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启动子结构、功能预测和验证方法的研究进展 被引量：9
1
作者 曾晓玲 赵昶灵 +4 位作者 文国松 丁灿 张洪玲 徐率 古朝山 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期3915-3925,共11页
本综述总结了启动子结构、功能预测和验证的主要方法及其选用的研究进展。已知或克隆到靶基因的5'端上游序列后,应首先用生物信息学方法预测序列中的启动子,分析、预测其结构元件及其功能,再用实验方法验证元件的功能。生物信息学... 本综述总结了启动子结构、功能预测和验证的主要方法及其选用的研究进展。已知或克隆到靶基因的5'端上游序列后,应首先用生物信息学方法预测序列中的启动子,分析、预测其结构元件及其功能,再用实验方法验证元件的功能。生物信息学分析、预测是指单独或结合选用若干软件以及真核生物启动子、植物DNA顺式作用调控元件、植物顺式作用调控元件、Plant Prom、转录因子和转录调控区数据库;实验方法验证是指在综合考虑特定方法的原理、目标内涵和操作流程等多方面优劣势的基础上合理选用表达分析、染色质免疫共沉淀法、DNaseⅠ足迹法、电泳迁移率变动分析法和酵母单杂交法,但是,各方法均在运用中被不断改进,且目前使用最广泛的是表达分析法。启动子结构、功能预测和验证常选用两个或两个以上软件、数据库和方法,但可能会涉及到对不同数据库和方法产生的不一致或矛盾结果的甄别,将来应研发新的、更有效的研究DNA-蛋白互作的技术,与上述经典实验方法结合、用于启动子的功能研究。本综述可为启动子结构和功能的研究提供方法学参考。 展开更多
关键词 启动子 结构 功能 预测和验证方法 研究进展
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乌蒙山保护区峨眉栲、三脉水丝梨群落结构及物种多样性
2
作者 古朝山 陈娜 +2 位作者 杨科 刘恩德 李伟 《贵州林业科技》 2024年第2期50-55,62,共7页
以乌蒙山保护区中山湿性常绿阔叶林峨眉栲(Castanopsis platyacantha)、三脉水丝梨(Sycopsis triplinervia)群落为研究对象,采用群落生态学方法分析群落结构及物种多样性。结果表明:(1)样地内调查到维管束植物175种,隶属64个科103个属,... 以乌蒙山保护区中山湿性常绿阔叶林峨眉栲(Castanopsis platyacantha)、三脉水丝梨(Sycopsis triplinervia)群落为研究对象,采用群落生态学方法分析群落结构及物种多样性。结果表明:(1)样地内调查到维管束植物175种,隶属64个科103个属,种子植物科、属的分布区划为12个类型,总体上可分为广布型、热带型、温带型;(2)群落乔木层、灌木层、草本层优势种分别为峨眉栲和三脉水丝梨、筇竹(Chimonobambusa tumidissinoda)、骤尖楼梯草(Elatostema cuspidatum),物种重要值与数量呈现出不同程度的正相关,相关强度表现为灌木层>草本层>乔木层;(3)群落Shannon-Weiner多样性指数和Pielou均匀度指数呈现出灌木层>草本层>乔木层,Margalef丰富度指数和Simpson优势度指数表现为乔木层>草本层>灌木层;(4)整个群落以第Ⅰ龄级和高度Ⅰ级树木占优势,而乔木层则以第Ⅱ龄级和高度Ⅱ级树木占优势。群落物种丰富,优势种明显,生长稳定,有利于维持保护区生态系统稳定和生物多样性安全。 展开更多
关键词 乌蒙山保护区 中山湿性常绿阔叶林 峨眉栲 三脉水丝梨 群落结构
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三七绿紫过渡茎可溶性糖和蛋白质及花色苷和三萜皂苷的含量 被引量：3
3
作者 张洪玲 赵昶灵 +4 位作者 曾晓玲 文国松 徐绍忠 臧灵飞 古朝山 《贵州农业科学》 CAS 2019年第2期107-111,共5页
为探明黄金分割式紫化三七绿紫过渡茎中花色苷(TAC)和三萜皂苷(TTSC)合成相关性的生理机制,用分光光度法检测绿紫过渡茎茎段可溶性糖(SSC)、可溶性蛋白质(SPC)、总花色苷和总三萜皂苷4种化合物的含量,分析4种化合物含量纵向变化的相关... 为探明黄金分割式紫化三七绿紫过渡茎中花色苷(TAC)和三萜皂苷(TTSC)合成相关性的生理机制,用分光光度法检测绿紫过渡茎茎段可溶性糖(SSC)、可溶性蛋白质(SPC)、总花色苷和总三萜皂苷4种化合物的含量,分析4种化合物含量纵向变化的相关性。结果表明,从茎段顶端到基部,三七绿紫过渡茎茎段的可溶性糖含量、可溶性蛋白质含量、总花色苷含量和总三萜皂苷含量总体上分别表现为逐渐上升的3峰曲线、波浪形上升曲线、单峰曲线和V形曲线;总花色苷最大值和三萜皂苷最小值均出现在茎的上中部即黄金分割点处。可溶性糖和可溶性蛋白质在各茎段间的差异均达极显著水平,总花色苷差异达显著水平,而总三萜皂苷差异未达显著水平;可溶性糖和可溶性蛋白质均与总花色苷呈负相关、与总三萜皂苷呈正相关,总花色苷和总三萜皂苷之间呈极显著负相关。在三七绿紫过渡茎中,可溶性糖和可溶性蛋白质可能均优先贡献于三萜皂苷的合成。 展开更多
关键词 三七绿紫过渡茎 可溶性糖 可溶性蛋白质 总花色苷 总三萜皂苷 含量
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三七地上茎4个转录因子基因转录水平的纵向变化及其与总三萜皂苷含量的关系 被引量：2
4
作者 臧灵飞 张洪玲 +7 位作者 杨迪 赵鹏宇 赵昶灵 李桂琼 古朝山 张优 顾凡 陈杞临 《贵州农业科学》 CAS 2020年第5期31-36,共6页
为三七绿紫茎三萜皂苷合成转录调控机理提供参考,将彻底长成的绿紫茎均分为18段,用实时荧光定量PCR检测茎段的三七碱性螺旋-环-螺旋蛋白基因(bHLH)、乙烯响应因子基因(ERF)、v-myb骨髓母细胞增多症病毒癌基因同源物基因(MYB)和WRKY1蛋... 为三七绿紫茎三萜皂苷合成转录调控机理提供参考,将彻底长成的绿紫茎均分为18段,用实时荧光定量PCR检测茎段的三七碱性螺旋-环-螺旋蛋白基因(bHLH)、乙烯响应因子基因(ERF)、v-myb骨髓母细胞增多症病毒癌基因同源物基因(MYB)和WRKY1蛋白基因(WRKY1)的转录水平,用香草醛-高氯酸比色法检测茎段的总三萜皂苷含量(TTSC),分析转录水平与TTSC间的Pearson相关性。结果表明:从三七绿紫茎的顶部到基部,三七bHLH、ERF、MYB和WRKY1的转录水平分别呈波动式平缓上升、不规则7峰、波动幅度逐渐增大的6峰和具2个主峰的6峰曲线;TTSC呈V型曲线,最低TTSC出现在茎上部的黄金分割点处;4个转录因子基因的转录水平和TTSC在不同茎段间的差异均达到极显著水平,且转录水平与TTSC之间的Pearson相关系数分别为0.371、0.130、-0.169和-0.195。因此,与三七绿紫茎三萜皂苷合成相关的主要转录因子应为三七的碱性螺旋-环-螺旋蛋白,其次为乙烯响应因子。 展开更多
关键词 三七绿紫茎 BHLH ERF MYB WRKY1 转录水平 总三萜皂苷 相关性
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三七绿紫地上茎bHLH、MYB和WD40转录水平的纵向变化及其与花色苷含量的关系 被引量：1
5
作者 古朝山 赵昶灵 +5 位作者 臧灵飞 文国松 徐绍忠 张洪玲 张优 顾凡 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2020年第4期581-590,共10页
【目的】探究三七绿紫地上茎中三七碱性螺旋-环-螺旋蛋白基因(basic helix-loop-helix gene, bHLH)、v-myb骨髓母细胞增多症病毒癌基因同源物基因(v-myb myeloblastosis viral oncogene homolog,MYB)和WD40蛋白基因(WD40 gene, WD40)转... 【目的】探究三七绿紫地上茎中三七碱性螺旋-环-螺旋蛋白基因(basic helix-loop-helix gene, bHLH)、v-myb骨髓母细胞增多症病毒癌基因同源物基因(v-myb myeloblastosis viral oncogene homolog,MYB)和WD40蛋白基因(WD40 gene, WD40)转录水平的纵向变化及其与总花色苷含量(total anthocyanin content,TAC)的相关性。【方法】将平均高度约为18 cm的一年生三七绿紫地上茎植株的地上茎均分为18个茎段,分别用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)和分光光度法检测各茎段中bHLH、MYB和WD40的转录水平以及TAC。【结果】从三七绿紫茎的顶部到基部,三七bHLH、MYB和WD40转录水平的纵向变化大致分别表现为1条"多峰"、"W"形和"W+倒V"形曲线,其最高转录水平分别出现在茎段7、10和7,且三者转录水平在不同茎段间的差异分别到达了显著(P<0.05)、极显著(P<0.01)和极显著(P<0.01)水平;TAC的纵向变化则粗略表现为1条"单峰"曲线,最高TAC出现在茎段8,且TAC在不同茎段间的差异达到了极显著水平;bHLH、MYB和WD40转录水平与TAC之间均呈正相关,其Pearson相关系数规律为MYB>bHLH>WD40。【结论】对于一年生三七绿紫茎花色苷合成而言,3个转录因子基因的差异性贡献为MYB>bHLH>WD40。本研究结果可为三七地上茎花色苷合成转录调控的探究提供参考。 展开更多
关键词 三七绿紫地上茎 BHLH MYB WD40 转录水平 总花色苷含量 相关性
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