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高通量测序方法在重症肺炎病原体检测的应用 被引量：21
1
作者 刘孝荣 马东礼 +7 位作者 姜含芳 陈虹宇 蔡德丰 朱纯青 郑跃杰 粟东芳 杨振宇 刘艳红 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期609-613,共5页
目的 建立高通量测序技术检测重症肺炎病原体的流程和方法,并评估其可行性.方法 临床对照研究. 收集2015年3月至2016年12月深圳儿童医院就诊的76例重症肺炎的患者（实验组）和18例气管软化并排除细菌感染的患者（对照组）,采集肺泡灌洗... 目的 建立高通量测序技术检测重症肺炎病原体的流程和方法,并评估其可行性.方法 临床对照研究. 收集2015年3月至2016年12月深圳儿童医院就诊的76例重症肺炎的患者（实验组）和18例气管软化并排除细菌感染的患者（对照组）,采集肺泡灌洗液标本,同时进行临床检测和高通量测序,并对高通量测序的结果采用PCR方法进行确认,然后对基于高通量测序的重症肺炎病原体检测方法进行评估.采用χ2检验对高通量测序组和非高通量测序组的检出率进行相关性分析.结果 建立了基于高通量测序的重症肺炎病原体的检测流程及方法,该流程包括：标本收集、DNA提取、文库构建、上机测序及生物信息学分析.在76例重症肺炎患者中,66例患者的肺泡灌洗液标本的高通量测序结果为阳性,灵敏度86.84%,显著高于传统临床检验所用的细菌培养、免疫荧光法和定量PCR 3种方法综合检测的灵敏度（68.42%,52/76,χ^2=7.426,P〈0.001）.66份高通量测序阳性标本中,共检测到13种病原体,其中主要的病原体包括肺炎支原体、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和腺病毒等,非高通量测序法共检测到9种病原体.比较临床检验和高通量测序结果,在76份实验组标本中,发现61份（80.26%）标本两者结果完全一致,15份（19.74%）标本结果不完全一致,这些不一致检出的标本主要集中在高通量测序检测出腺病毒、肺炎链球菌和流感嗜血杆菌而临床培养和免疫荧光方法不能检出这些病原体.PCR验证结果显示高通量检测结果与PCR的检测结果差异没有统计学意义（χ^2=0.517,P=0.472）,高通量检测结果与培养及免疫荧光方法检测结果差异有统计学意义（χ^2=11.671,P＆lt;0.001）.结论 基于高通量测序的重症肺炎病原体的检测方法灵敏度高,能检测出未知病原体,优于传统临床检验所用方法. 展开更多
关键词 高通量核苷酸序列分析 肺炎 肺炎支原体
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31株深圳地区婴幼儿感染百日咳鲍特菌的流行特点、基因型、亲缘关系与大环内酯耐药性 被引量：11
2
作者 姜含芳 刘孝荣 +3 位作者 陈虹宇 朱纯青 邢志浩 马东礼 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期270-276,共7页
目的通过分析百日咳感染患儿的临床信息和鉴定百日咳鲍特菌的基因型、耐药性和亲缘性,了解深圳地区百日咳鲍特菌的流行特点、基因组变异与大环内酯类耐药情况。方法百日咳患儿的临床信息采集自深圳市儿童医院电子病历系统。我们对分离... 目的通过分析百日咳感染患儿的临床信息和鉴定百日咳鲍特菌的基因型、耐药性和亲缘性,了解深圳地区百日咳鲍特菌的流行特点、基因组变异与大环内酯类耐药情况。方法百日咳患儿的临床信息采集自深圳市儿童医院电子病历系统。我们对分离自患儿咽拭子的31株百日咳鲍特菌进行二代测序和基因组从头组装。通过序列比对鉴定多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、毒力基因型与23S rRNA突变位点。通过构建系统进化树分析亲缘性。通过E-test鉴定临床分离株对大环内酯类抗生素的耐药性。结果31株百日咳鲍特菌的MLST分型均为ST-2。毒力基因型呈多样性,其中2株为prn缺失型。基于进化树,深圳株与疫苗株亲缘关系远。19株百日咳鲍特菌为红霉素耐药,均携带23S rRNA编码基因的A2047G突变。结论深圳地区百日咳鲍特菌的毒力基因型呈多样性,非疫苗株的基因型逐渐增多。大环内酯耐药株已有传播。本研究为改进百日咳的防治和疫苗策略提供了参考。 展开更多
关键词 百日咳鲍特菌 二代测序 基因型 大环内酯耐药性
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2018-2020年深圳市儿童医院临床分离细菌分布及耐药性监测 被引量：5
3
作者 孟青 崔晓燕 +6 位作者 周林涛 颜慧敏 姜含芳 叶炳均 陈虹宇 孙丽芳 陈运生 《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期314-321,共8页
目的持续监测临床分离菌的菌种分布及耐药性。方法对深圳市儿童医院2018—2020年临床分离细菌进行鉴定并采用纸片扩散法和自动化仪器法进行细菌药物敏感性试验。结果三年共分离细菌21925株,每年约7300株,其中革兰阳性菌占38.3%,革兰阴... 目的持续监测临床分离菌的菌种分布及耐药性。方法对深圳市儿童医院2018—2020年临床分离细菌进行鉴定并采用纸片扩散法和自动化仪器法进行细菌药物敏感性试验。结果三年共分离细菌21925株,每年约7300株,其中革兰阳性菌占38.3%,革兰阴性菌占61.7%。肺炎链球菌非脑膜炎分离株中青霉素中介株(PISP)占0.1%~0.6%,未检出青霉素耐药株(PRSP)。耐甲氧西林葡萄球菌中MRSA和MRCNS三年分别占各自菌种的35.4%、32.8%、26.2%和83.2%、83.2%、68.3%,呈逐年递减。屎肠球菌对多数受试抗菌药物的耐药率均高于粪肠球菌,发现2株利奈唑胺耐药粪肠球菌,未发现万古霉素耐药肠球菌(VRE)。未发现青霉素耐药无乳链球菌,但草绿色链球菌对青霉素的耐药率为25.8%。大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中碳青霉烯类耐药菌株的检出率较低,三年分别为0.6%、0.3%、0.3%和3.2%、6.2%、4.5%。碳青霉烯类耐药的铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌(CRPA和CRAB)有增长趋势,三年分别占各自菌种的6.3%、7.1%、9.5%和10.4%、6.3%、16.0%;卡他莫拉菌和流感嗜血杆菌中产β内酰胺酶的检出率三年分别为98.2%、97.6%、97.9%和51.7%、58.9%、47.7%,产酶株对多种受试抗菌药物的耐药率高于不产酶株。结论提高病原菌的正确诊断,加强细菌耐药性监测结合医院感染防控,依据药敏试验结果合理使用抗生素,可延缓细菌耐药性的发展。 展开更多
关键词 细菌耐药性监测 药物敏感性试验 甲氧西林耐药葡萄球菌 碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌
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儿童检出耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的影响因素分析 被引量：5
4
作者 陈虹宇 黄双双 +4 位作者 孙丽芳 赖建威 叶炳均 刘亚丽 姜含芳 《检验医学与临床》 CAS 2021年第2期168-171,共4页
目的探讨儿童检出耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的影响因素,以进一步指导临床医生对CRKP的感染进行有效预防和治疗。方法选择深圳市儿童医院2013年1月至2018年12月检出CRKP的住院患儿(病例组)以及同期检出对碳青霉烯类药物敏感的肺炎... 目的探讨儿童检出耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的影响因素,以进一步指导临床医生对CRKP的感染进行有效预防和治疗。方法选择深圳市儿童医院2013年1月至2018年12月检出CRKP的住院患儿(病例组)以及同期检出对碳青霉烯类药物敏感的肺炎克雷伯菌(CSKP)感染患儿(对照组)为研究对象,每组60例。比较两组的相关资料,采用多因素Logistic回归分析儿童检出CRKP的影响因素。结果病例组与对照组入住ICU情况,检出前住院天数[9.00(5.00,20.25)d vs.3.00(2.00,10.25)d],气管插管、胃管插管、引流管使用情况,检出前一联、二联、三联及以上抗菌药物使用情况,第三代头孢菌素、舒巴坦/他唑巴坦制剂、糖肽类、碳青霉烯类抗菌药物的使用情况,检出前使用抗菌药物时间>1周,伴随心血管疾病情况比较,差异有统计学意义(P<0.05)。多因素Logistic回归分析发现,检出前住院天数是儿童检出CRKP感染的独立危险因素,而检出前使用一联抗菌药物是儿童检出CRKP感染的保护因素。结论对于CRKP感染的患儿,临床应采取减少侵入性操作,规范广谱抗菌药物的使用,加强医院感染监控等措施,从而预防与减少CRKP医院感染的发生和传播。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 危险因素 预防
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甲状腺功能亢进患儿的血尿酸水平变化分析 被引量：2
5
作者 姜含芳 黄晶 +2 位作者 黄宝兴 邓芳梅 马东礼 《检验医学与临床》 CAS 2019年第4期526-528,共3页
目的分析甲状腺功能亢进(简称甲亢)患儿血尿酸水平的变化情况。方法 92例甲亢患儿纳入甲亢组,116例健康体检儿童纳入健康组。分别检测甲亢组(治疗前和治疗后)与健康组血清总甲状腺素、血清总三碘甲腺原氨酸、血清游离甲状腺素、血清游... 目的分析甲状腺功能亢进(简称甲亢)患儿血尿酸水平的变化情况。方法 92例甲亢患儿纳入甲亢组,116例健康体检儿童纳入健康组。分别检测甲亢组(治疗前和治疗后)与健康组血清总甲状腺素、血清总三碘甲腺原氨酸、血清游离甲状腺素、血清游离三碘甲腺原氨酸、促甲状腺激素及尿酸水平。结果甲亢组与健康组的血尿酸水平比较,差异有统计学意义(P<0.05)。甲亢儿童治疗前后的甲状腺激素水平与血尿酸水平比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论甲亢患儿的血尿酸水平升高,应加强监测和控制甲亢患儿的血尿酸水平。 展开更多
关键词 甲状腺功能亢进 尿酸 总甲状腺素 总三碘甲腺原氨酸 游离甲状腺素 游离三碘甲腺原氨酸 促甲状腺激素
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儿童特发性间质性肺疾病与肺表面活性物质-B基因多态性的相关性研究 被引量：2
6
作者 王和平 郑跃杰 +5 位作者 农光民 刘萍 黄丽 马红玲 姜含芳 张建平 《中国小儿急救医学》 CAS 2017年第7期528-531,共4页
目的探讨肺表面活性物质（surfactant protein，SP）-B外显子4（T131I）位点的基因多态性与儿童特发性间质性肺疾病的相关性。方法收集2013年10月至2016年9月在深圳市儿童医院和广西医科大学附属第一医院住院诊断为特发性间质性肺疾病... 目的探讨肺表面活性物质（surfactant protein，SP）-B外显子4（T131I）位点的基因多态性与儿童特发性间质性肺疾病的相关性。方法收集2013年10月至2016年9月在深圳市儿童医院和广西医科大学附属第一医院住院诊断为特发性间质性肺疾病的患儿共67例为病例组，选择同期与特发性间质性肺疾病无关的因呼吸道感染在深圳市儿童医院住院的102例患儿为对照组，采用SP—B全外显子和侧翼区高通量测序法对所有病例采集的标本进行检测，分析外显子4（T131I）位点的基因型和等位基因分布。结果病例组和对照组SP—B基因外显子4（T131I）位点的基因型均可检出3种，CC、CT及TT型，病例组所占比例分别为67．16％、25．37％、7．46％，对照组分别为56．86％、35．29％、7．84％，两组基因型分布的差异无统计学意义（Х^2=1．981，P=0．371）；病例组C等位基因频率为79．85％，对照组为74．51％，差异无统计学意义（Х^2=1．288，P：0．256）。对照组SP-B基因外显子4（T131I）位点的基因突变频率为43．14％（44／102），与人类基因组千人人群数据库基因突变频率平均值52．00％比较，差异无统计学意义（P〉0．05）；与欧洲千人人群数据库基因突变频率53．88％、南亚千人人群数据库基因突变频率45．50％和美洲整体人群数据库基因突变频率41．93％比较，差异无统计学意义（P〉0．05），而与东亚千人人群数据库基因突变频率26．39％和非洲千人人群数据库基因突变频率80．18％比较，差异有统计学意义（P〈0．05）。结论SP—B基因外显子4（T131I）位点的基因多态性与儿童特发性间质性肺疾病易感性不存在相关性，外显子4（T131I）位点的基因突变频率与种族人群和地域具有一定的差异性。 展开更多
关键词 特发性间质性肺疾病 基因多态性 肺表面活性物质B JL童
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血清型33F肺炎链球菌致右侧肱骨近端急性化脓性骨髓炎并关节炎1例报道 被引量：1
7
作者 姜含芳 唐根 +4 位作者 陈虹宇 朱纯青 孟青 唐盛平 陈运生 《检验医学》 CAS 2021年第6期682-684,共3页
化脓性骨髓炎是细菌感染引起的骨膜、骨质和骨髓的炎症。致病菌可穿入关节,在关节滑膜和关节液中繁殖,形成化脓性关节炎。化脓性骨髓炎并关节炎如未及时治疗,会严重影响患者骨关节功能,甚至危及生命^([1])。
关键词 肺炎链球菌 血清型 急性化脓性骨髓炎 化脓性关节炎
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儿童特发性间质性肺疾病与SPC基因外显子4 T138N位点基因多态性相关性研究
8
作者 王和平 郑跃杰 +5 位作者 农光民 陈小文 陈杰华 马红玲 姜含芳 杜玮 《中华实用诊断与治疗杂志》 2017年第9期894-895,共2页
目的探讨肺表面活性物质相关蛋白C(surfactant protein-C,SP-C)基因外显子4 T138N位点基因多态性与儿童特发性间质性肺疾病易感性的关系。方法特发性间质性肺疾病患儿67例为观察组,同期住院非特发性间质性肺疾病患儿102例为对照组,采用... 目的探讨肺表面活性物质相关蛋白C(surfactant protein-C,SP-C)基因外显子4 T138N位点基因多态性与儿童特发性间质性肺疾病易感性的关系。方法特发性间质性肺疾病患儿67例为观察组,同期住院非特发性间质性肺疾病患儿102例为对照组,采用高通量测序法检测2组SP-C基因外显子4 T138N位点基因多态性,比较2组SP-C基因外显子4 T138N位点基因型分布和等位基因频率。结果观察组SP-C基因外显子4 T138N位点CC、CA、AA基因型分布频率(59.7%、31.3%、9.0%)与对照组(50.0%、40.2%、9.8%)比较差异无统计学意义(P>0.05);观察组SP-C基因外显子4 T138N位点C、A等位基因频率(75.4%、24.6%)与对照组(70.8%、29.2%)比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论 SP-C基因外显子4 T138N位点基因多态性可能与儿童特发性间质性肺疾病易感性无关。 展开更多
关键词 特发性间质性肺疾病 肺表面活性物质相关蛋白C 外显子4 T138N位点 基因多态性 儿童
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