目的探索草珊瑚Sarcandra glabra叶片活性成分生物合成分子基础,合理的开发利用草珊瑚资源。方法采用BGISEQ-500测序平台测定草珊瑚叶片的转录组,对经过滤和Trinity组装得到的unigene进行生物信息学分析。结果共获得了75862个unigenes,...目的探索草珊瑚Sarcandra glabra叶片活性成分生物合成分子基础,合理的开发利用草珊瑚资源。方法采用BGISEQ-500测序平台测定草珊瑚叶片的转录组,对经过滤和Trinity组装得到的unigene进行生物信息学分析。结果共获得了75862个unigenes,平均长度980 bp,其中42369个unigenes在7大公共数据库中得到成功注释,占总基因数的55.85%。21801个unigenes被注释于细胞组分、分子功能和生物学过程3大类共55个GO条目京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集到2条可能与药效物质形成密切相关的通路,分别是萜类和聚酮化合物的代谢和其他次生代谢物生物合成。通过进一步挖掘发现,其中47个unigenes可能参与萜类化合物骨架生物合成,14个unigenes可能参与倍半萜类化合物生物合成,62个unigenes可能参与黄酮类化合物生物合成。另外,转录组序列中共检测到19690个SSR位点,其中二核苷酸重复类型所占比例最高,达到了46.63%;针对所有的SSR位点,共设计出11209对引物。结论很好地扩展了草珊瑚的转录组信息,为进一步解析草珊瑚活性成分生物合成途径提供了基因资源,促进草珊瑚分子育种的研究。展开更多
文摘目的探索草珊瑚Sarcandra glabra叶片活性成分生物合成分子基础,合理的开发利用草珊瑚资源。方法采用BGISEQ-500测序平台测定草珊瑚叶片的转录组,对经过滤和Trinity组装得到的unigene进行生物信息学分析。结果共获得了75862个unigenes,平均长度980 bp,其中42369个unigenes在7大公共数据库中得到成功注释,占总基因数的55.85%。21801个unigenes被注释于细胞组分、分子功能和生物学过程3大类共55个GO条目京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集到2条可能与药效物质形成密切相关的通路,分别是萜类和聚酮化合物的代谢和其他次生代谢物生物合成。通过进一步挖掘发现,其中47个unigenes可能参与萜类化合物骨架生物合成,14个unigenes可能参与倍半萜类化合物生物合成,62个unigenes可能参与黄酮类化合物生物合成。另外,转录组序列中共检测到19690个SSR位点,其中二核苷酸重复类型所占比例最高,达到了46.63%;针对所有的SSR位点,共设计出11209对引物。结论很好地扩展了草珊瑚的转录组信息,为进一步解析草珊瑚活性成分生物合成途径提供了基因资源,促进草珊瑚分子育种的研究。
