密码子偏性的分析方法及相关研究进展 被引量：185

1

作者 吴宪明 吴松锋 +2 位作者 任大明 朱云平 贺福初 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期420-426,共7页

密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有重要的生物学意义;文章概述了密码子偏性研究方面的基本理论和常用分析方法,归纳了密... 密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有重要的生物学意义;文章概述了密码子偏性研究方面的基本理论和常用分析方法,归纳了密码子使用分析的常用软件和提供在线分析网站,介绍了与密码子偏性相关的生物学领域及最新的研究进展,并对深入研究进行展望。 展开更多

关键词 密码子偏性 基因表达 遗传密码

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nr数据库分析及其本地化 被引量：104

2

作者 邓泱泱 荔建琦 +3 位作者 吴松锋 朱云平 陈耀文 贺福初 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期71-73,76,共4页

通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较,论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上,设计方案实现了nr数据库的本地化,对nr数据库的记录进行了统计分析,提供了数据库的内部访问... 通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较,论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上,设计方案实现了nr数据库的本地化,对nr数据库的记录进行了统计分析,提供了数据库的内部访问,为蛋白质注释系统整合nr数据库做好了第一步工作。 展开更多

关键词 蛋白质序列数据库 序列比对 蛋白质注释 本地化

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基于PC/Linux的核酸序列分析系统的构建及其应用 被引量：15

3

作者 张成岗 欧阳曙光 +5 位作者 张绍文 瞿祥虎 鱼咏涛 周钢桥 吴松锋 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第2期263-266,共4页

基于PC机和Linux操作系统 ,利用Phred/Phrap/Consed软件和Blast软件 ,构建了核酸序列大规模自动分析系统 .该套系统可自动完成从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列去除、序列自动拼接、重复序列鉴定以及序列的相似性分析 ,可加速对大... 基于PC机和Linux操作系统 ,利用Phred/Phrap/Consed软件和Blast软件 ,构建了核酸序列大规模自动分析系统 .该套系统可自动完成从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列去除、序列自动拼接、重复序列鉴定以及序列的相似性分析 ,可加速对大规模测序数据的分析和利用 . 展开更多

关键词 PC机 LINUX操作系统 软件 生物信息学 大规模测序 核酸序列

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转录组与蛋白质组比较研究进展 被引量：13

4

作者 吴松锋 朱云平 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第2期99-105,共7页

转录组和蛋白质组比较研究发现,总体而言其间的相关性不高. 根据数据的类型不同可以将现有的研究分为4类:单点比较、两点差异比较、多点时序比较和多点非时序比较. 对其差异原因的研究和分析表明:除了由实验系统及数据类型不同导致的差... 转录组和蛋白质组比较研究发现,总体而言其间的相关性不高. 根据数据的类型不同可以将现有的研究分为4类:单点比较、两点差异比较、多点时序比较和多点非时序比较. 对其差异原因的研究和分析表明:除了由实验系统及数据类型不同导致的差异外,转录后蛋白质合成各步骤所受到的限制,以及在此过程中的分子调控也对其有重要的影响;而且不同基因,不同组织和细胞在不同状态下可能也会有差异. 因此,结合转录组和蛋白质组的表达谱研究倾向于利用蛋白质组和转录组研究的差异和互补性,同时对生物体特定状态下的基因和蛋白质表达水平进行全方位度量,以获得表达谱的全景图,并挖掘受到转录后调控的基因. 展开更多

关键词 转录组 蛋白质组 相关性 翻译调控 密码子偏性

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SARS-CoV及其他冠状病毒基因组比较分析 被引量：8

5

作者 吴松锋 杜春娟 +6 位作者 万平 陈廷贵 荔建琦 李栋 朱云平 曾衍钧 贺福初 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期373-382,共10页

对病毒种内和种间基因组的比较分析能获得很多关于病毒起源与演化的信息。对17株SARS-CoV的种内基因组变异分析发现共有137个变异位点,估算出SARS-CoV的突变率为8.04×10^(-3)核苷酸替换/位点/年。变异位点在基因组上的分布不均匀,... 对病毒种内和种间基因组的比较分析能获得很多关于病毒起源与演化的信息。对17株SARS-CoV的种内基因组变异分析发现共有137个变异位点,估算出SARS-CoV的突变率为8.04×10^(-3)核苷酸替换/位点/年。变异位点在基因组上的分布不均匀,变异位点最多的是基因组中编码S1蛋白的区域,而在编码依赖于RNA的RNA聚合酶区域中几乎没有变异位点。核苷酸和氨基酸替换的偏性预示变异可能不仅仅是由随机漂变产生。对冠状病毒种间基因组结构比较分析发现,SARS-CoV的基因组结构与IBV很相似;而保守基因系统发育分析表明,SARS-CoV属于冠状病毒的一个新分支,并且与血清型第二组冠状病毒进化关系较近。对其他某些分子特征的分析发现,在不同的方面SARS-CoV和不同组冠状病毒有不同的相似点。进一步对基因组非保守开放阅读框(ORF)的基序(motif)和跨膜区分析发现,各组冠状病毒基因组中位于基因S-E间的非保守ORF可能是同源的,但不是绝对必要的;而IBV和SARS-CoV的基因组中位于基因M-N间ORF可能不是同源的。综合分析SARS-CoV与3组血清型冠状病毒进化关系、宿主分布,以及SARS-CoV和IBV的s2m的进化关系,可以推测SARS-CoV有可能来自禽类。 展开更多

关键词 严重急性呼吸系统综合征 SARS 冠状病毒 多态 进化

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用EM算法改进鸟枪法蛋白质鉴定中的无标记定量方法 被引量：5

6

作者 薛晓芳 吴松锋 +1 位作者 朱云平 贺福初 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第1期19-24,共6页

蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段。在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法。根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和... 蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段。在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法。根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和基于质谱峰强度的方法。本研究主要用EM算法改进基于鉴定蛋白质谱数的定量方法,并用免疫印迹实验获得的酵母全蛋白的丰度来验证EM算法改进后定量的有效性结果表明,改进后的质谱数和蛋白丰度的相关性比改进前有一定的提高。同时,利用这些数据对主要的几种基于鉴定蛋白的质谱数的模型进行了比较,发现PAI模型最好,SpS模型次之,emPAI模型最不适合于蛋白质定量。 展开更多

关键词 EM算法 鸟枪法 蛋白无标记定量 质谱数

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鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展 被引量：10

7

作者 李宁 吴松锋 +1 位作者 朱云平 杨晓明 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第6期668-675,共8页

鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混... 鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混合物的酶切也导致了肽段和蛋白质之间关联信息的丢失,所鉴定的蛋白质难免存在部分不可靠结果.因此,蛋白质鉴定的质量控制在蛋白质组学研究中极为重要.蛋白质鉴定的质量控制包含两大类主要方法,其一为利用肽段进行蛋白质组装,当前最常用也被证明最有效的方法是使用简约原则,即用最少的蛋白质解释所有鉴定肽段,现有的方法可以分为布尔型和概率型,其二为鉴定蛋白质的可靠性评估,包括单个蛋白质鉴定置信度和蛋白质鉴定整体水平的假阳性率计算.综合各种可辅助蛋白质鉴定的先验信息,构建普适的概率统计模型,是目前蛋白质鉴定质量控制方法的发展趋势. 展开更多

关键词 串联质谱 蛋白质鉴定 蛋白质组装 蛋白质鉴定置信度 鸟枪法

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蛋白质组学研究中的无标记定量方法 被引量：7

8

作者 薛晓芳 吴松锋 +1 位作者 朱云平 贺福初 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期442-449,共8页

蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段.该领域最常用的技术是比较染色后的二维凝胶上蛋白点的光密度值或综合同位素标记后的质谱峰强度方法.但此二者的样品处理方法都比较麻烦,不利于进行大规模蛋白质组的定量研究... 蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段.该领域最常用的技术是比较染色后的二维凝胶上蛋白点的光密度值或综合同位素标记后的质谱峰强度方法.但此二者的样品处理方法都比较麻烦,不利于进行大规模蛋白质组的定量研究.最近几年出现了利用质谱数据进行无标记定量的方法,根据数据类型这些方法可以分为2类基于鉴定蛋白的肽段数的方法和基于质谱峰强度的方法,在高通量大规模蛋白组定量研究中有很大优势.本综述主要介绍了这2类无标记定量方法的模型及优缺点,并比较了2类方法的灵敏度和准确度.肽段计数方法在检测蛋白丰度变化时更灵敏,而峰面积强度在评估蛋白比率时更准确. 展开更多

关键词 无标记蛋白定量 质谱数 峰强度

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高通量蛋白质组学研究中一种基于GO的蛋白质功能分析策略(英文) 被引量：9

9

作者 李栋 荔建琦 +5 位作者 欧阳曙光 吴松锋 王建 徐筱杰 朱云平 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第11期1026-1029,共4页

挖掘高通量实验数据蕴含的生物学意义是蛋白质组学研究面临的一大挑战.基于等级化结构化的词汇表GO(GeneOntology)和相关数据库中的蛋白质功能注释,发展了一种对蛋白质组学研究中得到的表达谱(Expressionprofile)进行功能分析的策略.在... 挖掘高通量实验数据蕴含的生物学意义是蛋白质组学研究面临的一大挑战.基于等级化结构化的词汇表GO(GeneOntology)和相关数据库中的蛋白质功能注释,发展了一种对蛋白质组学研究中得到的表达谱(Expressionprofile)进行功能分析的策略.在对蛋白质表达谱进行功能注释的基础上给出蛋白质表达谱中蛋白质功能的分布,同时给出感兴趣功能类别的统计信息.这有助于对表达谱蛋白质功能的整体理解和深入的生物信息学分析.该策略已经成功应用胎肝蛋白表达谱研究中,用户可以通过访问网址http://www.hupo.org.cn/GOfact/使用或者下载我们的程序. 展开更多

关键词 生物信息学 蛋白质组学 表达谱 GO 蛋白质功能

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基于质谱的选择反应监测技术相关策略和方法的研究进展 被引量：8

10

作者 常乘 吴松锋 +2 位作者 马洁 张伟 朱云平 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1118-1127,共10页

随着蛋白质组学研究的不断深入,基于质谱的选择反应监测技术(SRM)已经成为以发现生物标志物为代表的定向蛋白质组学研究的重要手段.SRM技术根据假设信息,特异性地获取符合假设条件的质谱信号,去除不符合条件的离子信号干扰,从而得到特... 随着蛋白质组学研究的不断深入,基于质谱的选择反应监测技术(SRM)已经成为以发现生物标志物为代表的定向蛋白质组学研究的重要手段.SRM技术根据假设信息,特异性地获取符合假设条件的质谱信号,去除不符合条件的离子信号干扰,从而得到特定蛋白质的定量信息.SRM技术具有更高的灵敏度和精确性、更大的动态范围等优势.该技术可分为实验设计、数据获取和数据分析三个步骤.在这几个步骤中,最重要的是利用生物信息学手段总结当前实验数据的结果,并用机器学习方法和总结的经验规则进行SRM实验的母离子和子离子对的预测.针对数据质控和定量的生物信息学方法研究在提高SRM数据可靠性方面具有重要作用.此外,为方便SRM的研究,本文还收集、汇总了SRM技术相关的软件、工具和数据库资源.随着质谱仪器的不断发展,新的SRM实验策略以及分析方法、计算工具也应运而生.结合更优化的实验策略、方法,采用更精准的生物信息学算法和工具,SRM在未来蛋白质组学的发展中将发挥更加重要的作用. 展开更多

关键词 定向蛋白质组学 生物质谱 选择反应监测技术 蛋白质特异性肽段 母离子-子离子对

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蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略 被引量：4

11

作者 马洁 吴松锋 朱云平 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第8期791-799,共9页

当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大... 当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大,而新蛋白质鉴定更是其中一个重要的内容.新蛋白质鉴定是蛋白质鉴定的一个方面,新蛋白质的定义按照序列和功能的已知程度分为3个层次;以蛋白质鉴定的方法为基础,目前新蛋白质鉴定的方法可分为denovo测序和相似序列搜索结合的方法以及搜索EST、基因组等核酸数据库的方法2大类;两者各有利弊.存在各自的问题和相应处理的策略.不同的研究者可以根据具体目的应用和发展不同的鉴定方法,同时新蛋白质的鉴定也将随着蛋白质组学研究的发展而更加完善. 展开更多

关键词 蛋白质组学 denovo测序 数据库搜索 新蛋白质鉴定

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人类蛋白质组表达谱蛋白质鉴定的分步搜索策略 被引量：5

12

作者 吴松锋 朱云平 贺福初 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期687-693,共7页

大规模蛋白质组表达谱研究的蛋白质鉴定一般采取基于数据库搜索的策略,因此数据库的选择及搜索策略在蛋白质鉴定中非常重要。现有的人类蛋白质数据库远不够完善,而从其他物种的蛋白质数据库中所能得到的补充非常有限,但人类基因组数据... 大规模蛋白质组表达谱研究的蛋白质鉴定一般采取基于数据库搜索的策略,因此数据库的选择及搜索策略在蛋白质鉴定中非常重要。现有的人类蛋白质数据库远不够完善,而从其他物种的蛋白质数据库中所能得到的补充非常有限,但人类基因组数据库中却可能存在很大的补充空间。在对国际人类蛋白质数据库充分调研、比较的基础上,提出了一种分步搜索的策略。这种策略首先利用一个质量较高、覆盖率相对较大的非冗余数据库进行基本鉴定,随后利用其他蛋白和核酸数据库进行补充鉴定和新蛋白挖掘。该策略能有效地鉴定尽可能多的高可靠蛋白,并能进一步充分利用质谱数据进行补充鉴定和新蛋白挖掘,对大规模蛋白质组表达谱研究具有重要的意义。 展开更多

关键词 蛋白质组 蛋白质鉴定 蛋白质数据库 质谱

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流固耦合作用下富水深埋隧道帷幕注浆力学模型 被引量：6

13

作者 吴松锋 刘忠 +1 位作者 李奇 胡丰产 《科学技术与工程》 北大核心 2022年第35期15775-15783,共9页

富水隧道的施工中往往采用帷幕注浆法对围岩进行堵水加固,需准确获取富水深埋隧道帷幕注浆法加固后隧道围岩的位移场与应力场大小。基于流固耦合理论,建立隧道注浆帷幕力学模型,推导了围岩位移与有效应力的解析式;以大瑞铁路某富水深埋... 富水隧道的施工中往往采用帷幕注浆法对围岩进行堵水加固,需准确获取富水深埋隧道帷幕注浆法加固后隧道围岩的位移场与应力场大小。基于流固耦合理论,建立隧道注浆帷幕力学模型,推导了围岩位移与有效应力的解析式;以大瑞铁路某富水深埋隧道为工程背景,采用建立的力学模型计算了6种加固方案,并分析了围岩剪切模量和弹性系数对位移场与应力场变化的影响;通过与有限元数值模拟结果以及现场监测结果对比,验证所建立力学模型的准确性。研究结果表明:所建立的力学模型可较为准确地计算帷幕注浆法施工的隧道围岩位移与有效应力;较大的剪切模量和弹性系数可抑制围岩位移,但会增大围岩的径向和环向有效应力。 展开更多

关键词 流固耦合 富水深埋隧道 帷幕注浆法 力学模型 数值模拟 现场监测

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地裂缝场地综合管廊受力和变形数值模拟

14

作者 李奇 吴松锋 于文杰 《工业建筑》 2024年第7期202-209,共8页

以穿越地裂缝场地的郑州某综合管廊区间为研究对象,采用数值模拟的方法,分析地裂缝上盘不同沉降量时地表土和管廊的受力与变形情况。分析结果表明,由于管廊刚度较大,当上盘沉降量较小时,管廊所对应的地表土发生隆起;随着沉降量的增大,... 以穿越地裂缝场地的郑州某综合管廊区间为研究对象,采用数值模拟的方法,分析地裂缝上盘不同沉降量时地表土和管廊的受力与变形情况。分析结果表明,由于管廊刚度较大,当上盘沉降量较小时,管廊所对应的地表土发生隆起;随着沉降量的增大,地表土隆起量减小,甚至发生沉降,综合管廊的沉降也变大,弯曲程度也越大。上盘发生沉降时,管廊顶板处产生拉应力,拉应力最大值出现在管廊顶板中央,管廊底板处产生压应力,压应力最大值出现在管廊底板中央。随着上盘沉降量的增大,管廊的最大拉压应力都会增加。当上盘发生沉降时,在管廊宽度方向上的变形在0.1~10μm,属于微小变形,在管廊轴向的变形量较大,在管廊高度方向的变形量最大,但不同位置的变形大小没有规律。 展开更多

关键词 综合管廊 活动地裂缝 数值模拟 力学特征 变形特征

原文传递

SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测

15

作者 陈廷贵 吴松锋 +9 位作者 万平 杜春娟 荔建琦 李栋 魏广智 李滨 王中胜 薛晓芳 朱云平 贺福初 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第8期773-780,共8页

通过对有关SARS CoV文献的调研 ,指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗 ,对SARS CoV(BJ0 1)重新进行了基因预测和功能推测。比较 12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣 ,选用Heuristicmodels、Gene... 通过对有关SARS CoV文献的调研 ,指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗 ,对SARS CoV(BJ0 1)重新进行了基因预测和功能推测。比较 12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣 ,选用Heuristicmodels、GeneIdentification、ZCURVECoV和ORFFINDER 4种较好的方法来预测基因 ,然后运用AT Gpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则 ,同时搜索转录调控序列 ,以提高基因预测的准确性。共预测出 34个ORF ,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的 13个 ,得到 2 1个大于 5 0个氨基酸的可能新基因。对于预测出的蛋白质 ,运用ProtParam分析它们的物理化学特征 ,用SignalP分析蛋白是否有信号肽 ,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列 ,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体 ,以提高基因功能推测的可靠性。根据 4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别 ,将 2 1个可能的新基因按出现可能性分为 4类。同时对结果进行了讨论。 展开更多

关键词 SARS—CoV 基因预测 基因功能

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HRB400级钢筋对混凝土结构使用性能的影响 被引量：2

16

作者 韩菊红 吴松锋 《人民黄河》 CAS 北大核心 2009年第12期87-88,共2页

以裂缝控制为主,探讨了HRB400级钢筋对混凝土构件正常使用性能的影响。按适筋构件受弯承载力极限状态进行设计时,在承载力相同的条件下,采用HRB400级钢筋可比HRB335级钢筋节省钢材约16%。在正常配筋率范围内,HRB400级钢筋可使构件挠度较... 以裂缝控制为主,探讨了HRB400级钢筋对混凝土构件正常使用性能的影响。按适筋构件受弯承载力极限状态进行设计时,在承载力相同的条件下,采用HRB400级钢筋可比HRB335级钢筋节省钢材约16%。在正常配筋率范围内,HRB400级钢筋可使构件挠度较HRB335级钢筋降低6%-16%。对于某些挠度值处于临界状态的构件,应重视HRB400级钢筋对挠度的不利影响。 展开更多

关键词 混凝土 HRB400级钢筋 裂缝 正常使用极限状态

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混凝土板受冲切承载力计算方法探讨 被引量：1

17

作者 石保全 韩菊红 吴松锋 《郑州大学学报（工学版）》 CAS 北大核心 2010年第6期28-30,34,共4页

基于试验构件的冲切机理和受力特征,采用刚塑性模型和双剪应力三参数强度理论,对四边支承钢筋混凝土矩形板在矩形受力荷载作用下的冲切承载力进行极限分析,求得混凝土板冲切承载力的理论计算公式.在此基础上,考虑混凝土板中抗弯纵向钢... 基于试验构件的冲切机理和受力特征,采用刚塑性模型和双剪应力三参数强度理论,对四边支承钢筋混凝土矩形板在矩形受力荷载作用下的冲切承载力进行极限分析,求得混凝土板冲切承载力的理论计算公式.在此基础上,考虑混凝土板中抗弯纵向钢筋的作用,提出混凝土板极限冲切承载力的建议计算公式.与试验数据比较表明,该公式的计算结果与试验结果吻合良好. 展开更多

关键词 混凝土板 冲切承载力 极限分析定理 双剪应力三参数理论

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一种可用于评估肽质量指纹谱数据的方法--反转错位数据库 被引量：1

18

作者 吴松锋 薛晓芳 +5 位作者 张纪阳 应万涛 马洁 钱小红 朱云平 贺福初 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第4期439-443,共5页

反转数据库常被用于估算大规模蛋白质组研究中串联质谱搜索数据库结果的可靠性。然而,对于经典的且现在依然在产出的肽质量指纹谱的数据,这种方法并不适用。为解决该问题,构建了另外一种随机数据库,称为反转错位数据库。这种数据库是在... 反转数据库常被用于估算大规模蛋白质组研究中串联质谱搜索数据库结果的可靠性。然而,对于经典的且现在依然在产出的肽质量指纹谱的数据,这种方法并不适用。为解决该问题,构建了另外一种随机数据库,称为反转错位数据库。这种数据库是在反转数据库的基础上,将序列中的K和R及其后的氨基酸交换位置(对于胰蛋白酶切割的结果)获得。这种处理避免了某些肽段因前后胰蛋白酶酶切位点氨基酸相同而在序列反转后质量依然不变,导致肽质量指纹谱法无法区分的问题。通过串联质谱和肽质量指纹谱测试数据的搜索结果,证明了这种方法同时适用于串联质谱和肽质量指纹谱的数据。这种方法扩大了经典反转数据库的适用范围,将对评估和整合串联质谱和肽质量指纹谱的数据具有重要意义。 展开更多

关键词 蛋白质组 反转数据库 反转错位数据库 肽质量指纹谱

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非限制翻译后修饰鉴定方法的研究进展 被引量：1

19

作者 张成普 李宁 +2 位作者 马洁 吴松锋 朱云平 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第4期309-318,共10页

蛋白质翻译后修饰在真核生物细胞内广泛存在,对蛋白质的结构和功能有着十分重要的影响.串联质谱技术的快速发展为翻译后修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的分析平台,但传统搜索引擎鉴定修饰的方法无法满足数据分析的需求,非限... 蛋白质翻译后修饰在真核生物细胞内广泛存在,对蛋白质的结构和功能有着十分重要的影响.串联质谱技术的快速发展为翻译后修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的分析平台,但传统搜索引擎鉴定修饰的方法无法满足数据分析的需求,非限制翻译后修饰鉴定已成为目前蛋白质组修饰分析的重要手段之一.非限制翻译后修饰鉴定不需要在分析前指定修饰类型,可以直接从样品中找出大量已知或未知的修饰,对提高质谱图谱解析率以及揭示蛋白质的生物学功能具有十分重要的意义.本文首先介绍了非限制翻译后修饰鉴定的定义和发展历程,然后从序列匹配和谱图匹配两个方面详细综述了目前非限制翻译后修饰鉴定的主流算法,分析了非限制翻译后修饰鉴定的质量控制问题,最后结合非限制翻译后修饰鉴定的实际应用讨论了修饰鉴定算法的不足和发展方向. 展开更多

关键词 串联质谱 蛋白质翻译后修饰 生物信息学 蛋白质组学

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基于锚杆支护策略的高陡岩质边坡的防治 被引量：2

20

作者 王大伟 李奇 +1 位作者 吴松锋 潘俊杰 《世界有色金属》 2020年第9期267-268,共2页

高陡岩质边坡地形陡峻,特别是强风化花岗岩质边坡,成颗粒泥质状,在强降雨雨水冲刷下,极易崩解有发生滑坡的趋势;岩质边坡坡面节理裂隙发育强烈,坡面岩体被切割成块状,边坡底部会有崩落岩块,局部坡面形成裸露岩腔。稳定性极差,对附近居... 高陡岩质边坡地形陡峻,特别是强风化花岗岩质边坡,成颗粒泥质状,在强降雨雨水冲刷下,极易崩解有发生滑坡的趋势;岩质边坡坡面节理裂隙发育强烈,坡面岩体被切割成块状,边坡底部会有崩落岩块,局部坡面形成裸露岩腔。稳定性极差,对附近居民生命安全及建筑物都构成威胁。采用锚杆支护策略,可以更好满足边坡治理稳定的需求,经济性、实用性颇高。 展开更多

关键词 岩质边坡 锚杆支护 防治 崩落

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