为了探索THP-1巨噬细胞在脓肿分枝杆菌(Mycobacterium abscessus,MAB)感染后,与自噬相关的关键分子及其介导的生物学过程,从GEO和GeneCards数据库中挖掘MAB感染后THP-1巨噬细胞的自噬相关基因;利用DAVID在线工具对筛选的差异自噬相关基...为了探索THP-1巨噬细胞在脓肿分枝杆菌(Mycobacterium abscessus,MAB)感染后,与自噬相关的关键分子及其介导的生物学过程,从GEO和GeneCards数据库中挖掘MAB感染后THP-1巨噬细胞的自噬相关基因;利用DAVID在线工具对筛选的差异自噬相关基因进行基因本体论(GO)、京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法验证筛选的关键基因;将关键基因与自噬标志分子MAP1LC3A进行Pearson相关性分析。生物信息学分析显示,与自噬密切相关的差异表达基因共11个,其中前5个是BNIP3(Bcl-2/adenovirus E1 B interacting protein 3)、BAMBI(BMP and activin membrane bound inhibitor)、MAP1LC3A(microtubule associated protein 1 light chain 3)、DYSF(Dysferlin)和MYOZ1(Myozenin1);功能预测显示,11个差异表达基因主要和自噬等过程相关;qRT-PCR验证结果显示,BNIP3、MAP1LC3A和MYOZ1在两种表型MAB感染后的THP-1巨噬细胞中的变化与转录组测序(RNA-seq)结果一致,且BNIP3在RNA-seq和qRT-PCR结果中差异最显著(P<0.05);Pearson相关性分析显示,BNIP3与MAP1LC3A的相关性最强(P<0.05)。综上所述,BNIP3是MAB感染THP-1巨噬细胞后与自噬相关性最强的自噬相关分子,这可能为MAB感染巨噬细胞后的自噬过程的分子机制研究提供重要的启示。展开更多
文摘为了探索THP-1巨噬细胞在脓肿分枝杆菌(Mycobacterium abscessus,MAB)感染后,与自噬相关的关键分子及其介导的生物学过程,从GEO和GeneCards数据库中挖掘MAB感染后THP-1巨噬细胞的自噬相关基因;利用DAVID在线工具对筛选的差异自噬相关基因进行基因本体论(GO)、京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法验证筛选的关键基因;将关键基因与自噬标志分子MAP1LC3A进行Pearson相关性分析。生物信息学分析显示,与自噬密切相关的差异表达基因共11个,其中前5个是BNIP3(Bcl-2/adenovirus E1 B interacting protein 3)、BAMBI(BMP and activin membrane bound inhibitor)、MAP1LC3A(microtubule associated protein 1 light chain 3)、DYSF(Dysferlin)和MYOZ1(Myozenin1);功能预测显示,11个差异表达基因主要和自噬等过程相关;qRT-PCR验证结果显示,BNIP3、MAP1LC3A和MYOZ1在两种表型MAB感染后的THP-1巨噬细胞中的变化与转录组测序(RNA-seq)结果一致,且BNIP3在RNA-seq和qRT-PCR结果中差异最显著(P<0.05);Pearson相关性分析显示,BNIP3与MAP1LC3A的相关性最强(P<0.05)。综上所述,BNIP3是MAB感染THP-1巨噬细胞后与自噬相关性最强的自噬相关分子,这可能为MAB感染巨噬细胞后的自噬过程的分子机制研究提供重要的启示。