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深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析 被引量：13
1
作者 洪创跃 杨婷婷 +4 位作者 李金莉 李霜君 吴利凯 杨争 谭卫国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第6期583-589,共7页
目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株... 目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm,66.0%(198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5%(94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9%(11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5%(39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1%(25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0%(27/27)]、rrs-1401-A/G[Km,84.4%(27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2%(48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3%(10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6%(378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4%(7/67)](χ~2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3 展开更多
关键词 结核 抗多种药物性 基因组 细菌 高通量核苷酸测序 基因型 寡核苷酸序列分析 深圳
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全基因组测序技术预测二线注射类抗结核药物耐药性的应用评价 被引量：4
2
作者 洪创跃 陈蓉 +3 位作者 李金莉 李霜君 吴利凯 谭卫国 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期497-502,共6页
目的:评价全基因组测序(WGS)技术对耐多药结核病二线注射类抗结核药物耐药性检测的临床应用价值。方法:利用比例法药敏试验和WGS同时对2013至2017年深圳市慢性病防治中心结核病实验室菌株库保存的172株耐多药结核病(MDR)菌株进行卡那霉... 目的:评价全基因组测序(WGS)技术对耐多药结核病二线注射类抗结核药物耐药性检测的临床应用价值。方法:利用比例法药敏试验和WGS同时对2013至2017年深圳市慢性病防治中心结核病实验室菌株库保存的172株耐多药结核病(MDR)菌株进行卡那霉素、阿米卡星和卷曲霉素3种二线注射类抗结核药物耐药性检测。以比例法药敏试验为金标准,评价WGS的敏感度、特异度和一致性。两种方法有差异的样本用最低抑菌浓度(MIC)检测法进行比较。采用McNemer检验对两种方法的检出率进行统计分析,P<0.05为差异有统计学意义。结果:共172株MDR菌株纳入本研究,WGS检测发现了2个突变基因:rrs和eis基因,rrs-A1401G是主要的突变位点,分别占阿米卡星、卡那霉素和卷曲霉素耐药菌株的58.3%、14/18和14/14。WGS预测阿米卡星的敏感度、特异度和一致性分别为14/15、93.6%和68.0%;卡那霉素的敏感度、特异度和一致性分别为15/15、98.1%和90.0%;卷曲霉素的敏感度、特异度和一致性分别为14/15、100%和96.0%。2种方法检测结果不一致的菌株共13株,MIC复检1株为耐药菌株,12株为敏感菌株。阿米卡星检测结果不一致的菌株11株,其中WGS检测结果显示8株发生rrs-514-A/C位点突变,而药敏试验和MIC检测均为敏感。结论:WGS诊断阿米卡星、卡那霉素和卷曲霉素具有较高的敏感度和特异度,一致性较强,表明WGS技术在实际应用中对MDR菌株二线注射类抗结核药物耐药检测具有较高的真实性,可广泛应用于临床。 展开更多
关键词 抗结核药 全基因组测序 抗药性 基因
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线性探针法用于分枝杆菌菌种快速鉴定的应用研究 被引量：1
3
作者 朱玉梅 钟育权 +2 位作者 李金莉 吴利凯 王峰 《新发传染病电子杂志》 2022年第2期47-51,共5页
目的探讨线性探针法用于分枝杆菌菌种快速鉴定的可行性和应用价值。方法收集2017年1月至2018年12月深圳市慢性病防治中心、光明区人民医院和盐田区人民医院登记疑似结核病患者的分枝杆菌阳性培养物3420份。经GenoType MTBDRplus结核分... 目的探讨线性探针法用于分枝杆菌菌种快速鉴定的可行性和应用价值。方法收集2017年1月至2018年12月深圳市慢性病防治中心、光明区人民医院和盐田区人民医院登记疑似结核病患者的分枝杆菌阳性培养物3420份。经GenoType MTBDRplus结核分枝杆菌耐药检测试剂盒初筛和剔除患者的重复样本后,筛选出127株非结核分枝杆菌(NTM)进行菌种鉴定。采用线性探针法和PCR基因测序法(16S rRNA和ITS)对NTM菌株进行菌种鉴定,并以测序结果为菌种鉴定的“金标准”。结果127株NTM的菌种分布为:脓肿分枝杆菌47株(37.0%),偶发分枝杆菌20株(15.8%),胞内分枝杆菌18株(14.2%),戈登分枝杆菌11株(8.7%),堪萨斯分枝杆菌8株(6.3%),鸟-胞内分枝杆菌复合群7株(5.5%),慢生黄分枝杆菌6株(4.7%),奇美拉分枝杆菌2株(1.6%),龟分枝杆菌1株(0.8%),蟾分枝杆菌1株(0.8%),瘰疬分枝杆菌1株(0.8%),外来分枝杆菌1株(0.8%),土分枝杆菌1株(0.8%),美容品分枝杆菌1株(0.8%),熊本分枝杆菌1株(0.8%)和富养二氧分枝杆菌1株(0.8%)。与PCR相比,线性探针法对127株NTM全部检出,其中112株(112/127,88.2%)能准确鉴定到菌种,2株(2/127,1.6%)不能区分为瘰疬/胞内分枝杆菌,12株(12/127,9.4%)超出试剂盒鉴定范围,1株外来分枝杆(1/127,0.8%)鉴定错误。结论线性探针法可以快速、准确地鉴定常见的分枝杆菌菌种,但菌种鉴定范围有限,不能完全满足临床菌种鉴定的需求。 展开更多
关键词 非结核分枝杆菌 线性探针法 基因测序 鉴定
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国道107线郑州段改建工程小型预制构件施工工法 被引量：1
4
作者 吴利凯 陈雅囡 《科技创新与应用》 2012年第11期165-165,共1页
小型预制构件的质量控制一直是公路建设中的难点,特别是其外观质量直接影响到工程项目的整体外观形象。因此,为确保国道107线郑州段改建工程实现创优质精品工程的目标,实现该项目整体外观质量精细、精致、美观的具体目标,我们对小型预... 小型预制构件的质量控制一直是公路建设中的难点,特别是其外观质量直接影响到工程项目的整体外观形象。因此,为确保国道107线郑州段改建工程实现创优质精品工程的目标,实现该项目整体外观质量精细、精致、美观的具体目标,我们对小型预制构件的施工从模板、配合比、混凝土搅拌和振捣以及养护等方面研究,对工程中的一些的施工工法进行了分析。 展开更多
关键词 公路改建 预制构件 施工
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改建工程下穿隧道施工方案——以国道107线郑州段迎宾路隧道为例
5
作者 陈雅囡 吴利凯 《技术与市场》 2012年第6期294-294,共1页
根据标段的整体工程的实施,对施工中的隧道工程及各个工序进行了相应的分析。
关键词 公路 改建 隧道
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