
目的了解海南省流行性感冒(简称流感)流行特征及其相关影响因素,为预防和控制流感提供科学依据。方法对2013-2021年海南省6家国家级哨点医院流感样病例(influenza-like illness,ILI)的病原学监测数据进行统计分析。结果2013-2021共检测... 目的了解海南省流行性感冒(简称流感)流行特征及其相关影响因素,为预防和控制流感提供科学依据。方法对2013-2021年海南省6家国家级哨点医院流感样病例(influenza-like illness,ILI)的病原学监测数据进行统计分析。结果2013-2021共检测ILI标本50415份,其中流感病毒阳性标本5581份,阳性率为11.07%;优势流行株为乙型、A(H1N1)pdm09型和H3N2型;5~14岁年龄组阳性检出率最高(17.56%),0~4岁年龄组流感病毒阳性率最低(7.32%)。2014-2016年、2017-2018年和2019-2020年4个监测年度,流感呈现双峰流行,夏季流行期集中在4-9月,最高峰值53.64%,冬季流行期集中在11月-次年3月,最高峰值47.30%;2013-2014年、2016-2017年和2018-2019年3个监测年度,流感流行无明显夏季流行高峰,冬春季流行期集中在10月-次年3月,最高峰值54.17%;2020-2021年流感病毒阳性检出率呈现断崖式下降,阳性检出率仅为0.25%,无明显流行期。结论海南省不同监测年度流感流行强度不同,优势流行株变化快,5~14岁人群是重点防控人群,夏季和冬春季是流感预防控制重点时段,继续加强流感病原学监测,同时发挥健康教育宣传作用,积极推进流感疫苗接种和非药物干预双重措施,以降低流感的发生率。 展开更多
关键词 流感样病例 监测 流感病毒 病原学 影响因素
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海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因特性 被引量:3
9
作者 崔蕾 潘家兴 +3 位作者 王如敏 初阳 李丹丹 马焱 《中国热带医学》 CAS 2020年第8期697-701,共5页
目的分析海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因遗传进化特征与关键氨基酸位点变异情况。方法从海南省流感监测网络实验室分离的流感毒株中按照不同时间选取16株H3N2亚型分离株进行一代全基因序列测定,应用DNA Star 7.0.1... 目的分析海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因遗传进化特征与关键氨基酸位点变异情况。方法从海南省流感监测网络实验室分离的流感毒株中按照不同时间选取16株H3N2亚型分离株进行一代全基因序列测定,应用DNA Star 7.0.1软件进行神经氨酸酶基因同源性分析,应用MEGA 10.8.1软件构建神经氨酸酶基因系统进化树,并分析耐药性位点与抗原决定位点氨基酸替换情况。结果神经氨酸酶基因同源性分析与系统进化分析显示,16株分离株与疫苗株A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016(2018—2019)核苷酸与氨基酸相似性分别为98.5%~99.1%、98.3%~98.7%,进化上属于3c.2a1分支。14株分离株发生神经氨酸酶抗原性位点N329S变异,11株分离株发生E344K变异,未发生耐药性位点氨基酸替换。结论2019—2020年海南省流行的H3N2亚型流感病毒属于3c.2a1分支,与2018—2019年疫苗株亲缘关系较近;大部分分离株在神经氨酸酶抗原决定位点发生了一定的改变,但变异程度不大,未发生耐药位点变异。今后应持续加强流感病毒病原学监测,密切关注H3N2亚型流感病毒耐药性基因变异,及时跟踪关键氨基酸位点替换情况,为科学防控提供理论依据。 展开更多
关键词 流感病毒 H3N2亚型 NA基因 遗传进化
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牡丹江市113例艾滋病病例流行病学调查分析 被引量:1
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作者 初阳 尹松鹤 吕昌武 《医学动物防制》 2016年第3期289-290,294,共3页
目的了解牡丹江市艾滋病疫情流行特征,为制定艾滋病防控措施提供科学依据。方法对牡丹江市疾病预防控制中心诊断报告的113例艾滋病病例进行流行病学特征分析。结果报告的113例HIV/AIDS病例中男女性别比为21.6∶1,20~30岁年龄组所占比例... 目的了解牡丹江市艾滋病疫情流行特征,为制定艾滋病防控措施提供科学依据。方法对牡丹江市疾病预防控制中心诊断报告的113例艾滋病病例进行流行病学特征分析。结果报告的113例HIV/AIDS病例中男女性别比为21.6∶1,20~30岁年龄组所占比例最大,占总病例数的42.48%;以"未婚者"居多,占51.33%;文化程度以大专及以上者居多,占总病例数的35.40%;职业以家政、家务为主,占52.21%;传播途径主要为性接触传播,其中同性传播居首位占65.49%;市区累计报告病例占全市总病例数的71.68%;样本来源于主动监测的占52.21%。结论应加强艾滋病宣传教育,加大高危人群的行为干预,扩大监测范围,努力遏制艾滋病的蔓延。 展开更多
关键词 HIV/AIDS 调查 分析
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2021年海南省2例轻型新冠肺炎病例相关新冠病毒德尔塔变异株的分子特征分析 被引量:1
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作者 初阳 遇晓杰 +12 位作者 蔡英桂 李丹丹 黄涵 曾祥洁 王如敏 陈海云 曾云婷 潘正帆 邝仕壮 甘晓婷 张亚淋 吴庆梓 陈言 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1281-1288,共8页
本文对2021年海南省2例感染引起本土轻型新冠肺炎病例的新冠病毒进行全基因组测定和序列分析,研究该病毒的分子特征和分子进化规律。通过荧光定量RT-PCR法检测ORF1ab和N靶基因,应用Illumina公司的MiSeq深度测序平台进行全基因组序列测定... 本文对2021年海南省2例感染引起本土轻型新冠肺炎病例的新冠病毒进行全基因组测定和序列分析,研究该病毒的分子特征和分子进化规律。通过荧光定量RT-PCR法检测ORF1ab和N靶基因,应用Illumina公司的MiSeq深度测序平台进行全基因组序列测定,使用MEGA 10.1.8和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和分析,并采用邻位归并法(Neighbour-joining)绘制系统进化树。2例新冠病毒(HN0801和HN0802)均属于德尔塔变异株,与武汉参考序列(NC_045512)基因序列相似性分别为99.7%和99.8%,系统进化树显示它们位于同一进化分支(B.1.617.2)的不同簇上,共有45个核苷酸突变位点,引起38个氨基酸位点改变,其中34个错义突变、6个同义突变、4个氨基酸位点缺失;刺突(S)糖蛋白发现B.1.617.2谱系共同突变特征L452R、T478K,以及T19R、G142D、D614G、P681R、D950N、R158G关键变异位点。HN0801同2021年7月江苏省南京市代表株基因序列100%相似,而HN0802与南京市疫情代表株基因组相似性较低。结合流行病学调查和基因组序列分析,这2例新冠病毒均属于新冠病毒德尔塔变异株,2例确诊病例之间没有明确的流行病学关联,为两条不同的传播链引起的相互独立的散发病例。本研究为海南省新冠病毒变异株的监测和新冠疫情防控提供了基础数据。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 德尔塔 全基因组 变异株
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2019-2020年海南省乙型流感病毒Victoria系血凝素抗原性及其基因特性分析 被引量:2
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作者 王如敏 崔蕾 +4 位作者 潘家兴 初阳 李丹丹 马焱 陈言 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第12期1430-1433,共4页
目的了解海南省2019-2020监测年度乙型流感病毒Victoria系(BV)血凝素(hemagglutinin,HA)抗原性及其基因特征。方法按照时间不同从海南省5家流感监测网络实验室分离的流感毒株中选取14株BV系毒株,以WHO推荐的BV流感疫苗株B/Colorado/06/2... 目的了解海南省2019-2020监测年度乙型流感病毒Victoria系(BV)血凝素(hemagglutinin,HA)抗原性及其基因特征。方法按照时间不同从海南省5家流感监测网络实验室分离的流感毒株中选取14株BV系毒株,以WHO推荐的BV流感疫苗株B/Colorado/06/2017(2018-2020)为参考进行抗原性分析;对所有分离株进行一代全基因序列测定,应用生物信息学软件分析HA基因系统进化特征。结果与疫苗株相比,57.14%(8/14)的流感病毒分离株为类似株,42.86%(6/14)为低反应株;14株乙型流感病毒BV系分离株HA基因在进化上与疫苗株B/Colorado/06/2017亲缘关系较近,共同归属于1A分支,其中12株分离株聚为一支,以162-164位三缺失为分支特征。核苷酸和氨基酸同源性范围分别是98.6%~98.9%和98.3%~98.8%;14株BV流感分离株HA共有9个位点发生氨基酸变异:G129D、G133R、K136E、N197S、T199I、A202V以及162-164位缺失,涉及3个抗原表位。结论2019-2020监测年度海南省流行的乙型流感病毒分离株HA基因与疫苗株亲缘关系较近,但因HA氨基酸位点发生多处变异可能导致疫苗保护效果不佳。因此,需继续加强对流感流行情况和毒株型别及突变的监测。 展开更多
关键词 乙型流感病毒 Victoria系 抗原性 基因特性
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2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09流感病毒基因特性分析 被引量:2
13
作者 初阳 崔磊 +3 位作者 潘家兴 王如敏 马焱 李丹丹 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期532-537,共6页
目的分析海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据。方法选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测... 目的分析海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据。方法选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析。结果2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的血凝素基因(Hemagglutinin HA)和神经氨酸酶基因(Neuraminidase NA)均在核苷酸进化树6B.1分支上。海南分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018 HA基因核苷酸和氨基酸同源性范围分别为98.5%~99.1%和97.7%~99.1%,对神经氨酸酶抑制剂敏感,HA基因在Sa抗原决定簇NQT162-164有共同变异位点,N162位点的变异增加了1个潜在糖基化位点。Sb抗原决定簇K156位点发生变异的分离株为参考血清A/Brisbane/02/2018的低反应株,其余分离株均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。结论2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗组分匹配。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09亚型流感病毒 抗原性 基因特性 血凝素 神经氨酸酶
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海南省新型冠状病毒肺炎流行病学特征分析 被引量:2
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作者 陈少明 贾鹏本 +11 位作者 邱丽 冯芳莉 潘婷婷 黄雅靖 陈菁菁 崔蕾 陈言 初阳 曾小妹 金蕾 金玉明 何滨 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期372-376,共5页
目的分析和描述截至2020年3月4日海南省报告的新型冠状病毒肺炎病例的流行病学特征。为下一阶段的防控策略和措施制定提供科学依据。方法采用描述流行病学方法进行分析:疫情的地区分布、时间分布、人群特征、聚集性疫情、病例发病就诊... 目的分析和描述截至2020年3月4日海南省报告的新型冠状病毒肺炎病例的流行病学特征。为下一阶段的防控策略和措施制定提供科学依据。方法采用描述流行病学方法进行分析:疫情的地区分布、时间分布、人群特征、聚集性疫情、病例发病就诊情况分析、本地病例和重症病例情况分析。结果共报告168例确诊病例,其中重症36例,死亡5例。病例主要分布在海口、三亚等旅游热点市县。2020年1月13日出现首例病例,1月24日达发病高峰,2月6日后发病呈下降趋势。男女性别比为0.9∶1,年龄中位数51岁,50岁以上占54.8%。离退人员占比最高,占36.9%。2月以来本地病例所占比例呈上升趋势。本地病例发病到就诊,首诊到确诊,发病到确诊和发病到入院时间中位数均大于输入病例。重/危重病例年龄中位数、患有基础疾病的病例比例均大于轻/普通型病例。重/危重症病例发病到就诊时间大于轻/普通型病例,但就诊到确诊时间前者小于后者。结论海南省疫情呈现3个阶段,从以输入性为主,发展为以本地病例发病为主,到低水平发病阶段。应加强服务行业人群个人防护、健康监测,对所有密切接触者集中隔离,加强宣传教育,提高老百姓尤其是60岁以上老人就诊意识,医疗机构应关注60岁以上有基础疾病的病例病情变化。要加大返工后的疫情监测和入境人员的健康管理,巩固防控成效。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 流行特征 时空分布
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实时荧光PCR法和病毒分离培养法在手足口病病毒检测中的应用分析
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作者 初阳 吴双志 +1 位作者 刘磊 《医学动物防制》 2016年第11期1295-1297,共3页
目的筛选快速准确的检测方法,为手足口病监测与防控工作提供及时可靠的病原学依据。方法采用病毒分离培养法和实时荧光PCR检测法对2014年牡丹江市手足口病监测哨点医院采集的手足口样病例标本进行检测,比较检测结果。结果 2014年采集的... 目的筛选快速准确的检测方法,为手足口病监测与防控工作提供及时可靠的病原学依据。方法采用病毒分离培养法和实时荧光PCR检测法对2014年牡丹江市手足口病监测哨点医院采集的手足口样病例标本进行检测,比较检测结果。结果 2014年采集的206份标本中,实时荧光PCR法检测肠道病毒EV 71型42例、Cox A16型9例、肠道病毒通用型37例,阴性118例。病毒分离培养法检测肠道病毒EV 71型4例、Cox A16型4例、肠道病毒通用型6例。实时荧光PCR法、病毒分离培养法检测阳性率分别为42.72%和6.80%;与实时荧光PCR法相比,病毒分离培养法灵敏度、特异度分别为15.91%、100.00%。结论实时荧光PCR法比病毒分离培养法更灵敏快捷、特异性强、敏感度高等,适用于手足口病病原体的检测。 展开更多
关键词 手足口病 实时荧光PCR 病毒分离培养
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黑龙江省牡丹江市男男同性恋人群HIV、梅毒螺旋体和丙型肝炎病毒感染状况分析
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作者 初阳 尹松鹤 +1 位作者 沙丽娜 吕昌武 《医学动物防制》 2017年第2期229-230,共2页
目的了解男男同性恋(man who have sex with man,MSM)人群HIV、梅毒螺旋体(TP)和丙型肝炎病毒(HCV)感染情况,为制定防控措施提供科学依据。方法对2015年5~7月调查的400名男男同性恋者进行HIV、梅毒螺旋体(TP)和丙型肝炎病毒(HCV)抗体检... 目的了解男男同性恋(man who have sex with man,MSM)人群HIV、梅毒螺旋体(TP)和丙型肝炎病毒(HCV)感染情况,为制定防控措施提供科学依据。方法对2015年5~7月调查的400名男男同性恋者进行HIV、梅毒螺旋体(TP)和丙型肝炎病毒(HCV)抗体检测。结果调查的400名男男同性恋者中,总感染率为6.00%(24/400),其中18人感染TP,感染率为4.50%;HCV阳性为0.00%;HIV抗体阳性6份,感染率为1.50%,其中1人合并感染TP。结论牡丹江市MSM人群中HIV、梅毒螺旋体(TP)和丙型肝炎病毒(HCV)感染情况不容乐观,应加强宣传教育,加强高危人群的行为干预,扩大监测范围,努力遏制病情的蔓延。 展开更多
关键词 男男同性恋 HIV 梅毒螺旋体 丙型肝炎病毒 性病
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海南省2019-2020监测年度A(H1N1)pdm09流感病毒基质蛋白基因特性分析 被引量:1
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作者 初阳 潘家兴 +2 位作者 崔蕾 王如敏 李丹丹 《中国热带医学》 CAS 2021年第11期1085-1088,共4页
目的分析2019—2020监测年度(2019年4月1日—2020年3月29日)海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒基质蛋白基因(Matrix,M)进化规律和M2蛋白氨基酸位点变异情况。方法选取14株2019—2020年海南省分离的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测... 目的分析2019—2020监测年度(2019年4月1日—2020年3月29日)海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒基质蛋白基因(Matrix,M)进化规律和M2蛋白氨基酸位点变异情况。方法选取14株2019—2020年海南省分离的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,采用Neighbor-Joining方法进行种系进化分析,通过系统进化树比较海南流行株与疫苗株的差异。测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析及基因同源性分析。结果2019—2020监测年度,海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒分离株占分离株的4.9%。序列分析显示,海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的M基因在核苷酸系统进化树6B.1分支上,核苷酸与氨基酸同源性范围为98.7%~100.0%、98.8%~100.0%。12株分离株胞外区编码区S23N氨基酸发生变异;跨膜区14株分离株均发生S31N位点突变,突变率为100.0%;1株I39V位点氨基酸变异;9株分离株在胞浆区E70D位氨基酸位点发生变异。结论2019—2020监测年度海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒活动水平较低,与疫苗株相匹配,对金刚烷胺类药物耐药,应特别关注M2蛋白氨基酸变异情况,为临床抗流感病毒药物的使用提供科学依据。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09亚型流感病毒 基质蛋白 基因变异
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