目的应用生物信息学技术预测广州管圆线虫钙网蛋白(CRT)的结构和功能,为进一步研究广州管圆线虫提供理论依据。方法于NCBI PROTEIN数据库中确定广州管圆线虫钙网蛋白的氨基酸残基序列。应用分析工具Blast、Protparam、Inter Pro Scan、p...目的应用生物信息学技术预测广州管圆线虫钙网蛋白(CRT)的结构和功能,为进一步研究广州管圆线虫提供理论依据。方法于NCBI PROTEIN数据库中确定广州管圆线虫钙网蛋白的氨基酸残基序列。应用分析工具Blast、Protparam、Inter Pro Scan、protscale、Signal P-3.0、PSORTⅡ、Bepi Pred、TMHMM、Vector NTI Suite 11软件包、Phyre2分别进行该蛋白质的基本性质、结构域、疏水性、信号肽、亚细胞定位、抗原表位、跨膜区及空间结构的预测及分析。结果 Blast预测该蛋白为钙网蛋白,有401个氨基酸残基,理论分子量为46 552.67 Da,具有钙网蛋白超家族结构域,为亲水蛋白,具有明显的信号肽和1个跨膜螺旋,具有9个B细胞抗原表位,二级结构含6个α-螺旋和18个β-折叠股。结论钙网蛋白与广州管圆线虫的感染免疫密切相关,可参与感染过程或宿主免疫应答,具有作为诊断抗原分子的价值和潜在的疫苗候选分子。展开更多
文摘目的应用生物信息学技术预测广州管圆线虫钙网蛋白(CRT)的结构和功能,为进一步研究广州管圆线虫提供理论依据。方法于NCBI PROTEIN数据库中确定广州管圆线虫钙网蛋白的氨基酸残基序列。应用分析工具Blast、Protparam、Inter Pro Scan、protscale、Signal P-3.0、PSORTⅡ、Bepi Pred、TMHMM、Vector NTI Suite 11软件包、Phyre2分别进行该蛋白质的基本性质、结构域、疏水性、信号肽、亚细胞定位、抗原表位、跨膜区及空间结构的预测及分析。结果 Blast预测该蛋白为钙网蛋白,有401个氨基酸残基,理论分子量为46 552.67 Da,具有钙网蛋白超家族结构域,为亲水蛋白,具有明显的信号肽和1个跨膜螺旋,具有9个B细胞抗原表位,二级结构含6个α-螺旋和18个β-折叠股。结论钙网蛋白与广州管圆线虫的感染免疫密切相关,可参与感染过程或宿主免疫应答,具有作为诊断抗原分子的价值和潜在的疫苗候选分子。
