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斑点叉尾鮰全基因组微卫星分布特征分析 被引量：6
1
作者 唐荣叶 苏孟园 +3 位作者 杨汶珊 徐杰杰 王涛 尹绍武 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2022年第2期89-97,共9页
为了解斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)全基因组中完整型微卫星的分布特征,本研究使用生物信息学软件MISA对其全基因组微卫星进行了搜索并分析。结果显示,在斑点叉尾鮰29条染色体中,筛选到完整型微卫星共510256个,总长度达11036941 bp... 为了解斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)全基因组中完整型微卫星的分布特征,本研究使用生物信息学软件MISA对其全基因组微卫星进行了搜索并分析。结果显示,在斑点叉尾鮰29条染色体中,筛选到完整型微卫星共510256个,总长度达11036941 bp。其中,微卫星数量最多的是2号染色体(25284个),其次分别是3号、1号和5号染色体,29号染色体的微卫星数量最少,只有11591个。每条染色体长度与位于其上的微卫星的数量均显著相关(SPSS,r=0.98,P<0.01)。27号染色体的微卫星相对丰度最大(785.03个/Mb),11号染色体的微卫星相对丰度最小(615.89个/Mb)。6种重复拷贝类型的微卫星中,单碱基的数量最多,占总数的45.31%,随后依次是二碱基(38.53%)、三碱基(8.73%)、四碱基(6.93%)、五碱基(0.46%)和六碱基(0.04%)。斑点叉尾鮰全基因组微卫星中,前10种优势重复拷贝类别为A、AC、AG、AT、AAT、AAAT、C、AAC、AAAC和AAG,表现出明显的A、T碱基优势。本研究结果可为进一步研究斑点叉尾鮰全基因组特征提供参考,并为今后进行斑点叉尾鮰分子标记辅助育种及遗传信息评估等工作提供基础资料。 展开更多
关键词 斑点叉尾鮰 全基因组 微卫星 分布特征
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潮汕海岸带红树林小型底栖动物的群落特征及生态环境质量评价
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作者 范魏丰 唐荣叶 +4 位作者 俞越 王洋 耿乐 董建玮 杜永芬 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期68-80,共13页
红树林是海岸带的重要生态屏障,也是气候变化和人类活动的敏感区;底栖动物是对环境变化最直接的响应群体。基于2021年4月在潮汕海岸带红树林分布区7个站位的现场观测和样品采集,对沉积物环境、小型底栖动物的群落特征、空间分布及生态... 红树林是海岸带的重要生态屏障,也是气候变化和人类活动的敏感区;底栖动物是对环境变化最直接的响应群体。基于2021年4月在潮汕海岸带红树林分布区7个站位的现场观测和样品采集,对沉积物环境、小型底栖动物的群落特征、空间分布及生态环境质量进行了分析。研究区共发现15个小型底栖动物类群,自由生活海洋线虫占丰度上的绝对优势(90.32%);多毛类在生物量上居首(58.44%)。小型底栖动物平均丰度较其他红树林略高,其丰度分布和海洋线虫丰度,叶绿素a、脱镁叶绿酸、有机碳和重金属(Cd、Zn、Cu、Cr和Hg)含量具有相似的空间格局:中部区域莲阳河北岸最高,向南向北均降低。不同斑块间的动物群落相似性较高(70%),解释其群落结构差异分布的最佳环境因子是重金属Pb。海洋线虫与桡足类的丰度比(N/C)、潜在生态风险指数和沉积物质量分级结果均表明研究区环境质量整体较差。 展开更多
关键词 红树林 小型底栖动物 重金属污染 生态评价 潮汕海岸带
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黄颡鱼(♀)、长吻[鱼危](♂)及其杂交F1代遗传多样性分析 被引量：3
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作者 王宏玉 武兆文 +5 位作者 付东勇 苏孟园 杨汶珊 唐荣叶 王涛 尹绍武 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期226-232,共7页
利用SSR分子标记技术和从20对微卫星引物中筛选出的12对多态性较高的引物,分析1龄、体质量(14.20±1.20)g黄颡鱼(♀)和长吻[鱼危](♂)及其杂交F1代[黄颡鱼(♀)×野生长吻[鱼危](♂)]的遗传多样性。试验结果显示,这3个群体之间... 利用SSR分子标记技术和从20对微卫星引物中筛选出的12对多态性较高的引物,分析1龄、体质量(14.20±1.20)g黄颡鱼(♀)和长吻[鱼危](♂)及其杂交F1代[黄颡鱼(♀)×野生长吻[鱼危](♂)]的遗传多样性。试验结果显示,这3个群体之间的平均等位基因数分别为4.583、3.667、5.000;平均有效等位基因数分别为2.382、2.221和2.535;平均观测杂合度分别为0.419、0.367和0.604;平均期望杂合度分别为0.477、0.383和0.597;多态信息含量分别为0.420、0.365和0.509。杂交F1代与父本长吻[鱼危]的遗传距离为0.8551,小于与母本黄颡鱼的遗传距离(1.7271),在亲缘关系树状图上先与父本聚为一支。杂交F1代从父本中获得较多的遗传物质,较双亲有丰富的遗传多样性和更高的基因杂合度。该试验结果将为研究黄颡鱼和长吻[鱼危]杂交后代的遗传多样性,探索鲿科鱼类属间杂交育种后亲本与子代的亲缘关系和遗传规律提供理论依据。 展开更多
关键词 黄颡鱼 长吻[鱼危] 遗传多样性 微卫星
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花斑无须鲶(Ageneiosus marmoratus)全基因组微卫星分布特征研究 被引量：3
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作者 苏孟园 杨汶珊 +3 位作者 唐荣叶 徐杰杰 王涛 尹绍武 《南京师范大学学报（工程技术版）》 CAS 2021年第2期65-71,共7页
根据NCBI已公布的花斑无须鲶全基因组序列,利用MISA软件对花斑无须鲶全基因组的6种完整型微卫星进行筛选并分析其分布特征.结果如下:在花斑无须鲶全基因组(约1.03Gb)中符合条件的微卫星序列共336037个,丰度为326个/Mb.微卫星总长度为772... 根据NCBI已公布的花斑无须鲶全基因组序列,利用MISA软件对花斑无须鲶全基因组的6种完整型微卫星进行筛选并分析其分布特征.结果如下:在花斑无须鲶全基因组(约1.03Gb)中符合条件的微卫星序列共336037个,丰度为326个/Mb.微卫星总长度为7720686 bp,占花斑无须鲶全基因组的0.75%.其中二碱基类型的微卫星数目最多,为145318个,占微卫星总数的43.24%,其次分别为单碱基(37.12%)、三碱基(11.00%)、四碱基(7.39%)、五碱基(1.04%)和六碱基(0.21%).花斑无须鲶全基因组微卫星中的优势碱基类别按照数量从高到低排列依次为A、AC、AG、AT、AAT、AAAT、TATC、AAG、AAC和TGA,共有305243个,占微卫星总数的90.84%,A、T碱基在微卫星中占绝对优势. 展开更多
关键词 花斑无须鲶 微卫星 基因组 分布特征
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巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组微卫星分布特征分析 被引量：1
5
作者 杨汶珊 唐荣叶 +3 位作者 苏孟园 徐杰杰 王涛 尹绍武 《南京师范大学学报（工程技术版）》 CAS 2021年第3期62-68,共7页
对已公布在NCBI数据库中的巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组测序结果,使用MISA软件对巨魾全基因组中的微卫星进行筛选并分析其数量与分布特征.在巨魾基因组570806968 bp序列中,共筛选出360235个完整型微卫星,其长度为6998449 bp,占基因... 对已公布在NCBI数据库中的巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组测序结果,使用MISA软件对巨魾全基因组中的微卫星进行筛选并分析其数量与分布特征.在巨魾基因组570806968 bp序列中,共筛选出360235个完整型微卫星,其长度为6998449 bp,占基因序列总长度的1.23%.在6种完整型微卫星中,微卫星数量最多的是单碱基类型,约占总数的44.65%,其余碱基类型数量排序为二碱基(43.29%)、三碱基(6.12%)、四碱基(4.80%)、五碱基(1.02%)和六碱基(0.11%).基因组中数量最多的前10种微卫星类别分别为:A、AC、AG、AT、AAT、C、ATAG、AAAT、ACT和ATC. 展开更多
关键词 巨魾 全基因组 微卫星 分布特征
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