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奇球菌属类胡萝卜素提取物的抗氧化活性研究 被引量:10
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作者 王飞 封琼 +3 位作者 刘程 林琳 田兵 华跃进 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期900-905,共6页
从不同种奇球菌属(Deinococci)细菌中分离提取类胡萝卜素,并利用高效液相色谱分析了提取物的组成和性质。通过DPPH自由基和超氧自由基清除试验,比较了不同菌种来源的类胡萝卜素提取物的抗氧化能力,结果发现,D.radiopugnans和D.radiodur... 从不同种奇球菌属(Deinococci)细菌中分离提取类胡萝卜素,并利用高效液相色谱分析了提取物的组成和性质。通过DPPH自由基和超氧自由基清除试验,比较了不同菌种来源的类胡萝卜素提取物的抗氧化能力,结果发现,D.radiopugnans和D.radiodurans提取物的体外抗氧化能力最强,在浓度为0.6μg/ml时DPPH自由基清除率都达到46%左右;D.radiopugnans提取物的超氧自由基清除活性较强,在浓度为3μg/ml时清除率达到42.99%。同时,采取体外蛋白质氧化抑制试验和脂类氧化抑制能力测定分析比较了不同种类提取物对大分子的保护作用,结果表明D.radiopugnans和D.radiodurans提取物具有较强的生物大分子氧化防护功能。以上研究为从具有极端环境适应能力的奇球菌属筛选抗氧化活性类胡萝卜素,并进一步研究其作用机制提供了基础。 展开更多
关键词 奇球菌属 类胡萝卜素 抗氧化活性
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国际微生物污染相关药品召回回顾分析(2013-2019) 被引量:9
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作者 武雅文 王莹 +2 位作者 车阳 高雯雯 刘程 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第15期1870-1877,共8页
目的总结微生物污染引发的药品召回事件,以期为我国药品监管工作提供参考,为药企生产质控流程的优化、微生物污染溯源和控制提供理论依据。方法基于2013—2019年中国、美国、澳大利亚、日本和新加坡药品召回报告,分析微生物污染相关召... 目的总结微生物污染引发的药品召回事件,以期为我国药品监管工作提供参考,为药企生产质控流程的优化、微生物污染溯源和控制提供理论依据。方法基于2013—2019年中国、美国、澳大利亚、日本和新加坡药品召回报告,分析微生物污染相关召回药品类型、召回次数和污染微生物种类。结果在2013—2019年间,共计11074次药品召回事件中,有428次召回与微生物污染相关,其中仅有176次(41.12%)明确鉴定物种;微生物污染相关药品召回中,无菌药物召回66次,非无菌药物召回360次。微生物污染的无菌药品召回以注射剂为主,有51次,占无菌药品召回的77.27%;非无菌药品的微生物污染召回中,洋葱伯克霍尔德菌(Burkholderia cepacia)污染居于首位(105次),其次是沙门氏菌(Salmonella spp.)(28次)。结论无论对无菌产品还是非无菌产品,微生物的种类信息对污染溯源和制定正确消杀方案或者工艺改进至关重要,同时污染微生物种类的总结和回顾,可为生产企业、监管部门等实施有效的微生物控制提供参考信息。 展开更多
关键词 药品召回 微生物污染 无菌产品 非无菌产品
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水稻Ra基因的分子标记开发及应用 被引量:2
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作者 邵雅芳 刘程 包劲松 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期2405-2411,共7页
本研究通过对黑米(豫南黑籼糯)和紫叶白米(IR1552)Ra基因的测序,共找到了3个序列多态性位点。黑米的第10外显子存在2 bp缺失,紫叶白米的第2外显子(5'-UTR区)存在8 bp缺失,紫叶白米的第6内含子存在30 bp缺失。根据这3个多态性位点,... 本研究通过对黑米(豫南黑籼糯)和紫叶白米(IR1552)Ra基因的测序,共找到了3个序列多态性位点。黑米的第10外显子存在2 bp缺失,紫叶白米的第2外显子(5'-UTR区)存在8 bp缺失,紫叶白米的第6内含子存在30 bp缺失。根据这3个多态性位点,分别设计了3对共显性分子标记Ra Marker1、Ra Marker2和Ra Marker3。将它们分别应用于黑米和白米重组自交系的筛选和验证,发现黑米的Ra基因型表现为Ra/Ra,白米的基因型表现为ra/ra,褐米的基因型表现为Ra/Ra或ra/ra。再加上该基因和黑米色素调控基因紧密连锁,因此这3个分子标记是黑色种皮的可靠标记,可进一步用于分子标记辅助育种的实践中。通过对Ra表达情况分析,发现该基因的2 bp缺失仅存在于黑米和褐米的c DNA中。通过实时定量PCR研究,发现该基因在黑米和褐米中存在一定的时空表达差异性。 展开更多
关键词 水稻 黑米 分子标记 基因连锁 时空表达
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注射剂科氏葡萄球菌污染的鉴定和同源性分析方法研究 被引量:3
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作者 孙雪奇 肖剑 +5 位作者 秦力 陈婕 柴海毅 刘程 杨小蓉 毛新武 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1764-1774,共11页
目的:采用多种常用微生物鉴定方法和同源性分析方法,对某制药企业注射剂无菌检查试验中分离的微生物污染菌A1进行来源分析,为药品生产企业完善微生物监控体系,实现生产和检验过程的微生物控制提供技术参考。方法:使用VITEK 2微生物生化... 目的:采用多种常用微生物鉴定方法和同源性分析方法,对某制药企业注射剂无菌检查试验中分离的微生物污染菌A1进行来源分析,为药品生产企业完善微生物监控体系,实现生产和检验过程的微生物控制提供技术参考。方法:使用VITEK 2微生物生化鉴定仪对A1和本次污染调查采集的78株菌进行初步鉴定,选择与A1同属的菌,分别采用傅里叶变换红外光谱(FTIR)、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、16S rRNA基因序列分析、核糖体分型(Ribotyping)、全基因组测序(WGS)等方法进行鉴定和同源性分析,同源性分析结果用PFGE进行了验证。结果:除MALDI-TOF MS法的部分鉴定结果外,几种方法的微生物鉴定结果完全相同;上述方法的同源性分析结果均为A1溯源自无菌检验使用的无菌隔离器内部仪器表面采集菌株A2(16S rRNA基因序列分析本次仅溯源至亚种),该结果得到了PFGE证实;不同方法在种的集群之间的亲缘关系划分有所不同。结论:微生物污染溯源的流程一般包括以下3步:首先采用生化鉴定法初步确定污染菌的种;其次从污染调查采集菌株和环境菌库中选择与污染菌同种的微生物;然后,使用16S rRNA基因序列分析、核糖体分型、全基因组测序等方法进行微生物鉴定和同源性分析。采用16S rRNA基因序列分析时,必须进行多相鉴定以便准确溯源,才能有效实施纠正与预防措施。 展开更多
关键词 微生物污染 鉴定 同源性分析 葡萄球菌 傅里叶变换红外光谱(FTIR) 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 16S rRNA基因序列分析 核糖体分型 全基因组测序(WGS) 脉冲场凝胶电泳(PFGE) 微生物污染溯源流程
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注射剂微生物污染的全基因组测序溯源分析研究 被引量:2
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作者 孙雪奇 张庆芬 +2 位作者 刘程 肖剑 宋安华 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1237-1243,共7页
目的:对某制药企业注射剂无菌检查阳性污染菌A1(葡萄球菌)进行溯源。方法:采用Illumina平台高通量测序对A1和采集自生产和检验环节的16株葡萄球菌进行全基因组测序,使用Unicycler软件对序列进行拼接,用Prokka软件进行菌株基因预测,通过... 目的:对某制药企业注射剂无菌检查阳性污染菌A1(葡萄球菌)进行溯源。方法:采用Illumina平台高通量测序对A1和采集自生产和检验环节的16株葡萄球菌进行全基因组测序,使用Unicycler软件对序列进行拼接,用Prokka软件进行菌株基因预测,通过计算基因组序列与模式菌株之间的OrthoANI值和AF值进行菌株鉴定,用orthoANI软件进行两两orthoANI值比较;用kSNP软件进行两两SNP比较,并通过距离矩阵转换进行聚类分析,分析了菌株的基因组大小、GC含量、编辑基因数量等特征以及A1与其他收集菌株的同源性关系。结果:无菌检查阳性污染菌A1菌株为科氏葡萄球菌,基因组大小为2765495 bp,GC含量32.27%,在调查样本中,A1菌株的核酸信息与无菌检验环境污染菌A2菌株的核酸信息具有最大相似性。结论:全基因组测序简便、快速、稳定、准确,其两两orthoANI值比较、SNP比较及聚类分析结果准确显示菌株的同源性关系,适用于对污染菌株进行准确溯源,有利于制药企业实现对生产和检验过程的微生物控制。 展开更多
关键词 微生物污染 全基因组序列分析法 葡萄球菌 溯源 相似性分析 平均核苷酸一致性 单核苷酸多态性
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冠状病毒基因组资源库介绍
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作者 王庭璋 马云婷 +10 位作者 沈泓 吴俊 李珏 李钧 孙宝昌 洪烨 洪文杰 王美霞 陈欢 俞云松 刘程 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 2020年第5期297-301,共5页
冠状病毒基因组资源库(Coronavirus Tracing,CoVTrac)是通过2019新型冠状病毒信息库(2019 novel coronavirus resource,2019nCoVR)、全球流行性感冒病毒数据库(Global Initiative on Sharing All Influenza Data,GISAID)和美国国家生物... 冠状病毒基因组资源库(Coronavirus Tracing,CoVTrac)是通过2019新型冠状病毒信息库(2019 novel coronavirus resource,2019nCoVR)、全球流行性感冒病毒数据库(Global Initiative on Sharing All Influenza Data,GISAID)和美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)等多个数据平台及自测方式收集冠状病毒基因组序列(包括2019新型冠状病毒),利用Java、Spring、Angular和MySQL等技术搭建的在线数据平台。CoVTrac数据库整合了包含α、β、γ、δ4个冠状病毒属共456条基因组序列,实现了数据提交、数据展示、进化溯源分析、基因功能注释和辅助分子实验设计等功能。CoVTrac数据平台可为包括新型冠状病毒在内的冠状病毒基因组的科学研究、流行病学调查和快速检测、药物研发等行业应用提供支持。 展开更多
关键词 冠状病毒 多态性 单核苷酸 新型冠状病毒 进化 引物设计
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肠道菌群与中药相关性研究进展 被引量:22
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作者 刘程 王莹 +2 位作者 梁倩 周琢艳 陈欢 《浙江中医药大学学报》 CAS 2019年第8期828-834,共7页
[目的]探讨肠道微生物与中药相互关系及作用机制。[方法]通过pubmed、知网等平台分别以"microbiome""microbiota""Traditional Chinese Medicine"英文关键词和以"中药""疾病"和"... [目的]探讨肠道微生物与中药相互关系及作用机制。[方法]通过pubmed、知网等平台分别以"microbiome""microbiota""Traditional Chinese Medicine"英文关键词和以"中药""疾病"和"肠道微生物"等为中文关键词进行文献检索,搜集整理国内外有关中药和肠道菌群的研究报道,对肠道菌群和中药的关系进行归类总结。[结果]将搜集到的文献根据作用对象进行归类,中药及其活性成分与肠道菌群之间的关系为互作关系,目前的研究主要聚焦在中药和菌群结构之间关系。一方面,中药可以通过选择性地抑制或者促进不同种类肠道微生物生长来实现对菌群结构和代谢功能的调节,从而促进人体的健康。另一方面,肠道微生物对中药有效成分进行生物转化,调节生物利用度和活性,在一些情况下也存在减弱药效或者增强毒副作用的可能。[结论]中药及中药活性成分与菌群的互作关系研究已经取得一些阶段性的成果,展示了肠道菌群在发现中药新用途及指导个性化用药等中药开发活动中的价值,而互作的机制仍有待通过联系到具体的菌株或者酶、群落功能分析,代谢状态分析等研究方法进一步深入。 展开更多
关键词 肠道菌群 中药 生物转化 益生元 多糖
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中药饮片中微生物的快速检测技术研究及风险评估方法初探 被引量:14
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作者 史亚 赵红霞 +1 位作者 刘程 陈欢 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期461-465,共5页
目的考察11种常用中药饮片微生物携带状况,评估安全风险,初步建立饮片微生物数据库。方法采用基因芯片方法,检测白芍等11种常用中药饮片中所携带的细菌、真菌和病毒,统计其微生物种类组成。结果 11种饮片共检测到涵盖细菌、真菌、病毒... 目的考察11种常用中药饮片微生物携带状况,评估安全风险,初步建立饮片微生物数据库。方法采用基因芯片方法,检测白芍等11种常用中药饮片中所携带的细菌、真菌和病毒,统计其微生物种类组成。结果 11种饮片共检测到涵盖细菌、真菌、病毒三大类的174个微生物鉴定结果,其中细菌占75.29%。通过整理和分析174株微生物信息,初步建立了饮片污染微生物数据库。饮片中沙门菌和耶尔森菌的检出率均为45.45%(5/11),志贺菌36.36%(4/11)。多个样本检出条件致病菌,如肺炎克雷伯菌检出率为63.63%(7/11),大肠埃希菌和阴沟肠杆菌为45.45%(5/11),铜绿假单胞菌9.09%(1/11)。结论中药饮片中存在微生物污染情况,需要开展更深入的风险评估工作,完善中药饮片微生物数据库信息,保障中药饮片的用药安全。 展开更多
关键词 中药饮片 微生物污染数据库 风险评估
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1株屎肠球菌的全基因组序列测定及比较基因组分析 被引量:6
9
作者 高雯雯 王莹 +4 位作者 梁倩 孙玲莉 肖海龙 李宏 刘程 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第21期2639-2646,共8页
目的对益生菌产品中分离出的1株屎肠球菌进行功能评价和安全风险评估。方法采用功能基因组和比较基因组方法,分析屎肠球菌菌株的益生性和安全性特征,评估对人体健康的潜在风险。结果分离菌株具有抗菌活性、维生素代谢等益生性相关功能基... 目的对益生菌产品中分离出的1株屎肠球菌进行功能评价和安全风险评估。方法采用功能基因组和比较基因组方法,分析屎肠球菌菌株的益生性和安全性特征,评估对人体健康的潜在风险。结果分离菌株具有抗菌活性、维生素代谢等益生性相关功能基因,同时具有毒力因子和耐药性等相关功能基因,揭示该分离菌株对人体具有益生功能,同时存在安全风险隐患。此外,该菌株的毒力因子与可移动元件(插入序列)之间存在高度相关性,具有潜在的传播风险。结论屎肠球菌菌株具有潜在的安全风险,需要进一步结合基因组和表型数据分析,以避免或遏制益生菌产品的潜在安全隐患。 展开更多
关键词 屎肠球菌 比较基因组分析 功能评价 安全性评估
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新型冠状病毒基因组学研究进展 被引量:6
10
作者 王莹 沈泓 +7 位作者 高雯雯 郑金琪 武雅文 刘程 郑成 龚青 陈碧莲 陈欢 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期525-529,共5页
目的对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组研究进展进行综述,以期为疫情防控相关研究提供参考。方法结合国内外最新研究报道,从SARS-CoV-2基因组结构和进化机制等方面,对SARS-CoV-2的研究进展进行归纳与整理。结果与结论基于基因组序列... 目的对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组研究进展进行综述,以期为疫情防控相关研究提供参考。方法结合国内外最新研究报道,从SARS-CoV-2基因组结构和进化机制等方面,对SARS-CoV-2的研究进展进行归纳与整理。结果与结论基于基因组序列的遗传进化分析,病毒基因组现阶段没有发生显著的变异和重组,但在人际传播和感染过程中病毒可能发生一定的适应性进化,这对检测和药物研发可能存在影响。未来需要对覆盖全球的患者病毒分离株和野外动物携带病毒株进行基于全基因组测序和进化分析,监控病毒变异和解析适应性进化机制,这有助于疫情防控。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 基因组 进化分析
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