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乳杆菌电转化条件的优化 被引量:10
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作者 夏子 石贵阳 +2 位作者 张梁 陈卫 王正祥 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期205-209,共5页
乳杆菌的遗传转化是限制对其遗传操作的关键因素之一。本实验用广宿主质粒pHY300PLK电转化植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)B0080,并优化了转化条件。系统地考察了细胞的生长时期、生长培养基组分、质粒浓度、电击时电场强度、复苏... 乳杆菌的遗传转化是限制对其遗传操作的关键因素之一。本实验用广宿主质粒pHY300PLK电转化植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)B0080,并优化了转化条件。系统地考察了细胞的生长时期、生长培养基组分、质粒浓度、电击时电场强度、复苏培养基组分等因素对转化效率的影响。选择含5.13%甘氨酸和0.54mol/L蔗糖的MRS培养基制备乳杆菌受体细胞,加入500ng质粒DNA,在电场强度7.41kV/cm电击转化,以含有0.3mol/L蔗糖的MRS培养基复苏培养,获得最佳转化率为3.6×104CFU/μg DNA,比使用初始方法得到的转化率提高了40倍。采用优化后条件,同样实现了pHY300PLK、pBBR1MCS-5对L.amylovorus B0112和L.acidophilus B0068的高效转化,为进一步对这些菌株进行基因工程改造奠定了有利的方法学基础。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 噬淀粉乳杆菌 pHY300PLK 电转化
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Thermotoga maritima普鲁兰酶的基因克隆与酶学性质研究 被引量:9
2
作者 夏子 王正祥 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期19-22,共4页
以海栖热袍菌(Thermotoga maritima)MSB8基因组DNA为模板,PCR扩增出普鲁兰酶基因pulA,克隆入表达载体pET28a,转化Escherichia coli BL21-CodonPlus(DE3)-RIL,经IPTG诱导,测定普鲁兰酶酶活性。结果表明,重组转化子的细胞破碎... 以海栖热袍菌(Thermotoga maritima)MSB8基因组DNA为模板,PCR扩增出普鲁兰酶基因pulA,克隆入表达载体pET28a,转化Escherichia coli BL21-CodonPlus(DE3)-RIL,经IPTG诱导,测定普鲁兰酶酶活性。结果表明,重组转化子的细胞破碎液有普鲁兰酶活性,SDS-PAGE电泳结果显示出分子量约为96ku特异性蛋白质条带。酶学性质分析表明,其最适反应温度达到95℃,在30~80℃均保持最大酶活力的80%以上,最适反应pH值为6.0,且在碱性条件下稳定。 展开更多
关键词 THERMOTOGA maritima 普鲁兰酶 酶学性质
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Expressmarker 22 STR荧光检测试剂盒的法医学应用 被引量:4
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作者 邹凯南 曹禹 +2 位作者 夏子 郑卫国 周怀谷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2012年第6期448-450,共3页
目的验证Expressmarker 22 STR荧光检测试剂盒的法医学应用价值。方法取FTA卡、滤纸上保存的建库血样和各类涉案生物性检材1948份,用Expressmarker 22 STR荧光检测试剂盒进行STR分型检测,同时采用SinofilerTM、Identifiler、PowerPlex... 目的验证Expressmarker 22 STR荧光检测试剂盒的法医学应用价值。方法取FTA卡、滤纸上保存的建库血样和各类涉案生物性检材1948份,用Expressmarker 22 STR荧光检测试剂盒进行STR分型检测,同时采用SinofilerTM、Identifiler、PowerPlex16试剂盒进行平行试验。对4个试剂盒相同基因座的分型进行比对,以确认Expressmarker 22 STR荧光检测试剂盒的灵敏度和准确性。结果 Expressmarker 22 STR荧光检测试剂盒的检测成功率为97.79%,同一样本在相同基因座与SinofilerTM、Identifiler、PowerPlex16试剂盒的STR分型结果相同。结论利用Expressmarker 22 STR荧光检测试剂盒进行STR分型,信息量大、结果准确可靠,可应用于法庭科学。 展开更多
关键词 法医遗传学 短串联重复序列 Expressmarker 22 STR荧光检测试剂盒
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合成乙醇重组乳杆菌的研究 被引量:2
4
作者 夏子 王正祥 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期934-938,共5页
将含有Zymomonas mobilis乙醇合成途径的关键酶基因的片段Ptac-pdc和Ptac-adhB,分别/同时接入pHY300PLK以及pBBR1MCS-5载体中,得到了pHY-PA、pBBR-PA等重组质粒,分别转化入几株乳杆菌。在42℃下进行乙醇发酵试验,结果表明:在Lactobacill... 将含有Zymomonas mobilis乙醇合成途径的关键酶基因的片段Ptac-pdc和Ptac-adhB,分别/同时接入pHY300PLK以及pBBR1MCS-5载体中,得到了pHY-PA、pBBR-PA等重组质粒,分别转化入几株乳杆菌。在42℃下进行乙醇发酵试验,结果表明:在Lactobacillus plantanum CICIM B0080中同时引入基因pdc、adhB有效地将碳代谢流导向了产乙醇方向,重组菌B0080(pHY-PA)发酵6.7%葡萄糖60h分别产生0.4%(V/V)乙醇,为原始菌B0080的67倍;而将pdc、adhB基因同时引入L.amylovorus B0112和L.acidophilus B0068,能检测到相当于原始菌2倍的乙醇产出。在重组菌发酵过程中,仍有大量的乳酸产出,在引入产乙醇基因的同时敲除乳酸脱氢酶基因,将有可能使乳杆菌的代谢流向更有效地转向产乙醇途径。 展开更多
关键词 乳杆菌 乙醇 Ptae-pdc Ptae-adhB
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6+1 STR试剂盒和电泳凝胶EX-Q20用于DNA快速检验 被引量:3
5
作者 平原 周怀谷 +2 位作者 许炎 夏子 郑卫国 《法医学杂志》 CAS CSCD 2011年第6期444-446,共3页
目的建立快速个体识别STR分型方法。方法取采集于FTA上的血样200份,经打孔仪取等量血痕分别使用6+1 STR试剂盒结合新型毛细管电泳凝胶EX-Q20进行快速电泳分析和使用SinofilerTM试剂盒结合POP4胶进行电泳分析,比较两者所耗费时间和结果... 目的建立快速个体识别STR分型方法。方法取采集于FTA上的血样200份,经打孔仪取等量血痕分别使用6+1 STR试剂盒结合新型毛细管电泳凝胶EX-Q20进行快速电泳分析和使用SinofilerTM试剂盒结合POP4胶进行电泳分析,比较两者所耗费时间和结果的差异。结果 6+1 STR试剂盒结合新型毛细管电泳凝胶能够得到全部分型结果且耗时较短。结论 6+1 STR试剂盒结合新型毛细管电泳凝胶进行STR分型,结果准确可靠,尤其适用于重特大案件中大量人员的排查、比对,能大大提高办案效率。 展开更多
关键词 法医遗传学 短串联重复序列 个体识别 快速检验
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快速个体识别STR分型技术 被引量:3
6
作者 周怀谷 夏子 +6 位作者 陈荣华 陶莉 杨辉 吴微微 王林生 平原 郑卫国 《法医学杂志》 CAS CSCD 2010年第5期381-382,共2页
DNA-STR分型技术[1]一般包括DNA提取、PCR扩增、电泳分析三个部分,DNA提取需要1 h以上,PCR扩增需要3~4 h,电泳分析需要1 h以上,完整的DNA-STR分型需要6~8 h[2]。进一步缩短DNA-STR分型时间,实现快速DNA分析成为科研攻关的一个新的重点[3... DNA-STR分型技术[1]一般包括DNA提取、PCR扩增、电泳分析三个部分,DNA提取需要1 h以上,PCR扩增需要3~4 h,电泳分析需要1 h以上,完整的DNA-STR分型需要6~8 h[2]。进一步缩短DNA-STR分型时间,实现快速DNA分析成为科研攻关的一个新的重点[3-5]。目前,快速DNA分析的研究主要集中在快速DNA提取和快速电泳分型两个部分。 展开更多
关键词 法医遗传学 核酸扩增技术 STR分型
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融合协同知识图谱与反事实推理的可解释推荐机制 被引量:3
7
作者 夏子 于亚新 +1 位作者 王子腾 乔佳琪 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2023年第7期2001-2009,共9页
为构建透明可信的推荐机制,相关研究工作主要通过可解释推荐机制为个性化推荐提供合理解释,然而现有可解释推荐机制存在三大局限:1)利用相关关系只能提供合理化解释而非因果解释,而利用路径提供解释存在隐私泄露问题;2)忽略了用户反馈... 为构建透明可信的推荐机制,相关研究工作主要通过可解释推荐机制为个性化推荐提供合理解释,然而现有可解释推荐机制存在三大局限:1)利用相关关系只能提供合理化解释而非因果解释,而利用路径提供解释存在隐私泄露问题;2)忽略了用户反馈稀疏的问题,解释的保真度难以保证;3)解释粒度较粗,未考虑用户个性化偏好。为解决上述问题,提出基于协同知识图谱(CKG)与反事实推理的可解释推荐机制(ERCKCI)。首先,基于用户自身的行为序列,采用反事实推理思想利用因果关系实现高稀疏度因果去相关,并迭代推导出反事实解释;其次,为提升解释保真度,不仅在单时间片上利用CKG和图神经网络(GNN)的邻域传播机制学习用户和项目表征,还在多时间片上通过自注意力机制捕获用户长短期偏好以增强用户偏好表征;最后,基于反事实集的高阶连通子图捕获用户的多粒度个性化偏好,从而增强反事实解释。为验证ERCKCI机制的有效性,在公开数据集MovieLens(100k)、Book-crossing和MovieLens(1M)上进行了对比实验。所得结果表明,该机制在前两个数据集上相较于RCF(Relational Collaborative Filtering)推荐模型下的ECI(Explainable recommendation based on Counterfactual Inference),在解释保真度上分别提升了4.89和3.38个百分点,在CF集大小上分别降低了63.26%、66.24%,在稀疏度指标上分别提升了1.10和1.66个百分点,可见该机制能有效提升可解释性。 展开更多
关键词 可解释 反事实推理 协同知识图谱 图神经网络 推荐机制
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图卷积增强多路解码的实体关系联合抽取模型 被引量:3
8
作者 乔勇鹏 于亚新 +3 位作者 刘树越 王子腾 夏子 乔佳琪 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2023年第1期153-166,共14页
从无结构化自然语言文本中抽取实体关系三元组是构建大型知识图谱中最为关键的一步,但现有研究仍存在3方面问题:1)忽略文本中因多个三元组共享同一实体而产生的实体关系重叠问题;2)当前以编码器-解码器为基础的联合抽取模型未充分考虑... 从无结构化自然语言文本中抽取实体关系三元组是构建大型知识图谱中最为关键的一步,但现有研究仍存在3方面问题:1)忽略文本中因多个三元组共享同一实体而产生的实体关系重叠问题;2)当前以编码器-解码器为基础的联合抽取模型未充分考虑文本语句词之间的依赖关系;3)部分三元组序列过长导致误差累积与传播,影响实体关系抽取的精度和效率.基于此,提出基于图卷积增强多路解码的实体关系联合抽取模型(graph convolution-enhanced multi-channel decoding joint entity and relation extraction model,GMCD-JERE).首先,基于BiLSTM作为模型编码器,强化文本中词的双向特征融合;其次,通过图卷积多跳特征融合句中词之间的依赖关系,提高关系抽取准确性;此外,改进传统模型按三元组先后顺序的解码机制,通过多路解码三元组机制,解决实体关系重叠问题,同时缓解三元组序列过长造成误差累积、传播的影响;最后,实验选用当前3个主流模型进行性能验证,在NYT(New York times)数据集上结果表明在精确率、召回率和F1这3个指标上分别提升了4.3%,5.1%,4.8%,同时在WebNLG(Web natural language generation)数据集上验证以关系为开始的抽取顺序. 展开更多
关键词 关系抽取 编码器–解码器 多路解码 关系重叠 图卷积神经网络
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自注意力下时空-语义相融合的POI序列推荐 被引量:1
9
作者 刘树越 于亚新 +2 位作者 吴晓露 夏子 王子腾 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2023年第3期456-462,共7页
近年来,随着基于位置的社交网络(Location-Based Social Network, LBSN)不断发展,POI序列推荐逐渐成为近年来研究的热点问题.现有的POI序列推荐方法仅仅按照时间的先后顺序建模用户历史签到序列,默认用户POI轨迹中连续POI之间具有相等... 近年来,随着基于位置的社交网络(Location-Based Social Network, LBSN)不断发展,POI序列推荐逐渐成为近年来研究的热点问题.现有的POI序列推荐方法仅仅按照时间的先后顺序建模用户历史签到序列,默认用户POI轨迹中连续POI之间具有相等的时间间隔,忽略了用户签到记录之间的时间间隔影响.另外,POI之间的地理距离以及语义信息也是影响推荐准确性的重要因素.基于此,本文提出自注意力下时空-语义相融合的POI序列推荐模型(POI sequence recommendation model based on the integration of spatiotemporal and semantics under self-attention, SA-TDS-PRec).首先,根据用户的实际签到时间建模POI轨迹.其次,融合POI绝对位置、时空间隔以及语义相关信息.最后利用自注意力机制捕捉用户动态偏好的演化,从而提高POI推荐的准确性.在公开数据集Gowalla和Yelp上进行可扩展实验.结果表明,该模型优于目前主流的基准模型,有效提升推荐结果准确性. 展开更多
关键词 POI序列推荐 自注意力机制 时空间隔 语义相关
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融合好奇心和策略蒸馏的稀疏奖励探索机制
10
作者 王子腾 于亚新 +1 位作者 夏子 乔佳琪 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2023年第7期2082-2090,共9页
深度强化学习算法在奖励稀疏的环境下,难以通过与环境的交互学习到最优策略,因此需要构建内在奖励指导策略进行探索更新。然而,这样仍存在一些问题:1)状态分类存在的统计失准问题会造成奖励值大小被误判,使智能体(agent)学习到错误行为... 深度强化学习算法在奖励稀疏的环境下,难以通过与环境的交互学习到最优策略,因此需要构建内在奖励指导策略进行探索更新。然而,这样仍存在一些问题:1)状态分类存在的统计失准问题会造成奖励值大小被误判,使智能体(agent)学习到错误行为;2)由于预测网络识别状态信息的能力较强,内在奖励产生状态的新鲜感下降,影响了最优策略的学习效果;3)由于随机状态转移,教师策略的信息未被有效利用,降低了智能体的环境探索能力。为了解决以上问题,提出一种融合随机生成网络预测误差与哈希离散化统计的奖励构建机制RGNP-HCE(Randomly Generated Network Prediction and Hash Count Exploration),并通过蒸馏(distillation)将多教师策略的知识迁移到学生策略中。RGNP-HCE机制采用好奇心分类思想构建融合奖励:一方面在多回合间以随机生成网络预测差构建全局好奇心奖励;另一方面在单回合内以哈希离散化统计构建局部好奇心奖励,从而保证内在奖励的合理性以及策略梯度更新的正确性。此外,将多个教师策略学习到的知识通过蒸馏迁移到学生策略中,有效提升学生策略的环境探索能力。最后,在Montezuma’s Revenge与Breakout测试环境中,把所提机制与当前主流的4个深度强化学习算法进行了对比实验,并执行了策略蒸馏。结果表明,相较于当前高性能的强化学习算法,RGNP-HCE机制在两个测试环境中的平均性能均有提升,且蒸馏后学生策略的平均性能又有进一步的提升,验证了RGNP-HCE机制与策略蒸馏方法对提升智能体的环境探索能力是有效的。 展开更多
关键词 奖励稀疏 内在奖励 探索能力 策略蒸馏 深度强化学习
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