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转化生长因子β诱导蛋白在胶质瘤中的表达及生物学功能
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作者 文静 邓慧 +1 位作者 宋萍 张孟贤 《癌变.畸变.突变》 CAS 2023年第5期341-348,共8页
目的:探讨转化生长因子β诱导蛋白(TGFBI)在胶质瘤中的表达及其生物学功能。方法:通过从癌症基因组图谱(TCGA)、中国脑胶质瘤图谱(CGGA)和脑肿瘤分子数据库(Rembrandt)下载胶质瘤的转录组数据和相应的临床资料,分析在不同级别胶质瘤中TG... 目的:探讨转化生长因子β诱导蛋白(TGFBI)在胶质瘤中的表达及其生物学功能。方法:通过从癌症基因组图谱(TCGA)、中国脑胶质瘤图谱(CGGA)和脑肿瘤分子数据库(Rembrandt)下载胶质瘤的转录组数据和相应的临床资料,分析在不同级别胶质瘤中TGFBI mRNA的表达水平,及其表达变化与胶质瘤患者预后的关系。免疫组织化学染色法检测35例胶质母细胞瘤组织和5例正常脑组织中TGFBI蛋白的表达水平。通过用慢病毒转染U87和U373细胞株构建TGFBI表达下调的胶质母细胞瘤细胞系,检测TGFBI对胶质瘤细胞增殖、侵袭、凋亡和细胞周期的影响。通过基因集富集分析(GSEA)预测TGFBI在胶质瘤发生发展中可能参与并调控的相关通路。结果:TCGA、CGGA和Rembrandt数据库的结果分析显示随着胶质瘤级别的增加,TGFBI mRNA的表达水平升高(P<0.05)。此外,TGFBI m RNA的高表达与胶质瘤患者不良预后显著相关(P<0.01)。免疫组化检测结果显示,与正常脑组织相比,胶质母细胞瘤组织中TGFBI蛋白表达水平显著增加(P<0.05)。细胞学实验结果显示,TGFBI表达下调可显著抑制胶质母细胞瘤细胞增殖和侵袭能力,同时能够促进细胞凋亡,促使细胞从G1期转向S期。GSEA分析结果显示高表达TGFBI可能通过TOLL样受体信号通路、NOD样受体信号通路和JAK-STAT信号通路参与调控胶质瘤恶性生物学行为。结论:TGFBI在胶质母细胞瘤组织中表达升高,可促进肿瘤细胞的增殖、侵袭,抑制细胞凋亡并诱导细胞周期重排,推测其可能在胶质瘤发生发展中扮演着癌基因的角色。 展开更多
关键词 胶质瘤 转化生长因子β诱导蛋白 数据库 免疫组织化学法 预后判断
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基于单细胞测序构建胶质母细胞瘤预后模型
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作者 邓慧 文静 +1 位作者 宋萍 张孟贤 《生物技术》 CAS 2023年第1期38-47,共10页
[目的]基于单细胞测序筛选胶质母细胞瘤特征基因并构建预后模型。[方法]分析GEO数据库单细胞RNA测序数据集GSE84465,筛选出GBM细胞分化相关的差异基因。下载TCGA数据库GBM的基因表达谱和临床数据,采用Lasso回归、Cox回归分析筛选出特征... [目的]基于单细胞测序筛选胶质母细胞瘤特征基因并构建预后模型。[方法]分析GEO数据库单细胞RNA测序数据集GSE84465,筛选出GBM细胞分化相关的差异基因。下载TCGA数据库GBM的基因表达谱和临床数据,采用Lasso回归、Cox回归分析筛选出特征基因构建预后模型,根据独立预后因素构建列线图,GSE83300作为外部验证集。基于风险评分中位数将患者分组,比较两组生存差异。[结果]通过scRNA-seq得到492个分化差异基因,经过回归分析得到基于6个基因(PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE2、CD81)的预后模型。其1、3、5年ROC曲线下面积均大于0.7;KM分析显示高低风险组预后存在差异(P<0.001),GSE83300验证结果与TCGA一致。多因素Cox回归分析表明年龄和风险评分可以作为独立影响因素(P<0.01);C-Index(0.679)、校准图显示列线图预测模型有良好的拟合度。GSEA分析示高低风险组差异基因集参与细胞因子受体相互作用、抗原处理与提呈等通路。[结论]由PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE2、CD81构建的模型能够预测GBM患者预后。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 单细胞测序 预后模型 癌症基因组图谱计划 生物信息学分析
原文传递
免疫微环境在胶质母细胞瘤中的研究进展 被引量:1
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作者 邓慧 文静 +1 位作者 宋萍 张孟贤 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期864-869,共6页
胶质母细胞瘤是中枢神经系统恶性程度最高的胶质瘤,其标准治疗手段是最大程度的肿瘤切除、放疗和替莫唑胺辅助化疗,中位生存期仅为14个月。免疫疗法开启多种癌症治疗的新篇章,在胶质母细胞瘤中却未能带来生存获益。胶质母细胞瘤具有高... 胶质母细胞瘤是中枢神经系统恶性程度最高的胶质瘤,其标准治疗手段是最大程度的肿瘤切除、放疗和替莫唑胺辅助化疗,中位生存期仅为14个月。免疫疗法开启多种癌症治疗的新篇章,在胶质母细胞瘤中却未能带来生存获益。胶质母细胞瘤具有高度异质性和复杂的免疫抑制性微环境,肿瘤细胞与非肿瘤细胞相互作用,促进肿瘤的生长、侵袭、耐药。因此,剖析胶质母细胞瘤免疫微环境各组成成分,了解免疫细胞与肿瘤细胞之间的信号通路,有利于理解免疫治疗失败的原因,也为后续研究提供依据。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 免疫抑制 肿瘤微环境 免疫治疗
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基于TCGA数据库确定低级别胶质瘤免疫相关lncRNA并构建预后模型 被引量:1
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作者 文静 邓慧 +1 位作者 宋萍 张孟贤 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期167-171,240,共6页
目的筛选低级别胶质瘤(LGG)预后相关的免疫lncRNA,构建免疫相关lncRNA预后风险模型。方法从公共数据库TCGA下载LGG转录组数据及相应的临床信息,用R语言以共表达法获取免疫相关lncRNA,单因素和多因素Cox回归分析筛选得到有预后价值的免... 目的筛选低级别胶质瘤(LGG)预后相关的免疫lncRNA,构建免疫相关lncRNA预后风险模型。方法从公共数据库TCGA下载LGG转录组数据及相应的临床信息,用R语言以共表达法获取免疫相关lncRNA,单因素和多因素Cox回归分析筛选得到有预后价值的免疫相关lncRNA,并以其构建风险模型。根据风险值将患者划分为高风险组和低风险组,采用Kaplan-Meier法进行生存分析并绘制生存曲线图,使用ROC曲线对风险模型的准确性进行评估。同时采用单因素和多因素Cox回归法分析风险评分和其它临床因素与LGG患者生存预后的关系。通过Cibersort软件计算22种免疫浸润细胞在高、低风险分组中的相对比例。最后对风险模型中4个lncRNA与主要的免疫检查点分子进行相关性分析。结果通过免疫基因-lncRNA共表达网络筛选出79个免疫相关lncRNA,利用单因素Cox回归筛选出8个有预后价值的免疫相关lncRNA,基于多因素Cox回归分析最终确定4个关键lncRNA(RFPL1S、AC145098.1、AC090559.1、TGFB2-AS1),并构建风险模型。根据中位风险值将患者分为高风险组和低风险组,生存分析显示两组生存时间存在显著差异(P<0.01),预后风险模型曲线AUC值为0.788。多因素Cox回归分析显示患者年龄、肿瘤级别和风险分数均是预后不良的独立危险因素。Cibersort法分析结果显示高风险组LGG患者肿瘤中有较多的单核细胞和M2型巨噬细胞浸润。相关性分析显示模型中的4个lncRNA与PD1、PD-L1、CD47及CTLA4之间存在较强的相关性(均P<0.05)。结论通过生物信息分析技术成功构建基于lncRNA表达水平的LGG患者预后模型,所确定的4个关键lncRNA有望成为判断LGG患者预后的指标和潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 胶质瘤 长链非编码RNA TCGA数据库
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溶瘤病毒治疗恶性胶质瘤的临床研究进展 被引量:1
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作者 周洋媚 陈瑞 +1 位作者 文静 张孟贤 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期249-254,共6页
恶性胶质瘤是成人原发中枢神经系统最常见的恶性肿瘤,其生物学行为复杂,恶性程度高。目前治疗手段有限,即使通过传统治疗手段,即最大限度安全手术联合放化疗,患者的临床结局仍不尽人意,平均中位生存期仅15个月左右。近年来各种分子靶向... 恶性胶质瘤是成人原发中枢神经系统最常见的恶性肿瘤,其生物学行为复杂,恶性程度高。目前治疗手段有限,即使通过传统治疗手段,即最大限度安全手术联合放化疗,患者的临床结局仍不尽人意,平均中位生存期仅15个月左右。近年来各种分子靶向及免疫治疗策略的探索不断涌现并取得了一定进展,其中溶瘤病毒(oncolytic viruses,OVs)以其独特的靶向性、安全性及抗肿瘤作用引起了广大研究者的关注和研究。OVs疗法已在多种恶性肿瘤的基础及临床研究中展示出可观的疗效,其在恶性胶质瘤方面的临床探索也在不断深入中,本文主要就OVs治疗恶性胶质瘤的临床研究进展进行综述。 展开更多
关键词 恶性胶质瘤 溶瘤病毒 病毒治疗
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