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基于犹豫直觉模糊语言集均值-标准差偏好距离的多属性决策研究 被引量：11
1
作者 刘东海 刘原园 陈晓红 《中国管理科学》 CSSCI CSCD 北大核心 2019年第1期174-183,共10页
在犹豫直觉模糊语言集和语言尺度函数的基础上定义了均值-标准差偏好的Hamming距离,并提出了基于犹豫直觉模糊语言集距离TOPSIS和TODIM的多属性决策方法,进一步利用这两种方法对实例问题建筑商的招标方案进行排序,并讨论了偏好参数对排... 在犹豫直觉模糊语言集和语言尺度函数的基础上定义了均值-标准差偏好的Hamming距离,并提出了基于犹豫直觉模糊语言集距离TOPSIS和TODIM的多属性决策方法,进一步利用这两种方法对实例问题建筑商的招标方案进行排序,并讨论了偏好参数对排序结果的灵敏度分析。为验证上述方法的有效性,与已有方法对同一实例的排序结果进行了比较分析。 展开更多
关键词 犹豫直觉模糊语言集 均值-标准差 语言尺度函数 TOPSIS方法 TODIM方法
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应用二代测序方法检测痰标本中结核分枝杆菌耐药性的探索性研究 被引量：5
2
作者 刘原园 石金 +5 位作者 初平 吴托雅 李璐 逄宇 鲁洁 郭永丽 《中华结核和呼吸杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期552-559,共8页
目的比较二代测序(NGS)检测方法在痰标本和结核分枝杆菌菌株中耐药性的诊断效能,从而探讨NGS方法检测痰标本耐药性的可行性。方法本研究属于回顾性研究,收集了北京胸科医院2017年1—12月收治50例肺结核患者的痰标本和相应的临床分离菌... 目的比较二代测序(NGS)检测方法在痰标本和结核分枝杆菌菌株中耐药性的诊断效能,从而探讨NGS方法检测痰标本耐药性的可行性。方法本研究属于回顾性研究,收集了北京胸科医院2017年1—12月收治50例肺结核患者的痰标本和相应的临床分离菌株。用NGS方法分别检测痰标本和相应的临床分离菌株katG、inhA、rpoB、embA、embB、rpsL、rrs、gyrA、gyrB、tlyA的基因突变。采用比例法对菌株进行表型药敏试验(drug susceptibility test,DST)。以DST结果为参考,分别计算临床菌株NGS方法、痰标本NGS方法敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值,以及与表型DST的一致性统计量(Kappa)。对于NGS检测在痰标本和菌株样本中的准确性比较用χ^(2)检验。结果在各种突变基因中,rpoB(63.83%,30/47)与rrs(57.45%,27/47)最常见,其次是katG(46.81%,22/47)、rpsL(29.79%,14/47)、gyrA(27.66%,13/47)、embB(21.28%,10/47)、tlyA(12.77%,6/47)、gyrB(8.51%,4/47),以及inhA启动子区(19.15%,9/47)、embA启动子区(12.77%,6/47)突变。NGS方法与异烟肼、利福平、乙胺丁醇、二线注射类药物(链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星)、左氧氟沙星的耐药表型相比,在痰样本中,敏感度分别为85.71%、91.67%、77.78%、81.82%、100.00%、87.50%、100.00%、69.23%,特异度分别为100.00%、94.12%、87.50%、89.47%、97.06%、96.97%、94.29%、89.29%。在菌株样本中,敏感度分别为92.86%、100.00%、81.82%、86.96%、88.89%、80.00%、100.00%、85.71%,特异度分别为100.00%、92.86%、87.10%、94.74%、100.00%、100.00%、97.14%、92.86%。与表型药敏结果相比,在痰标本中,NGS方法对异烟肼、利福平、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星具有较好的检测效能(Kappa值≥0.75);在菌株中,NGS方法对异烟肼、利福平、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素,阿米卡星及左氧氟沙星具有较好的检测效能(Kappa值≥0.75)。以NGS方法检测菌株的准确度为参照,检测 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 耐药 二代测序 痰标本
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基于聚类质量的两阶段集成算法 被引量：1
3
作者 闫晨 杨有龙 刘原园 《吉林大学学报（理学版）》 CAS 北大核心 2023年第4期899-908,共10页
针对现有的集成聚类算法通常默认使用K-means算法作为基聚类生成器,虽能确保聚类成员的多样性,却忽视了差的基聚类可能会对最终聚类结果造成极大干扰的问题,提出一种基于聚类质量的两阶段集成算法.鉴于K-means算法运行高效但聚类质量较... 针对现有的集成聚类算法通常默认使用K-means算法作为基聚类生成器,虽能确保聚类成员的多样性,却忽视了差的基聚类可能会对最终聚类结果造成极大干扰的问题,提出一种基于聚类质量的两阶段集成算法.鉴于K-means算法运行高效但聚类质量较粗糙,提出首先在生成阶段采用K-means算法生成基聚类成员,然后通过群体一致性度量筛选出兼具高质量和强多样性的聚类成员,形成候选集成;其次,进一步在集成阶段应用信息熵知识构建基聚类加权的共协矩阵;最后应用一致函数得到最终聚类结果.采用3个指标在10个真实数据集上进行对比实验,实验结果表明,该算法在有效提升聚类结果准确度的同时,能保持较好的鲁棒性. 展开更多
关键词 集成聚类 聚类质量 群体一致性 信息熵 一致函数
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结核分枝杆菌蛋白Rv0309通过蛋白STUB1抑制巨噬细胞自噬对耻垢分枝杆菌胞内存活的影响
4
作者 李璐 刘原园 +4 位作者 袁金锋 彭逍 逄宇 鲁洁 唐神结 《中华结核和呼吸杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期396-403,共8页
目的探讨结核分枝杆菌(MTB)蛋白Rv0309促进耻垢分枝杆菌(Ms)在巨噬细胞胞内存活的分子调节机制。方法以Ms为研究结核分枝杆菌的模型,构建带有对照组pMV261-3*flag空载质粒和实验组pMV261-Rv0309-3*flag质粒的重组Ms并感染RAW264.7细胞... 目的探讨结核分枝杆菌(MTB)蛋白Rv0309促进耻垢分枝杆菌(Ms)在巨噬细胞胞内存活的分子调节机制。方法以Ms为研究结核分枝杆菌的模型,构建带有对照组pMV261-3*flag空载质粒和实验组pMV261-Rv0309-3*flag质粒的重组Ms并感染RAW264.7细胞。通过计数菌落形成单位(CFU),探索蛋白Rv0309对Ms胞内存活的影响。通过质谱法筛选蛋白Rv0309与宿主相互作用的蛋白,采用免疫共沉淀法(Co-IP)验证宿主蛋白STUB1可与蛋白Rv0309相互作用。敲减RAW264.7细胞STUB1基因后感染Ms,计数CFU,探索STUB1基因敲减后,蛋白Rv0309对Ms胞内存活的影响。敲减RAW264.7细胞STUB1基因后感染Ms,收样后进行Western blot实验,探索STUB1基因敲减后,蛋白Rv0309对巨噬细胞自噬功能的影响。使用GraphPad Prism 8软件进行统计分析,本实验选择t检验进行分析,以P<0.05为差异有统计学意义。结果Western blot显示蛋白Rv0309表达于耻垢分枝杆菌体内并分泌到胞外。感染THP-1巨噬细胞实验在24 h时实验组Ms-Rv0309的CFU高于对照组Ms-pMV261,差异有统计学意义(P<0.05)。感染RAW264.7巨噬细胞实验结果趋势与感染THP-1巨噬细胞相同。免疫共沉淀(Co-IP)结果显示免疫沉淀(IP):Flag和IP:HA结果中出现对应的Flag和HA条带。敲减STUB1的实验组(siRNA-STUB1组)CFU水平显著高于未敲减STUB1对照组(NC组)CFU;与对照组Ms-pMV261相比,Ms-Rv0309组CFU均显著高于Ms-pMV261组。实验组Ms-Rv0309的LC3Ⅱ条带在对应时间灰度均浅于对照组Ms-pMV261,8 h时结果最显著(LC3Ⅱ/β-actin:0.76±0.05 vs 0.47±0.07),差异有统计学意义(P<0.05)。siRNA-STUB1组LC3Ⅱ条带在对应时间灰度均浅于NC组;对比Ms-pMV261和Ms-Rv0309菌株感染的CFU结果发现,与Ms-pMV261组相比,在对应时间LC3Ⅱ条带灰度Ms-Rv0309组更浅。结论MTB蛋白Rv0309能够成功表达于耻垢分枝杆菌并分泌到胞外,可抑制巨噬细胞的自噬过程。蛋白Rv0309与宿主蛋白STUB1相互作用,抑制巨噬细胞 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 分枝杆菌 耻垢 自噬 蛋白Rv0309 蛋白STUB1
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miR-21-3p调节结核分枝杆菌在宿主巨噬细胞内存活机制的研究 被引量：4
5
作者 吴托雅 石金 +4 位作者 郭继东 刘原园 逄宇 鲁洁 高飞 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2021年第5期475-481,共7页
目的研究miR-21-3p在结核分枝杆菌(MTB)感染巨噬细胞免疫应答中的调控作用,并进一步探讨其发挥作用的机制。方法收集6例临床确诊肺结核患者及6名健康人的外周血,分离出外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)。将miR... 目的研究miR-21-3p在结核分枝杆菌(MTB)感染巨噬细胞免疫应答中的调控作用,并进一步探讨其发挥作用的机制。方法收集6例临床确诊肺结核患者及6名健康人的外周血,分离出外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)。将miR-21-3p模拟物(mimic)、miR-21-3p抑制剂(inhibitor)及阴性对照(NC-mimic及NC-inhibitor)转染细胞后,在不同时间点收集细胞。用MTB标准株H37Rv分别感染细胞系THP-1和U937。采用实时荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)检测miR-21-3p及促炎因子的表达水平。通过生物信息学工具筛选与miR-21-3p相互作用的靶基因,并采用qRT-PCR验证调控关系。结果临床标本的检测结果表明,结核病组PBMC的miR-21-3p相对表达量为7.286(6.964,10.483),明显高于健康对照组的1.030(0.997,1.169),差异有统计学意义(U<0.001,P=0.002)。细胞实验结果显示,在感染MTB 24h后,细胞系THP-1及U937中的miR-21-3p相对表达量分别为16.311(15.543,17.030)和72.850(65.343,97.343),与感染前[1.038(0.959,1.165)与1.029(0.979,1.200)]相比,均明显升高,差异均有统计学意义(U值均<0.001,P值均为0.002)。以MTB标准株H37Rv感染miRNA转染的实验组细胞后的菌落形成单位(colony-forming unit,CFU)结果显示,在感染后24h miR-21-3p模拟物组的胞内菌量为7.5×10^(4)(6.0×10^(4),8.8×10^(4)),明显少于NC-mimic组的13.5×10^(4)(12.0×10^(4),14.0×10^(4)),差异有统计学意义(U<0.001,P=0.002)。与NC-mimic组相比,miR-21-3p模拟物组巨噬细胞对于MTB感染导致的炎症应答明显增强,IL-6及TNF-α的mRNA相对表达水平分别由1.803(1.729,1.892)及0.960(0.858,1.020)升高至4.520(4.234,5.205)及1.455(1.372,1.523),差异均有统计学意义(U值均<0.001,P值均为0.002);而抑制剂组的白细胞介素6(IL-6)及肿瘤坏死因子α(TNF-α)相对表达水平分别为0.927(0.901,1.050)及0.781(0.705,0.805),较NC-inhibitor组的1.819(1.007,1.953)及1.101(0.994,1.202)明显降低,差异均有统计学意义(U=2.000,P=0. 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 微小RNA 巨噬细胞 免疫调节
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结核分枝杆菌Mce4蛋白家族研究进展 被引量：1
6
作者 刘原园 李璐 +1 位作者 吴托雅 鲁洁 《结核与肺部疾病杂志》 2022年第5期416-420,共5页
由结核分枝杆菌引起的结核病自2007年以来一直位居单一传染性疾病死因之首。结核病流行的主要原因是由于结核分枝杆菌能在宿主细胞内长期休眠,对宿主防御和药物治疗具有很强的抵抗力。结核分枝杆菌的哺乳动物细胞入侵(mammalian cell en... 由结核分枝杆菌引起的结核病自2007年以来一直位居单一传染性疾病死因之首。结核病流行的主要原因是由于结核分枝杆菌能在宿主细胞内长期休眠,对宿主防御和药物治疗具有很强的抵抗力。结核分枝杆菌的哺乳动物细胞入侵(mammalian cell entry,Mce)蛋白家族在其侵袭和细胞内存活中起着重要作用,Mce蛋白家族有4个mce操纵子(mce1-4)编码。其中,mce4操纵子及其编码的Mce4蛋白家族在诱导病原菌入侵、调控宿主免疫、摄取利用胆固醇的过程中至关重要。笔者综述了mce4操纵子及Mce4蛋白家族的研究进展,以便对Mce4蛋白在结核分枝杆菌发病机制中的作用有更深入的认识。同时,也能为结核病的治疗提供潜在的新靶点。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 免疫蛋白质类 操纵子 综述文献(主题)
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结核分枝杆菌对德拉马尼的耐药机制研究进展 被引量：2
7
作者 刘原园 初平 +2 位作者 韩书婧 杨慧 鲁洁 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第11期1237-1242,共6页
当前,由结核分枝杆菌(MTB)引发的结核病仍是全球传染病最主要的死因,耐药菌株的传播给结核病的治疗造成了极大困难。德拉马尼(delamanid,Dlm)作为抗结核新药对耐多药和广泛耐药结核病(MDR-TB/XDR-TB)均有较好的治疗作用,准确并及时地对... 当前,由结核分枝杆菌(MTB)引发的结核病仍是全球传染病最主要的死因,耐药菌株的传播给结核病的治疗造成了极大困难。德拉马尼(delamanid,Dlm)作为抗结核新药对耐多药和广泛耐药结核病(MDR-TB/XDR-TB)均有较好的治疗作用,准确并及时地对Dlm耐药菌株进行检测可以最大限度地保证药品临床应用的有效性,提高MDR-TB/XDR-TB的治愈率。MTB获得性耐药多与耐药相关基因突变有关,作者综述了MTB对Dlm耐药的机制及其耐药相关基因突变,为对Dlm耐药菌株进行早期分子诊断提供参考。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 德拉马尼 抗药性 药理作用分子作用机制 点突变 综述文献(主题)
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