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基于PacBio平台的七叶一枝花全长转录组测序
被引量：
6
1
作者
宋发军
杨瑞霜
+3 位作者
吕昕芮
刘
祖
懿
王红莹
孟艳艳
《中南民族大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022年第2期153-160,共8页
以根状茎、茎、叶、花、果荚及种子6个部位为样品,利用PacBio技术对七叶一枝花进行了全长转录组测序,并对测序数据进行了生物信息学分析.研究共获得52537个平均长度为2607 bp的高质量isoforms,其中40725条isoforms得到注释.GO注释中,459...
以根状茎、茎、叶、花、果荚及种子6个部位为样品,利用PacBio技术对七叶一枝花进行了全长转录组测序,并对测序数据进行了生物信息学分析.研究共获得52537个平均长度为2607 bp的高质量isoforms,其中40725条isoforms得到注释.GO注释中,4596个isoforms分为生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的49个功能组;COG注释到了17848个isoforms,其中参与复制,重组和修复相关的isoforms最多,达5094个;此外,31934个isoforms被注释到KEGG数据库中的134个代谢通路,分布于碳水化合物代谢、翻译、折叠、分类和降解、脂质代谢等分类中.基因结构分析中,共得到39342个CDS,其平均长度达到759 bp.此外,SSR分析表明,52537个isoforms中的双核苷酸重复数最多,达到9925个.研究获得了七叶一枝花的全长转录组数据库,为该属植物的后续分子研究提供了数据支撑和基因资源.
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关键词
七叶一枝花
全长转录组
测序分析
功能注释
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职称材料
七叶一枝花中两个尿苷二磷酸糖基转移酶基因的克隆和原核表达
2
作者
宋发军
吕昕芮
+3 位作者
刘
祖
懿
杨瑞霜
王红莹
孟艳艳
《中南民族大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022年第3期277-284,共8页
尿苷二磷酸糖基转移酶(uridine diphosphate glycosyltransferases,UGTs)是重楼皂苷生物合成途径下游的关键酶,通过催化薯蓣皂苷元或偏诺皂苷元的糖基化反应以形成多种重楼皂苷.因此,获取并表征与重楼皂苷合成相关的UGTs,对于解析重楼...
尿苷二磷酸糖基转移酶(uridine diphosphate glycosyltransferases,UGTs)是重楼皂苷生物合成途径下游的关键酶,通过催化薯蓣皂苷元或偏诺皂苷元的糖基化反应以形成多种重楼皂苷.因此,获取并表征与重楼皂苷合成相关的UGTs,对于解析重楼皂苷的生物合成途径具有重要的研究价值.为此,在获得2个UGTs基因(PpUGT01和PpUGT42)全长的基础上,分别构建了它们的原核表达载体,并将其在大肠杆菌中顺利表达,同时获得了可溶性蛋白表达产物.此外,还进一步利用体外酶促反应对PpUGT42的催化活性进行了分析.结果为获得催化重楼皂苷生成的关键UGTs奠定了基础,也可为人工合成重楼皂苷提供新的线索.
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关键词
七叶一枝花
尿苷二磷酸糖基转移酶
原核表达
体外酶促反应
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职称材料
题名
基于PacBio平台的七叶一枝花全长转录组测序
被引量：
6
1
作者
宋发军
杨瑞霜
吕昕芮
刘
祖
懿
王红莹
孟艳艳
机构
中南民族大学生命科学学院&生物技术国家民委重点实验室&武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室
出处
《中南民族大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022年第2期153-160,共8页
基金
中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(CZY20003)。
文摘
以根状茎、茎、叶、花、果荚及种子6个部位为样品,利用PacBio技术对七叶一枝花进行了全长转录组测序,并对测序数据进行了生物信息学分析.研究共获得52537个平均长度为2607 bp的高质量isoforms,其中40725条isoforms得到注释.GO注释中,4596个isoforms分为生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的49个功能组;COG注释到了17848个isoforms,其中参与复制,重组和修复相关的isoforms最多,达5094个;此外,31934个isoforms被注释到KEGG数据库中的134个代谢通路,分布于碳水化合物代谢、翻译、折叠、分类和降解、脂质代谢等分类中.基因结构分析中,共得到39342个CDS,其平均长度达到759 bp.此外,SSR分析表明,52537个isoforms中的双核苷酸重复数最多,达到9925个.研究获得了七叶一枝花的全长转录组数据库,为该属植物的后续分子研究提供了数据支撑和基因资源.
关键词
七叶一枝花
全长转录组
测序分析
功能注释
Keywords
Paris polyphylla Smith var.Chinensis
full-Length transcriptome
sequencing
function annotation
分类号
S567.239 [农业科学—中草药栽培]
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职称材料
题名
七叶一枝花中两个尿苷二磷酸糖基转移酶基因的克隆和原核表达
2
作者
宋发军
吕昕芮
刘
祖
懿
杨瑞霜
王红莹
孟艳艳
机构
中南民族大学生命科学学院&生物技术国家民委重点实验室&武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室
出处
《中南民族大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022年第3期277-284,共8页
基金
中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(CZY20003)。
文摘
尿苷二磷酸糖基转移酶(uridine diphosphate glycosyltransferases,UGTs)是重楼皂苷生物合成途径下游的关键酶,通过催化薯蓣皂苷元或偏诺皂苷元的糖基化反应以形成多种重楼皂苷.因此,获取并表征与重楼皂苷合成相关的UGTs,对于解析重楼皂苷的生物合成途径具有重要的研究价值.为此,在获得2个UGTs基因(PpUGT01和PpUGT42)全长的基础上,分别构建了它们的原核表达载体,并将其在大肠杆菌中顺利表达,同时获得了可溶性蛋白表达产物.此外,还进一步利用体外酶促反应对PpUGT42的催化活性进行了分析.结果为获得催化重楼皂苷生成的关键UGTs奠定了基础,也可为人工合成重楼皂苷提供新的线索.
关键词
七叶一枝花
尿苷二磷酸糖基转移酶
原核表达
体外酶促反应
Keywords
Paris polyphylla var.chinensis
UDP-glycosyltransferase
procaryotic expression
in vitro enzymatic reaction
分类号
Q55 [生物学—生物化学]
Q78
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于PacBio平台的七叶一枝花全长转录组测序
宋发军
杨瑞霜
吕昕芮
刘
祖
懿
王红莹
孟艳艳
《中南民族大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022
6
下载PDF
职称材料
2
七叶一枝花中两个尿苷二磷酸糖基转移酶基因的克隆和原核表达
宋发军
吕昕芮
刘
祖
懿
杨瑞霜
王红莹
孟艳艳
《中南民族大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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