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新疆沙冬青基因组调查测序与基因组大小预测 被引量：16
1
作者 王雪 周佳熠 +3 位作者 孙会改 禹瑞敏 高飞 周宜君 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期143-149,共7页
新疆沙冬青是中国荒漠地区代表性常绿阔叶植物,属于第三纪孑遗植物。其极强的逆境耐受性受到了研究者的广泛关注,但由于缺乏基因组序列,分子生物学研究水平进展缓慢。本研究对新疆沙冬青进行了基因组调查测序,共得到65 Gb大小的双端测... 新疆沙冬青是中国荒漠地区代表性常绿阔叶植物,属于第三纪孑遗植物。其极强的逆境耐受性受到了研究者的广泛关注,但由于缺乏基因组序列,分子生物学研究水平进展缓慢。本研究对新疆沙冬青进行了基因组调查测序,共得到65 Gb大小的双端测序数据。结合基于K-mer分析和流式细胞分析的方法,预测基因组大小、杂合率和GC含量等特征,估计基因组大小为770~787 Mb。测序数据拼接构建得到contigs的N50为684 bp,总读长为0.538 Gb;进一步组装后scaffolds的N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb。对拼接数据进行SSR分子标记预测,共得到151858个SSR,其中二核苷酸重复单元比例最高为56.39%,在二核苷酸重复单元中,AT/TA组成形式占多数。本研究首次报道了荒漠植物新疆沙冬青的基因组特征,为后续基因组学研究提供参考。 展开更多
关键词 新疆沙冬青 基因组大小 流式细胞分析 K-mer分析 SSR分子标记
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蒙古沙冬青基因组调查及SSR分析 被引量：8
2
作者 周佳熠 王雪 +1 位作者 高飞 周宜君 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期4334-4338,共5页
蒙古沙冬青是第三纪冰川孑遗物种,具有极强的耐逆性,是研究植物耐逆分子机制的良好材料。利用高通量测序技术和生物信息学工具预测蒙古沙冬青的基因组大小及杂合度,进行SSR分子遗传标记的初步鉴定。蒙古沙冬青基因组大小约为812 Mb,杂... 蒙古沙冬青是第三纪冰川孑遗物种,具有极强的耐逆性,是研究植物耐逆分子机制的良好材料。利用高通量测序技术和生物信息学工具预测蒙古沙冬青的基因组大小及杂合度,进行SSR分子遗传标记的初步鉴定。蒙古沙冬青基因组大小约为812 Mb,杂合率为0.506%,基因组杂合度较高。对基因组进行拼接,进行SSR分子遗传标记分析,共鉴定183 102个SSR,不同类型核苷酸重复差异较大,其中,二核苷酸重复中的AT/TA含量最高,四核苷酸重复最少,共占总数的1.48%。 展开更多
关键词 蒙古沙冬青 基因组大小 杂合度 SSR
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基于流式细胞术和K-mer分析的苦豆子基因组大小估测 被引量：6
3
作者 黄阿晶 周佳熠 +3 位作者 李天泽 邢怡德 高飞 周宜君 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第24期6098-6102,共5页
目的 采用流式细胞术与K-mer分析方法对苦豆子基因组大小及杂合率进行估测,为其全基因组测序提供参考。方法 以大豆为内标,通过流式细胞仪检测大豆与苦豆子细胞DNA含量的倍数关系,计算苦豆子的基因组大小。采用二代测序技术进行苦豆子... 目的 采用流式细胞术与K-mer分析方法对苦豆子基因组大小及杂合率进行估测,为其全基因组测序提供参考。方法 以大豆为内标,通过流式细胞仪检测大豆与苦豆子细胞DNA含量的倍数关系,计算苦豆子的基因组大小。采用二代测序技术进行苦豆子基因组调查测序,使用K-mer分析估测苦豆子基因组大小与杂合率。结果 采用流式细胞术测得苦豆子基因组大小约为1 749 Mb。K-mer分析结果表明,苦豆子基因组大小约为1 648 Mb,基因组杂合率为1.12%,杂合率较高。结论 苦豆子基因组大小约为1.7 Gb,杂合率较高,后续研究可采用三代PacBio进行80~100 X深度的测序开展全基因组测序研究。 展开更多
关键词 苦豆子 流式细胞术 K-mer分析 基因组大小 杂合率
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基于流式细胞术和K-mer分析的好好芭基因组大小估测 被引量：6
4
作者 马鹏举 周佳熠 +4 位作者 孙会改 马丹丹 高飞 周宜君 张根发 《北京师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期733-737,共5页
好好芭是一种重要的特种油料植物,具有极高的经济价值.由于好好芭基因组数据缺乏,导致其分子生物学研究进展相对缓慢.本研究以黄瓜和大豆作为内标,用流式细胞仪测定经碘化丙啶(PI)染色的内标细胞核和好好芭细胞核混合样品的PI荧光强度,... 好好芭是一种重要的特种油料植物,具有极高的经济价值.由于好好芭基因组数据缺乏,导致其分子生物学研究进展相对缓慢.本研究以黄瓜和大豆作为内标,用流式细胞仪测定经碘化丙啶(PI)染色的内标细胞核和好好芭细胞核混合样品的PI荧光强度,通过比较好好芭与内标细胞DNA含量峰值的倍数关系,计算好好芭的基因组大小.同时使用基于生物信息学的K-mer分析来估测好好芭的基因组大小.采用流式细胞术测得好好芭基因组大小约为774 Mb.Kmer分析表明,当K值分别为17、19、21时,相应的DNA峰值出现在128、125和123,因此估测jojoba基因组大小为777～794Mb.K-mer分布曲线有明显的杂合峰,说明jojoba基因组杂合度较高.本研究完成了对好好芭基因组大小的估测,可为好好芭基因组学研究提供参考. 展开更多
关键词 好好芭 流式细胞术 K-mer分析 基因组大小
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关于我国保健品行业宣传监管规制的法律研究 被引量：5
5
作者 周佳熠 赫然 《长春理工大学学报（社会科学版）》 2019年第6期15-20,共6页
近年来,人们的保健意识显著增强,极大促进了我国保健品行业的发展。我国自古就有进补养生的传统,食疗理论和药食同源理论源远流长,这种观念渐渐地促成了我国保健品市场的繁荣和火爆,也给保健品生产企业带来巨大的商机。但同时也暴露出... 近年来,人们的保健意识显著增强,极大促进了我国保健品行业的发展。我国自古就有进补养生的传统,食疗理论和药食同源理论源远流长,这种观念渐渐地促成了我国保健品市场的繁荣和火爆,也给保健品生产企业带来巨大的商机。但同时也暴露出当前保健品行业在宣传监管中法律依据和监管主体等方面存在的问题。基于此种情况,在法律层面分析日本、美国等发达国家的监管规制,同时结合当前国内保健品行业出现的一系列问题,提出可行性意见。 展开更多
关键词 保健品 监管主体 法律规制
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罗布麻转录组数据的注释和黄酮合成相关基因的挖掘 被引量：2
6
作者 马丹丹 周佳熠 +3 位作者 马鹏举 孙会改 高飞 周宜君 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期4580-4587,共8页
罗布麻具有生态价值、药用价值和工业价值,但是核酸数据较少,阻碍了罗布麻分子生物学研究。本试验基于罗布麻转录组数据注释挖掘罗布麻中黄酮类化合物合成相关基因,为功能基因的挖掘奠定基础。本研究基于罗布麻转录组数据,通过拼接和组... 罗布麻具有生态价值、药用价值和工业价值,但是核酸数据较少,阻碍了罗布麻分子生物学研究。本试验基于罗布麻转录组数据注释挖掘罗布麻中黄酮类化合物合成相关基因,为功能基因的挖掘奠定基础。本研究基于罗布麻转录组数据,通过拼接和组装,对罗布麻转录组进行了功能注释、黄酮合成相关基因的挖掘、查尔酮异构酶的克隆和分析以及SSR预测。通过对罗布麻高通量测序数据进行拼接,共获得64713条转录本,40575条Unigene,平均长度720 bp,其中28063条Unigene能被NR、GO、COG、Uniprot、PFAM和拟南芥蛋白数据库进行注释。注释表明,共有110条Unigene与罗布麻黄酮类化合物合成途径相关。本研究首次对罗布麻转录组进行了注释,鉴定出与黄酮类化合物生物合成有关的基因,为罗布麻的分子生物学研究提供了重要数据。 展开更多
关键词 罗布麻 转录组 功能注释 黄酮类化合物 查尔酮异构酶
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